GgaINT0106898 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr1:183349034-183355436:-
Coord C1 exon
chr1:183355264-183355436
Coord A exon
chr1:183349200-183355263
Coord C2 exon
chr1:183349034-183349199
Length
6064 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGCAAGT
5' ss Score
3.24
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTGCATTAAGGCT
3' ss Score
6.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCAAGCTGCTATATAAACAAGACTTTGCAAGACGGTTAGGACTGAGATGTGTTACTTGTAATTACTGCTCACAGCTGTGCAAAAAGGGAGCAACTAAGGAACTTGATGGTGTAGTGAGAGATTTCTGCAGTGAAGAGTGCTGTAAAAAATTTCAGGACTGGTACTACAAG
Seq A exon
GCAAGTAACTCAGAATTTTTGAAAAGAGCTCCAAAGTTTAAAAAAAAAATAATCAACTATGCACATGTGAGGATATCTCAAGGACTGTGCAGCAAGTATGGCTTACTTCAGCAAAGTATTTGCTACACAAAAAGCAGATGTATTAATTTCATCATTTGAGTTTTGTTGGAACGTAGAGCAGAGTTTCTACCATCTGATTTATTGATTCACTTGGCAAGGAAGTCTTGTACAGAAAAAAAAAGCCTACAATGTACTTTACGATCACAATTTTTCCCCCTCAATTGATACCATATTTTTCTTGTCAGAGTTACTTAAATGTGTATTCAGAATGTTGAAAACACTGTTAGTAGCAGCTGGATGATACCTTGTGTTGAGTGATGATAAACTAGGTTGGCAGTTCATCTTCCTGTTTTTATTTCCTTTTTTGCCTTTTCCCACAGTATGAACTGCAGGGCCTTTGATTTTTCATTATTTCACAGTGGAAAGGATGGCGAGGGGGAAAGCAAGACCAAATGGATTTCTAATAAAAGTTTAAGTCAAATGTGATGGCATCTATTTCTAAATCTCTGGAAGTTTAATTACCTTGTGAAGCACAATCAGCAAAGAGTTCACGTTAAGTAGTGTTCTGTTTTCATTTTTTGAAAGAAAGAAGGGTGAGATTGGACTGGGTTTAACCTGTGATTAGAAATGGATAAAATATTTGATCTCTGATGTGAACATCCTGGAAAGCTACACTGATAGTATCAAGCCAAGACCAACACTTGTGGATGCAATAACAAAAAGAAACAATACAAAATTCATCACCTTACCAAGACTCTTGGCATAGCCTGAAAGGCAGTAAAAAGCTTGAAATGTTAGAGGGCTAGATTCTGGTCCTGTAACTCAAGATGGTCTACCTACCATAACAGAACTGAGTCTGAAGACGGATCTGATACTTTGGAATGGCAGGTTCCAAAAGTGTTACCACTCAACATTGTAAAGTCTTCATTTTGAGTTATGTACATAGAGTCCTTTTAGAAATTCCTGAAAGAATGCTACTGAAGACCAGAATCAGCTGTCTCGTGCAAAAACAGGGTGAAAAGCTGGGCTGCAGAGTTCTTAGATGTGCTAAAATGACATTCCATGCAATAATACTTAATCAGTACGCCTTAGAACTTGAGGTGTGGGATAAAATTTATCCCTGTGTAAAAAGTGCCTTCTAATGGAGAATCTAATAAGGCTGTGGTATGCTTTAGAGATCTCTTAGGGATTCAACAAATAATAGTCTGGGGGTTGAGTGTGCCCAACTAGTTTCATATGCTGTAAACTTATATGGAAGTTTGTACTGTGATTCAGATTTTCAAAAACACTTAAACTTCAAATTATCCTTCAGATCTGTGAGATAATGCAGTAAGTTAATTGACCCATTAAAGTCTGCTTAAGAAATGCTTTTGGTCCTTTGGTATGGGAAAATCAGACATGTCCTGGAAAGGTAATTTAAGCACACTGTTAACTAGTGACTTTTGGTACTCTAGAAGATACTGAAGTGTTAGGGGTTTTTGTGCTTGCTTGTGGAACTAGTGTCACATGGTGTTCAATTGTTGGTTTTTATTTTTTTCAAGTACTTCTTAGTCTTTGCTTAATTCAGCTCTGATTATAAGAGTTTGGAATTTACTACATAAAGAAGACCTGTAATAGGCTTTGGTATGTGTATTTTGCTAGAATTGACCTCTTTTCCCTTTACATTCTTGCGGGTAACTTTCACCTCTTTTACGACAGTCACTCCACACGTTGGGTTTTCTAGTGCATGGTTAGTGAACATTCTTGCGTAGCCATAAATAGATAATGATTAAAATACAGGAAGACAAATGAGATATGGATCCCTCCCTCAATTTGTACTTCATCAGCTGTTCTGTCTGTTAGCTTCTTAAAAGAATAGATATCTGTATGAGCTTTGTCTCATTTATGCAATGTCTGGTGTTATTTTGGAGTTGCAATAAATGTATACACGGAGAGAAATAAGTAGTAATAACCTAGTAATGTTTTAACATCAGCATTGTGTTCATTAAACAAGTGTTTGTCTCCATCTTTGTCTACTTTTTTTTATCCTGGACCCATTTTTCTCATGTAATTATCTGGAAAACATCTTAACTTTTAAAAATATTTAATTATTTTTTCAAAGGCTTTCCTAAGCACCAAAGTTCTCATCACAGAAGGCTAGAAAAAGTTATCAGTGGTAGACTCACATCAGACTTATCTAGAAATATTCCTCAAACTTAATATGAGTGATTGAAATGTAGAAGAAGCGTTCGGCCATCACCATCTGGTGAATGACAGCTGAAATTACCAGTTGGTGCCAAATTCTGAGGAAGTTTCTGTAGTATGGTGTCCAATGCACTTCTAAGAATAGAATAAAAACTTCTGGTGTCTTGAGGCTAGCTCCTGTTGTTATTAGAGCTTCTCTTGTAAACTCAAACTGCATGCTGTGGTTAGGATGATAATTTCTGTCATTTTTCAGATGTCAGTATAAATATTTTAGTAGCCTGTTTGATGATGATTTTGATCATCTGTTGTTTCTCTTACTAGAGAACTGAAAGCACCTTGAAAAAGAATATTCTGTATGGAGAGAACTATGGGAGTCTGTTTCTTAAATTTTGTGTTGTGAAGTATTGCTGAAAGTACCACAGCTGAAGTGCAAATATAGGTCATTCAAGTCAACAGTGGAATAGTGATTTGACTAACGTGTTTGGTAATAATTGCATATTTGGTAGAGGTCAGATGTCTGTAGCTGAGACTTAATGTGAAAGTGGGGAGCCACTGTCTGAGGCACAAGCAAAATTATTATAGCTAGTGAGCTGCAGATACCATAATTGACAGCCATAATAAGATCTGAAATAGTGCAGCTGGTATTAATCTCAATGGTAAAGGCAACAAGACAACCTCGTGGAATTTCTCCTTTCCAAATTTAGCCATTGTATAATTAGGCATCTCAATTTCAATGAGGTACATTTCTAGATGAGTTGATCTCCTTTCTCTTGTAGTCAGTTATTCTCTGGAAACACCTCTAGCTTCTTGCTTAGTGTAGATTGAACCAAAATGGCTCAAAATAGACAGGTAAGATAATGTCAAATGAGTGTCGGCCCATATCTCTGGAGAACATTGGGAATGAGTCAGTGAAGGATTAAAGAGCTCTACATGTGAAAAGGTAGATTTTGAACCAACTGTGGGGCAAACAGTGTTGATTTATACATTTTTAGATTGGTGCTGGTAATTTAAACTTTTTGAAGTCAGACCTGGGGAAACAATTGGACCAAAAACCAGTCATGAGTGGAGAAGGAGTTAGGTGTGGATGGAGCATGAAAAGAAGGACTTGAAAGTAGGCATTTTGGGGGTTTCAGTTCACGTGTATTTTTTGGTGTTCTAACGGGTAAGGAAGGAAGAAAGCAGAACATCCCAAATTGAGTTTCCTTTCAGTAATTTCGTGGTCGAGGAAGTTGACAGAGTTGGCAAGTAGTGTAGGAAACTTCAGTGCATGGAGAAGTTCATAGTATTGACAGCAGAAATCATTATGTAAATACTTAGCATTAATATACTAAATGTAGAGATGAGAACTGAAGTATCCACACAGAGGAATATTGGGCTTGCTAAGGAATGGTGATTTACCATGTTGAAGCTAAATACCATAGTTGCAGCCCAGGAGAGACAAAAATAGGCTTATTCAAAAACTTGACTGAAAGAGCAAAAAAAGGAGAGGGAGAAAGCAATTAGTAGCTACAGGCAGTTCCTGCATTTTACATTATTCAGCACCTTTCTTCTTTATAGGACAGAGAAAACGGAGAAGTGGTGCTTTGAGAGTGAAGCTGTGTGCAGCAGTTCAGGATAAGTGGGCTTTTCCATATGTGGGTCAGCAGTCATTCTTAGTGATCACTGTTAGATGGGCTTGAGATGTTTTAAAACAAAACAAAACAAATAAAAAACCACTACATTATACAGTTTTATTTTTTCCCACTGATATTTCAGCTTTTTGGTGGCTTTGGAAAGATGTATTTGCGCTGAAGGTGCAAATTCACCATTTCCCTAACTGATAAACCTAGGCTTTTCTGGCAACACTTTACACTCTCACTTCCATGAGTGCAGTTTACTTGCTCTTTTGTCCTTTTGAGTACATCTTGTGCTGCAAAATGAATTGTGGCTCAGCATCAGCAGAAAGTCAAAGTGACAAATGTAACAAAGTGAGGGAGGAATGGGATGTTGCAGGTCTCTGACCTTGTACCATGCAGGTGCGTGGGCACTACTGCTGGTGCCTGCACCACAGAAAGGGAGAAGTACCACCTCCCGTTCCAGTGGCACCTTTAATTGCTTTATTTGCTCTAATTGCTGCCAGACAGGTTAAAATATGCATATTTCCTTCAAATAAATGTGTTAATAAGTATATAAAATATGTATATGTATGAAATATACTTGAAGCTTAGAAACAAGTCTCTCATTTTATCCTCTTAAATATTTGAAAATGACAATTGAGACCTGAATTTCCTGCATTGCCAGAGAATGGGGCTGAACTGGTCAAATACAGAGAAGGAGCTCAAATTTAATTACTTTTTAAATGTGAAGCTATTGGCTTGTTGATACTTATTTGGAGGTGCAAGAACTACAGTTGGACCACTTTTTCAGCCATCAGAGCCTTGTGCCTAACTCCAGTGTTGTCTGTGGTTTTACATACTAATGTTTTGTGTTGCATACTATCATAATTTTCCTCTTCCTCTCCTGGCTATACTATTAGATTGAATTATTTTGGATTCCTAAGCATCCATAAAGCGTTTATTTTTTTTCACTTAGTTTTAAGGACCACTTTGGGGTGGAGATTGAAAGCAAATATGAAGGGGAGGAATAATGCAAACAACCCTTTCTTGCTGGAGATCTGAAGATGGGGCTAGTGCTGTTTAGATAGACGATATCGTGGCTGATTAAATTCAGTGGAACCAATTAAGTAGATAAATGTCTTTGTTAGCAATGCCTCGTGAAGTTATTCTCCAGCCTGATGCAGCATACATTTCTTCAATGTTTAGTTAGGAATGCAGAAGAACAGAGTTTTGAGTTTCAAGTTTTTTGCTAGTGTGAATCCTCTTTAGTTTGGAGCTGGTTTTGTTGCTAATAAATAATGAGAGAAACTTGGAAGAACTAATTAGTCAGAATTTAAAATTGTTGTCAAGGTACTAAAATAATGAGAACAGAAAAGTTCTTTACGCCACTGGGCCCTGATCTAATCCCTAGAGAAGTGATTTTGGTTTCACAGAATCACTAAAGTTGGAAATGACCCACAGGATCACCCAGTCCAACCATCCATCCATCAGCAATAGTTCTCACTAAACCACATCCCTCAACACAACGTCCAAACGTTCCTTGAACGCTTCCAGGGTCGGTGACTCCACCACCTCCCTGGGCAGCCCGTTCCAGTGCCTGACCACCCTTTCAGAGAAGTATCATTTCCTAACATCCAGCCTGAACCTTCCCTGGAGCAACTGGAGGCCATTCCCTCTAGTCCTATCTAGTCCTAGTCCTACCTAGTCCCAGTCCTCTAGTCCTATCCTGTTTATATCGTAAACAGAACAAAAAAAATACCATGATACTTTGGGGGCTGGGGGGAAGAAAGCTTGTGTCATGGGTTCGAGCAAGTCATGAAGGAATCTCAGTTTAATTCTGCTCTTGTTTTGCAGAATGTTTCAGTGGGATTAATGAAAGCAATTGCGTACAATTTTTATTTTTATTCTGAACATGTATAAGTGAGCAGTTTTTAAGGACTTGATGTTTAAGTGGAACCAGCATACTCATTCTAGGCATAAGCCCCAGCAAACAGTTGAAAGTGAAGTGACAGGTGTGTTGGTCTACTCAGGATAGAGGGTTGTGTAAATCTCATAGGGCCTACGCAAGTGAGAATGAGCTGTGTAGCAGTAATAATGCTTCAGTACTTCTAGTACTTGTGAAAATGTAACCTTTTAAAAAGTAAATGTAATTTTTTGTCAAGACTTATTTAAGATGTTCAAATCTTTCTTTCTTTCTTTCTGTCTTTTTTTTTTTTTGCATTAAG
Seq C2 exon
GCTGCGCGGTGTGACTGTTGTAAGTCACAGGGAACTCTCAGAGAGAAAGTGCAGTGGCGTGGAGAAATGAAACACTTTTGTGATCAGCACTGTTTGCTCCGTTTCTACTGTCAACAAAATGAACCAAATCTGGCAACCCAAAAAGGACCGGAGAACTTGCAATACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000017139:ENSGALT00000027684:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PD(12.5=8.6),PF064679=zf-FCS=WD(100=69.0),PF064679=zf-FCS=PU(10.0=6.9)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(85.0=60.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]