DreINT0002216 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103222 | BX005085.5
Description
NA
Coordinates
chr3:7281346-7284821:-
Coord C1 exon
chr3:7284679-7284821
Coord A exon
chr3:7282421-7284678
Coord C2 exon
chr3:7281346-7282420
Length
2258 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTTGGT
5' ss Score
4.39
3' ss Seq
ACTTTTAAACTCTATTTCAGACC
3' ss Score
8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAAGCTCCTCCTCCTTCAGTTCAGCTATAAACACAGGAATATTCCCATCAGGATCAAGTGAAGAGTTTACTGAAGGACAGTGAGAACATGAGTGATCCAGAACCCTGCAGAATTAAACATGAAGATGCTGAACAACAAATAG
Seq A exon
GTTGGTGTTTATTCCTAATTCTTCATTAGTAAGCCAATAATGTTGAAAAGCTTTATCTGAGTTATTGAACAAGCACAAAAAAAAAACAAGTGATTTACATAGTTTCCGCTACATTCAATCTGCCATGGTTGGGGCGCCACACCAAAGTTCATGCCGCCACGGCTACATTACAGCTTCTAATTCCAATAGTATCTGGATGCAGCCTTTATGATGCAAGCTGAGACTGCATCACTCAGCGATGCAATGTCAGACACAATGCACTCAAGTGGAGCGAGTGACGTCACTGTGACGGGTAGGGTTAGGGGTGGGGTGGGGTTAGGTGAGCCCATTAAAAAGCATTGGATGCAGCCCAGATTGCACTGCACCAGGTCTGCAGCCAGACCCCTCTCTCTAATTCACAATTCAGTCATTGTTGTTGTTTTTTTTAATAGCGAGTAATAATCGCACCAAATTGCATTAAAAGGTAAGTGAATTATAATTCCATAATTATACTTTATTTATAGATAAAGGCCTGTGGTTCTGCATACAATGACTATCATGCTGAAGTTTATTGCCGTTTCACTTTACTTCAAAACACATCAATGTCGCTCTGTAAGTCTATTGGAGACATTCATAAACATTTCTAGCAAGTCTAATAAAGGTTGTAGACATACTCGTTACATAAACACTCACACTGCAGCAGCTATTATTTGAGAGCGCACAAGAAGATCTGCGCCTGAGGTCTGTGGTTCTGCATATAATGACTATCATGCTGGAGTTTATTGCCGTTTCACTTTACTTCAGAACACATCAATGTCGCTCTGTAGGTCTATTGGAGACATTCATAAATATTTCTAGCAAGTCTAATAAAGGTTGGAGACATACTCGTTACATAAACACTCACACTGCAGCAGCTTTTATTTGAGAGCGCACAAGAAGATCTGCGCCTGAGCAGTGTATATTTGAGGGCGTGCAAGAAGTTTTGTGCATGAACAGATAAAATCGGCACACAAGTAAAGAGATTCGCATGCTCGTATAACATTGACTTGTAATACTGCGCTCACAACATTTGTCATAGAAATAACGTCATACGTAGTTGAGAGATCTGTGTAAAAGGCATGCTGCAACAGCTGGGATAAATCCTTGAAGAATCCTGTCTTACTCCATATAAAAGGTAGAAAACTAAGCTTTTTTTGCACTGTAACTGATAATCAACAGAATTAAAATTATGGCTTGTATACCCAGGTGTAAAAAATATATAATTAAATGCAATTAAAATACACTTAAATACCTGAAAATACATTTTTAGTACATTGTTATTTTTTTGTGTTAATTAAAAGTTTGATGGTTTTACACTATACATATACTAATTAAAGGTATATTTATACTTCAGTAGGTCTTTAGTACACTTGACAAAGTATACTAAATACCAGTAATACTTAAATACATTTTAGTGTACAACAAGAAAGTACACTACAGAAGAAACATCCAAAAGAGTTTTATTAATGTGTTTTTCAAAAGTATGCTTTAAATGCTTTAAACATTAGTTGATTTTAGTACACTATTTACATACTAATCCTAAGTTTAAAATAAGTTAATATATTAAAAATCTATTAGTAATGTATTGTAGTAGAAGTACATTTTCCCAAATGTTGTACCTAAGTACACTTAATGTGAATGCAATATTATCACTAACACTTAAATAGATTTTGAGTGTGGTAATTTTAAGTTTACATTAAATTGACTTTATTAAAAATCTATTAGTAATGTATTGTAGTAGAAGTAGATTTTCCCAAAATACTTTTAATACAGTATTTAGCACACTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTTGTATATTCTTTTAATATATTAATATTATACTTTAAATTAGTCATAAATATATTTAAATGTTTAAAAGTAGGGTTCAAGTGTATTTCTAGTTGTAACTAAATATATATTTTAAAGAACAGATATAGTATGTTAAAAGCACATTTTAGGTCAGTTTCAGGGTGTCTCAATATAGCACAGTTGAGTGCACTTAGATGGTATTAGGTTTATCTTAACATATACTTAATACTATCTTTTATTACATTAAGTACAAAATTAGTGTGTGAAAATAGAGCACTTTTAGTACATTACTGAAAAATGTACTAAGTATACTTAAATAAAGTAGCTTTTAGTGCACTTTTTTTTCCTGGGTAGCCAATGTTTTTAGCACCTTTTGACTTCAGATTTTCATGAGTTATGACTTAATAAAAACCTGACTTTTAAACTCTATTTCAG
Seq C2 exon
ACCTAATTGAAGAAAATAATGCGAGTAAAGAGGAACAACATGTCAAAGTTGAGGAAAAAAAACATTTACAGACTTGCGGAGACGAGAGTCATTTCACCTGCACTCAGTGTGGAACGAGGTGTAGAGGAAAAGGCGATCTTAGGATTCACATGAGGATCCACACTGAAGAGAAACCATTCACCTGCACTCAGTGTGGGAAGAGCTTTAGCCAATTATCAAACCTTAATAAACACATGAAGATCCACACTGGGGAGAAACCATTCACATGTACGCAGTGTGGGAAGAGTTTCATCTTCTTATCAAACCTTAATATACATATGAAGATCCACACAGGAGAGAAACCATTCAGATGCACTCAGTGTGGGAAGAGTTTCAGCCGATCATCCAACCTTAATCAACACATGAAGATCCACACTGGAGAGAAACCATTCACCTGCACTCAGTGTGGGAAGAGTTTCATCTTCTCATCAAACTTTAATAAACACATGAATATCCACACTGGAGAGGAACCATTGACATGCGCTCAGTGTGGGAAGAGCTTTAGCCAATTATCAAACCTCAATCTACACATGAAGATCCACACTGGAGAGAAGCTATTCACTTGTATTCAATGTGGGAAGAGCTTCAGCAGATCATCCAACCTTAATCTACACATAAAGACCCACACTGGAGAGAAACCATACACATGCGCTCAGTGTGGGAAGAGCTTCAGCAGATCATCTAACCTCAATCAACACATGAAGATCCACACTGGAGAGAAACCATTCATATGCACTCAGTGTGGGAAGAGTTTCAGCCATTCATCATCCGTTAATCGGCACATGAGGATACACACTGGAGTAGGCATGGGATAATTACCGTTTTCAAGGTATACCGCATGTTACGGTTTAATTAAGTTGTCTAGGGAAAATAAACGTAACACTTATAATATTAAATTATTACTGTGAAGATGGATGGAAAATACACCAGGACACCAACATTTACAGTCAATTCGTTTATTCCTCTTACGAGGAGAAGAAAAATAAAGCCAACAAAAGAGAGGCTTACATGCGTGCGCTTTGTACAATGTATGTAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103222:ENSDART00000162162:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.895 A=NA C2=0.123
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]