HsaINT0186764 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000167637 | ZNF283
Description
zinc finger protein 283 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13077]
Coordinates
chr19:43837053-43852017:+
Coord C1 exon
chr19:43837053-43837179
Coord A exon
chr19:43837180-43846938
Coord C2 exon
chr19:43846939-43852017
Length
9759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
GTTTTCTTGTTTTCTTTCAGATT
3' ss Score
12.73
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTTGGTGACATTCAGGGATGTGGCCATCGACTTCTCTCAGGAGGAGTGGGAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGGACTTGTACGTGGATGTAATGTTGGAGAACTATAGTAACTTGGTGTCACTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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GTCTCAGTTATGAGTGAAAATCTTTGTTGTAGCTAAGTAGTGGTGCCTCCTGAGTTTTATTAAATGCCGTTTCACTATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000167637:ENST00000618787:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PU(80.0=88.9)
A:
NA
C2:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains