BtaINT0164730 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020403 | ZMYM2
Description
zinc finger MYM-type protein 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001095377]
Coordinates
chr12:36434536-36452910:-
Coord C1 exon
chr12:36452842-36452910
Coord A exon
chr12:36435393-36452841
Coord C2 exon
chr12:36434536-36435392
Length
17449 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTGAGT
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TTTTTCTGTCTCCTTAACAGGGT
3' ss Score
11.59
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTGAGTCTTTTGCCCCTAATTTGATGCTCCTAGAAGACGTTGGCAGGTTAATGTAGGGCCTCGGCCTGGGGACCGGTGCGTCCCCGTTGTTTTGAGGGGGAGGAGCTTCCCCCTGGGTGGCACTGCCCCCGGGGCGCAGCTTGGATAATGGCTGGTGAGGCAGCTGGGAGTGGGCGCTGCTGTTTGCACCGCTGCAGAGAGCGCTCCTGCTGCAATACCAACCTCAGCAACCAGAATACGGGCTCCTGCAGCTGCTCACGTTACCCGGGAGGAGGGGTGGAGGAAGGAGGGCATATTGCTGGCGCCCTCTAGAGTTCCAGGGTGGGAATTGAAGTCGTTTCGTTTGACGCCTGGTCTGCAACCATCTTTTAACACTTTCTCTTCCTTTTCAATGGAGAATTGATTGAAGGGGTTGGAGAAGCAAAACGACGGATTTAGCTCTGAGTGTGTGATGTAAAACACAAATTTTGACTCTTAGGGTTCATGAGTTGGTGGATGTCTTTAAAGTGTTTGCTTAGGAAAGGCATGAGGCCCCCTCCTCCTGTTGTCTTACTTTATCACCTAGTTCCCTGCTCTGGTTACTCTTAGCCCCAAATCTTTTGTGATGCTTAGTGTTCCCTTGAGTTGTTCCTGACGTGTTAAGTGTTACCTGAGAGTTATTGTTTAATGCTTGCAATTTGTCGGTTTTAAAGTAGCCTCGTAATGTGCTAGACAGTAAGATAAACATAACGGGTCATTTTCCATCCGTTGTAATGAGTTACAAAATATCAGTGAAGTTACTGTTCTGGACACATTATATCTCTGGAGCCCACCAATAGTTAACTTGCAGGTCTCTGCCAAAGGTGAGTCATGAGTATGGTCGCTTATGCTTAAATATTAAGTCTCAAATGGGTCAAAAAATAATAGACAATGAACACAAACTGAATACTGATTGTGAAGGATGATGTGAGGATGGCAACTTGTATTAAGCAAATACCACTTTAGGCAGGTCCCCGGTGCTTTCATGTATTATTTCCTTTAAGGAAATCTTGGCAAATGGCCTGCAGGGGTCATAAAAATAGCATGTATTGAGCCTGTATTGTATGCTAGCATAAGTTTTTTTTCTTTAAAGTTACTATGGCAACTATCAACTTTATGAGGGAAAATAGTATATTGAACCTCTGTGTACCTATCATTTACATTCTATAATTATCAACACATGTCCAGACTAATTTTTAACATATTAAATAGTTTAATCTTTATAAAAACTTAGTGTTTTTATTCCTAATTCTTAGAGGAGGAAACAGGCCTAAGCAGATAACCCAGGTAGTAGTATTTGTTTAAACAGGATTTGAACTTAACCAGTTTTGGTTACAGGCCTGAGTTCAGCAGCTGTGGTGTCCTGTTTTATTTGTGAATTTTCATTTTTTTAATTTATTTTTAAATCTTTGGGCCACACTAAGGCCTGTAGGATCTTAGTTCTGTGATCAGGGATCAAACCTGTGCCCCCTGCATTGGCAGTGTGGAGTTGTAGCCACTGGATTTCTAGGGAAGTCCTTTGTGTTGTCCTGTTTTAAAGTATATAATATGCTTGTTTCACAAATTTAGAAATTGAAATTGAAAAAACTGGAAGTTACAGTCTTTTCAGCCTGTATTCTTTTGCTGGAGACCAGTGGGTAAACAAACATGGAATGTTAAATCTTACTGAGTATCTTTAAGAAAAAAAAGTAGTACCACAGTTATCAATTAGATAACTATTAGATAATTATTTGACTGGTTTTAAACTAATAGGGTCTATTTGAATCAGAAATAATATATTCTTCTTTCAGTGTGTATGTGTGCAATTTAGTATCTACTTCTTAAATACTGTAACTTAAAATGAATATAACTTCTGTAATAAGTTTAAAGGTCTTTTCAGGCATTAAATCATTCAGATATAGTGGATCAGGGATTAAATCTTTCAACTATCAATAGATGGGTAAAGCTTATATTATCACCACATATTTTCCTAGAAGATTTACCATTCTAAAATTTTTCTTTGTATTTATTTGTGATGTCGGTGGAGGAAGGTTAATTGGTTATGTTAAGTACACATTTGGAGATGAGGACATACAAAATGTATAATCAGGACTTTACTGTAATGTCAACATATGTATGAACATATGTATGTATGAAAGCTAAGATTCTTTCAAATACGGTTGACCCTTTAACTACATGGATTTGAATTGTGGGTCCCCTTATGCCTGGATTTTTTTTTAATAGTGCTGCAGGCAGTTGGATCTGCTGATATGAAGGAACTCAGTAAAAGGGAGGCCCAACTATAATTTGTACACAGATGTACTTTTTTCTGACTGCACTGTGCAGCATGTGTGATCTTAGTTCCCAAACCAGGTATTGAACTTGTGACCCTTGTAGTGGAAGCTCAGAGTCCTGACCACTCACATCAGGGAAGTCTCAGTTTTTGAAGGGATGTGGTTCTTGTTTTCCTTAACGATTTAGCTCAGAATTAAAAATTCTTTTACTTAAAAGCATCAACTAATGGTGCTTTAATGCACCAGGCAAAAAGATAACCTGACAATTTTAAATTCACTTTGATTAAATCAAAGTTCTTTATTATATGTAAATTTATCGTGCACTTAATGTGAGTTAGGTACCTTTAGGTGTACTTATGAAGTATTTTGATATTTAAAAATACTTCACATGTTTATGGTACCTTCTTTAGTGCATCCTTAATAGTATGTGTTCCTCCTCCTGTCATTTGTCACACAGTTGAGGGAAAGGGAGAGTGGCCCTGCTTTTCTGAATTCTTCTCCTCTAGGTTCTCTTGCATTGGACTCTTGTACCCCATGTGGTGGGACAACTCTGAGTACTCAGATGTCACACCGATGCTGACAGTGAACATTTCAGACCTTTGTGTGGGTATGGAGCTTGACATACCATCTTCGTACAACACTGTTCCTATTTTTAGAAGTTTTATTGTATGTTGCCCTTGTTTGAGGTACAGAGTGCCTTACTAATGCATTTGAGGGAAAGTGAATCCTTACCTTTGGTCAGATGCTGTGTTGTAACTGTTATGTAAAGAATATGTATGCATGTTGGAACTCTATTGTTGTCAAAAGGTGTGGTATAATTAGAAATTTTGTATCTTTTTCTAGGCATTCATATCTGTCTACTGGTAATATTCACACATATATTATGTTGAATAACACTTATTATAAGAGGACGTTGACATATTCACCTTGCATGTTTTATTTAAGCGATGCAAGATGAGCCTAAACCCAAGTGCTTTCTCCCATTGGATTAACAGTATTTTATGTAGGGCATTTTAAGTTAGGAAGCAAGTATGCTGAGACAGTATGTTGATTCCATGTATTTTCCATTTTTGATTTCAGTTGGTTAATTTTTTTCTATTCCTGTCAGAGCACAAATTGGGATTTTAGAATTGAACAGAACTTTTAAGATATTCTCTGGTGGCTGAGATGGTAAATAATCTGCCTGAAATTCTGGGGACCTGGATTTGATCCCTGGCTTGGGAATATGCCCTGGAGAAGAGAACGGCTACCCACTCCAGTTGTCTATCCCAGAGAATTCCATGGACAGAGGAGCCTGGCAGGCTACATACAGTCCATGGGGTCACAAAGAGTCAGACGGGACCAAGCCACTTTGACTTTCACTTTAAGATATTCAAATCTCAAAGTTCTTATGGACAGCTCCAATATGTAAAAACTATAAATTGTCATTGAGAAAGTTACTGTTGCTGATAAGTCACTTCAGTCGTGTCCGACTCTGCGAGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCTGTCCTTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCATTCTCCAGTGCATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGAGCGACTTCACTTTCTTTATTGAAGTCTAGAGTTGTAATGTGTAGCAGTTGTTGTTCAGTCTCTTAAGTCATGTCCGACTCTTTGCAAGCCCGTGGATGGCAGGACACTAGGCTCCTCTGTCCTCCACCATCACCCAGATTTTGCTCAAATTCATATGCATTGAGTGGGTAACACTATCTAATCATCTCATCCTCTGCCACCCCCTTCTCCTTTTGGCTTCAATCTTTCACAGTGTCAGTGTCTTTTTCAGTAAGTCAGGTCTTCACATCAGGTATCCAAAGTATTGGAGGTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAATACTCAAGGTTGATTTCATTTAGGGTTGACTGGTTTGACTCTTAGGAGTCTTCTCCAGCACCATAGTTCGAAAGCATTAGTTCTTTGGCATTCAGCCTTCTTTGTGGTTCAGCTCTCACATCCATACATGACTATTAGAAAAACCATAGCTTTGACTGTATGGACCTTTGTTGGCAAAGTGAAGCCTCCACTTTTAAATATGCTGTCTAGGTTTGTCATAGCTTTTCTTCCAAGGAGCAAGCATCTTAATTTCATGGCTGCAGTCACTGTCCACAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAGTAAAATCTGTCTCTGCTTCCACTTTTTCCTTCTATTTTGCCATAAAATGGTGGGACCAGATGCCATGACCTTAGTTTTTTGAATGTTGAATTTTTAGGCAGCTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGCATCTTAATTTCATCAAGAGGCTCTCTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCTATTAGAATGGTATCATCTGAATATCTGAGGTTGTTGATATTTCTCCCAGCACTCTTGATTCCAGCATGTGATTCATCCAGCCTAGTATTTCACACGATATACTCTGCATGTAAGTTAAATAAACAAGGCAACAGAATACAGCCTTGTCATACTCCTTTCCCAATTTGGAACTGATCAGTTGTTTCATGTCTGGTTCTAATTGTTGCTTCTTGACCTGCATACAGGTTTCTTAGGAGA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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020403:ENSBTAT00000027190:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.982
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development