HsaINT0182987 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115935 | WIPF1
Description
WAS/WASL interacting protein family, member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:12736]
Coordinates
chr2:175450251-175499307:-
Coord C1 exon
chr2:175499246-175499307
Coord A exon
chr2:175450340-175499245
Coord C2 exon
chr2:175450251-175450339
Length
48906 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TCGCATTCTTGTTTTTCCAGATT
3' ss Score
8.86
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)