DreINT0004097 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011283 | CABZ01024426.1
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1QJ68]
Coordinates
chr2:56641206-56649798:-
Coord C1 exon
chr2:56649664-56649798
Coord A exon
chr2:56641897-56649663
Coord C2 exon
chr2:56641206-56641896
Length
7767 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
CATCTTGTTGTGTCTATTAGATA
3' ss Score
7.2
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGGACAGATGTTGTTTCTCTGTCACCATGGCTTGCTCCAATCATTTGGGAGGGGACTTTTGACCCAGCGCTGATTGATTTAATCTACAAACAATATAACTTCACTATAGCCACCACTGTCTTCGCTTTGGGAAA
Seq A exon
GTGAGTTTTGCTTTTCTGTTAAATACAATATATATGTATATTTTATTAGGTATGCATATTAGGAATATCATATCATTATCAGAGGTGCGTAGAGTTCCCAAAATCTATGCTTTTAAAAGTGCAAGTACTTGCAGAAATTTTTACTCAAGTAAAAGTAACAATCTTAAAAAGTTACTCGAGTAAAAGTAAATAAAAAGTTTAAAAAAGTTTAAAAAATATATCAAAAGTTTTTTTAAATTGTAAAGTAATCAGTGTTTTTGAAACTAATTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTGATTATAAGCAAGTTTGGCATGCTGTCCCGGGAGAGAGCCCTGAGCTCGAAGGTTCTTGAGCCCTGGGCTCCCTCCCGTTTGGAGGAAGAGAGGGGAGCCTCGAGCTCAGGTAGATCTCGACAACTCCCCTTTTTATAATAGCTAAAGATTAAGATTGAAGGCTATTAAAAGATATGCTGCATTATTAGATTACCTGTATTGAAATTTAGATTTAACGATTAACTTGTTGTACATGTTTTTGGAATGTGGGAGGAAACCGGAGAACCCGGGGAAAACCCACGCAAGCACGGGAAGAACATGCAAACTACACACAGAAACGACCACCGGCCTGTTAAGGAACTAGAACCGGTGACGTTCTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTAGTCACTGAGCCACCGTGCTGCCCTATGGAGGGAAAGGTGAAAAGGTAGGGGTGGAAGGGGGGATTCTTCAAATCGAAGATGACTGTAGTGAGAAAACCCTGGCTCTTTATAGTGGTTAGGAATGGCCTGATTGGTGGATCAAGCATGCTAATGCAGAACCAGCCGTGTTCAATCATAATCACGTGCTCCTCTCGAAATTAGTTTATGAATAAACTTCACTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTGATTATAAGCAAGTTTGGCATGCTGTCCCGGGAGAGAGCCCTGAGCTCGAAGGTTCTTGAGCCCTGGGCTCCCTCCCGTTTGGAGGAAGAGAGGGGAGCCTCGAGCTCAGGTAGATCTCGACAACTCCCCAAAATGCTCCGCTCGGGACAGCAGCCGCGTATTTGAAGAACCCCCCAAAAGGCACAGGAGATTAATGCCATATCCGGCTGCTGAAAAGTGATACAGAAATAGCTTGGAGGAGCAACAGAGACTGGTGTGGGTGTAAAAATTAACTGAAAGTGCTTATGTATGACTATGTGTGCTCCCGGGTTCTGTTAATTGTAAGGACCAGCGGGAGAGTGAGTGGGGTAAGTGTAAAGGTTTAAAACATATGTGGTGAGTTTCGTAAAGGTTTAGTATAGTAGTGATGGAAAATAAAGCTGTAAGGTTCTGCGGAGCTGTAGCTGCAGATGAGAAGCGGTTAACTGATTAACCGCTTTGGCAGTCCAATGGGGAGTGTGTCAGTAGTGGTATGGATAAATGGTAGTGTGCGTGAGCTCCGGTGGAGCGACACTGCTGCAGCAGTGGTGCAGGGGGGATGAAGCTCGGCTGAGCGTTTTTGCGACTGCAGAGGTGCGATGGTAGTCAGTACTAAGGGGAAGAATACGCTTCTGCAGCAGCGTTTTAACTGCTTTAGCAGTGCTGGGAGTGACAGAAGTGGTATAAGTGTAATGGAAGTGTGCATGAGCTCCAGCAGAGCGTCACTGCTGCAGCAGTGGTGCAGGGGATGTAAATGATGCTCGGCTGAGCGTCTCTGCTGCTGCAGAGGTGCAATGGAAGTCAGTATTTGTAAGGGAAATACGCCTCCGCAGGGACGTTTAACTGCTTTAGCAGTGCTGGAGAGTGTATCAGTATTGGGTTGCTAAATGAAAGTGTATATGCGCTCGCTGAGCGTCACTGCTGCGGCAGTGATGTGGAGGGGAGTGATGCTCGGCTGAGCGTCTCTGCGACTGCAGAGGTGCGGTGGTAGTCAGTCCTAAGGGGAAGAATACGCTTCTGCAGCAGCGTTTTAACTGCTTTAGCAGTGCTGGGAGTGACAGAAGTGGTATAAGTGTAATGGAAGTGTGCATGAGCTCCAGCAGAGCGTCACTGCTGCAGCAGTGGTGCAGGGGATGTAAATGATGCTCGGCTGAGCGTCTCTGCTGCTGCAGAGGTGCAATGGAAGTCAGTATCTGGAAGGTAAATACGCCTTCGCAGAGACGTTTAACTGCTTTGGCAGTGCTGGAGAGTGTATCAGTAGTGGATTGCTAAGTGGAAGTGTATATGCGCTCGCTAAGCGTCACTGCTGCGGCAGTGATGTAGAGGGGAGTGATGCTCGGCTGAGCGTCTCTGCGGCTGCAGAGGTGCGGTGAAAGTCAGTTTCTAAAGGGAAGTGCGCTTTGGAGAGCTGATTAACAGCTGTGTAGCAGATAGGAATCAGACACAGTAGAGCGACTCTGTGGCTGCAGGGGTGCATAGGTATTCAGAGTCTGGTGCATTATATGTGTGAAAGCAATACATGTTCCCGCTAAGCCTTTACAGCTGTATTATAGCGGGGAGTGTGGTGATGGAAAATAAATTGATACTACAATGCAATGTAATTAAGTGGAGCTGCTGTAAAGGTGTGATGGTGGTCAGTATGTAAGCAATACGAGTTCCCGCTAAGCCTTTATGGCTGTATTGTTGCGGGGAGTGTGGTGATGGAGAATAAATTGATGCTACAATGCAATGTAATTAAGTGGAGCTGCTGTAGAGGTGTAATTGTAGTCAGTATGGAAGCAATACGAGTTCCCGCTACGCCTTTACGGCTGTATTATTGCGGCGGAGTGTGATAATGGTAAAATTTTTTGAAAAGTGTACATGTGAGCTTTTAAAGAGCTTCACTGCTGTGGCAGTGGGAGCTTGGGGCTACCCCTGTGGGAGTCCGAGCTGCGGAGAATGAGTGCAAGTGAAATTAAAAAATTATGAAGAGAAAGAGAAGGGAAGTTTAATAAAATAAAAAGGAAAGTTTAGTAAAAATGAGTCCTATGCAACTAAGACAGAAAGTAGGAAGAACAGACAGAGTCGTGCTGCTTGGAAACTAGGTTGAAGTCTGCAACCGAGAATCAGCTGGGCTTCTCTGAGGAAATATTGGCTGGGGCAAATTGAGGATTTAGAGGTGTTAGAGGACCAATGACAGAGTTTATATCTGTTGTTGGAAGACTGTTCAGGCAGGGCGTCACTGCTGCAGCATTGGTGCAGGGTAAAAAATAATCTCAGCAGAGCTTCTCTGCAGTTACAGAAGTGCAATAAAATCAGTGGTGCAGAGAATTAAGGCTAAACAGCCGTCTCTGCAGTTGCAGCTCAGGCAAAGCTTAACTGTTGCAGCAGTGGTGCAGAGGGAGAATAAGGCTCGGCAAAGCGTCTCTGCAAGAGCAGAGGTGCAGTGGTACTCAGTATTCGAGTCTCACATGGAAATACTAAGTACTATTAGCAGTGATATTTAGAGATGAAAGTGAAAAAGGGGCTCAGCTAGAGCGTCACTGCAGTTGCAGTGATGTTAATGGGGTGTATAGTTAAGTGGAGCACCTAAACAGTCGATATTAGTAAGTTTTGAGTGCTCCCGCAGGGACGTTAAATACTGCCTTTAGTGATATGTAAAGATGAAGGTGAATAAGGCATATGCTAGAGGGTCACTGCGGTAGCAGTGGTGCTTTGGGTGTGCAACTCTGCGGAGCATTTCTGCGGCTGCAGTGGTGTAGTGGGCCAGTATGGAGGCAACTTGTGCTCCCGCAGAAGCATTTACTGCTGTATTAGTGCGGGGAGTGCAACGATAGTGGTATTTAGAAAATTTGTAAGCGTATGCAAGCTCATTTAGAACGTTCCTGTTGCAGCAACTGAAACTCAAGACAACCCCTGAATTGGTCGGAGCTGTGGTGAATGAAAGTGAATAGAAGTATAGGATAGTTTAAATTTGGAGAGAAAAAGTTAAAGCTAGAAAAACAGGGAAGGGTAGTGAAGGAGCTCCTATGTTAAATAGGAAGGGAAATAGGAAGGAAATGACAGAGTCATACTTCATACCCAATAATGCATGATGGTGGAAGTTGGCTGGAGAGGATCGGCTGGGCTTCCCCGAGGTGGTATTGCTCTTCTGTGGTGTAAAAATGCTAAGAGGTTTAGAACCAGGGCCGGAGTGGGACACCTTTTCAGCTCTGGAGTTTCAAGCCTCAGACCGGCCCACCTCAGTTCACGACTGACTATATTAAAATAAGTAAATAAATATTTCCAAATCAGTTTCTAATGGCACTATCATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAAACAGCTGCTTTAGAACTTCAAATGTTCTACAACCCTAACAGTATTATATGTCTTATCAAAAAATGAAAACACTAAATTACTCTAGCAAGGATCGAACCCAGGTCCGCAGCGTCTTAACCTAACGTGCCAACCACTCGACCACAACAAAAGAGAAAAGTTGTGGTAAAATAATGAATAAAAAGCTGTGGTCAAGTAAATGAATTAAAAAAGTGTCACTGCTGAGAGCAACAGATTCTGGAGCTAGGGACACCGGCCCTCGCGGCCAAAAAAAAAACAGACCGGCCCACCGGGAATTCTCCCGGTCCTCCCGATTAGCCAATCCGGGCCTGTTTAGAACAGGTGTGTGGGGGAACGGATATCATCCTGCATCCCTTCATCCTGCGAAGATAGATCAGATATGGTTAGGTGTATCGTTGGATTGAAATGTCATACTTAGTTCAGAAGACTTAAATTATAAAGGCTAGTGTGAATATGGCATCGAGGGTGTGGGCTATGTGAGTGGAAAAGTGTCATTTGCAAAGAGTGTAAATGTATTTAGAAATGGATGTGGAGTGTAATAGGTTGGATGAGGGTCAGCTTCTGCAACCAGCTGACATGATCTCTGAAATGAGAAAAACAAGAGAGAATCAGAAATGACATTACAACATGGTACATGTATGGCAAACACAATGAATTATTTAGCTGATAACCATGCGGGGCGTCTTAATAAGAGCATGGGCAACTA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Seq C2 exon
ATACACACGATTCCTCAAAGATCTTCTGGAGTCGGCGGAGCAGCATTACTTCATTGGATATCGAGTGCATTATTACCTGTTCACAGATAAACCAGAAGCAGTTCCCGAAGTGAAGATGTCAGAAAACCATCGCTTGACCGTCAGGAGAGTCCCCAGTTTGGACAGATGGCAGGACATCAGCATGGGCAGGATGGAGATACTGGAAAAACTCATAGCAAACGAACTAATAAACGAATCCGACTTTATTTTCTGCCTTGACGTGGATACTAAGTTCTATGGCCACTGGGGAGCAGAAACTTTGGGTCGACTGGTGGGTATAATTCATCCCTGGTTTTATGACTTTCCGAGGAATAAATTCACATATGAACGAAGACGGGAATCTGCAGCGTTCATTCCTGATGGAGAAGGAGATTATTATTACACCGCTGCAGCATTCGGTGGCATGTTGGAGGACGTTTATCAGCTGACTAAAACCTGCCGTCAGCAGATGAATATCGATCGTGAAAACTCCATAGAGGCGATATGGCATGAAGAGTCTCACCTGAACAAGTATTTCCTTTATAATAAACCCACAAAGCTGCTGTCTCCAGAATACCTGTGGCGAGATATAAACATTCCCGCAGATCAAATCAGAGTCGTTCGATTTTCTCACATCGCTAAAAACAATAGTGAAGTTCGCTCGCATCACTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011283:ENSDART00000014831:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.017
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF034148=Glyco_transf_6=FE(16.0=100)
A:
NA
C2:
PF034148=Glyco_transf_6=PD(80.8=98.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]