MmuINT0178432 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022335 | Zfat
Description
zinc finger and AT hook domain containing [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2681865]
Coordinates
chr15:68146503-68165926:-
Coord C1 exon
chr15:68165753-68165926
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr15:68146503-68146591
Length
19161 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
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3' ss Score
9.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAAGCAATTCAAGTGCACGGTGTGTGACTACACAGCAGCCCAGAAACCCCAGCTGCTGCGACACATGGAGCAGCATGCCTCCTTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022335:ENSMUST00000162054:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.068 A=NA C2=0.040
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=25.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=44.1)
A:
NA
C2:
PF139091=zf-H2C2_5=WD(100=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types