HsaINT0186764 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000159882 | ZNF283
Description
zinc finger protein 230 [Source:HGNC Symbol;Acc:13024]
Coordinates
chr19:44341205-44353050:+
Coord C1 exon
chr19:44341205-44341331
Coord A exon
chr19:44341332-44351090
Coord C2 exon
chr19:44351091-44353050
Length
9759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
GTTTTCTTGTTTTCTTTCAGATT
3' ss Score
12.73
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTTGGTGACATTCAGGGATGTGGCCATCGACTTCTCTCAGGAGGAGTGGGAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGGACTTGTACGTGGATGTAATGTTGGAGAACTATAGTAACTTGGTGTCACTGG
Seq A exon
GTAAGGTCATCTGCCTGAAATAATTTAGAGTCTCCTCTTTGCATCATCAGTTTTCTGCACTGGAAATTACAGGGCTATCTTTGAAGAAACCAGGTGAATTTCTTCTCCCCCTTCCCAAGGGCATGCTTTTATACTTGCTGGGTTAGAAATGGGTTTGTTAAACACGTTGATCTTCCCCATCCCTCAGTGAGCTTTACACCATTCTCGGGCCCTCCCTGCAATCACCTCTCTCCTTTAATGGCCAAGGGGCTGGATTTGCATTATAGAACATTTATTTCATAACTATGGCAAAGAAACCAGATTTCATAAATTCTGCAAATATTATATTGAATATCTACTCCTGGCCAGCCTTGTGCTGAGCACTGTCAATTGAATCATGAACAAGCTTTGATAACTTGCCCATTTTCGTGCAGTTTACTTTGTAGTAAAGCAGAAACATCAAATAAGTAAATTTATAAATAGATAAATAGTATGTAATGAAGCAAATTCTTTGGAAAAGGTAAACAGCATAAGGGAATAGAAAATGATGAGGACTGACAGGGCTAATTTAGGTAAGACAGTCGGGGAACGCTTTCTTGAACAGAGATGTGGAGCCTGGGATCTCTATGTGAATATCTGGCGGAGGAACAGATCAGTCACAGTGAACAGCAAATGCAAAGACCCTGTTGTTGGAAAGGAACTTTACCAGAACTCTAGAGTAGAGTTATTAAAGGAACATGTACTAAGAAATTAGGCCAGGGAGATAGGAAGGGGCCAGATAATACATTGTTTTGTTGTTCTTGTTTGTGGAATTTGGATTGTTTAGTCTCTTTCAGTCTGAAACAGTTCACATGTCTTTCCTTGACTTGCGTATATGTCTGTGATGCTTTTGAAGATTACAGGCCAGCTATTTTGTATAGTGTTCCTGAATGTGGGTTTGTCTGCTATTTCTTCATGATTAGATTTAGAATATGGATCTTTGGCAGGATTATCACAGAATTGATGCTGCGTTCTTCTCCCTGCATTTTGTTGGGTGGTATGATTAATTTATCATTACTCATGTTATTCACTCTGAGTACTTGATTAAGGTAGCGTCTGCTGGCTTCCTCCTTGTGCAGTTGCCCTTTTTCCCTTCCACAACTATTTTGTGGGGAGGAACTTTGAAACTATTAAATATTGTGGAACTGGGCACAGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCTGAGACGGTTGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCATGGGCAGCATGGCAAAACCCCATCTCTACAAAAAATACAAAAATATTTGCTGGGCTGTGGTGGTGCGCTCCTTTAGTCCCAGCAACTGGGGAGGCTGAGGTGGCTGGATTGCTTGAACCTAAGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCTGAGATTGTGTCACCACACTCCAGCCTGGGTGACACACAAGACCCTACCTCAATAAATAAATAAATATTGTGTTCCTCTTTAAACTTTCCATTTATTCATATGTTCGCTTTCTAGTCAATGGGCTATATTCTGTTTTTTTTCTGTTATTTATTTTGAAGCTCAAAGTGTTGGAGCTTGTCCAGATTTAGTCAGTGGGAATCCTTTCATGATATGGCTTTTTGGCACATCTCCGTCACTCTTTGAGTACCTCCTGGTTTTCTGATAAACAAGGTGTTAGAGGTTCATCTTGTATGAAATTTCCCTTGTCTAGTTTTACAATCAGCTATTGCTTTGAAGTGCCTGGTTACTTTCACACAGATTTATAGTTATTATTTTATGCATTTGTCTTTTAAATCAATAAATCAAAAGTACAATAATACTAACTTTTATATTTACTCATGTAGTTACCTTTACCAATGTTCTTTATTTCTCCTTATGGCTTCTAATTACTGTTTAGTGTCCTTTCACTTTAGTCTGAAACACTCTTGTCTAACATTTCTTCTAGAGTAGGTCTACTGGTAATCACCTCCTTCAGCTTTTGTTTTTTCTGGAAATGCCTTAATTTCACCTTTATTCTTAAAGGACAGTTTTTGCTGGTATAGAATTCTTGGTTGACAGTTTTTTTTTTCTTTTGGACTTTTCAATATACCATCCTGTTACTTTCTGTTCTCTGTGGTTTCTGATGAGAAATTAGCTGTTAATCTTGTTGCAGATTCTTGTATGTGGTAGGCTGCTGCTTTCTTCCTGTGTTCTGAAGTCTTTTTGTCTTTGGGTTTCCATAATTTGACAATAATGTGTCTAGATATGAATCTCTTTATCATGTCTGAAGTTGTTGAGCCTCTTGGATGTGTGTATTCCTGCCTTTTGTCAGATTTTGGAAGTTTTCAGACATTTTTTCTTCAAATTTTTTTCTCTACTTTTGTCTCTCTTCTTTTTCTGGGACTCATATGATGTGTATGTTGGTGTGCTTGATGGTATCCCATTGATCCCTCAGGCTCTCTTCACTGTTCATTATTCCTTTTTCTTTTTGCTTCTCTAGTGCAATAATTTCAAATGACTCATTTTCAAGTTTGCTGAGTCTTTCTTCTGCTGAATCCACTATTGAAATTTTCATTTCAGTTACTTTACTCCAGAATTTGTTTGGTTCCTTTTTTTTATAATTTCTATCCTTTTATTGATATTTTCATTTTGTTCATACATTCTTTTCCTGATTTCCTTTAGCTCTTGGTCCATGGTTTCTGTAGCTCATTGAGCATATTTGGATAGTTCATTTAATGTCTGGGCTTCCTCAGGAATGGTTTCTGTCAGATTCTTTTTTTTCCTTTGAACGGGCCCCATATTTTCCTGTTTCACTGTATGCTTTGTAATTTTTTTTGTTAAAACTGGGCATTTTGAGTATTATAATGTGGTACCTCTGGAGATTCAATTTTCCCATTCCTCAGGCATAGCTGATTTCTGCTTGTTGAGGGCTGGAGCTGTCAGATTTTTTCAAACTCTTTTTGCAAATTGTATATTCCTTATTGTATGTGGTCACTGAAATTTCTGTTCCATCATCTCTACAGTCAGTTAGTACCAGACAAAGATTTACTTAAATATCTGGCTGTAAAAAGGGGAGGAAAAAAAGGTCCATTAGCCCTTTAAATCTTCCAATAGATACTTCTGGGGAAAGCTGCTGTGGCTGATGGGGCTAAAATCAAGGCAGTTATCTGTGCTGGTCCCTCAAGGTAACACAAAACCCACCAAACTGCACAACCCTGAATTTTTTGGAAGACAAGGTCACGCTGCCCACCCAGGTCCCAACCGGCTGTTCCAGGAATACAGGCTGCTCTCCCCACAGCTGTGGTGGAGCTGAGGAGTGAAGGAAGTGATTAGTTGGTACACAGCATTCCAGGCACATAGGCCTGTCATCCCATAGCATTGGCTGGACTGAGAAATGGGGGATGGTGGCTTGCACGAGCCACTCTTTCACCTAAGAATAGTAGCCTCTTTATTCATCCAGCACTCCCCTTGTTGTTATGGAAGTGCCTGATAAGATTCCAGAATTAAGAGTTTGTGGATGCCAATCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCAGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTTCTCCTTTTTTTTTTTTATTTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTAGGATTACAGGTGTGGCCCACCGCACCTGGCCAATGACAATCTGTCTTTCCAGCTCAATTGTTGCTTTGATGGAGGTACCAGCCCTTAGAGCTTCCTATTTCATCATTTTGTGTGACATCACTCCTACATATTCATTTAATGTCACTATTGATATGGTTAGATTTCAGTTTACTATCTTGCTATTTTTTGTTTCACTAGTTCTTTCTTTTGTTTCCACCTTCTTGGATTCATCAAGTATTTTTTAGTATTCCATTTTATCTCATCTGTTATCTTTTGCTGTATTATTTGTATTTACTTTTGGGATTACAATATGCATCCTTAATTTAGCATGGTCTACTTGAAATTAATAACATACTACTTTGTTGTATAATGTAAGAATTTTACTAATCTGTAAACTTCATTCAGCCTGAAAAGCTTCCTTTAGCATTTCTTGTGTTATATGGCTACTAGCAGCTAATTTTATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCACTGTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGCCATGATTTCAGCTCACCGCAGCCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCGTGCCTCAGCCTCCAAAATAGCTGGGATTACAGTCGTGTGCCACTATGCCTGACTAGTTTTTGTATTTTTAGTAGACACAAGGTTTCACTGTGTTGGCCAGGCTGGTTTTGATTTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTTCATCTTTCTTATTTTTGAAGGATATTTTTACCAGATATGAATTTCCCAACTGATATATTTTTTCTTTTAGTTAGCTTCAAAAATGTTCCATTATCTTCTGAACTCTATTGTATATAATGATTAGACAGCTATGATTCTTATTGTTCATTTTATATATACTTTATTCTCTGTTATTAAGTTTTTTCTTTATTTTTGGTCTGTAATAATCTGACTATAAAGTTCTAGATATGGTTCCTTTACATTTATCATGCTTCACTTTCCCTTACCTTTGATCAGTGGGTTGATTTTTTTATTGAATTTGGAGAAATTTCAACCATTGTATCTTCAAATACTTTTTTCTGCTTCTTTAGTACTTTTCCTCCTCCTAAGACTCCAATTATATGTGTGTTAGACCACTTATATGGTGCCACCAGTCACGGAGGTGCAACCCCCAGTCTTTTTACTC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Seq C2 exon
