DreINT0000250 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059587 | ABR (1 of 2)
Description
active BCR-related [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:81]
Coordinates
chr5:61809559-61823481:+
Coord C1 exon
chr5:61809559-61809737
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr5:61823383-61823481
Length
13645 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTACGA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059587:ENSDART00000082965:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.061
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=PU(10.6=60.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]