Special

HsaINT0182987 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
WAS/WASL interacting protein family member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12736]
Coordinates
chr2:174585523-174634579:-
Coord C1 exon
chr2:174634518-174634579
Coord A exon
chr2:174585612-174634517
Coord C2 exon
chr2:174585523-174585611
Length
48906 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TCGCATTCTTGTTTTTCCAGATT
3' ss Score
8.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTAGAAGACAGCAGGGGAACTCGAGAAGTTGGTTGTTTTCAGCAGATTAAAACAATACAG
Seq A exon
GTTAGTGCTTTTTGCCCCCTGGAAAACTTTTCGTAGCCACTCTAAAATACCTAATTCTCTTTCCTTGAACTGTCTTTAACGATTTCTTTAATGTGAAGAACTTGCTTTTTGGCTTTGAATGTAAGAGCCAGCGCACAGCTGTTAACTGCACGTTGTTAGAGGAACAAACGCTGAGCCATTATGGTGAAAATGAAATTCTCAGAATCTCTTGCTTCCCTGTTTAGAACTTCTCTGCTTCTGAAAGAACAAAACTTCGGATGTTCTTTAAATAACTTATTTCGTGGAATTCAGCTAGGCCTCTTGTCATTTTTACCTGTTAATGTAAATGTGAAACGGGACAGATCAGCCTGTGTTTGCAGACATCTGTGGGGCATTCAAAGGGTGTTAGAAAATACAGAAATACTGTGCATAAAAACGTGCTTGCGAGGTTATATGCAAAAGTTTGTTGTTTTGTGGGGTTTTCATCTCATAAAACTCATCTTTTGGCTTGTATTTCATGTTAAAATAGTATGTCATTATAAATTCTTAAGTTTCCTTTTTTTATTTTTTCTACTGTCCTCCTTCCCCCTTTTCTTTCCTTCCTTCTTTTACTAACACAAAACAGGAGTAGAGAAGCAGCAGTAGGGACAGCTTGAATATGAGACGAGGAAATCCTTTTCCCGGCACCAGAGTTTAAGGAGCAGGCACAGCCCAGAGCAAAGCCCAGCAGGCCGTGAAGAGGCCGTGAGGTGTGACGGTTGCCAGAGCTTTATGTCTTCAGCCTTGTGCTTCCTAGAGAAGAGTCTGCAAAAGAGCCAGAAAGACGGCTAGAGGGTTGGGAAGCAGCCGTCCAGAAACATAGAAAGGGCCCAAGATTATTCTTCCTGAGGCCAATGAGGGACAGTTTAATTACGCAGTGGCCTGCTGCTTTCAGACCTGTATGTGGAAAAAGAAAACGTCTCAAATCCAAGTTAAGAGAAGGAAGTTCCTACATTATTGGACTGCTGTGCAGCTCTAGGACAGGTTAGCCAGAGAGGCTGCTGAACTCTTTCTGGGTGTTTTTGGGAAACATACTAGACGGCATCTTTGACTGTGTTATTGTGTTAACTGAGACAGGGAGGATAAGGAGGAGAGGAGAGCAAGATCAGGAACTTCCTGTTTCATGTCTTCATTCTAGCCCAAAGTGTTGTAAAATGTGTCTGTATGATAAACAACGAAGGGGTGAGGGGCTCGTGGACTCAACTTGTTTATATCCTAGTAATGCCAAATAACTAGAACAGTGATGAAAGAGAAAAATCATGGTTGATTCTGTCCTCCAATTGCCACATTTTTTTCATATTTTACCACCAAGTTGTACAAGAAAATGGAGACAAAGCTGACAGAGAATAAGAGAAGATTCTAAGCTGGACATATCAGCCCTAGTGGTTTCAGAAACCCCGTGCTAGCTCTGACAGAGCCAGCCCACATTGTTATCAGGTTTGGAGGGATGGAGGGAAGATTGGATTTATCACTGGTTGGAGCCCTTTGCACAAATGCCTGTAGGAGACACGCACTTGGGAACTGCAGTAGGAAGGCCTCTTGTACCTGGTACTGCCCTTGAGCCCCAGGAAGAGGCTTACAACTTAGCAGTGGCTGGACATCCCTCGAAGGAGCTCTTCTTTCAGTTTTGTTTTGCTTTGTTAGTTGGCTATACAGCCTTGCTGTTTCAGAAGTTTTATATTCTGCAAATCTGCTGCTCACAGTAGAAAGGGACTTTTTATCTTTTTATTTTGTTAGAATACTTTCCAGATGGGCCTGATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTCGCCTAGGTTGAAGTGCAGTGGCACCGTCTCGGCTCACTGCAACCCCTGCCTTCTGAGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGCAGCTGGGATTACAGGCATGCATCACCACACGTGGCTAATATTGTATTTTTAGTAGATACGGGGTTTCACCGTGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCTGCCTGATGTCATTTTTGTAAATGCATCCTTCCAAAAGCTGTTTGTATTTCTTCTGGGGGTCCTTATTCTCTCCTATTTCTCAGCCCCTTCCCCATCTTTCCACTTTCACTGCGCTGTGTTCCATTGTGTTTGAGATGCAAAAAATGGCTTATAAAGTGTCATCATTATACAAAACCTCTGATCCCCAGGTTCTGAAAGAACGAGTGGAGACACAGAATGGCAGAAGGTAACAGATCCTGTTGGGTGGTAGAGAGCACCTGGAGTATTAATCTTGTGTGTAATTTTTAGATAGGAATGACTGCCAAGTTGAATACTGAGTTAAGTTTAAAGGTCAAAGTGGAAAGAGATGAAGTCACCTTTAATCTGGAGAAAAAATGGTAAATTTTGTGGGGAGGAACAGTATGGACACATTCCTGAACTCTCTAAATAGAAGAGGAATGAGGCTAACTTCACAAATCTCTCTTCTTCCTCAACATAGGCAGGCCTCTCCTCCCTGAATCCCAGATAATACCAGAGTGGCACTGCGGGTCGACATCCACAGATGTCTGAGTGACCCTGGTTTCAGAGGGATAAAATGGTGATATATACCAAACATTCATGCTAGTGGGGAAAAGAAAGTTAAACTCTGATAAGTGCAACTTTTACAACTGAACTCATCCTTGGTATCGTTTTGAGTTGGCATGAACAAATCTGGAGGCCCAGGTCTCTGGATTTCTCAGAAAGAAGTTCCCGGACATTTGTAAGGTATTATTGTTATCACCATCATATTGGGAAATACTAAGAACTATAGGTTTTGGGGGAGTTTTAATTGTGATAAAGGACACATAACAAAATTTACCATCTTAACCATTAAGATACAGTTCAGTAGCGTTAAGTATATTCATATTGTGCAACCAATCTCCAGAACTCTTTATTTTGCAAAACTGAAACTTAAACCCATTAAACAACAACTCCCCATTCCCTTTCCCCCAGCTCTTGGCAGCCACCATTCTACTTTCTGTCTTTATGAATTTGACTTTTCTAGGTACCTCATATAAGTAGAATTATATAATATTTGTCGTTCTGTTTCTGCTTTATTTCACTTAGCGTAATGTCCTTAAGGTCCGTCCATGTTGTTAGCACGTGTCAAACATTCCTTCCTTTTTAAGGCCAAACATATTTGTATGTATATATCACATTTTCTTTATCCCTTCATTCATCAGTGGACATTTGGGCTGCTTCTACTTTTTCGCTGTTGTGACTAATGCTGCTATGAACGTGGGTTTGCACATATCTTTGAGATCCTGGATTCAGTTCCTTTGGTATGTCCCCAGAAGTGGAATTGCTGAATCATAGGTAATTCTATGTTTGGCTTCTGAGAATTATCCAGCAATTGTGTCTTCTTATACCACTCTTCCTCCCAAAACACAAACTTGAAGATACCTCATATTATAAGATCATTATCATTTTTCTTCAGGAATGCCTCAAACAAAATGTTCATGTCTTGCTTCTGAGCAGTAAGGATGCAGAGGGGACTTGGGCTGTTGTCCCAGGAAAAGGAGCAAGACCAATGGGGCTATTCTGGAGGGGTGACCATGGTAGGTGTTTGGATTACAGATTCTGTGCAAGGAAGTGGTAGGAAAGATGTGATAGACGGCCTGACACAGTGCTGTGTGGTGATTCTTTTGCTGGAGATGTTGTCTCCTAACTAAAATATCATGAATACTAATGTATACTCTGTAACTCTACCAGGGAAGGGATTGCCTATGTGCCTGATTGATTTTTTACTCTGCCATTTCAATTTCCCTCTATTTCGTCATCAGTCAGAAGGTTGGTGCTGTTTAAAGGGGAAAAAAAAGCTCTAAGTGTCCCCTTCTCCCAAAAAAAGGAACCAGAAAATGACAAGAAGAGTTGCATTTGTCTATGAAAGTGCATAGAAAGCTTTTCCTGGAAAAGAATAAACTGGGAAAAGATGAGTCCTTGAAGTAGAACCCTGTCATAGTGCAACAAACTGAATTTAAGAGGCATCTGTTCCCAGCTTATACAACATCCAGTACCAGTTCCACAGTAGGTATTCACATTACCACTCAGATTGTTATTTCTCAATGCTAATGAGAAGCTACTGCTTTGAGACTGTCTAACTAGCTAGACACTTACCAGACTTTGTTTTGATATTTTCTGGTATGAATTAGGCTTCCTTTCTAGTTGCGTTCATGCCCAGATTTTAATATGACATATTTTAAGTTAACTCATTGTATTGTTTTGTAACCTAGAGTGGCTTAAAAACAGAGTCATTTGTTATAGTAGGATATGTGTTCGCACACACAAATATACGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATAATGGGAGGAATTCTCTAGAGCATATGTTTCCTAAATTAGAAGTCACTAAGTGATATCTTGGAGCCTACAATTATTTGGAATACTGCTATCTTCAGACTAGGAAGTTATGCATGTATTATACATAGAGATTCATTTGGGGGGTTTGCTAGTAAACTGTAATTCTTTCAGTAAGTCACTGCTTTACTGAATGGTGAAGATTTGGAATGTCTTCTTTGATTTCCAGGCCAACAATGGATAGATTTGGTCGTCCTTGAAGCATTTAGAGACCTGTAGAATGAACTTAACTTCTGAAAACTGGGTGCGGGGCCAATAGAGGGGCTGCTCAATACCTCACCAGCCTGCTACGCGGAAGGCTAGATGGAGGGCTGCTAAAGGAAGAGAACTGCTGTTCCACCTCCGCCTCCTCCCTGCAGTGTGGCTTCTTAGGCAAGTCCCAGTTTAGAAGTCATCTAACTAAGTGAACATTCTTGAACTGCCACCAGACCTCTCCTAAAACTTTTTTCTAAGCAAACAATATATGCTTTCAGACTTTCTCTTCTTCCCTCTTCTTTTCCCCTTCTCTCCACTCCCTACT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Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains