BtaINT0165189 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001486 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25953]
Coordinates
chr10:53794382-53800354:+
Coord C1 exon
chr10:53794382-53794522
Coord A exon
chr10:53794523-53800291
Coord C2 exon
chr10:53800292-53800354
Length
5769 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
ATCTATTTTGTCTCTTTCAGCTT
3' ss Score
11.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCGTCGGGGAGTTCACAAGTGCATTGAGTGTTATTCTGAAATAAAAGATTTTGCAAACCACTTTCCTACATATGTCCACTGTAGTTTTTGCAGATACAACACTAGCTGTAGCAAATCCTATGTGAATCATATGATGAG
Seq A exon
GTAAGATGAGTTAAACAACTATAATTGCCAATTAAAATTACAGTTTAGCAAGTTTGTTCTTGAAAACAGTTGGCCCTAGTATAAGTCAGTTTTGCTCTTTGAGAAATAATTAGAGAACTTCTAAGATGATTCCTCGTACTATTTTTCAACATAGTAATTCATAAAGTTCCTGGAAACTTGAATTGTAAGAACAGTTAGACTAATGAAATTAAGATAGATTTGTTAGGGAAAATAGTTTTCCTATGGGAATTTTTTATCCTATAGAACTTTGAAACACCATTACTTCCAAAGACGGAAAAGTAATGTCACGTGGTAAAGAATAAAGAGTTGGACACAATTGAGTGACTAACACTTTCACTTTTCACTTCCTCGTGAAGCATACGTGTAATCTCATGAGTGTTATTTTCTTCAAAGCAGTCACTTTGTGATTCCAGGATTTTCAGTGATCTTAGATATTTTACTGGATCTTGTTTCTCTTTCTTTCTCTCTCTATTTTTCTCTATAATCCATTCTGTCTGTCTGTCCATCCATCCATCAGGCCATCCATCCTTGCATTCATTCAGTGAGATGAGAGACTATTTCATTATTGCCACTGTTGGAATTATTTTTCATTAATTCATTCAGTTTAGATAACTTCAGTATTTATTCCATGCAGAGAAAACTTTCACAGCCTATGTTATCTTCATTGGTATCGCATTAGTTGAGGTATCCTTCAGGATGGATTTTTATTTAAAAAAAAATAGTCAAAAATTGTTCCAATATAAGCCAGTTAGGTTGATTATTCACTGAAGTTTTGCTTCCCCTCCCCCCCAAAAGTTAGAATTAGAGTATAACTAACAAAAGTGATTTTTATACAGATCACAATATGACCTTTGTGTTACTTTCAGGTCATAATCAACCTCTCCTTTACAAGGACTCTGCCATGTTTCTTGGTGGCTTTAGCACCTCTCTCACAGTGTTTTAACCCCCTTGATATCTAGCCTGACTTCATGGTCCCTGACTTCTTCAGTTGTTGTGCTCCCTTTCTTACCACAATAATATTTTAATCTTATATATGCTTCATTTCTTTTGAATTCCCATTTCCCTGTGACTTTCTGGGCTTTGAAGTCCTTTTTCTGGACCAGTAGCACTCATCTAACTTTATAGTCATCCTTACCCTCAGGGTCATCTGTTTTGACTGTTGCTTTGTTTTTGTTCTAGAATCTTTTACACATTTAGTCTTGCTTACCTGGCTTAAAGGCCAAAGACTTGAACATCATCTTCTACTGAACTTTATGCTCAATTCTAAACTACCAAGTAGTGCTTGATTCAGATCAACTCTGATTCATGATCTTTAACTTGAATTGGGACCTGTCTTTTTATTTTTAAAAATAAGAAGTATACTTTTTTATTCTTATCTGTAGTACCTCCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGAATTGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCTGGAGTTCACTCAAACTCATGTCCATTGAGTCAGCGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCTAATCTCