BtaINT0162178 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001585 | WIPF1
Description
WAS/WASL interacting protein family, member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12736]
Coordinates
chr2:22253662-22266594:+
Coord C1 exon
chr2:22253662-22253811
Coord A exon
chr2:22253812-22266506
Coord C2 exon
chr2:22266507-22266594
Length
12695 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGA
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CTTTCTGTTTTGTTTTACAGATT
3' ss Score
12.77
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGAGCTTGTCCAAAATGGCGGTCCAGAAACGACCCGTTGTTTGTGTTAGAAGATGATGGCTTTCACAGTGACGGTTTTCTCTCTCATTTCTCATTTGCTCCCTGCCTGCTTGTGTCCCTGATCATGCCTTCCTCCAGTATCCTTTAACG
Seq A exon
GTAAGAAAATTATATTCAAACTCCGCGTATTTCCTTTATTCAGTTAGTGGGGAGGACTAAACGGCTTTTAGTGAACCATTGTGTGCTGAGATAAAATTGTGTAATTTTTCAGTAGAGCACCATGTGGTCCTCCTAATTGCAGACGAGACTAGTTTCACCACTATGGTGATTGTGGGCAATTTGGAACTTATGCTTTGAACTAAAATGTAAGCAAGATTTTCAGCAGAATCTTTCCTGACCCCTGGACAAGTTTGGATCCACAGTAATTTTTTTCTCCCAGTTAAAATGGTGGTTTATGTCGCTAACTGTATCTTTCAGTGGGTAGCACAGTTTGTCCACATGATTACCTTTGAACTCTCACTTGGGCCAGCAACAGTAAGTGCTTTTATAGCAAAAGGAGTCACTGGAAACTTCAAAGGAAAGTACCGTGGAACTCAGCTCTTGCCAGTCTGTTGCTACAGACCTGTTCCTTAAGTTCAAATCCCAAGCTATTTCTAAGCAGTCTTTTAGGACAGTTTGTCTTTTAGAACCATTCTGTTCAACATCCAGACAGTGCAGTGCACAATGAACTATTGCTGATCAAATCCTGCAGCATTCACTATGAACAGTTACATTTAATATGATTAATATCGTGACACAAAGCATTGTAATTTTCATATTCCAAGCAGTGTACTCAAATATCTACAGAGCAGGATTAAGGAAACTTTTGTATAAAAAAAAAATGCTTTTTTTCCTTTGGAGCATATATGAGAAAGCAGCTTGATTTATATTCCTTTTACCCTATGAAGAAGTATAAAATAAAGCTTTAAAAAGTTAAGAGGGTACATAAAACTTTGGTCAATAAGTATAAGTTCTTTTAAATAATTCAATGGCATAACTAGTGTGTACAGTAGAAAATGGACAAGTGGTAAAATGAAGAAAAGGCTGCAGGAAGATTCTTATTAAGAAAAGTAGGACAGCTTGGTTGAGAGAAAGTGAGGAAGCAGGAGAAAGAGTAAGTCAGGATAGTGAGAGAGGAAGATGAGAAGCTTGAAAAAGACTTTGAGGACCATTAGTGTGGAAACCATACCCTTTCTGGTGACTTGGATTGTGGGTCTAATCTTCTGTATTAACTTCATAAAGTTATGTCGCTTCTGAACTTGAATAACATTTAGTCAAAATTCTCCCTTGTATAATCTAAAGCACTTAAATCATCTATCTAAAATCAGAGTCAGGTTTTCTAATGCTTTTCGAAAACTTCATCCATTGGTTAATTGCTCACAACTCTTCAATTACTCTTAATGTCTGAACTTTGAGGGACTTCCCAGGTGGCGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTTGCGTCCGTCGTGCATCAGTCTGTGCGACCCCATAGGCGGCAGCCCTCCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCGGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTCCTCCAGTGCATGAAAGTGAAGGGAAAGTGAAGTTGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGATCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATGGAATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCTGCCCAGGGGGCGCTAGGAAGCAGTAAAGAACCTGCCTGCCAATGCAGGGGATGTAAGAGACAAGGGTTCGATGCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACGCGCTTCAATATTCTTGCCTGGAAGATTCCATGGACAAGAGAGCCTGGTGGGCTACAGTCCATGGGGTCGCAAAGAGACAGGACTGAAGCGATTTAGCACTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCTGACTCTGTGTGACCCCATAGACCGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCTAGGCAAGAACACCGGAACCTTTAATATTATGCATACTCTGGATGAACAGTATTCAGAGAATTCCCCAGGGTGAAGAATTTTCCCTGGGGTCCAGCAGCAATTTCACTCTGATCATTGATGAAATTAAGTTCTAGATATGCCCTTCCCCGACCCGAGCTAATGTAAATGTAAGAGGAAGTGAGCTACCTAATTCCTGGACCTTTCAAGGTTTACACTCTTTGAAGACTGCTTAGCATTTGGTAAACACGTCATTTTGTTGGGAGCCTCTGGCTATTTAAATCTTGATCCACTTCTGGTTTAAGGTTTGACTCATTTTGTTTTTCCAAATTGTCACTTCTGTACCTCTTGTTGAAAAGAACATTTCCCTTGGACTATCATAAGTACTAAATACCTCTGTCTGTAATTTGGCAACCCTCAGTTCTGAAAGTTAAGACTGGAGAAAAGAATACTAGAGTAAGAAGTGCCTTAGTATGCTTTTCTGAGAAATTTTAAATGCACTTTATACACACCTCCCTTCGCCATTTTTTTGTAATGCAGAAATTACATGGGTATGCACATGTGGGCTAGGCTTTAAATCAGCTCGTGATTTCTCTTTCTCATGGTTAAATAGAGGAAAAGATAATGTTTATTGAGCACTCACTATATGTTAGGTTCTTGACTTCTGGTTATTTTATTTTTTTAAAAAATGGCTAACAGTTAGCAATGGCCTCATTTAATTCCTCTATGGTCCTATTGAGTAGGTACCCTTCTCCCCATTTTATTGTGGGAACTGGACTTAGGCTGAGCAGTTTGCCCACGGCCACTAACAATTTACTGTAATTTCAAGAGCTTTTTTTCATAAGTACAGTTTAGAGGCTATAAGATGTCCTTTTCTAATCCTGAGAATCTGGGATTGTACAAATGCTTTGTTTTAAAATGTCACAGCGATAGTAAATATCTTTAAGTGAATAATCTCAAGACCATTTCCTTTCTAAAGTTTTTCGACCTTTTTAAAAGTACATTTGGTGACGCTTTTGCTTATATTACAAGGCTATACTTTCAATGATTAAGTTAATAAAATATGTTGAGTATGCTGACATATATGCTGTGTGTTGTGCATGTGTGTGTGTGTTTGTGAGTGTATGTGTGAGTGAGTGTGTGTGGGGGGGGGAATAGGGAGGGGCAGATTTGGTAAAACTAAATTTGGTGCTGAGGATTTAACTTTGAGATTTGAGCCCCTTAAAGAGAGTACTAAAAAAAAAAGACACAAAAAAAGTACTTGTTAGAGATGGGAAGTTGTGGGAGGAAAATAAAAGATTTACCTTCTATTCTCCCAGTTAAGGACAGGTGGGTCATTCAACTTACCTTCATTTTCTCATTTTCGAAAGGGTTTAGCTATCTGTGAATTTGTGCTGACTTTTCATGTAATTAAACATGTAGGACTGTATATTCTAAAAATAATTTCACCTCATAGAAACCTTTATTTCCCCTATAAGCAGTTATTCTACTATAAGCAGTTATTTTTATAGTAAAACTGTGGGTTTGTGTCCAAGCTCCCAACTAATCATAATGACATTGTAGATGCTTCAGAATGTCTGCTCTGAAAAATGCCTTCCCTCTACTCCCCGAATTATCGATTCTTTATCTAAAAGAACTCTAAAAGATGTGTTTCTGAAATAGCCAAGGACCCTCCAAGTACCGCAGAGACACAAACCCTTACCATTGAGAACACGACCCTTAAGCAAAAGTCACTTAAGCTATTGCCTTAATTGATGCCCAGCTGAGAAAAGAGCAAGTACGTTTTGAGAAATGAAGGGTCCCGTGTACAGTAAGCGTGGGTGCCACATTCAGCTCAGATTGAGAAAAACAATGATCACGAACTAGGTGAGGCAGTTGCTTTGCTTATAAAGGAACGCTTGTTTCTTTTCTGTGCCTTTGGCTTCCTCTTGGGTTGAGCAGCCTTTTTGTTTCTCCTCTTCTATTGATTGCCTCATTGCCTGCAGCCCTCGGAGCTTGAACTGAGGAGAGGAAGAGTCACAATAATAGAAACAAACTTTATGCAAAGATATTAAAAGTTTCTAAAATGGCCAAAAGGACATGCCATGCTTGGGGGTGGGGCACTGAGCTGTTGCACTGGGCCTGGTGTCAGAAAATAGAAACTACAGGCCACTGCAGCTGTGAACGACTGTGCGACAGAAACAGGATGGCTGTGGTTTGCTGTGAGCATCAATTTTCCTGTTGAGCATTTTTACAGGAAGTTGAAGAACAAAGCCGACTTCATCTTAATTAGTTCTGATGGTTTTCAGATCTTCAACACATCCAACCACGTTTGCCTCATGGAGGAGTCTCCAAAGAATAGAACCAAAAATAATCCTGAGTGGGAATCATAAAACAACGATGTTGGCAGCAATTTGGGTTTTTGCTAAATGATTTTATTTTTACAGTATAACTTGGAGTGGATTTATTACCTTTATAATGAGAGCCTTTGTACTCTTTTTTTATGGCTGTGGTACCTCTATGAATTTAAGGGCCTTTCCTTATTAAAACACTACTGAGTTATATGTATTATAAATTTCCTTCTGTTACTATTTGGTGAAACAGTTATGCATGTGTGTATTTATATAGATACAAAGAGGTGTACGTGTGTGTGTGTATAAATGGTGGAAAATATACATCAAAATGTTGACAAGAATTATCTCTGGATATTATTAACTCTAACCCTTTCCACCTAAAATTTAGTTATTATCAAATGCTTTGTTCAGTGGTTAAATACAAGTGTCATGTTTTATTTTCATCTTTGTATTTTAGTGTTACCTATTGCTTTCTTTTTTTCTTTATGACTGGTCTGGGTATTCATTGCTTTGCTTGGGCTCTCTCTAGTTGCAGTGGCTTCTCTTGTTCCAGAGCACAGGCTCTGGGCACACGGGCTTCAGTCGTTGTAGCACACAGGCTCAGTAATTGCTGCTCATGGGCCCTGGCACATGGGCTCTGTAACTGTGGCACATGAGCTGAGTCGCTCCAAGGCATATGGAATTTTCCTGGACCCGGGATCAAAGCTGTGTTCCCTGCATTGGCAGGCAGATTCCTACCACTGCACCACCAGGGAAGTCCCTATTGTTTTCT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Seq C2 exon
ATTTGTCAGCCAGACTGTTGAAAGCTAACTGTTCAAGATGCCTGTCCCGCCCCCTCCAGCGCCCCCGCCGCCGCCCACGTTTGCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001585:ENSBTAT00000002076:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0121314=CAP_N=PU(28.1=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]