ATTTGGAGTCAAAAACGTATGAGACCAAAAAAATATTTTCAGAAAATGATATTTTTGAAATAAATTTTTCCCAGTGGGAGATGAAGGACAAAAGTAAAACCCTTGGCCTTGAGGCATCCATCTTCAGAAATAATTGGAAGTGCAAAAGCATATTCGAGGGACTAAAAGGACATCAAGAGGGATACTTCAGTCAAATGATAATCAGCTATGAAAAAATACCTTCTTACAGAAAAAGTAAATCTCTTACTCCACATCAAAGAATTCATAATACAGAGAAATCCTATGTTTGTAAGGAATGTGGGAAGGCTTGCAGTCATGGCTCAAAACTTGTTCAACATGAGAGAACTCATACAGCTGAAAAACACTTTGAATGTAAAGAATGTGGGAAGAATTATTTAAGTGCCTATCAACTCAATGTGCATCAGAGATTTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAGTGTAAGGAATGTGGGAAGACCTTTAGCTGGGGATCAAGCCTTGTTAAACATGAGAGAATTCACACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTCGTGGCTATCACCTTACCCAACATCAGAAAATTCATACTGGTGTGAAATCTTATAAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCCTTTTTTTGGGGCTCAAGCCTTGCTAAACATGAGATAATTCATACAGGTGAGAAACCTTATAAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCCTTCAGTCGTGGCTATCAGCTTACTCAGCATCAGAAAATCCATACTGGTAAGAAACCTTATGAATGTAAAATATGTGGAAAGGCTTTTTGTTGGGGCTATCAACTTACTCGACATCAGATATTTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGCAAGGAATGTGGGAAGGCTTTTAATTGCGGATCAAGTCTTATTCAACATGAAAGAATTCATACTGGTGAGAAACCTTATGAATGTAAAGAATGTGGAAAGGCCTTTAGTCGTGGCTATCACCTTTCTCAACATCAGAAAATCCATACTGGTGAGAAACCTTTTGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTTGGGGTTCAAGCCTTGTTAAACATGAGAGAGTTCATACTGGTGAGAAATCCCATGAATGTAAAGAATGCGGAAAGACCTTTTGTAGTGGGTATCAACTTACTCGACATCAGGTATTTCACACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCTTTTAATTGTGGATCAAGCCTTGTTCAACATGAAAGAATCCATACAGGGGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCTTTTAGTCGTGGCTATCACCTTACTCAACATCAGAAAATTCATACCGGTGAGAAACCTTTCAAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCCTTCAGTTGGGGTTCAAGCCTAGTTAAGCATGAGAGAGTCCATACTAATGAGAAGTCTTATGAATGTAAAGACTGTGGGAAGGCCTTTGGTAGTGGCTATCAACTTAGTGTTCATCAGAGATTTCATACTGGTGAGAAGCTTTATCAACGTAAGGAATTCGGGAAGACCTTTACTTGTGGCTCAAAACTTGTTCATGAGAGAACTCATAGTAATGATAAACCCTACAAATATAACGAATGTGGGGAAGCCTTTCTGTGGACAACTTACTCAAATGAGAAAATTGATACTGATGAAACCTTATGATTGAAAGTTGTAAAAGAATATTTTGTGTGTGTGTATAGACAACTTATCATAATAAGAACTCTTACTCTTGAGAAACCTTGTGAATGTAAGGGTTGTGCAAAAGCCATTCATTTCTGTTTATGGGCAATTATCTTGCTATCCAGCAATTCATACTAGTGAGAAATATTTTGAATATAATTAATATGAAAAGGCCTTTAGACTTCTGTACAGTCTTATTGGATATCAATTTATACTGATGTAAAATCATTTAAATGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000159882-ZNF283:NM_181845:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)