DreINT0004080 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101365 | CABZ01021430.1
Description
NA
Coordinates
chr4:71622086-71633575:-
Coord C1 exon
chr4:71633444-71633575
Coord A exon
chr4:71625803-71633443
Coord C2 exon
chr4:71622086-71625802
Length
7641 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
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3' ss Score
9.42
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101365:ENSDART00000169996:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.310 A=NA C2=0.137
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]