BtaINT0157894 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012801 | UPP2
Description
uridine phosphorylase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23061]
Coordinates
chr2:38326897-38339919:-
Coord C1 exon
chr2:38339773-38339919
Coord A exon
chr2:38328156-38339772
Coord C2 exon
chr2:38326897-38328155
Length
11617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
GGTCTCATTTACGTTTCCAGCTG
3' ss Score
7.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGCCGTGGTCTGTGTGACACTTCTCAACAGACTTGAATGTGACCAGATCAACTCTCCCCACGATGTTCTTGTGGAGTACCAGAAACGGCCTCAGCTCCTAATCTCCAAATTCATTAAACAGCGGCTTGGATTATGTGACCAGACATCATAGGTGGGCAGCTCAATCCTTCTCTGCAAATTCACAGTTCCAGTCATAATGTTGAAGTCATATATTATTTGTGGCATTTTTATATAGTTCTCATCCACATGGTAAAATCATAATTGAATGATTTTATAAAACCCTTTCTCTTAAAAATGAATTTGTTGAAAAGAATTTAATAACTTACATTAAATTAAGTTCAGATTTCGTTTTAAAATGAGTTAGCTAAGTCAGTCTAATAATTAAAATTGTAAAACTGTATTGTGACATGTGGAGTTTCATATGCAGCATTAATTAAGTTCACATCAAAATAGATCAACCACTTGTAGATTCAGTTATCCGTCACTCTGCTTCTGAAACCAATCCAGAAATTCATGTTAGGATGTTGTCAGGCACTTCTAGGTGTTGGACAAGTGACAGAAATTGATCATGCACATTCAAAATATTTACAGAAAAAAAGCCTCAGTGTAATGTAGGTCTCTATGAAAAAGCTACTCATAGGGAAATAGGACCATAGTTCTTTTTTTTTTTCCCTGCAGGATTTTAGTGTACCACAGAATAGGATTAGAGGCTGAGGTTTGCCCATGTTTGTGATTCTACCACAAGCTGTAACAACTCTAGATCACACATTGATTTTCAGATGAAAACCTTTGGAAATGCAAAGAAAGATCTTCATTTTTCTTCCAAAATCACACACGATTAAACTATTTTCTAACAAATTTTTCTTTTAAGGAAGTGCATTTCAAATGGGCTGTATTTTTAAAATTTCATTTCATTATTAACCTCATAGGCTGAGGAATAATACCAACTGAATTTAGACTTGAGTTCAAGATGTTAAAGTCATCCTTTTGTGTGACTTTGAAGTGGTCTTGCCTGCACCCTGCCCCGCCTATTCAGTTTGACCCTCTGGCAGGCATGGTGTCACTTGGAGGGTACACCATGCTTTGTATGAGTTGATGCTGCCTGGAGGGGGCAGTTCTTCTAAAGATGATACACTTAGGAGTTGGGAGGCATGGATGGAGGATGCGTGGAGGATGGCTTACAATCTTGAATAGTATGTAATGTTGTATACATATATTTATATTGTTGTGGCTCAAATAAAGTTTAATCCCAACTGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012801:ENSBTAT00000017006:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0104815=PNP_UDP_1=FE(19.5=100)
A:
NA
C2:
PF0104815=PNP_UDP_1=PD(15.5=76.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]