BtaINT0164722 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020403 | ZMYM2
Description
zinc finger MYM-type protein 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001095377]
Coordinates
chr12:36405803-36412197:-
Coord C1 exon
chr12:36412025-36412197
Coord A exon
chr12:36405969-36412024
Coord C2 exon
chr12:36405803-36405968
Length
6056 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGCAAGT
5' ss Score
3.24
3' ss Seq
CCCTTCCTTGCTTCATTAAGGCT
3' ss Score
5.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCAAACTGTTGTACAAACAGGACTTTGCAAGGCGTTTAGGACTGAGGTGCGTGACTTGCAATTACTGCTCTCAGCTGTGTAAGAAGGGGGCAACAAGGGAGCTGGATGGTGTGGTGAGGGACTTCTGCAGCGAGGAGTGCTGCCGCCGCTTCCAGGACTGGTACTACAAG
Seq A exon
GCAAGTACCCCCGCCGGCCTCACTCCACGCCTTGAGGCATCACTCCCTCAGCAGGGTGTGTCTTTGCAGTAGGGTCGTTTAACAACATGGAGTATTTATCTAAAGTTTGTGTGTCATTAGTTCACTAAATAGAAATATTTTTGATGGGTTCTTTATCAATTATGAATATTGGCAGGTTATTGTTTTAGATACTCAGGAGGTGTTTTAAAATATTATTCTCCCCCTCTTCCCTCCCCCTTTAATTATGAATCTTTGAAGAATTTCAAATGGAAAGGACACTGTGGATGAATAGAGACTAGAAACATTTATCTTGAAATTGTGAATACATATGTAAATGTCTTAGAAATACCTACTTTTTAAAAAGTAGAAGAGAAGCCCCTTTTGGTCCATTGCTTTGATTTCTTTTTCAGTAAGAAAATGAGTATAAATTTGGGCTTTATTTAGTCAAATAAAAACTTCTATTACCTGATGAAAACCATGTTAGTGCTAAAGCTTTGCTGTGAATACAGTTCTAAAGCACTTAAGGCCAGATGTCATTGTAACCTCAGATTTGTGAAATACTGCTAAAGAAACTAACAATAAAATTGTTGAAACATATACAGTAATTTAGTCTCTTAATGAAAGCTACTAGTGGTAAAGTGACAGTACGTAAGAGAATTGTAGGAATTCTCCATGTAGGTCTTGAATATACAGCTTGACATAGTAACAAGCATCTGTTAAATAGAAAGAGAAAAGTTATACTTTACAAGTTGTCATAGGCGAAGATTTTGTTGCAGTTTTAAAGTTAGTCACTATTTTACTGTTGTTTCTATTTTTTAAGCCTTAGAATTAAGGTTCAGATTTTAGAAACACACAGGATAAGTACTAACTCACTTGAACACACATGCCTTTCCGTCTGAAGCAGCACCTTGTTACAGATGAGACGTCACTCAGAAGATGTTACTTCAGTGACTTTAAATGCTCAGTTTCAGTTTAGCACACACAAGTACACCTTTTCTTACATCATGTAGGGGTTTTAAAAATCAGTTTTTGATCATTTGAAAACAGTGAAGGTGTTTAGTGGCACAAATGTGGAAACTCCATTTTATTCTTACTGTCACCTTTTTCATCATCTGTTTTATTGTTTGAGACAGAAGTTGTTCCCATGTTGTACTAAGTATTTCCCTGTTATTATTTTATTATACAGATTTCTGCTGAATTGTGTAATTGTGAATTCAAAACTTCGATTTTAAAAAATATGTTAGAAGATATTGCTTTCTATTCAGAGCACATGAACTGTATTTCTGTGTGGCTTCTTTCTTTGATTTGATTCTTTCTGTTCTCTTTTATATTATCTGTAATTAAAATATAGAAATCCTTTGGTTTCCTTTTTTCTTTTTTTGGGAAGCAAAGAAGTATTCTTTGACAGAAGACCAAGTTATTGTAGATGTCGTCTATTTAAAGGATAATTGTAGCTCATGTTTTTATGTGCTCAATAATGAAATTTCAGTGAGGCAGTACATTTCAGAAAGTTGAATAGTTAATTAGTGACAATTATGTTTAATGTCAGTATTCTATACATTAAACATTTTAATTATTTCTTGCTTTATTTTAAACCCAGCATATCTTTGTATAATGTATGACATAGCATTATTATAAACTGTGCTAATTGGAGGAGTAAAGGTACTTGATAAAAGTTTGTGAGGCATGTAGCAGTGATGATTTTAATGTAATCAGTAGGATTACAACCTACCAGATGAGGAGACTGTTGCCCCTCCTGATCAATCATTGTGCCCCTGTGGAGGCAGCCGGTACTGATTCAGAGTCGCTGCCTGTGAGTCTTCCCTCAGCCATCTATGTTTTCTGCACTTACCATGAGTCCGCTTTAGTCACTGTTACTGTCATGTGGTCTTGAAAAATGTGTTAAATTGAGTCCCAACCAAATTACATTTTTTTGAACCTCTCTCCCTTTCCACTTTTTAAATTTAAGAACTCAAAATTTTAGATTTTAGTTCATTAAACAATGTGACCAGTAATCCATAAAAAGTGCCTCATTAGTGAGTGTTTACTAACGAGAGCAGGTAGCCCGGCAGAGCGCACACACCTAGTTTCCACCTTTTCTCATCTTCCTTCTTTGGTTTGGGAGATGACTAGAGTGTAAATGGCTTTACATTTTTGTCTAAGTTTAAGTATTTGATACTATATTTAAAATTTTTCTGCCTATGTTTGTTCAGCTAGACAAGACATTTTGAATAATCTGTGCAGGTCTGTGTAGTGGTTTGCTTTTGGATTTAAGATAGAGGTTAATTAAGTACTGTCTCATCTAAATTAGAATACAAAGACCATTGAAATCATGCAACCAGGAAATGGTGAGAGTAAAATTAATGTTTCTTCTTCTCCCAGATAACTCTTTAGAAGGAAGTAGGTTTTACTTTTCCTCAAAGTTATTGTTTCCAAGCATAATGTGAAACCAGGTGAGAGGATAGTTCTTTTCATTCCCGTAAGTTTTACACTTTTTTGAGAAAAAGGATTTAGTATTGTAATAAAATGATAGCTAGGTAGGTGTTTGATATACAGCGAAGATAATTCAAAAGTCCCATGGTTTCCCAAGAATGCTTTCCTAGTACTCTCTTTAATAGAACTAAGGAGCTTTTCTGAAACTTTCTTCAAATTACAGGTTTTTAGTACAGGTTTTGATTTGTTTTAAAAACCAGTAGGGAAGGGTGACAGTGTTAAATTCTTTAGCAAATGCCCTAATGGTTGAGTAGTGGAACTTTGAGCTGTAGTCAGATTAATACTTAGATTTTAATAAGCCTTAGTTACAAAAGGATGACTGAATGAAGAATATTTCGGGCTTCTGTGTTTTTCTTTTTTGTCTATAAACTGCTAGAAATATTGATTTTAAAAATTACTCATTTTTTGACATTAGATTTAGAAAGGAAGTACCTAATATTCTTGCTTTTAATGTGCCTTTGGGTATAACTGACGAATTCTTAACACTTCAATGCTTTGCATAGTACCCGGTGCCCAGTCTTTTATTTCTGCATTCGTTTTTAAAATAAATGACTATAAAATCTTCTATTTCCGTTCCATTCATGGTTCCCCCTTAGAAAATCAGGTGTGGTTGGTGAAGTAGGGAACAAGTGGGTGGAAGGTTTCAAGGATGTGGGTGCATCAGTCCAAACTGTCCACGACAGGTCACGGGCTTTGTGAGTGTAGTGTCTGTCCAGTGGCCTTCCCTGGCTTACTGAAGAGGGGCTCTTAGATTAGTTGCGAGGGGGGATTAACATTTTTGAATTAATAATTTAGTTTCTGCCTATTACTTAGATTGCTTGAAACAGTAACTTTTTTTCCCCCTAAAAGTAATACACAGTCCTTGATTTTCTACAGTGACGGGAAAGCCATGAAGTGAATGATGATGCAATATTTGTTAAAGCAGAAACATGTCATACTTCAGTTCTTATGCTGTAGACATGTTAAGCTTTCCTAAGAGTTCCATCTCATGAGTGGGAGGCAGTGGTGTTGGTGTTGGTAAGGAATGATGGTCTTTCACAAGGTTTTCTATTGATGCGGATTCCACAGTTTGGAGAAGGCAATGGCACCCGACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGGCGGAGGAGCCTGGTAGGCAGCAGTCCATGGGGTCACGAAGAGTCAGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACCTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCTGATATTCTTGCCTGGAGAATCCCGGGGACAGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTGTGGGTCGCACAGAGTCAAACATGACTGAAGTGACTTAGCAGTAGTAGCCACACAGTTTACCAGGAGTTTGTTTGAGTGACTGAGTAAGGGAGAAACAGCCCAAAGCAAGAGGCTCATAACCTCTAAAATTGTGATTTTCGTATTAACTTCAAATTAGTATTGACTTCTGTTATTACCCTTTATCCTGAAAAAAATACATAAATATTTTGTTTCCTTTTCAGAATTAGCATTAATCTTGCTCCTTTTTGGGGGTAAGTGGGGTAGAAACTTTCTAAATTTGTTTTGAATTTTCTGGGAAGAAGGAGCTTAAGGTGATGTTAGGACAAAATTCCAAATGTCTGTAATTATAAAATAATGAAGTGAGTTTACTGTTCAGATTCTTTGGGTGGAATGTGCTTGGTTGTTGGCACTAGGCCTACAGAATTACTCTATAACTGGAAATATTACCATGTACGAGAAGTCAGTACTTTGTGTGCAAGTACAAATTAATGTGGGTTTTAGATGTTATTGAGAACTGTCAAGCATTTCACATCTGTTAGGATTTGTGTTTCTGGTTGACCATAGTAACTCACTTGGATTTTTCATTGTCTTTGTAATGGGATGCCCTACAGAGAGCCTGCATTCGGACTTGTGTCTGCTTGGACCCTGCATTTACTTCAACATTGGGCCCTAGAAAGTCACTCACTGTGCTGTGAGTGGAGGGGGCAGTCAGGCCCTTGTTTCAGGTCCTTATCTTCACTTTTGCTGTGTTCTTGATATATAGCTGGTGCTTTGGCTTTTCTTTGAGTATGAAGCATAAAAGGGAAAAACCCCGGAAACCTGCAGCATGTCAGTGGTTAAAGAACAATCTCTGCTGGTGAGAGTTTTATGTAGGGACTTTTTTATTATCAAGTAAACCAAGACCTGGTTGATAGTGCTAATGTTACTGAGGTTACCATGTAATATTACCAGGAGTAATAGCATTTAAGCTCATAAGTTTGTGGACGAGAGATATGATATTGGCATCACTTAGTAGTGATACTGTTCATCTTCATTCATTTAACATGTATTCGGCAGGAGAAATACCAGACCTGGAGAAATAAAGAACCCATGTTCTAACTGGGGTATGTTTGTTATATAAGACCTGTTTACCCACACAGTGCTTTGTTCATGTGCCAGCTAGAATTTGTTGTGTTTATGCGTGGGACTCCCATGGAGGCAGGAAAAGGCTGAC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Seq C2 exon
GCTGCCAGGTGTGACTGCTGTAAGTCTCAAGGAGCCCTTCGGGAGAGGGTGCAGTGGCGTGGCGAGATGAAGCATTTCTGTGACCAGCACTGCCTGTTACGCTTCTACTGCCAGCAGAGCGAGCCCAACATGACGACCCAGAGGGGACCTGAGAACTTACACTACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020403:ENSBTAT00000027190:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.018
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PD(12.5=8.6),PF064679=zf-FCS=WD(100=69.0),PF064679=zf-FCS=PU(10.0=6.9)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(85.0=60.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development