Special

DmeINT0033931 @ dm6

Intron Retention

Gene
Description
The gene Megalin is referred to in FlyBase by the symbol Dmelmgl (CG42611, FBgn0261260). It is a protein_coding_gene from Dmel. It has 5 annotated transcripts and 5 polypeptides (1 unique). Gene sequence location is X:9358496..9500129. Its molecular function is described by: calcium ion binding. It is involved in the biological process described with: chitin-based cuticle development; regulation of adult chitin-containing cuticle pigmentation; regulation of endocytosis. 39 alleles are reported. The phenotypes of these alleles manifest in: wing blade posterior compartment; trichogen cell; adult cuticle; wing blade; procuticle. The phenotypic classes of alleles include: viable; lethal; visible; body color defective; lethal - all die before end of pupal stage; some die during pupal stage. Summary of modENCODE Temporal Expression Profile: Temporal profile ranges from a peak of moderately high expression to a trough of very low expression. Peak expression observed within 06-18 hour embryonic stages, during late pupal stages.
Coordinates
chrX:9471999-9500129:-
Coord C1 exon
chrX:9499886-9500129
Coord A exon
chrX:9472658-9499885
Coord C2 exon
chrX:9471999-9472657
Length
27228 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGAGTGAGT
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
CGCTTATTTCATTAAAGCAGCCC
3' ss Score
2.99
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTCGTCGTGAACGGTCAGCCAGCGCGGCTAATAAGTAACCAACTGTAGTGACAGTGCGATAGTGACTCTGATCCGAACCCGAATCCCAGGCCCACAACAGATACGTCCAGCGTGTGGGCAGCCAGAACAGAGTGACAAGAATATCGGAGCCGACAACAACAGTAAACTGAAAGATAGAAAGAAAGAAAGAAAGGCCAACCTGCCGATTAAATTCCAATTGAGTGTTACGAGTTTTTTTTTCGA
Seq A exon
GTGAGTGCGGCGGTAAATATTTCGATCTTCTTCCCTTTTTTTTTTTTTTGCTGTGCCACCAACAGAAACCGAAAAATGCAAAAATTAAAAACCAATCAGTGAAAATCGCCAAAATTGCCAAAATATCAAATAGAAAAATATGGAAAATAGTTGAATCGAAGAAACGCAGACCGCAAAAATTTATAGAAAGAAAACAAACACACAACACACACACAAAGAAAAAACAAAAGGGGCAGACAGAAAGAAAGCGCTTTTATTATTTTATTTAACGATTTTTCTTCTTGCAATTTTTATTTTGCACACTTTGTTGTTGGGTCAGTCAGTTGGCGGCTTTCGCCACTTTACGAGCAACTTCCTTTTTTGGCCGGAGAAAAACCAGTCTGGCCAAGAGACCAAAAGACCCCTGGCCAAAAGACGTCGGTCGGTGGGCACCAAACACTGCGAATGTAAACAAAACAGCAGCAAACCGTATTTGTTTATGACTCGGCTTGGCCAGGATAAAGCCCAGAGACTTTGAGACCAACTAAATCCCACACCCCCAACCGCCAATCCCGCCCTCACCAAAAATATGATTTGCTAGCATTTCCCCCCATTCCCCGGCCGAGATTCTCAAGTGCGAGAGTTGCAAAAAAAAATGTGGTCCCCCCTCCCCCCTTTTATTGCCGCACCGCGTTGAAACGACACCCGGTGAAAGTTTCCCAGTCGCAACTTAGAACTCTCTTCATTTTCGGGTTTCTTTATTTTTTGCTTGATAAATGAGTCGCTGGCATAGCCCCCGGGGCGGTAAATCATCTCTGCTTGTGGCACTGACAATTTCACAAATTTATATATTTGCCACAACAACCGACCGAAACACTCACAGTCGAAAGTTTTCCACTTCGAGTGCAAATTTGACTGGCTTGGAAAAGTCCAGGCGAGCAAATTGGCCAGAGGTGTTGCCAACGAAAAAAAAAAAAAAAAATGAATTGGTAACGAAAACAATTGACGAAATCGGAAGTGACAGCATGATAGTTCAAGTTCAAACACGCATAATAACTTCATTGAAAACTGTAAACTTGAGAGTAAACAATAGTTTTCAAAGATTTCACGAAGTGTCTTCAGTTCAGCATATTAAATATACCCAAATACGGTTTCAAATTGACATAGATTAGTAATTTAACATAGGAACAGTTAAAAAAGTTAACCAGCTGGTGTGATAATATCTATGAAATTGTTGGTTTCTGGAACTTGAGAGATTCGCAAGTTCTAGCAAGCAGCGGTTGTTAATGCATATGAATACGAGACATCGAGCAATTTCGAAGATATTCCACGCCAGTTATCGCCCCCCCCGCCAGTAACTGGAGGCCAGCTCTAGCTCCCATTTTTAACTGGTTACCCCGCTCGAGAATTCACCATGTCGGCTCTCGGTTTTTTCCTTCGCTTTTCGCTTACTCCACACAACACAAATCGAATTGAATGGCAATCTGGAATATGCCAGGCAGATCCAATTGCATGCCACATATGCAGATGTAATGGGAGAGTTGGCCCACTCGCCACCCCCTTGTAAGCCCCCATCGAAACACCAACACACCCCCCCCCCCCCGGCCGCTTACAAAAATTAAGCCCCCTTAGCCGCCCCGCCAACTGTACCGCTGATCTGCTTGCCTCATTGCCGGTTAGAAAGCCAATGGAACGAGTTTCGTTGAGTGTGCAACTAATTTTCTAAATTGTTGTCGCTGCTGATCGTTGAGCGTGGCAAAAAAAAAGTAAATAAATAAAAAATACACACATTATTTATATGGCCAACGTCGCACAAAGAAATTATCTGTCACCAACATTGGTCATCAATTTTGATGGGTTTTCGGCGTCTAGAATAAGCCCTTTTATCACTGACGTTTTAATCAGATCTCTTCTTCAGAAGTATACAAAATCACGGTATGATCTTGCTTGAAGATGATTTCATTTTGCTAAAACGTGTTTTAATTCACTTTTAAATCATGAATCATAAATATAGGTATTTATGTGACTATTTTATATAGGGTAATACGATAATACAGAATCGTATATACGTACGTACTTTTGTAAAATAAAAAAAATTTAAAAACGGAATAATAAAATGTATATTTATGGAAATTTTTGAACGATGGCATATTTAAATAGATAAATAATTATGAGAGTGTGGGTGATAAGGCAAAGATTTTAGATTCAAAACCATCCATTCATCATTGCGAAGATCGAACTGTCATTTTTGCGATTGATTGATTGAATTTTAATAAAAGTCTTTGAAGTCGGACTTATTTATTATTTTTTTTTTTTATTGGGTTTTTCTTCTCTTGCGAGTGCGTCGTCATCATTTAATGGTGAAGATAGAAGAAGAATTATCCGAGCCCATAGAAGGCGAAGAAGAGGAAGAAGACAGGGCTAAAGAGACAGAGCGAGAAAGAGAGTAGGAGAAAGGGAGAGAGGGATAGAGAAATGTTAATGGATTAGGAAGCGAGCTCAAAAGGCAGCGTAGAAGAAGAATCGAATCTCGGCTACTTGCGACATTAGCCCTCTCCCTCCCACTCCCGCCCGATGAAGGCGGGCGCGAAAGAGAGGGGACGAGAGGGAGAGCGAGAGCGGAATTGAATGGCCAAAGGAAAGGTGAAAAGAGGCAACTTGGCTTAGACGATGATGATGACTGTTTCTTCTGTTTGTGTACGTATGTGTGTGTGTGTGTGCGGACAAACAGGTATCACGCACACACCTACAGACACACTCACACCTGTGCGGAATAACTAAGCAGCGACCCGATTTTCAACAGAGAGCCAGTGAGAGAGATAAGAAGAGAAGAAACAGAGCCAAGAATCCGATCCATGCCATGCGCCTAAAACTATTACAAATCTATAACAAATCTACCACGAATCTACAAACCACAAGAGATCTTTTCACAGATCAATTTTATTGGGATTATTCAAAAATTTCCAGTTTCTGTAGTGGGGTGATTAAAGGAACCTGCATATATGTTAAATGTTTCAAGTCATTTCATTTCATTTTTATTTTAATATTTTAAATCACATTTCTTGTGACACGTGTTACTTCAAAGATTATCCATCAATGTAATTTGTTGATAACTTATCTTTTACATTAGACAATAAAATAAATTGCGTTCCATTTAACAATCAAACGATTTGGTAGTAAAAAGGTATGAAACTCCAACGATATTATGACTACGTTTTCGTTTTGAATAGATAAAAGTGCTTCTGTTAGCTTTCTGATTCTTCTAATTAGTTATTTCAATTCCGATTGATGGAGTTATATTCTTAGGCTCTGCCTTGCATACATAGTATATCTCTAAGCTACATATATATATATAGGCCGAAAACCAATATGCAAAAACCAGAAACAAGTAGTCTTCATATGTAAAACTCTGTTCTCATTAAGTTCTGGACAGGTCATAATGATGTTTCGCCCCGTGTCGTTCCATCGTTCGCTCTGTCTCTTGTGTACTTGGATAAAATAAGATTTTTTTTGTGATTTTGCCGGTTGCCACACCTGAAATTCAGCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTTGCGCCAACGCAGCAGCAGCAAGAACAAGAACGACCAAAACGAAAGACTTAAACGACATACGTGTCTCGCGCTGACGTCGCCGCTCTCTCTCTCGCTCTTTCTCTCATCCTCTCTCGCTCTCTGATTGCTGTGTTTTTTTTTTCAGTTGGTTTCCAAAGGCGCGCCGTCGCAGTTCGAAAACCGCGGCTCTCGCCAGCAAAATAAAAAAAAAAACAACAGCAATTTAATTTAAATAATTACAAAAGAGTCTATTTAAGAAAAAACCTTCTCGAAGAAAGGCAAGAAGAAAAATGGCGCGCGTTCAACAAAGAGAAAATTAGAAACGAAAACGATTTTTTTTTCAAGTGCTGACAAAGTTTGTGTTTTGTTTTCTTTATTTTTTTTGTTTTTGTGTTTGCCCTTTTGCCTGTTTCGTTTTCGGTGTTTCTGTTTTGGTTCTGTTTTTTTTCCATATTTTCTCTATTTTACCTGTTGCATTGGCCTGCCACCAACAACAACAAGAAGAAAGCAACAACAAAAGGATATATTAAGAAAATTTGTAAAGAAAAGTGCCAGCACAAGGATTTTTGCTCTCTCTCTCGCACGATGCTGCTCTCTCGCTCACGCTCGTTCTCTCGCTCTCTGTCTGGATTACGCTCTTCTTTTTGCCAGTGACAGGTAAGCAAAAACAATAACAACCAGAAAATCAGAAAAAAGAAAAACAATTTTCTTGTAATTTTAATTGGAAAACGTGTTACGTTGCACACACAAAAATGTGGAAAACCACCGAAGAAAATCGTTTGAAATTTTTTTTTTTAGACAAACGAAGACATGTGAACCAGAAAAAGAAGAAGCTGTCTCTTGCCGGTCGAGCGGTAAATTAAGTTGTCCCAATCCCCCACACACGACCGCCCCTCCCCCCCATCCAATAGCACTAACTGGCACTCTCTGGTACTTTCTGTACCATCTGTAACTCGGGCTCGGAACGTATTCAATTAGCCAGTTTTGGTATGCAGCATTCTTTTGAGCTACCGAATATATAAGCACTGTGCTTTTTAAGAAAAACTCTTTTTATAGCCAGCCAACTCGAATTTTCCACATGCAACTGGTCAAGGCGAAATATTAATGAGTACAGAATACTAATCAGTAAATATTTTTTCACACCAATACAAGATTTTAGTAACAGCTGTCGAATGATTTCCAGTAGCCATTTATAATGGGTAGATTTTAAAGCTGTTGGTTATGCGTATCCTTTAAATCCTTTAGAAATCCTTTAACATCTTTTAAAGGTATCCTCAAGTCGCTTCTTAAAGGCTCTTTTTAACTTGTGGTTGTCTTTATGCTTAGTTTTGTGCTTCCCGTAACTTTAGTGGGATTCCCCTTACGCTCATCAACTAGCTTGTTGTTAGAATGCGTTTTCTGCGCTTTCCACTTTGGCCCCACCCCCCTTCCGGGTTTTCCGACCC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Seq C2 exon
CCCACCAAAAGAAAAAAATAAATATTCCAAAAAGTAAAACGCAACAAAGCCAGAGGAGCGGGCAACCCTAAAAAAGACAGAAGTGCGGTGGGCAGAGAAGAGGTCACCAGAGGGTCACCAAAAAAAACAAAAAAAAACCGAAACGAACAAGACCCAAATCCGAATCGAGGATTCCCACAGAAACCAAACAGGAAAAGGAGAAAGGAGCGGAGCAGCAAGCGAAGCGCCCGACGAACCAAAAATGAATCCGACGCCCGTGGGCATTGGATTCGGATTTGGTCGCAAGCCGCCCAGCAAGGCCAGAATGCGTTCTCGCTGGCGACCACCATCAGCGACAACCCTGCTGACCCATGACCCCGCCAACGGCGACAGCCATACGGCCGCCGATCCGCTGCAGGTCACTGATGCCGCCCCATCGGGCCCACCATCATCTTCATCATCCTCGCCCATCGGCGACCGCCATTCACAGCATCACAGCAGCAGCGCCATCGATCGGAGGCTGCAGCAGCAGCAGCACCACCAATCACCGCAGCACCATCGTCAGCGCGGCCAGTTGACAACCCTGGCGCTGCTGCTACTGGCCCTTGTGGCCATCAGCAACCTGGAAACCCTGCTCGCCGTGCGCACCGAAGGACCGCGCAACCGTCATGGATCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
FBgn0261260:FBtr0302153:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.864
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
FBpp0310027


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
FBpp0291363, FBpp0310026, FBpp0310028
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Neural diversity
  • Neurogenesis
  • Neuronal activity
  • Splicing factor regulation (brain)
  • Splicing factor regulation (SL2)