BtaINT0165584 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000038284 | ZNF496
Description
zinc finger protein 496 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23713]
Coordinates
chr7:41942826-41955733:-
Coord C1 exon
chr7:41955702-41955733
Coord A exon
chr7:41942959-41955701
Coord C2 exon
chr7:41942826-41942958
Length
12743 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAATGCTTT
5' ss Score
-25.48
3' ss Seq
TACTTGTTCTGTGGTTTCAGAAC
3' ss Score
7.49
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCTCTAGGTATTATACGGAACTTATCCCAA
Seq A exon
TGCTTTACATCCCTTCACCCTTCCCATTTTATAATACGATTGATTTAAATATTTTTTCTGCATACATTAAGAACCATGTCTGATACTTAGAACTATGTTAGACAGTGTTACAACCTTTGCTTCAACTGTCAAACATTATTTAATAAACCTAAAAAGAAGAAAAGCCTATTGTCTTTGCTCATATTTTGGCTTAACATTTTCTTCCTTTCTTATGTTCCACAATTCCTTTTATTGTTTCCTTGTTTCCCTTCTGTTTAGGGAACTTTCTTTAGCCATTCTTTTAAGATAAATCTGCTGGTGGCAAGTGTAACTATTTTTTATTCCTCTGGGAATGTCTAGATTTTCCCTTCACTCCTGAAGTATATTTTCATCAATATAAAATCTACAGTTGACAGTTATCTTTCAGCACTTGATAAGTACGTTTCGTGCACAGTTTCTGACCAGAAATCTGCTATCACATGAATTTCCTTTCTTCCTATAGGAAAGATCCCATTTTTTAAAATTTTGTCTTTAGGTTTCAGAAGTCTCTTATGATGTATCTTCTGGGTCCTTCACTATCTCCTGGAGTTTGCTCAAATTCATGTCCATTGAGTTGGTGATGCTATCTAACCATCTTATCCTCTGCTGCCCTCTTCTTTTGCCTTCAGTTTTCCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTTGGCTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGCTTCAACACCAGTCCTTCCAATCAATATTCAGGACTGATTTCCTCTAAGATCTACTGGTTTGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAATTCAAAAGCATCAATTCTTTGGCTCTCAGCTTTCTTTATGGGTCCCACTCTCACATCCCTAAGTGACTACTGGAAAAACCATAACTTTGATTGTGGACCTTTGTTGGCAAAGTGATGTCTCTGCTTTTTAATAAGCTGTCAAGGTTTGTTATAGCTTTTCTTCCAAGGAACAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACTTTCTGCAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATAAAATCTGCCACTGTTTCTACTTTTTACCCATCTATTTGCCATGAAGTTATGGGACTGTATGCCAGGATCTTACTTTTTGGAATGTTGAGTTTTAAGCCAGATTTTTCACTCTCCTCTTTCATCCTCATCAAGAGGCTCATTAGTTCTTTGCCTTCTGCCTTCAGAGTGGTATCATCTGCATATCTGAGCTTATTGATATTTCTCCTGGCAATCTTGATTACAGCTTGTGATTCATCCAGCCCAGCATTTAGTCTGATGCACTCTGCATGTAAGACATACTCCCTTCCCAATTTTGAACCAGTCTCTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCTTGACCTGCATACAGGTTTGACAGGTAAGGTGGTGTGGTATTCCCATCTCTTTAATTGCGCTCATTAAGTACAACTAAAATCCCAGGAAATTATACATTTTTTAAAAACACAGTAAAATCTTAAAGGTGGAGAGAGGAAAACGAGCAGGTAGGCTACCATATTACTGATAGGTGAGGGAACAAATCAAGCTTCCTCCTTAACTTGTCTCCATTGGCTCCAAAGTCAGAGGGCTCCTGAGGGGGGTTGGTAGTTCCTGATACTGGTTGGTAGTTCCTGATATGGTCTCCACTGATGCAGTGGTGGTAGTGGGGAGGACTGTTAGCAGCAGCAGGGACGGAAGTTCCAGATCCCTGCTTGGCATTCTCTGAGACCACCCCAGTGGGGGTGTTTAGACACTTCATTGCAGCCTAATGAGGGTGGAAGTTTAGACTCTCACTCACTCCTATTATGAACAAGGTTGGAGAGTTTTTTTCTGTGGTGCTTGGCTGGAGTAGAGCAGGTATTGTCTGTCTAGCTACTTTCTCAGTCCTGTGCCTGAGAGAACAGGCTTTTGTTAGGGTTTTATTTTTATCTGTGCCTATTGGGGTTTTCATGCCTGGAAAATCCCATGGACCGAGGAGCCTGGTGGGCTACAATCCATGGGGTCGCAGAGAGTCAGACACGACTGAGCAACTTCTGTGTATTGGGGTTTTGGAGTCACTGGCTCCTTCAGCTTCAAGTTTTGATTTAATATATGAGGCCGAAAGAAAAATGAGGGTACTCACCACTGTTGTTCCTCCTGATCCAAGGTTTCTAGCTGGTGTCCCTCTCTTTCTCCACTTTTCATAGTCTGCTGTGTTTGCTTGTTTTTTAATATATCATTTCCTAGGATTTTAGTTTTACTTAGTGGGAGCACTTAAAGAAAGGTATGTCTCCTCCATCTTCAAGAAGGAAACAGAGGTTCTCCTCTGCAAATCTGATTTTAAGTGGACCTGTATATTTCCCCCACCCATTCCTCTTATAAAAATTGGCATGATTTTAGAAAAGCAAAACAATATTACATGTTTCCAGTTTTCTGAGATTTCTGAGTGTTTTCATTAATTTCTTTCTTTTCTATTTTTTCTGATTTCTTTCATATTTCATCAATAGTGTCAGTTACTATCTTTTCCTTATCAATTTCTCATATGGAGAGACTTCCCAAGGAGGGGGAAAATAAAACTTTTTCCTCTACTTTCTAAGGTTTAGTGGCCAGGAAACTGCAAATTGAACTAATAGAAGACAGATTAACAGGTGAAAATTTTTTATTTTGTATGCCTATGGGATGCCTTACCAGATCCAGAGATTTGTATACCACTTTAACCACGTGTGTGTGTGCTCAGTCATGTTAGACTCTTTGTGATCCCAAGGACTGTAACCCACCAGGTTCCTCTGTCTATGGAATTTTTCAGGCAAGAATACTGGGAGTGGGTGGCCATTTCCTCTTCCAGGGGATCTTCCTGTCGCAGGGATCAAACCGGAGTCTCTTGTGTCTACTGCTGCTGCTAAGTCACTTCAATCATGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCTTCCCTGGGGTTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGTAAGTGAAGTCACTCAGTCATGTCCGACCCTCAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTGCCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGGTGCCATTGCGTTCACCAGCAGGCAAATTCTTTACCACTGCACCACCTGGGAAACCCATTTTAACCACAGGCAGTTCATTTATGGAGAAATGACAAGAGGATTTTGAGCTTCAAGGGCTAATAAATTGTGGGAAGGTAGATATGTAAACTAATGGAAGATAAAGATGATTTAGTTAAGTTCACTATGCTGTCTCTGGGCTGATAAGAGTCTAGAATTCTGTCTGGTGATTAAGTCACCTTACCTCCCTGGTAGGAGGGGAGGCATACTTTCACAGAGGAACATTTATGACCTGCCTTTAGGCAAATGGGGGGAGGGTACTTTTTTTTGCAGTCTTTCTGTTTATCCATTCCCTACAACTCAAAGATCTTTGGGCCAAAGCAGTGTATTTCAGGGCGGCGTATTTCCTTTAAGACCAATAATAATTTCTCTCCTGCAGGCCCTTGAGAGGAGAGCCTGTGACTTCCTGAGCCTTGTCTTCCATTCTGTGGAACTTATCTTGAAGGACAGATTTCTCTCCCCCACTGGCCTCTGGCTAGCAATAAAACCCCTTGAGAAATGTGAGCTCTCAGGTTCCACCCTAGACCTGCAGAGGCAGAATGTGCATTTTTACCAAGGTGCTTGAGTGATATGTATCCAAGTTTGAGAAGTCCAGTTCCAAACTGATTCAGCCTTAGAAAGTTTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGCTGCACTGCACACCATGCAGGATCTTAGTTCCCTGACCAGGGATTGAACCCATTCCCCCTGCAATGAAATCAAGGAGCCTTAACCACTGGACTGGCAGGGAAGTCCCTGAAATATTGTGTTTATTTTTATTTTTAACTTTTTCTTTGGCATTGATATCAATTTGGGGGAAGATTGCCAGGATAGTAGACTTGCAAAGAGCCTTACTTTATTTATTTGTAATTTATTATATTTTTATTTTTGGCTGTGCTGAGTCTTCATTGCTGCCAGGTTTTCATCTAGTTGTGGTGCACAGACTTCCCATTGCAGTGGCTTCTCTTGTTGCGGAGCATGGGCTATAGGGCATACAGGCTTCATGTGGGCTTAGCAGTTGCAGCTCCTGGGCTCTAGAGCACAGGTTCAATAGTTGTGACACATGGACTTAGTTACTGTGTGGATCAGGGATGGGACCCATGTCACCTGCATAGGCAGGCGGACTCTCTACCACTGAGCCACCAGGGGAGCCCTGGTCTTTGCTTTAATTCCCCCATCCTCGGTCACTTTCTCTCGCTTGTCCCTCCCTCTCTCCCACTGTCTTTCTGTCTCTGCCTCACCTCTACCCACCCCCTCCCCCATTTTTTTTTCCCCAGAATTTTTAGGGAGTTATATGTAGAAATTCTACCCCTTTTATCGCTTTGTTCATGCCAAGGGGGCATATTTCCTAAAAGCCAGGGCAGTTCCTTGCATAACCATAATGCAGTTACTACATTCTGGAAATTCAGCATTGAAATAGTAATCTTAGACCGTCATGCTTCCCAATTAGTTGTCCTGTGTCTGACATTCTCTCCTTGGAATTTCAGTGTTTGCACAGTGTCAACAGTTCTGAAGGGTGAAGACTAGTCATACTGCAGACTCTGCTCGGATAGGTTTTAACTCACATTGAGATTCAGGTTGCATGTTTTGGTGGAAGTGCCAAGCTGGGTAGTGTCTTTCCCCGTGTGGCATGTTTTGGCCATTGAAGTGGTTTTCCCTATATGGGTGATGCCAACTCTGACCTCAGGGGTAAGGATCTCAGGTGATTTTTAATGTGACCCACATATGTAGAATTTATGTATAATTGTTACATAGGTATTTTTTAATATTAATGTTGT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Seq C2 exon
AACCGGGTTTCTCCTTTCAAGGATATGATCTTCTGCTTCTCAGAAGAGGACTGGTCCCTTCTAGACCCTGCCCAGACTGGCTTCTACGGAGAGTTCATCATTGGAGAAGACTGTGGGGTCTCACTGCCTCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000038284:ENSBTAT00000057172:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]