BtaINT0165213 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012522 | ZNF283
Description
zinc finger protein 283 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13077]
Coordinates
chr18:52382926-52391523:+
Coord C1 exon
chr18:52382926-52383052
Coord A exon
chr18:52383053-52389820
Coord C2 exon
chr18:52389821-52391523
Length
6768 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
GTTTTCTTGTTTTCTTTCAGATT
3' ss Score
12.73
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCATGGTGACATTCAGGGATGTGGCCATTGACTTCTCTCAGGAGGAGTGGGAATTTCTGGACCCTGCTCAGAGGGACTTGTATGTGGATGTGATGTTGGAGAACTACAGCAACTTGGTCTCACTGG
Seq A exon
GTAAGGTCATATGCCTGAAATAATTTACTTTTCTATCTGCAACATCAGCTTTCTCCACTGGGAATTACAGGGCTCTTTTTGAAGAAATCAGGTGAATTTCACCTTCATGTTCTCAAAATAATGCGTTGGTATTCATTGGCTTAGAAGTGGGTTCATTGAGCACCTTGATCATCCCATCCCTCAGGGAGCTTCAACCCTCCTCTGGCCTTTTCTGCAGTGGCGTCTCTTCAATGACCAAGGAGCTGGATTTGTATTATGGGGCATATGTTTATTTCATAACTACTGTCAGAGAAACCACATTTCATGCTGTGTTTAACGTCAGCATTTCTACAGGTGATCTCTGTCCTTGCTAGTCATAGTGTGGTTCTTTTGTGTGAGGGACCATAGAAAGGCCAGAAGAGAGTTAGTGAAAGAGAGAGTACCCAGAAGTGAGTGAGGGAGACAGGAAGAGCCTAGGTGACAGGCTGTGGTGTTGGTTTCGGGGAATAATGTGGATTGTTCTCTCAGTGATTAGAAGCCATGATTTGGTTTACGTGGGGTTTTAACTTTTTTATTTTTAAGTGTTACACAAACACCTATCATCAACTTCTTCCAGGGTTTGTTAGAAATTGCACCTTGTCAGGTCCTACTCCAGCATCTGTATTTACTTATGGTCCCTGGTGATTTTTATTCACCTTAAAGAATTGCTCCCCTTTGTTATGTTCTGACCCACATATGGGAAGTACAGCTAGAAACAAAATCCTGATACACTGTGGCTCTCAGAAGAACCTCTCTACTTTAATAGAATGGTGGATTGAATGAACAGAAATTCATTGCATGCTAAGTGAACATGTTCCTTTACTTCCAACATATTTGAAGTTGAAAATTACAATCTGAACTTTGCACTTGACAAAGTTAAATCCTACACTGAGTTAAATCCTAGAAATGTCTCACAAAACTTGTTTTCACCTTAGCAAAATAACAACAGTAACAATAATAACATTAATAGTTAACATTATGCTTACTAAAAACCAGGCCCTGTACTGAGCAGAGCAAATACATGAATGTTTTTAACTTTTACAACATCCCCATGAGGTAGGTACTATTTTTAACCCTTTTTATAGACGAGATTACTGAGGCACATACACAGTTTAAATGACCTCCCAAGGTCACACAGCTGGTGGGGACACAGTGGCAACAGTTGAACCTAAGAAGTCTGGCTCTAGAATCTGTGTTTTAAAATCACCATTATGTGTTCTGTTTGCTCAAAAGAGGTAGAACCTGAATGAGCCTAAAACAAGGTCATTTTTCTACTTTATATGATCTCGTGTTCATTCCCACTGTTTCGCTCTTCTCTGGAGTCTTTGTCAATATTATTTTTACCTTTATTGCAAATTTAACCAAATGTTTTGCACTTATAATTAAAAAAACAAAACAAAAAATCTCTGCACCATTTGAGATTTCTTTTCCTGCAAGCAGACACTCCATTTCTAAGCCAGATATAGCAGCATTATTGGAGAGAAGAGCCCTGGATAATTGCTGGGGATGTGAGGAGGTGCAAGAAGTTAGATCCCAGGAAGGCAAAGGCAGGAGGGAGCCATCAGCCCAGGGAACAACCTCACAGGTCACACAGGAGGAGAAAGGGAACAGCTGGGATGGTGTTTGGAAGTTCCTTATGAAGGACCAAGGCCTGTGGAGTGAAGGCCTGACGCCTGGGAGAAGATAGAGATCTCAGTTTGAGCTACCAGAGAAACTTCATCCTGATCTCATTTCTGAGACTCCTTGTTTCTCTTCTTCTATTTCCCTCCCATTTCAGTGAGGAATTCTTTTTTGTTCTCGTTGGAACTATTTTACTTATATGTTGGATATAGCTATTTTCCAGCTGTTTTGCATTTGTGTATGTGAATGAATACACATACTCGTTCATCAATTCACCACATATTTGGAGTTCCTACTCCTAGCCAGGCTGCATACTGGGCACTATTAATACCATCAGGAACAAGATTGATAACTTGCTCATTCTTGTGTACTTTGTGTCATTGGGGAGAAACATAAATAAATAGATAAATAGTATCATGTAATGAAACATGTTCATGAGAGGCAGGCAGCATAAGAGAACAGAAAATGATGGGAACTGATACAGCTAATTCAGATAAGGGGGTCAGGGAAAGCTTTTTTGAATAGAAATGTGAGGTCTAGAATCAGGTTATATGAATACCTGTGAACTGAAGGGCAAAGGTCCTGAAGGTGGTAAGGAACTTTATTGGAAGAACTCTAAGAAGGGTAGAGTTAGTAAAGGAGTGTGTACTGGTCCTGGAGATAAACACGGGTTAGATAATATACAGTTGTGTTGTTGTTTTCATAGGAATTTGGATTGTTTAGTTTCAGTCTGAAACCATTCATCTTTTCTTGATTTACATTCCTTATTTCCTGAATAAAAATTTACAATATTATGTTTCAAGTATATAGCAAAGTGATTAAGTTATACATATATATGTGTGTGTATATATATATATATATATTTCAGATTGTGTTCCATTATAGGTTATTACAAGATATTGACTATAGTTCCCTGTGCTATACAGTAAATGCTTATTGTTTTTCTATTCTGTGTATAGTAGTTTTGTTAATCCCATACTCTTAATTTCTTCCTCCCCTGACTTTCCCCTTTGGTAACCATAAGTTTCTTTTCTATGTCTCTGTTTCTGTTTTGTATATAGATTCATTTGTATTATTTCTTAGATTCCACATATAAGTGATGTCATATAATATTTGTCTTCCTCTGTTTGACTTACTTTACTTAGTATGATATTCTCTAGCACCATCCATGTTGCTGGAAATGACAATGTTTCATTCCTTTTTATGGCTAAGTAATATTCCATTGTGTGTATATATATCATATTCTCTTAAACCAGTCGTCTATTGATGGGCATTAGGGTTGTTTCCATGTCTTGGCTATTATAAATAATGCTGCTATGCACATGGGGTACATGTATCTTTTTGAATTAGAGTTTTTGTCTTTTCAAGATATATGCCCAGGAGTGGGATTACTGAATAATAATAATTGCTCTATTTTTATTTTTTTTAAGGAACCTCTGTTTTTGTTCTCCGTAGTGACTGTACCATTTTATATTCCCACCAACAGTGTATGAGGGTTCCCTTTTCTCCACACTGTCTCCAGCATTTATTACTTATAGACTTTTATGGTGGCCATTCTGACTGGTATGAAGGGGTGCCTCAGTGCAGTTTTGTTGTGCATTTCTGTAGTAAATAGTGATGTAGAGCATTTTTTTATGTCCCTGTTGGCTATCTGTATGTGTTCTTTGGAGAAATGTCTATTTAGATCTTGTGCCCATTTTTTGATTGGGTTGTTTGTTTTTATTGAGTTGTATGAGCTGTTTGTATATTTTGGAAATTAACCCCTTTAATGAGACTTTTATGAGGAGGAACTTTGAGGCTATTAAATGTTGTATTCCTCTTCAAACTTTCGGTTTATTCATATGTTGGATTTCTAGTCAGTAGGTTGTAATTTGTTCTTCCCATTATTTATTTTGAAGCTCAAAATATATGAGCTGGTTGCAGAGGTGGGTGGGAACCCTCTAAATAGTAGCTTCTGTGTCCTTTGACATGTCTCCATCACACTTAGAACACCTTATTTTCTGACATAACTCCATGTTCCAGCCCTAAAGTCAGCCTTTTCTTCGAGGTGCCCTGGTTCCTTTTAGTTGAGTATGGTATTTAGAAGCCAGAATCTGAGTGCTAGATTTGCTCATTGCTGCTGGGGAATGGCTGTCCCTAGGCCCTCTCAGTGAACAGAGTAGGAAGAGAATATGTTTATATGCAGCATGCATGTATGTACACACATTTACATCTATCCCATGAGTTCACACAGATGTCTCCAGTTCCTTTTCAACACTACAGGTTTCATTTCAGCTTATTCACCTTCCATATTTCTAACTCCCTTTTCTGACAGTGAAAAACATGGGTTCCATTATTCTTAATCTATTTATAGTTGACCCTTGAACAACATGGGTTTGAACCATGAAGGTCCACTTATATGCAGATTTTTGTCAAGAAATATACAGTAGACTCCGTTTCCACAGGTTCTACACCCATGGAAAAGGAGGGCCAACTATGGGACTTTGCATCCTTGGGTACCTGAGGTGGGTTCTGGAACCAATCCCCCAAGATACCACCAAGGGATGACTGTATTTATTTGATCAAACTCTCTGTGACTAACCAGTCTTCTGTTACCACTGCCACCACCACCTTGATCACGTGATTGCCTTTCTTATCCCACTTGGACTGTGACAACCCATGCCAAGTCACTCAGCACATGAACACTTGTCCTTACCTTGCTTGCATTCTGACTCCTGACATGAGAAAACCTTTTTACATTGTGACTGTCCTCATGCTGGCTGACCTTCAGATCCTGCTCTGGGCCTCATTTTATTAAAAACTGATCCTTGAGGATGCGTTTTGAAAATATTATGTGTGATGAGATGGAAAGTCTTCATTAAGCTCTTCTGCTGTATACTGAAGTGTAGTGGTTACCTTGCAGGAAACTGCCTGTGTCATTGTTTGAATTATGAGTTAAACTAGCTGCTTTTTTCATGGAACACCCCTTTTTTTTGCCTTGAAAGAATGACTGACAGGCACACTATGGTTGAAGGCTTGAGTAGTTGGAAAACATTTTCTTCTAAATGAGCATGTCACTTTAAGAACAACTAAGAGTATTTATTGCCAATGATAAAATTTAAACTTTCAAGTAAAAATTAGAATTGTGTGAAGCTTATATCCATTATTTTGAACTTTACAGCTTCCTAGTAAATATTTTTCTGGTGAGGTAGATGTATTTTTAACTTATGGTTTTCTTCGATATTATGTAATGAAATACGTCAGCATTTCAAATATCTGCAGAATTCAGTGAACCAGTATTTTTCAAATGACCAGTGCATGATATTACAGAATTATGCATGGATAAAAGAAAATCATCTAAAGTGTAATGGATTCTGTAACATAATATGAAAAGTTCATGGGTATGGTTGCATACTCCACCTTGGAACTAACCTTTTAAGAAACCATCACTTCTCATGTTTTACTGTATCAAAGAATAGCATCCACTATTACCTAAACAAGCTCATAGAATATTCTGCTATTTTATAATTATATATCTGTTAGAGCCTGGATTTTCTTCATATGCTATTTTCTTCAGTGCTATTTCTTCAACCAAAATAGCATTGCCACAGTTTGAATGCAAAAGAATCCAGTTGTCCTCTGTTAAGCCAGATATTAAAGAGACTTACAAAATATTTTAAGAAGTTATTCATTAATTTTTTGTTTTGGAATTTTTCTTCCAAATATGGTTACTTTTCATAAAATGTGTTATTTAACATTAATGATTTATCATTTTTAAATAAATTAATAACTTTTAATTTCTCAGTTTTAATTTCTAATATGGTTAATTTCAAAAGATATAGCCTACATAAACAAAAGCTCTTTTGGGTCCTCAATGCTTTTTTTTTTTTTAATATCTAAAAAGAAGCTAAACTTCTGTTCATTTACTATCACTGTTGAGCCTTAAACAAAAACATTCAAATACCAAGTAATTATAATGGAAGCTCAATTCTTATTTGTTGAACTACTTATTGAGGCTAAGTTGTAAATAAGTGCACTCCTTTTAGTTTACATTTGGTCATCTCAAAGTAATTGTAATATTAGGTTGGTCAGTTTAAATACTGGCTTCCTTTTGGATATACACACAGTCTTCACATCCAAATGTTATTGTATATAAAACAATAAGAAATTATTAAATAAAATAGCAATAGTCAGTGCAGTTTAGGCCTGTGCCCAATTATTGTTGATTAAAATTGCTTCCCACAATCATTTCCACAGTACTCATCCAACATTTATTAGCTTACCAAGGTATTATACAATCACCAATAGGCAAAAACACTAGATTTGTATACTTTGTATTTCAGATATACTTACACATGCGCAAGCAAGGGATTCACCAATATTGAAGAGTATAAGAGTCTACTGAGACCAAAAAGTTTGAGAACTATTGCTCCAGGGTATGGTTCTTACTTTCAGTATATGGTCTTTCAGAGACCTCAAAGTAGATGCTTGGGAGTGTTCATTGAGGTCTTTCCATTTGAACTGGGTTGACTTCCAGTGTGCAACTTCTAGAATCTCTGGTTGTAGTCAATACCCCAGGCACCTTGTGAATGCATAATATTTGGTTACAGATCCAAGGAAGAACCCCTGCATAGGTTCCTGGGGCTCCTTTGCATGGCTTCTCCTTTGATAAAACTTGAATCACAAATTCCACTCACCTTAGCAGCCCTGAATTCAGATCCTAATATCCTTTTGCCAGTGACTTGATTGGTGGAAGGGCCACATTTTGTTTTAAGAGACTTTCCAAAGGAAGATGATGAGGAACTTGTTAAAATGACCTTTGTGGAATCTTCCAGAAAACTGTCAAATCAGAACATGATAATGACAGAAAACAAAAAAATTCTGTAAAACAATTATCCTTTAATAAAAAATAAATTAAAAAAAAAAGCACCCCCCCCCCCAAAAAAAAAGAACAATGAGATCACAAGAGCTGAAAAATCACAACTGAATTTGTTGTTGGACAGGAGAGAGGCTTGTGCTTAGGAATTTACTAAGTCTCCTGATGCAGTTCACTTATGAGTATTATTTTCAATTTGTCTTTAGTTCTAGTATAAAGGACTTTTTTTTCTGGCAAAGGAAATAAAATGTTGTGGTTTTCTTGTTTTCTTTCAG
Seq C2 exon
ATTTGGAGTCGACATATGAGACAAAAAATACATTATCAAAAAAGGACATTTTTGAAATAAATTTTTCCCAGTGGAAGATAAAGGAAAGAAGTAAAACCATTGAGCTCGAGGCATCCATTTTCAAAAATAATTGGAAGTGTAAGAGCAGATTCAAGGGGCTCCAGGGACACCAAGAGAGATTATTCAGTCAAGTGATAATCAGCTATGAAAAAATGCCCACTTACAAAAAGCATGAATCTCTTATTGCACATCAGAGAACTCCTAATCAAGAAAAACCTTACATTTGTAAGGAATGTGGGAAGGCTTACAGACATGGCTCAAAACTTGTTCAACATGAGAGAATTCATATGGCTAAAAAACATTTTGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGACTTTTTAAGTGCCTATCAACTCACTGTGCATCAGAGATTTCATACTGGTGAGAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACCTTTAGTTGGGGATCAAGCCTTGTTAAACATGAGAGAATTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTCGTGGCTATCACCTTACTCAACATCAGAAAATTCATATTGGTGTGAAATCTTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCCTTTTTTTGGGGCTCAAGCCTTGCTAAACATGAGATAATTCATACAGGTGAGAAACCTTATAAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCCTTCAGTCGTGGCTATCAACTTACTCAGCATCATAAAATCCATACTGGTAAGAAACCTTATGTATGTAAAATTTGTGGAAGGGGTTTTTGTTGGGGCTATCAACTTACTCGACATCAGATATTTCATACTGGCAAGAAACCCTACGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACCTTTAATTGTGGCTCTAGTCTGGTTCAACATGAGAGAATCCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTGGAAAGGCCTTTAGTCGTGGCTATCACCTTACTCAACATCAGAAAATCCATACTGGTGAAAAACCTTTTGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCTTTCAGTTGGGGTTCAAGCCTCGTTAAACACGAGAGAGTTCATTCTGGTGAGAAATCTTATGAATGTAAAGAATGTGGAAAAACCTTTGGTAGTGGCTATCAACTTACTCGACATCAGATATTTCATACTGGTGAGAAACCCTATAAATGTAAGGCATGTGGGAAGGCCTTTAATTGTGGCTCAAGTCTGGTTCAACATGAGAGAATCCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTGGAAAGACCTTTAGTCGTGGCTATCACCTTACTCAACATCAGAAAATCCATACTGGTGAGAAACCTTTTAAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTTGGGGTTCAAGCCTTGTTAAACATGAGAGAGTTCATACTGGTGAGAAATACTATGAATGTAGAGACTGTGGGAAGGTCTTCAATAGTGACTATCAACTTAGTGTTCATCAGAGATTTCATACTGGTGAGAAACCTTATCAATGTAAGGAATTTGGGAAGACCTTTACCTGTGGCGTAAGCCATGTTCAACATGAGAGAATTAGTAATAATGATAAACCCTACAAATACAAAGAGTATGGGGAAGCCTTTATATGGACAGCCTATTCAAATGGGGCAGTTGATGCTGGTGAAACTTTATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012522:ENSBTAT00000012076:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.0),PF127602=Zn_Tnp_IS1595=WD(100=7.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development