BtaINT0158582 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020761 | USP33
Description
Bos taurus ubiquitin specific peptidase 33 (USP33), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101139]
Coordinates
chr3:67155767-67179640:+
Coord C1 exon
chr3:67155767-67155967
Coord A exon
chr3:67155968-67179508
Coord C2 exon
chr3:67179509-67179640
Length
23541 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TCTGGCCAATTTTTCTGTAGGTG
3' ss Score
9.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAGGAGCGGTAGCTGCTGCGGGAAGTGGCGGGTGCGGGAGGCGGGGAGCCCGCGGGCTAAGCTGCGGAGCTGTTTTCCGGCGCCCAGGACGCGAAGCCTCCCGTCTCCTAGGGCAGGAGAAGAAAAGAGGAGTTGGTGAAGGTGCGGCCACAGGCCACCGTTGGCCGCGCTGGCGGGGCCCGTGGGGAAGGCCTTGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
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Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
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C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]