BtaINT0164314 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017731 | ZFAT
Description
zinc finger and AT hook domain containing [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19899]
Coordinates
chr14:8236707-8250492:+
Coord C1 exon
chr14:8236707-8236880
Coord A exon
chr14:8236881-8250403
Coord C2 exon
chr14:8250404-8250492
Length
13523 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
CTCCTTCTCCTTCTCTTCAGGCA
3' ss Score
10.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GCAAGCAGTTCAAGTGCACGGTGTGTGACTACACGGCTGCCCAGAAGCCACAGCTGCTACGGCACATGGAACAGCACGCCTCCTTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017731:ENSBTAT00000023578:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.068 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=25.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=44.1)
A:
NA
C2:
PF139091=zf-H2C2_5=WD(100=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development