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAGTGAGTCAACTCTTTGCATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCAGTCCTTCCAAAGAACACCCAGGACTGATCTCCTTTAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGCAAGGTAGTATCTTATTAACGCTTTATCTTAAATTCTCTTAGTTGTCACTCTGGCCTACTATAATTACACAGTTGGAGTCCATCATTTTAATTAATCTTTTCAGTCTCAAGTATTTTTCCTGTTACCTTCATCCAGGCATTGATCTCAGAAATCACACACGTTGCACTTCGCAGTTAACCCTGCCCCTTATCTCCTCTAGTTCTTCCCCAGCTTCTTTCAGTTAATTTACAATTTCGTCTCTTATCTGTCAGGTTCCTTTTGCTTGCACCTATAATCAATCCATTTCCTCTAAACCAGGCCCTGGCATCCTTTGTGAAGAATACTTCTGTGTGGAAAGTCTTTTGTTCTTTGACCAATACATTGCCGCCCCAGTGCAGCTTTAATTCTGCACTTAGTTTGTAGGGGATCGAGTCAGAAAATATTTTATGTTTTCTTAGGCCAAGAGTCATTCTATTCCTCCCTCTCCCATTTATCACAGGCTTCTCATTTGTCTTATAAAACCTACAAATGCATTCTGTTCCAAAACATTCCCAATTAGCCTGTCTCCCTTTATTATGTTTAGTTGTGTAATACAACTATTATCTCCTTGAGAAGTAGCTCTTTATGTTTACCATGTCACCTAGCACATTACAGACAGCAAGTGAGAGTCATTAGTATAATTACAAAAAAAGGCTCTAATAAAATCTCAAGAGTATATTAAAAAAATCTTACACAGTTGGAACATCTTTGAAATAAGACTCTTACAAAGAAGAGCATCATTAACATTAATTTTCAATGGTTTTTTTGAAGTAGCATTATTTAGGTTTGATTTTTTAAATTATTGCACCTTATTTGCTAATAGCTTTTAGGTGGCAGTAGAAGTCATTTGCAAAAAACTGAATTGCTGTGTGATGTTGCTATTCTTCAACATTATGAATAAGAAAGAAGGCTTTTTCTCTACATGTAATAGAATTATGGTCACAGACAAGTACTTAATATTTTTTTCTGGCAGAGTTTATTTACTGTTTACTAAGAAGTATGGTAAACTGATGGTGAAGAATCTGACAAATCTGAATTTGAAAACAGAACTCACCATTTATTGCATGTGTCACTTTGGGCAAGTTATTTAACTGATTCCCATTTTTCTTTTCTTGAAGAAAAAGTTACTGTCATTATTGGGGAAATGTACTTAAAATGTTTAATAAAATCATTTGCACTTAGGAGATATTCAAGTAATTATAGGTATTATTTCTAAATTGTCATTACTAGGTATTGTAGATAAAGCTCTTGCCTTTAATTTTCACAATTTAGTAGGAGAGATATATTTACCTAGTTTAATGTGATAAATAAATGACTGTTTGAGCCCAGAGAAGGTAAGGATGAAGTCTTTAAACAAGAAATAAGAAGGTATTGTATAAGTGACATTTCGTTTACGATTTGAAGGATGATTTAAAAATTTTCCAAGGAAAAAGAAAGCTGGTATAACAATTTGTTCCTATACAATAAATAAGATTACTGAATTAATTTTTATAAGCTATGCTTTAGTTCATTATATATTTTATATAGATTCATTGGCATGAAATAATAGTCATTAGAAGAACAGATTATTGTGATTACTTCATAAATGGTCTCCTGTCCACAATCCACCACTTGGCCCCTTTTCCATTTTTTCTTTTCTTTTGTTACTAACATCTGGTCAGGTCATTTTTTGGCCTGAAATCCTTCACCTACCTAATATTAATAGGATGAAGTTCAGATTTTCTGGAGAATATGAGACTTTTTAATATCTAATTCCTAACGACTTTTCCAGTGCTTTCAACTCTTATTTGCTTTTCTTGGAGTAAGTCAGTATAGAGACCTTCCTAACTGAAATATACTCCTGACTGTTAGCTGACTTCTCCATTTACCTTCAGCTTTCCCTCACGCAACCACAAAACTATATGTATTGCTGTTGATGTTTATCTTGTGGCAATTATATATTTATGCATATGTACTCATATGTTAAGCCAATGTTTATTAGGCATTTCTTCTGAGCCAGCTGCTTTTTGACTACCTTCCCCTGCTAACCCTGGAACATGATATTCTAAGGCAGACAACCTGCCTTTCGTACTGTATTATTAACTTCTAGTCTAGTGTTTTAAATAGTAGGCATACTGTCAGTATTGTTGGATATTTAGGAAACTGATCGCTTTTGTATTTCTTTGGAAGTAAAGTTTTCACTTATACCAAATCAAGATTGCTAAGAAAAGATGGTCAAAGGGAGTTTTTTCCCCCATCTAATCTTATTGAGGTCTAATTTATATACAATAAAATTCACTTATTTTTAGAAAACAGCTTAATGAGTTTTGATAATTATATATAAATATAAACAGGTGGTGATTTTTCAAAACTTAGATTTAAATGTTATATTTTACTGTATTGTAATAAAAATCTTAACTTTTTTTCCCCTTTCTTAGATTATTTACATATTGTTATTAACTTCACGCAGGTCTAGAAGAAAGGTAGTTTTTCCCCCTCTTTATTTATGAGCTACAGATTCACTTTTCCATTCCTATAATACACAAAACTAGAAGAATGGAGTTTGTGTAATAAATAATAGAGAGTATAATTCATTTTTATAGATTGGGAACTTAAAACTGAATTCAGATGATGAAAATTTTTAAAGTACCAACATTTTAATAAGGTGTAAGTTAGACAGAAGTGGAAGCCATCAAAATACCCTAAAATGTAACTTTTTCCTCTCCTCTTACCAAATAAAGCAATCTGTTTGAGGAGAAGGAAGAAAGAGCTTTTAAAAGTTACTTTAAAATCTCATTTAAAAAATTAATTTACTTGGTTCACCTTCTCTGGTAATCAGATAAAATCTTAGACACACTCCTCTGAGAAAATAACAGTTGTATGAACACATTTTTGCGTATAATTTGTGTTTCCCAACCTCCCTGATGGTCTCTTCCTAAAATAATTATTCAATTATTTTTGTCATATTACATTGAATTTATAAACTCTATGGTAGTAATTATCCCCAGATTGAGGAAATGACTTAGAAATCTTCTGAGGATGTTTTCTAGGGATTAAAACTGTCAGAGTATTTCTTTTCCCATACATACATGCTCTGCTTGTGATGGTTATTTCTATCTGAGACTGAGAATTGACCTGGTGTGTTGGCTACTTTAGATCTATAATTGCAAGCTCCTGCTCTTCAAACTTCAGCTTGCATAAGAATTACTGAAAAAGCTTGTTAAAACAGCTTCCTGGACCTCGCTGCCAGAGATTAATTCAGTAGGTGTGTGTGGGGCATAGACTTTGCATTTCTAAATAAGCTCCTAGATGATACGATGTTATTAGTCTGTGACTACATTTTTATATGTGCTAAGTGGTACTGTGCTAAGCTAATCCTGGTTTTCTAGTATAGAAAAGCTTTCCTTATCAGATTAAACGATATAAAAGAAAGCTGTTATCATTGGCTGCAAAGCTTGGTTAGGGGTTTTCTATTCTGTGTTTAGCGGGAGCATTGTTTTAGCTCAAGAGTTCTGCTTTAATTTGTTTTCGTTTTAAAGTCTACTGATAATTGCAAAGAGCTCTCTAAATGCTTGATTTTACAAATGGTATACAGTGGCCTTTAGCTCAAGTACTGTTACTTCCAAGATATTTGGGTTCTTCTCCCCTTCCTCAACACAAACATGTTAAGTTAGAAGAAGATTTTTCTAAATGATTATTATTGGTAATTGTTCATGTTATGGGCAAAAATGTTATTAACAAAATTTTAAATTGTTTTCAATTCTTTTAACAATTCAAAAAAAGAATTTCATGTGACTTTTTTCTTATACTCTTGAGTATGTGAAAGTATGGTACTGAGCAAATGAGAATATGCTTAGTAAAATACATTTCACTGGAAAATGGATAACTTTATGTTAAAATACTGAATTAAACAGTATTATTTATATCATATTTTATTCAAAACTAGAAATTTAAGTATAGACTTGATGTATAGCTATAAATTAATATGACTTACCATATAGTAGAATTAATAAAATCTATTTTGTCTCTTTCAG
Seq C2 exon
CTTTCATAGTAATCGTCCAAGTAAAAGGTTTTGTATCTTTAAGAAGTATTCAGAAGATCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001486:ENSBTAT00000001949:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development