MmuINT0180461 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021945 | Zmym2
Description
zinc finger, MYM-type 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923257]
Coordinates
chr14:57550926-57556512:+
Coord C1 exon
chr14:57550926-57551098
Coord A exon
chr14:57551099-57556346
Coord C2 exon
chr14:57556347-57556512
Length
5248 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGCAAGT
5' ss Score
3.24
3' ss Seq
ACTTTTTTCTTTTAATTAAGGCT
3' ss Score
6.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCAAGCTATTATACAAACAAGATTTTGCAAGACGATTAGGATTAAGATGTGTTACCTGCAACTATTGTTCTCAGCTGTGTAAGAAGGGAGCCACTAAAGAACTTGATGGAGTTGTCAGAGACTTCTGCAGTGAAGACTGCTGTAAGAAATTCCAGGAGTGGTACTACAAG
Seq A exon
GCAAGTAACAACACCTTCTCAGCAGGGCAGCTACTTTGGGTGGACTTCTAAAGCACTTGATATCTGTTACTGTGACAGTATCCGGTTGTTCTTTTTATTTGTGTACTCTATGCCTAATCCTGTTTGTGCTGTTCATTAAGGTTTTTGTCTCTTGTATTTTTATATTTTGAAGTGAAATTATCATTATTTTTCTTCAGAATTCATTTAGGCATTACCAACCATTAGTCTATTCTATGTATTTTCGGTGGTGTAGCTTCATAAAACATTATTTTTCTAAATTTATTTTTAATAACTCCATTATCCGTATTGAACAGTAGCAGTAGTTGCTTTAAATATTAAGGTACTGTTTCGTAAGTATTTGCTTATAGGTGTGTGTGGGCTCACACGTAAATGTCTCCTTGTGGAACAGAGGTATAGAACAACTGTATTTTATATATTATGAAAGACTTTTTAAAAGTCAATAAATATTACCCTTTGGGCCATTGTATTAACTACTTTTTTTTGAGACGGTGTTTCACTGTGTAACATTGGCTGCCTTTTATATCACATATCTCTGATTTCTGACTGCTGGGATTAAAAGTGTGCAACGTCATTACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGACAGGATTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCATGCCCGGCGTGCAACGTCATTTTTGATTTTTTTAAAGATGAGAAAATAAACATAAGTTTGGAGTTTGTATGATCAGATTTTATCCAAGGAGAGGTTACTAATTTCTACGCTGATAACAGAAAAGTACGTCAATGGTAAAAGTAAAGTTCGTGATATGTATGGATATCATGTTTGTGATAAGTCTGGACACAATTTAAAAGCATGTGAAAATAGACATCATGCCATAGGATTAAGTTTGAAGAATCTGGCTAATGCTTCAGAGGATGAAGCTGGCTACTGGCATAGCCTTGACAACCAGCTACTCCATTTTCAAGCACCTGGACAACTTTTTGAAGCTGAAAGTGCTTTCACAATCAGCAGCAGGCTTTAGAAAATGCTTTCTAAGAATTTCATCAAATCTCAAAGCATAATTTCTCATTGGCCCAAAACAAAAACAAACCAAAGTAATGATTTGTTTTGATGATTTCGGTGTTTGAAATTGACAGTCCAAAGTTGCTGTTTCTTTTGTACCAATATAGTAATTCGTATTTAAAACCCAGAAGCCTTTGTGCAGTATACATAATAGTTTTGAAAGACTGTCTCGAATTAAAATAGTTTTATGTATTTTTAGTATTTAAATTTAATAATGAGAGGTAGCTGTATAGCTCAGTGCTTACTGTAGGCAAAAGGCTCTGTGTTTGATGCTAAGTCCCACAAAAATACATTTCATTGAAATATTTAACAGTTTGCTTTTAAATTTTCTGTTAGTATGTTATATTAGTTGCATTTCTATTAACTTGATAAAGCAGCATGGTTAAGATGACTTACAGAAAAATTTACTTTGGCTTAACAATTCCAGAAAGTTAGAGTTCATAATGTCAGAGTAGAGAGAGGTACCAGGTTGGGGTGGTGGCTGGAGAAAGGTGCTAAGAACTCCCAGCAGGAACTGTAAGTACGAAGCAGAGAACATACTGGAAAGTGGCAGGAGAATTTTACCTCTGAAAGCCTGCCCATCCTGACTGACTTCTTCAAGCAAGATTACATCTCCTAACCTCCTCCAACTGTTTAATCCATAATCCAGCAGTCAGGGTTAGGAACATTCCCATGCAACCGCTACATAGGATAAGACATTTTAAGTAATCTGTGTTTCCTGATCTTTAGTAGATTGCTTCTGTATTTAAAAAGAGACTTTATACAAATTTTATCTTTCTAGTTGGAATAAAAAAATGTGTTGATAGACAACCAAAGAAAAACATCTTAGAATAAAATGTGTTTTATCTGGGTGTGGTGGTACACACCTATAATTTAAGCTGTCAGAGACATGTTGGTAGCCGGTTGGATGCCAGCCTGTGTTTACACAAAAAGACCCTGCTTGTGTTTAGGGGTTGGTTAAGAGCACTGCTGTTCCTGCAGAGGAGCTTGGCTCACTTTCTAGTACCCATGTACAGTTACCCAGTTACAGCCACCTACAACTCCAGTTCTAGGCCTAGGTCTGACTCTTCTGAGACATGCACTTGGCTTACAGACACTGAAACACGTAAGATGCAAAGTCAAAGAGAAGGTTATAGCCTCCACAACTTTATGTCATTAAGCTTAGAACTGTTAGTTTCAAGTTCTCAGTTATTCTTTAAGTTTGAAAAACTAGGTACTTTGTTTTCATGAGTAATTGACATTATCCTGCCCTGGGTTTTCTTTGGACAAATTGTTTTTAATTTTCTGGAAGAAAATTGGACAGGAAAAGAAGTATGTTTGATTATAGAATGAAGGACTGATTATTATTCAGATTTTTGGATAGGTTATATTTAATTATGTTCTTTGGAATTCTTTAATTTCAATAAAAATTTCTGGCTATAGTAGCATATGCCTGTAATTCTAGCATTTGGGATATGGAGTCAAGGTTTGAGGCAAGGGTGAGCATCATGATATCTTGCCTTTAAAAAAAAAAACAGTGTAGTACATAGTACTATGCTATGGCACTTAGATAAATTTTACACAAACCAAGTTTTAGCTTAGATGTTAAATTGAGAACCCTTTTTGTGTGTTTTACTTGTATTATTTTATTTTCTAGTGATTCATAAACTCAGTTTCTCTTTCCTTTGCCAGTCTGTATCTTGAGGTCAAGATAAAGTACAGGTTTTGACTTGGTTTGTATGCTGGAATCCTGCTACTTCAATTTTAATATTTGATGTTAGATCTTTAAATTTTGAGTGTTGGTTTTCAGTGTTCATTTTGGAGGGCAGTTGTAAGAACTGTAGATAGTAGGTCAACATTATTAGGCTTTTTCTCAGGTTTTTAGTAAGTGGGGAGGTCAGGCTACAGCTTTGCTTTTTTCTAGTGTTCTGACTCATTTGTAAATGGTGGTAAGCCTACATTTCCTCGTGTTTATGTGTTTTGTCTATTTGATTATAAAAAAAGGACAGAAAGAAAATGAACCTGAAATACTTCTGTGATTTGAAAGTAGTCTTTAATTGGTGAGAGTATCTCTCGTACAGTTGGTTGCTTATGTAGTTGTGGTTTGGTATTCAAGGCCTGGAGAGCTGTGGATTGGCCTTGCTGAAGCTCTCAAAATCTAGGTTTTGATGTCAGCAAAAGGTGGTGGCGGCGGCAGCGGCGGCAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCGAGGTAGATGACCTTTGCTAAGTGAGAGCAAAGGCACATGGAAAAGTCAAAGCTGCTTCCTTTGCTTTCCTTTTATCTCTAGGGATCTCTAGGGCGTTGCACACATTTAAGATGGGTCTTTCCACTTGGAAGAACAAGTCAGTTAACCATCACAATGACCTAGGTTAAACACTAAGTGCCCCTGTGATACTACTACTACATAATACTATCAACAGTGTACAATTTTAGACTAGCATCAGTTACTGCTAATAATTTATAGTGTGAAGCTTCACTTGTTGAATGTTTATTCAGCAAGAAGGCTGAACTAGAGAAAAAAAGACAATGCATTATGGCCTATCTTTGTTAGTTAAGACCTGTGTACGATATGATCCATTGTTAATGTCTCCCAACCAGAAGTTTACTTTTTTTAAATACAAGTTCAAATATACTGTACTTTAGAGATACACCCTTTACAGTATTTATTAATAGAATTTCACTTGAGATTGGAGGTGAGATAAACACACACAATAAAACTATGGATTAGAGTAATGAAAAAGTAACAGCTACAATTATGAACTGTAAAATAATACTTAGTATTATCAGAATTTCCAAGCTGTTAAGCTGATGATTAGTTTTTAAAAAATAATTATTTTTAGATCAAACAAGTAATTATTATTGTATTGGAGTTAAATACATCTTTTGTTTCATTCAATGATCAAAATGTCTTTGATCAAAAGTATGGGCAAGATTTTGGTGAAACAGTATTTCTTTAATTGCTACTTTAAAGTGTAATAGTTTGAGTTTTAGAGTCAGATAAAAAATATACATATACACACATATGTATATGTACATATGTGAAGTTATAGATTTCCTTGGTTTGATTGTATTCCTAGCTATAGATTTGATTGGATATCTTTTGTGTGTTTATTATTTATTTAATAATTTTTTATTCTAAGACCAGGTTTCTCTGTATAGCCTGGGCTGTCCTGGAACTTACTCTGTAGATCAGGCTGGTCCAGCTGCCTCTGCCTCTCAAATAGTTGGGCTTAAGAGCACACGCCACCATTGCCTAGCTTCTGAGGGATGTGCTGCAAAATTATTTTATTTTTAAGTAAATATAGACTGTTTTAAAATGTAGTTTCTAAGTACTTAAAATTAACTTCTTTTTAAATTTTAAACTGTCAGAAAATAAAATATTTTAAGCCGTCATTTCTGAGTTCCCATTTTAAGAGCTTGTTTCAGAATTATCTGGTCTTCCTGGAGATGTCATCCCTGTTATTGCCCAGTGTTTTGTCCTGCAGTGCATTCAGTGAGCTATTTTCTTTCTTTAAAAGAAAGCAGTCTGGATATCTGCTTACTAATTAGAACTGTTTAATTAATTAATCAATCAATTAATTAAATTGCTAAAGATGTCTATTATAATTATGGGTTTCAACATTATTTTATCTTATGCTACTTGCTGTTTAAGTTTAAATTTTTATTTGAGTCAGGGCATTACTGTGTAGCCCATGGTGGCCTCAAACTTGCCAACTTCTTTCCTTACCCTGCTATCTATTGGAATAGTAAGTACGCACTACCATGCCCAATTTCAAAATTAATTTCAAGTAAATTTCTACTAATTTTGTATACTCATGTTCAATTATTATTTTCCAGTCCTTATGGTTGTACAGCAAAGACAGGAAACTGCTGAGCCATCTTTCCAGCCATTCTCTTTTACTTTGGTGTTAATAAGATTGGATTTTGTCAATTGTATCACACATCTAGTCTTCATGTTTGCCTTACAATTTTATTTTTTCCTTGATATCATTTTAGTATTTCCTCATCACATTGGCCAGCTATTATGTGTGCTATGTTAAATCTTCTCATTTGAAATGTCTGAGCACTTTTTTCTTTTAATTAAG
Seq C2 exon
GCTGCGAGGTGTGACTGCTGTAAATCCCAAGGCACTCTGAAAGAGCGAGTGCAGTGGCGTGGCGAAATGAAACATTTCTGTGATCAGCACTGCTTACTACGTTTCTATTGTCAGCAAAATGAGCCCAACATGACAACTCAGAAAGGACCTGAAAACCTACATTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021945-Zmym2:NM_029498:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.018
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PD(12.5=8.6),PF064679=zf-FCS=WD(100=69.0),PF064679=zf-FCS=PU(10.0=6.9)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(85.0=60.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: