HsaINT0187411 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162714 | ZNF496
Description
zinc finger protein 496 [Source:HGNC Symbol;Acc:23713]
Coordinates
chr1:247473626-247486532:-
Coord C1 exon
chr1:247486456-247486532
Coord A exon
chr1:247473759-247486455
Coord C2 exon
chr1:247473626-247473758
Length
12697 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
CTGTTCTCCTGTGCTTTCAGAGT
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTGCAAGATGCTTTCCTTCTTCAGGAAGAGAATGTGCGGGACACACAGCAGGTGACCACCCTCCAGCTACCCCCG
Seq A exon
GTGAGTGGTTTCTACAGGAGTCCTTGAAAATCCCCTGTTTGCCTCTGTAGGCTACAGGGCAGCTTTCTTAGGACCCCAGCCAGCTTTCTGACTGCCACACAGGATGTTCAGTCCCAGCCCAGAAAAGCTAAAATAGGCAGAGCGTGAGCTTAAGAGACGCCCCATTTCTCCTCCTTCCCTGTGGTCCCAGCCGCCCACTGGGTCTACTGTCATCAGGCCACCTTCAGGAAGCTTTGTGCAGACGATAGCAGGAAACAAAGGCCCATGAGTCCCCATTGATGGGCCTCTCAGCATGTCTAAGTTCCCCTCTTGTGAAAAAGGAGATCTCTCTGCTCTTTTATTTTACAGAGAATTTTTCAATTTAATAATCATCGCAGCAATGGTTATATTTTAGAAATGTTAGGAAGTGGAGGGAAGAAAGCACAGATAATTTCAGTCCTGTCACAGATCTACGTGGTGAGTCATTCCAGAATTTCCTCGAATGTTCTCGTTCGTGTTTTTGTGTAAGACTTGCTTACTCGGGTGCTCTGAGGAGTCAGAGTCAGGGCTGGGGGCTGGTCCAGCAGGTGATCTTACTCGCCTCTCTCTAGCCCAGTTGCTGTCTTTGGCCATGTTTTCTGGCCATATCTCCTTCACTTTCCCTCCTAACACTTTCCACTGGCTGGCACAAGATTTAGTTATGACAGCATCATCCCCTCCCATGGGAACAGGATGTGTGGCTCCTGCTTTTGTTTAGTTGCTCCTTACCCAACAGAAAACTGTGAAAAACAGTAGACACTCTTATTACCATGTCTCAGCAGAATGTCGGAAGCTGAGCAGTTTGCTTTCTGCACAGTTCATTTGACATGACTTTATTTTATTTTTATTTTTAGAGACAGGGTCTTGCCTTGTCACCCAGGCTTCAATGCAGTGGCACAGTCGTAGTTCACTGCAGCCTCAAACTCCTGAGCTCAAGCCATCCTCCCACCTCGGTCTCCTGAGCAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACTACACCCAGCTAAGTTTTGTATTTCCTTGTAGAGACAGGGTCTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCAGCCAACATGACTTTAAACTTGGAGAAGGGAGGGCTAGGGATGGGAAGGAGTTAGCCAGGTTACCCAGTTAGGGGGCATCTCCATAACTTGCTTTTGCCCCACCAGAAATGTGGCACACGCCTGTTTACCCTGATGCTCAACACATACATGTCAGCATCTGCTGTGTACTGTGACCATTTCCAAACACAAAGGAGGTAAAACCAGTATTTCTTATTAAAATTTGGACATTTAACCAGTATAACACATAAGGGGATGCTGTTAATCCAGTACCTAATGAGGTTTGGTCTTCATCTTTCAATTCCTGCAGTCCCTAGTAAATGCCATAGCGAGCACAGTACAGAGATTTTGATAAGTCAGTACTGTTGTATTACTCTGATAGTTTCTTCCCAGTGATAGTTTCTTCCCAGTGCACTAAAAGTCACCATCATGAAGATGTTGTTTATAAGTGTTTTTTAATTTCTGTTTTTAATTGTGGTAATATACACATAGCGTAAAATTTTCCATCTTAACTGTCTTTAAGTGTGCGGTTCAGTGGTGTTAAGTATATTTACATTGTTGTACACCCAATCTGTAGAACTTTTTCATCTTCCCAAACTGAAATTCTCTATACGTTAAATAATAACTCCTCATTTACCCTTTCCCTTAGCCCCTGGCAACCTCCATGCTACTTTTAGTCCCTATTAATTTGACTATAAATACCTCATATAATTGGAATTATGCACTATTTGCCTTTTTGTGACTGGCTTATTTCATTCAGCATAATGTCCTCAAGGTTCATCTATGTTGCAGTATGTGTCGGAATTCCCTTCCGTGTTTTTTTTTCCCCCGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGAAGTGTAGTGGCTCGATCTCGGCTCATCGCAACCTCCGCATCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCAACCACGCTTGGCTAATTTTTGTATTCTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGTCAGGCTCTTGAACTCGAACTCTTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGCCTGGCCATGAATTCCCTTCCTTTTTAAGGTTGAATAATACTCCCATGTGTGTATATATCACCTTGTTTATCCATTCATCTGTCGATGGACATTTACATTGCTTCCACATTTTGGCTTTTGTGAATAATGCTGCTATGAACATGGTACACGTGAAGTTTTGTTTTTCTTTTTAAATGAATCTTCTCATTTTTACGTAATTGTAGATTCACATGCCATTGTAAGAAATAACACAGAGAGATCCTGTGAACTTTTTAAACCCTCAATAGTAAAATATAGAGTAAAAATCTATATTCTATAAATATAGTACAATGTCACACCCAGGGTATTGACAATGATACATGCAAGATAGAGAACAGGTGCTTCACCAGAAGGATACCTCCTGTTACCTAATGTCCACACTCATTTCTTTCCTACCCTCACCCTCTCTTCAGCCTCTGGCAACCACTGATCTGTTTTTCAGCTCTGTGATGTCATTTCATTTCAAGAATGTTATATAAATGGATTCATATAATATGTAACCTTTGGGGATTGGCTGTTTTCATTCAGCGTAATTCTATGGAGCTTCATTCAGGTTGTTGCGTGTTACTATTCCATTGCTTTTCGTTGCTGAGTAGTATTCCATCACATGGAAGTCCAACAGTTCGTTTAACCATTCACTGGTTGAGGACTATCCGGGTTGTTTTGGGGTCATTATTGTATAAAGCTGCTGTAAATATTTGTGTGCAGGTTTTTATATACACATCAGTCTTCATTTCTCTGGGATAAATGCCCAGGTATGCAATCGTTGGTAAGTACAAAAGTTGGTAAGTTTTGTAAGAAAGTACTCTTATCTGATGTTAATATAGCTTTTCTTCTTTCTTTTGATTAATAATTGCATAATATATTTATTCCATCCTTTTACAGTCAACCTGCTTATATTATTATATCTGAAGTAAGTTACTTTTAGATAGTATATATGTGTTGTTTTATTTTGTTTGAGGCGGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGGAGCCCCCATCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTCTTGCCTCAGCTTCCCGAGTAGCTGAGACTACAGGCGCGCACCACCAGGCCCGGCTCATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGACCTCACGTGATCCACCTGCTTCGTCCTCCAAAAGTGCTGGGATTACCGGTGTGAGCCACTGCACCCGGCCTAGATAGTATATATTTGGATAATGTTTTCTAATCTACTCTGCCAGTTACTGTGTTTTGATTGATGTATGTAGACCATTTGTATTTAATGTCATTACCGACATGTTAGGGCTTAAGTTTGTCTTTCTGTTTTTCTGGCTCTGTTTCTGTTTCTCTGTTTCCTTTTTCCTATTTTTCTGTGTGTTACTTGAACATGTAGAATTCCATTTCGATTTACCTAGTGTGGTGTTGAGTGTATGTATATTTTTGTATAGCTTTTTTAGTGGTTATTCTAAGTATTACATTATATATACATAACTTATCTACTGAGTATCATTTTATCAGTTTGAGTGAAGTGTAGAAGCTTATTTCCTTTGTTCGGGCACCGTGGCTTGTGCCTATAATCCCAGCACTTTGAGAGGCCAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAGCGAAACCTTGTCTCTACAAATAATAATTCTAAAAAAATTAGCTGGGAATGGTGGTGTGCTCCTATAGTGCCAGCTACTTGGGAAGCTGAGGCAGAAGGATTGCCTGAGCCCAGGGGGTTGAGGCTGCATAGTAAGCTGTGATTGCATCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCCCATCAGAAAAGAAAAAGAAAGAAATATAATATACCTCCTTTTACATACCCTCATCCTTCTTCCCCATTATAATGCAGTTGTTTAAATATTTCCTCTACATACATTTAGAACCGCATCATAGAGTGTTGTAATTTGTGCTTCAACTGTCAAACATTATTCAGAAAACTCAAAAGGAAAAAGAAAACCTATTTATTACCCATATTGTGGCTTACTGTTTTCTTTCTTCTTATGTTCCAAGGTTCCTGCTTTTTGTTTAGAGTGTTTCTTTAGCCATTCTTTTAAGATAGATCTGCTGGTGATAGACTTACATATTTTTTCCTCATCTTAGTAGGTCTTCATTTCCCCATCATTCCTGAAGGATGTTTTCACCAGATGAAAGATTCACACTTGACAGTTTTCTTTCAGCACTTGAAAAATATTATGTTACTTCCTTCTGGCCTCCATGGCTTTTGATGAGAAATCTGCTGTCATTCAAAAACTTTTTCCCTGTAAGGAAGGTATTATTTTACTCTGGCTACCTTTAAGATTTTTTTCTTCCTTTGCCTTCAGTTTTCAGAAGTTAAATTATGCTGTGTCTTGTTATGGATTTCTTTAGATTAACCTGTTTAGAGTTTGCTCAGCTTCTTACATTTCTAGGTTTATGTCTCTTTCCAAGCTTGGGAATTCTTAAGCTAGATTTTTCTAGTACTTTTTTAGTCCCTCTCTCTTTCTCCTCTCCAGACTGCTAAGGATACAGGTTTTAGATCTCTTGTTAGAAACTGTGTAATTTATAAAGGTACCTGAGACTGTTCATTTTTTTTCAGCCTGTATTCTCTCTGTTGTTCAGATGGAATAACTTTATTTTTCCGTC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Seq C2 exon
AGTCGGGTTTCTCCATTCAAGGACATGATTTTATGCTTCTCTGAAGAGGATTGGTCCCTTCTAGATCCTGCCCAGACTGGCTTCTATGGAGAGTTCATCATTGGGGAGGATTACGGGGTCTCAATGCCTCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162714-ZNF496:NM_032752:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.323 A=NA C2=0.053
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=73.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)