HsaINT0185998 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121741 | ZMYM2
Description
zinc finger, MYM-type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:12989]
Coordinates
chr13:20534098-20568059:+
Coord C1 exon
chr13:20534098-20534166
Coord A exon
chr13:20534167-20567202
Coord C2 exon
chr13:20567203-20568059
Length
33036 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTGAGT
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TTTTTCTATCTTCCTAACAGGTT
3' ss Score
12.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCAAGAATCGCCTTCAGCCCTGTCTGGTGCATCCTTGGCAGAAAGTGAGGAGGAAAACACCCCCATT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCTTTGGCATGGACACAAGTTCAGTGGGAGGATTAGAATTGACTGATCAGACTCCTGTTTTATTAGGGAGTACGGCCATGGCAACTAGTCTCACGAATGTAGGAAACTCATTTAGTGGTCCAGCTAATCCTTTAGTGTCTAGATCTAATAAGTTTCAGAACTCGTCAGTGGAAGATGATGATGATGTTGTTTTTATCGAACCTGTACAACCTCCCCCACCTTCTGTACCAGTGGTAGCTGATCAAAGAACCATAACATTTACATCATCAAAAAATGAAGAACTACAAGGAAATGATTCCAAAATTACTCCTTCCTCAAAAGAGTTGGCATCTCAGAAGGGAAGTGTAAGTGAGACAATTGTCATTGATGATGAAGAGGACATGGAAACAAATCAAGGGCAAGAGAAAAATTCCTCCAATTTTATTGAACGAAGACCTCCTGAGACTAAAAACAGAACCAATGATGTGGATTTCTCCACTTCCAGTTTTTCAAGAAGTAAGGTAAATGCAGGAATGGGTAATAGTGGTATCACCACAGAACCAGACTCTGAAATTCAGATTGCTAATGTTACAACTTTAGAAACAGGTGTAAGCTCTGTGAATGATGGCCAATTAGAAAATACTGACGGGCGAGATATGAACTTAATGATTACACATGTAACATCACTGCAGAATACCAACTTGGGAGATGTCTCTAACGGACTGCAGTCAAGTAATTTTGGTGTTAATATACAAACATACACCCCATCTTTAACTTCACAGACCAAGACTGGAGTAGGACCTTTTAATCCTGGTAGAATGAATGTGGCAGGAGACGTTTTTCAGAATGGAGAATCTGCAACTCATCATAATCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121741-ZMYM2:NM_197968:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.979
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)