BtaINT0164785 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021023 | ZMYM4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13055]
Coordinates
chr3:110913993-110924933:-
Coord C1 exon
chr3:110924685-110924933
Coord A exon
chr3:110914123-110924684
Coord C2 exon
chr3:110913993-110914122
Length
10562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGG
5' ss Score
6.34
3' ss Seq
TTATAATTTTCTGTCTCAAGATA
3' ss Score
6.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTACATGTTCTCTCGCATTGAAGAAGAGCATTTGTGGGAGTGCAAACAGCTGGGCGCTTACTCACCAATCGTCCTCTTGAACACCCTCCTTTTCTTCAATACCAAATACTTTCAACTACGGAATGTTACTGAGCACTTGCAGCTTTCTTTTGCCCATGTGATGAGGCGGACGAGGACGCTGAAGTACAGCACCAAGATGACATATCTGAGGTTCTTCCCACCTTCACAGAAACAAGAGTCGGAACCAG
Seq A exon
GTGTGGCAGAGTTTTCAAGATTTCTTTCTTTTTTAATTGAAATATAGTTGATGTACAATATTATGTTCGTTTCAGGTGTGTAACATAATGACTTGACATTTAAATACGTTATGAAATGATCACCACTATAAGTCTAGTAACCATCTGTCACCATACAAAGTTATTACAGTAGTATTGGCTGTATTCTGTATGCTGCATATTACCTCCTCATGACTTATTTATTTTATAACTGGAATCTCATACCTCTTAATACCCTTCACCTAATTACCCCCACCCCTCTTGCCTTTGGCATCCACCAGTTTGTTCTCTGTAGCTGTGAGTCTATTTCTGTTTTGTCTGTTAGTTAATTTTTTTAGATTATACATACAGATAAAATCATATGGTATTTTTCTTTTTCTCACTGACTTTTTTCACTTAGCATAGCACACTCTGTCTTTTCACAAATGGCAAGATTATATTCTTTTTTATAGCTGAATGAATTAATCCTTCTATTGATGGACACATCCATATTTTGGCTATTGTCAGTAATGCTGTATTGGACATAGGGGTGCATTTATATCTTTTTGAATTAGTGTTTTTGTTTCCTTTGGGTAAAAAATACCCAGAAGCGGAATTGCTGGACCATATGGTAGCTCTGTTTTCGGTTTTTGAGGACGCTGTGTGCTGTTTTCCACAGGGGCTGCACCAGTGCACACTCTGACCAGCAGTGCGCAGGGCTCCCTTGTCCCTTTCATGATAGTCGTTCTGGTAGATATGAGATGATATCTTGTTGTGGGTTTTGACTTGCATTTTCCTGATGACTAGTCATGTGGAACATCTTTCCATTTGTCTGTTGGCAGCTTGTATGTCCCTTTTGGAAAAATGTCTATTTAGATCCTCTGCCCATTTTTTAATTGCATTTTTTATATTGAGTTTTCTGAGTTTTTGTATGATTTGTTTGTTAACCCCTTTCCAGATGTATACTTTGCAAATATCCTTACCCATTCAGTAAGCTGCCTTTTCATTTTGTGGCATTTCCTTTGCCATGCAGAATCTTTTAAGTTTGATTTGGCCCCAGTTGTTTATTTTTGCTTTGTTGTCTTCATCTGATGAGACAGCGCCAAAAAAATATTATTAACACCAATGTCAGAGTTTCCTGCCGGTGTTTTCCTCTAGGAGTCTTATGGTTTCAGGTCTACATGTAAGTCTTTAATCCATTTTGAGTTTAATTTTGTACATGGTGTGAAAAAGTGGTTCACTTCCATTCTTTTCCACGTAGCTGTCTGGTTTTCCCAGTCCATTTGTTTTAGAGTCTGTCTTTGCCCATTGTGTGTTCTTGCTTTCTTGGTCATGCATTGATCGTCAAAGGGTTGGTTTATGTCTGGTGTATCTGTTCTGTCCCACTGATTCGTGTCTCTGTCTTCACACCACTACCATACTGTTATGATCATTGTGGCTTTGGGTATACAGTTGAAGCTTAAGCCAGCCAGTTGAAAATCTGCATATAACTTTACAGTCAGCCCTCCTCATTTACCATTTCATGTCTGCAGATTCAAAAGCCATGTATTGTGTGTATTTATTGAAAAAAATCCATGTATGAGTAGATCCATATAGTTCAAACTTGTGTTTTTAAGAAACAATGGTAGTTTGAAGTCAGGAAGTGTGAACCTCCAGCTTTGTACTTATTCAAGATACCTTTGGCCATTTGTGGTATTTTGTGAGTTCATTTAAATTTTAGAATTACTTGCTTTATCTTTGTGAAAAATGCAAATGGTATTTTGTTCAGTTCAGTCACTCAGTCATGTCCGACTCTTTTCAACCCCATGAATTGCAACACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCTGGGGTTCACTCAAACTCATGTCCATCGAGTCGGTGATGCCATTCAGCCATCTCATCCTTTGTTGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAAATCCCTCCCAGCATCAGTGTGTTTTTCCAGTGAGTCAACTCTGCGCGTGAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCAGTCCTTCCAAAGAACACCCAGGACTGATCTCCTTTAAAATGGACTGGTTGGATCTCCATGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCAGCGCTCAGCTTTCTTCACAGTCCAACCCTCACGTCCATACATAACCACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCCAAAAAATAAAGTCTGATACTGTTTTCACTGTTGCCCCATCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGATCTTCGTTTTTTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCTTCTTTGACTTTCATCAAGAGGCTTTTTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGGTATTTCTCCCGGAAATCTTGGTTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGCGTTTCTCATGATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGATAATATACAGCCTTGACGTACTCCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTCTATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAAGTTTCTCAAGAGGCAGGTCAAGTGGTCTGGTATTTCCGTCTCTTTCAGGATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATATTCAGTAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTGTCTTCCGTTTTTGATGATTGAGCAGATGTTGGCAATTTGATTGCTGGTTCCTCTGCCTTTTGAAAAACCAGTATTTTGTTAGGGATTGCATTCAATCTGTCAGTTATTTTGGAATAGACATTTTAACACTGTTCTTTCAGTCTATGAGCATGGTGTATCTTCCAATTTATTTGTATCTTTTTATAGTTTTTAGAGTACAGGTCTTTCACCTCTTTGGTTAAATTTCATCCTAGGTATTTTATTATTTTCGATGTAGTTGTAAATGGGATTGTTTTCTTAATTTCTGTTTCTGATAGATTGTTATGAGTGTATAGAAATCTGAAATATTTCTACATGTTTTGTATCCTGTAAAATGTATTTACTAGAATTGATTTATTCTTACAATTTTTTGGTAGTGTCTTTAGAATTTTCTATATATAGTATATCTGCAGGTAGTGATGGTTTTACTTCTTCTTTTCCAGTTTGAATTTTTAAAAATATTTTTTGTAACCTGTGATGTGTCTTTTAGTATTATTTTAAAAATATGTATTTATTTTATTTATTTGGCTCCTCCAGGTCTTAGTTGTGGCACCTGGCATCTTCGATCTTCATTGTGGCATACAGAATCTTTAATTGTTGCAAATGTGGCATCTAATTCCCTGACAAAAGATTGAACCTGGGTCCCCTGCATTGGGAGCATGGAATCTTAGCCACTGGACCGCCAGCAAAGTTCTTGATTTTTAAAAATTTCCTTTTCTTGTTTGATTGCTTAGGACTTTGTAGATTGCCTCGGTCTTTGTAGGATTGCCATGGCTAGGATTTCATCCAATACTATGTTGAATAAAACGGTCAGGAGTGACCATCTTGTCTTATTCTCCAACTTAGAGAAAATTTATTCAGCTTTTCACCATTGGGTATAATGTTAGTTGTGAGTTTATCATATATCACATTTATTGTGTGGGTATCTTCCGTCTGTAGCTGCTTTGTTGAGTTTTTATCAGAAATGGATGTTGAATTTTTTTCAAAAGCCTTTTCTGCATCTGCTGAGATTACCTTATGCTTTTTATCCTTCATTTTCTTAATGTGGTGTATTATGTTGATTTGTGAATATTGAATCATTCTTGTATCCCTGGGATAAATCCCATTTGTTCATGGATATGATCCTTTTAATGTATGGTTGAATTCAGTTTGCTCATATCTTGTTGAGGATCAGTGATATTGGCGTGTCATTTTATTTCTTTTTCTGGTGTCTTTGGTTTTGGTATCAGGGTTCTGCTGGCCATGTAGAATGAGTTTGCAAGAGTTACTTCCTCTCCTGTTTTGGAATAGTTTGAGAAGGATAGGTATTAACTCTTACCTAAATGTTTGGTAAACTCATTTGTGAAGCCATCTGGCTCCAGGTTTTGTTTTTTGAGAGTTTTATGATTATTGATTCAGTTTTATTATTGGTGATTGGTCTGTTCATGTTTTCTATTTCTTGCCTGATTTAGTCAGATAGTATGTTTCTAAGAATTTATCCATTTTTTCCCCTAGGTTGTCTAATTTGTTGGCATAGAACTGTTCACGGTAATCTCTTGTGATCCATTGTGTTTCTGTGGTGTCAATTGTAACTTCTGTTTGAATTTTCATTTTATTTATTTGAGCCCTCTCTTTTTGTTTTTGATGAATCTGGTTAGTTTTATTCATCTTTTCAAAGAACAGGTTCTCTTCTATTTTTTTGTTTCTATTTTATGTATTTTCACTTTTGATCTTTATTATTACTTCCTTTACTAACTGGTTTTCGGCTGTTCTTTTTCTAGTTCCTTTAGGTATAAAGTTAGATTATTTGAGTTTTTTGTTTCCTATGGTAGACCTATATCACTATAAACGTCCCTCTTAGAACTGTTTTTGCTGCAGCTGATAGATTTTTGTCTCAAAGTACGTGTTTTTTTTTAAATTTCCTCGTTGATTTCTTCAGTGATCCGTTGATTGTTCACTAGCATGTTGTTTGGACTCCACATATTTGTTTTTTCCAGTGTTTTCCTTTTAGTTGCTGTCCAGTGTGATAGCATTATGGTTGGGAAAGATGCTTAGTATGATTTCAGCTTTGGGGTGACAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCACTGACTCAGAGGACATGAGTTTGAGCAAA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Seq C2 exon
ATAAACTAACCATTGGCAAGAGGAAACGAAATGAAGATGATGATGTTCCAGTGGGTGTGGAGATGGCAGAGAATACTGATAACCCCCTCAGATGCCCAGTCCGACTTTATGAGTTTTATCTGTCCAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021023:ENSBTAT00000027998:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.024 A=NA C2=0.477
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120123=DUF3504=PU(47.7=98.8)
A:
NA
C2:
PF120123=DUF3504=FE(24.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]