DreINT0002592 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068460 | BX842701.1
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1Q7R5]
Coordinates
chr7:39193185-39198722:-
Coord C1 exon
chr7:39198677-39198722
Coord A exon
chr7:39193265-39198676
Coord C2 exon
chr7:39193185-39193264
Length
5412 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
ATTCACTTCTGTCGCTGTAGGTA
3' ss Score
8.26
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGGGGGCACCATTGTGAGTTATATGGATGGGTGCTGCAAAACAT
Seq A exon
GTGAGTACAGAGCATACATTCTTTTGTTCATCTCTGCTCTATAACAAGAAACATGGGTAACATTACCAGCTAAAAGCTCTGGTTCCTTCACAAGCCACTTGAGCTTAGTATGACAAATGCAATCATCAGGTATTCTTGCATATCCCCATTCACACTTTATATTGATATGACACGAGTAAATCCAGTAAACATGAATTTAAATAAACAGAAAAAAATTAGAATTGTGTAATTTTTTAAAATCTAAACATTGTTGATGTGTTCCACCATTTTGTGCTTTAGCTCAAGATGCTAACCTCAAACTAGAAACCACACGGCATGTTTAAAACTGAATCTTATGTATTTCATCATATTATTGTTTTTTAAAAAGTGAACGAGAAATTCACTGAAATGTCACAATAACAGAGTTAAAGGTCCCTTGAATTTAAAATAAAGCCTTTTAGCTTGTTAGTTTTAGTATGTTAGATTTAAGGATATCTATAATAGGACAGGATATTCATAATAATAATATTTATTCTAAATTTATAATACTAATTTATATTAAATTGTCACGGTGGTCTAACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTTGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGCTTTTCTGTTTTGAGTTTGCATGTTCTTCCACTGTTTGCATGGGTTTCCTCCGAGCGCTCTGGTTTCCCCCACAAGTCAAAAGACATGCGGTATAGATGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGTGTGTGAGTGATAGTGTATGGGTTTATCCCAGTGATGGATTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACGTATGCTGGATAAGGTGGTGGTTTATTCCGCTGTGGTGACCTCAGATTGATAAGGGGACTCAGCTGACAAGAAAATGAATGAACGAATGAATGAAACCTGATATAAACATCCAAAGCTTGCAGCTTGTCACTTCCGCCTAAATAAATCAACAATTTTACAAAATTTGGCCAATCAAATGCTCTCTAGTATCTGACATGTTCCACCCCGTTTAGATGCTGATCATTTGCTTTTTATTTGATGTACTTGGGCTCAACCTTGTGCTTGAGCTGTGATTAAAAAACAATCTCTATTGGCTGTTTTATAAAAGGGAGGAGCTACTCTAAGTCCATTTTTTTAGTTGAGATTAGATCAGTCATTCATTTATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGTTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTGGCCACAGTGGAATGAACCACCAACTTATCCAGCAAGTTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCCACAACCCATCTCTGGGAAACATCAACACACAAACATTCACACACACACACTCATACACTACAGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCACCCGGAGGAATCCCAAGCGAACGCAGGGAGAACATGGTCCAGGGAGAACAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCGAGGCTTGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGTGCCACTGCTTCGCCCCCATGATTAGGTCAAACATTGAATAAAAAATGCACATTTCAAAGCAGTTTACAGGATCTTTAACAAATAATTAATCTTAACTGGTCTATCCTAAACCTTTTGTACAAATGAATAAGAAAAGAAAAAATTACATGCTTTATTGCAGGCGTGGCCAACCCTGATCCTGGTGATCTTCCTTCCTGCAGATTTCAGTTGCAACCCATATCAAACGCACCTGCCTGTAATTATGGAGTGTTGTTTAGGTCCTAATTAATTGGTTCAAGTGTGTTTGACCAGTGTTGGAGCTGAACTTTGCAGGAAGGTTGATCTCCAGAAACAGGGTTGAGCACCACTGCTTTATAGAGTCCTCCACATGCAATAGGCTTGTCACGTTGAGTGCTTTTTTTGGTGTGCGATATATTGCGCCAGATATGTTAACAGTTATAATTCTAATTAGTGTGAACATTTCCAGTCATTTTATGCTGCCAATCTATTTTAATTTATTTTTCCAAACCTTTATAATGCCTTAACCTTTTAAGAGCAGATGAGGTGACATCGCCTAAAACATTGTTGACAATCACTATTATGTAAACATAATGGGCAATATATCACATGACCAAAATTATTAAGGTCATCATCACCATGGTAAGTTGATATACTGTAGTAATTACCACATCAGGCCTAACAGCACACACCAGGAAAAAATTCTTTTCTTGCATCAGGCTGAGTATAACATTTTGTAACAATCTCTCCAGGCGCTGTGAACTCCCTGTTCCCCTTCTCTGTTAGCCCTTTGAAACCCACAGTTAACACAAACTGTGAACAAGGTACCTGATACTAACATCAGACCTCGAGGCTCGCCATCACCATTGTTGATTTCCAACAATGTACTCCCTACTATTAAAACAATACAGGACTCTCAACAGATCTGAAGATAACTAAGTCATTTTTATCTCTAGATACTTTCCTACCAGATGTTTCTTGGAAGCAGCTAAATCTTTCCCCATTTTGCTCTTTCGGGCAGTGCATTGTTGATTGCCAACAATGTACTGTTGGTAGTGGCCGTTTAGAGAGTTTCTGTAGCTCTGCATGGGTGCTTAGGCTGTAGCCTCTAATCATATAGTGTGTGTAGTTTGTGGTATCGGGGTGTAATTAATGTTTTGAGTGATATGGCAAGCAAAACGTCCTCCACATCTGTTGGCTCCTTCAATTTCTATTGCCTTTCCTGCCACATCACTCAAACCATTAAAGCTTCTGTTCACTATTGATCTATACTCTTTTGTTTGGGAAATCAAGTATTGTGTCTCATTTTGGGATTTTTTGTTTTGCTTTTGAGGTGGTGGACAAGAATTGATTTTGTGTACAAGTAAATTTTACGTTGTCTCAATATTTTCAGTAGATGAGTAGCTAGTATTATAGTGATTTATTCATCAGCTAAGTGGGGAAAGAAATTTATTATTTCCACTCTCAATTTAAGTAACAGTTATTCAATTCGTGCGAATATAAAGCTGTTAACTCTAGAGGAGAATACTAAACAGTGAACTATTAATTATGGTTAACTTTAGAGCCCTGCACATGACATTTAAGAAAAAAAAATTGTATATTGAAGTCACGATTTAACCACCAAGACTAACAAACTACCTCTAAGATTAACAAACGTTAACAAACTTAACAATCCAGTGCATTTTACTAATTTGTTCCCTCATTTGACCTAATTGTGGCCTCTCATAATAATTAGTTACTCTGCCGTAGTTATTATGTCAACATGAGGGAACAAAACAGTTGAGTCATACCACAATTACTAAAACAAATAGGGAACAAATAAAAAGCTTGCAAAAGTGAATTTAAATTTGGATTCAAAATTGAACTAAAAAGAAACAAAATATTAAATTGCGTGGCCAAGTTGTAATACATACTGTGATATTATTGTTATAATTAGATCAAAATGAAGGAACAATTCAGTTCAGTGTGACCATAATTAAAAAATAAGGGAACAAATTATTAAGGCATGTAATTTGTAATCTGTAATTTGTAAAAAAAATAAAAATCATCATAGCCACAGTTTACTAATTTGTTCACTGATTTTATTTAAGGAACAAATTCTTAGAAAACTTATTGTAAATTTTTGGGCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAACTGTAATATACACTTAACAGCCACTTTATTAGGTGCAAATTACTAGTACCGAGTTGGACCCACTTTTGCCTTCATAACTGTTTTAATCCTCATGGCATAGATTCAACAAGGTACTGAAAATATTTCTCGGAGATTTTGGTCCATATTGAATGATTGCATCACGCAGTTGCTGCAGATGTTCAGCTGCACATCTATGATGAAGTTTTTTTTTTTTTTTAACTGGATCGAGCTGGTGACTGTGGAGGCCATTTAATTACAGTGAACTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTCACGCTTTATGACATGGCGCATTATCTTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATGGGTACAGTGTGGTCATAAAGGGATGGACATGGGCAACAACAACACTCAGGTAGACTGTGGCATTGACATAGTGCTCAATTGGTACTAATGGGCCCGAAGAGTGCCAAGAAAATATTCCCCACACACCATTACACTACCACCAGCAGCCTTAACTGTTGATACAAGGCAGGATGGATCCATGCTTTCATGTTGTTGATGCCAATTTCTGACTCTACCATCAGAATGTTGCAGCAAAAATCGAGACTCATCAGACCAGGCAACGTTTTTCCAATCTTCTATTGTGCAGTTTTGGTGAGCCTTTGCAAATCGTAGCCTCAGTTTGCTGTTGTTAGCTGACAGGAGTGGCACCCGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCGCCTCAAGATTTGAAGTGTTGTGCATTCAGAGTTGCTCTTCTGCATACCTTGGTTGTAACAAGTAGTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTCTATTAGCTTGAACCAATCAATCCATTCTCCTCTGACCTCTGGCATCAACAAGGCATTTGCATCCACAGAACTGCCGCTCACTGGATATTTTATCTTTTTCGGACCATTACCCTAAAGATGGTTGTGCGTGAAAAATCACATTAAATCAGCAGTTTCTGAAATACTCAGACCAGCCTGTCTAGCACCAACAACCATGCCATGTTTGAAGTCACTTAAATCACCTTTCTTCCCCATTCTGATGCTCAGTTTGAACTGCAGCAGATTGTCTTGACCATGTCTACATGCCTAAATGCATTGAGTTGCTGCCATGTGATTGGCTGGAAATTTGCCTCAACGAGCAGTTGGGCAAGTGTACCTAATAAAGTGACCGGTGAGTGTATACAGTATGTCTATATGTAATATTTTTTTCA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Seq C2 exon
GTAAAGAAGATGGGAAATCATGTCAAAAAGTGACAGTGAGGATGACCATTAGAAAGAACGACTGCCGTAGCAACAGACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068460:ENSDART00000083804:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]