MmuINT0180459 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021945 | Zmym2
Description
zinc finger, MYM-type 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923257]
Coordinates
chr14:57506631-57522389:+
Coord C1 exon
chr14:57506631-57506694
Coord A exon
chr14:57506695-57521532
Coord C2 exon
chr14:57521533-57522389
Length
14838 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTGAGT
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TCTTTTGTTTCCCTGAACAGGTT
3' ss Score
11.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACCAGAAATTTCGTTCAACCCTATCTGGTGCATCTTTGGCAGAAAGTGAGGAAAACACCATT
Seq A exon
GTGAGTCCTTTTCTTCTAATTTGCTTATTAACAGAGGACGTGGTTGGATTATAGGGGTTCAGCTATAGGATTTGGCCCTCCTGGTTGTTCTTAAGGGGAGGAGCCTTCTCTTGGGTGGCAGCTGCTGTCGGGGAGAAACTCCAGTGATGCCTGGTGAGGCAGCTGGGAGTGGGCGCTGCTGTTTGCACCGCTGCAGACATCGCTTCTGCTGCTGCAATACCAACCTCAGCAACCAGACGACGGGCTTCTGCAGCTGCTCACGTTACCGGTGGGGAGGAGGGGTGTTGGGAAGGAGGGCATATTTCTGGTGCCCTCTAGAGTTACAGAGTGGGAATTAATGTTATTTGGTTTGAAGTGCATGCAACCATTTTTGACATTTTTCTTGTCATCATGGTTAATGGACCTCTGGTAATGGACAACTATGGAGAGCTGCTTAACTTTTTATGCCTGGTCTGAGTGACAGAATTTGACCATGAAGGTGGACGTGTTTCTAGATCTTTCATGTTCTTTGCATCTGTTGTTTTCATCTTACCAAGTAGATGCTGCTTAGACCTGTGCAGTCCTCTACTTAGTCTTTCATCTCTGGTGTTGACCAGTTCTCTATTATGTCACGCTTTTTATGGATTTCTAAAAATTTTTATAGTGTGTGAGTGCATGGTGTGTTTGTGTTGGTGCACATGCCAGAGCACCAGTGTGTAGGTCAGGACAACTTTTGGAGTTGGTTCTACCCTTCACTGTCTAATTGGTTCAGTGAATCCAAGCCAGGTTGTTAGGCTCATGTAGCAGGCCCCTCTATCCATTCAGCCATCTTGCAGGCCCTATCACTTATTTTGAGATGGCATCTAATGTATCCCAGGTTGACCTTGAACTTTTGTTGCGTAGCCTAGAATGACTTTGAACTTGTGATCCCTCAGTCTCAACTTCCCAAGTGCTATGACTTGTGTCCTCTTGTTATATTTATGTGGTGCTGGGAATCAAACCCAGCTTCCTGCACGCTAGCAAGCACCTCACCAACTATGCTACAGTTCTAGCCCCAAATATTACTCTTGAGCCCAGTACAGCTCCTGTTGTTACTTGTATACTTTTAAAGGTGTGTTATAAGTATAGATGCTTATGGTTACTTTGGATTTATTTATTTTGGTTTTTTGGGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCTGGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTTGGATTTATTTTTAATGTGTATGATTGTTTTACCTGTTTGAATGTATGTGTGACATACATGTACTTTGTGGCCAAGGATGTCAGAAAAAGGTATTGGCTGTTGTGAGCCACTATGTGGGTACTGGAAACTGTACTTTATAACTGCTGAGCCATCTCTCCAACCCATTGTTAAACGTTTTAAACTTGTATTAAGTAATTTAATCCACAGGAGAACTTGGTAGTATAGCTAATAATATTTTCCCCTTCTGAACACTGTCTTTACTCTGAATTTGCAGAGGAGGGAGTAGGCGTAGAAGGATCCTGGGAAGGACCCAGTGAAGCAGGTTCTGAACACAAAGCAGTGTGGCGACAGAGCCCACCATCAGCAGCTGGACTGGACTGGATTCTCATGTCGGAGATCTCAAACTTAAACTGAGTCAGAATAACCTTTTCTTGCTTGGAAGTGGAAACATAAAAAGTGCTTGAATCCTGTTCAGTTCTTTTAAAAAAAAAAATAGAAAATGCTAGATGGTGGTGGTGCCCACCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAAGAATCTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTGTAGAGTGAGTTCCAGCATAGCCTGGGTGACATAGAGGAACTCTCTGAGGGGTGGGTGAATAGTTAACAGTTGGTATTTATTTATTTACTTATTTATTTAATTTAGACTAGGATTATGGTCCAGACTGGCCTTGAGTTCACTGTGTAGCACATGATGTCTTTGGGGGGGGTCTTCTTTTTTTTTTAAATTTATTTATTATTATATCTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTACCGGTGGTTGTGAGCCACCTCTCCAGCCTTCTTTGGGGGTATTCTTTTTGCCTCTTTTTCTAGTTGGTGGATTACAGGCATGTGCCACTATGATCTGCTTCATTTAGATTTTTTACCACCTTATTTCAACACCAGTATAGGCTGTTTGTATCAGTATAATTTTTTTCAGTATATGTCTGAAGGAACTTTATTATTATTGGAGATGAGGTTTTACGATATAGTTCTGGAACTCACTTTGTGGACCAAGGTGGCCCAAACTCAGAGAGATACACCTGCCTCAGCCTTCCAAGTCCTGGGCTTGCAGGTGTCCACCTCAGTGCCTAGCTCGACTATAAACCTCGAATGAGTGTGAAGTCCTTTTAGGAACTAAGTCATTCTGATACTAAGTTTCAGGACCTTTCATGTGGCTGTTGTTATTTTTCCATGAATGATTAACTTATCTTCCCTCCTCCCTTCTTAGATCTTTGATTGTAAGCCTGGCCTTTAATAGCTGGGCCTCCCTCCAGCCTTCCTCTTTCATAGTGGTGTTTTTTTGTTTGATTGTTTTTTGAGACAGTCTTGAAGGGTGTGAGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTAAATGTTGCTCAGGCTGGCCTAGACTTTACAGCAGTTCTCTTGCTTCAGTCTTGGTGCTAGGATTATAGGTAGGTGCCCCTGGACATGGCCTGACTCCATCAGTCCTTTGTCAGCCACTTTGGTCCTCCACAGAAGCTGACATAGAACATTTCCAGCTCTCATGGATATGATCTTGTCAGACCGTAAATCTGTATAATTGGATTTATTTTGTAGGCTTTTATTCTGTTTTGCTTGTTTGAGGTACAGAAGTATACAAACAGTGCTATTGTGACAAAATGAATCTTTGGCTCATATAACATGCACTGGTATTACTGTGATAGGAAAAAATGTAAGAAAGAATATATAATTCTTTGTTGTCAAAAGATGTGGTATAGTTTCTTTATGCTTTGATATCTGTCCCCAGTTCACTGATAACATCAACACATAGTTTATTATGTTAAATGGCTCTTATAAGAAATCTTAAGAATCTTTATGTCTTTAGGTATTGTAAGGAAAGCTCAAACTAATTTCTTGTCCTGCTGGAATTCTATGTGTAATCCACCTCAGTGTATCTTGATACCCTGAGAGAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAGACAGACCGTCTTTCTTGACCATCTCTCATTAGGAAATAGATTGCCTGGACTCCATGCAACTGTATACAACAAGGATACTCAAATCCAAAAGCTGTGCAGATCTAAGTACATGTAACTCATAAAGTTGCCAGTGAGAAAAAAATTGTTGCTGGATAAATGCATAAGTTTGAAGAATGAGGTACAGAGCAACATTACAGTATATTTTTTTTGTATATAATCTAGACAATTTTGTTGTACCTGGATGGATATTTTAGTTTTAAAATAATTGACTTTTTTTTTTTTGAACATAGAAATAGCAAGTGCATCCTCATTGGTGCCTGTGCTAAATTCATCGTAAAAAAGACAGTTGATCATCTTAAAGGGTGAATTATAGCACACCTTTTATTTTGTTTAAAAGCATATCAGTTTAGCAACTGGAGAGGTGGCTCAGCGATTAAGAGCACTGACCATTTTTCCAGAGGACCTGGGTTCAATTTCCAGCACTCACATGGTAGCTCACAACTGTCTATAACTTGTTTCTAGAGGATCTGGCATCCTCACACAGACAAAAAAAAAAATGTAAGAAATACTATATAATTCAGCAAAACACCAATGCACATCAAAATGAATAACTTGTTTAAAAAAAACGTATCAGTTCTCAAATGAAGTTAAAATACTTTTTGTTCACCATTAAAAATCCATTTTAGCCAGGCAGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAATCCTGTCTAGAAAACAAACAACAACAAAAAAATTCCATTTTAGTGTTAGAAAATTGATCAGGTACCACAAATACTTGATCACATGGTGTGATTTGTGGTTTGTTTGTATTTTTTTATTGTTTTTTTCAGACACAGTTCCTATCTTTCTTCTTGCTGTGATTAAAACACAGATCAAAAAACAACTTAGAGGAGGAAAGGATTCATTTATTTTATACTTGTAGGTCGCAGTTTATCATTGAAGGAAGTCAGGGTAGGAACCAAGAAGGAATGTTGCTTGCTGGATTGTTTTTCTCCTCTCTCTCCCCCTTTTCCTCTGTCCTCCCCTTCCTCCTCTTCTTTCTTTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCTCTTTCTTCTCTTTCTTCTCTTTTTTTCTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAATTCACTTTGTAGACCAAGCTGACCTACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCAGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCTCCATGCCCTGCTTCTTTTTTCTTTTTGGACAGAATTTCAATGTATAGCTTTTCTGGCTTGGAACTTCCTATGTAGACCAGGCTGCACTCAAACTCATAGAGATCTGCCCGCCTCTGCTTTTGGTTACAGAGTGCTATTAAAGCCCTATTCAGCTAGTTTTAAACAGCCTAGGCCTCCCTGCTCAGAGATGGTGTTGTTTAGAGTGGGCTGGGCCCTCCCACATCAAACATATAAATCAAGACAATTCCTCACAGACATGGCATGGTACAATCTGATCTGGGCAGCTCTTCATTTGATACTTAAATGACTCCAGGCTGTGTTAACATTGACAGCTG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021945-Zmym2:NM_029498:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.982
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: