DreINT0007483 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000056530 | CPAMD8
Description
C3 and PZP-like, alpha-2-macroglobulin domain containing 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23228]
Coordinates
chr22:21255614-21259046:+
Coord C1 exon
chr22:21255614-21255750
Coord A exon
chr22:21255751-21258890
Coord C2 exon
chr22:21258891-21259046
Length
3140 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTCTTTTTATTCAACTACAGGAC
3' ss Score
9.17
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGTGTCAGCCGAAGTTGAGATGACAGCTTATGGTCTACTCACCTACACACTTCTGGGTGATGTGGCTTCAGCTCTTCCTGTAGTTAAATGGTTGTCACAACAAAGGAACGCCCTGGGTGGTTTTTCCTCAACACAG
Seq A exon
GTAAGAAAAACAAATATTTTGTTTTTCAGCCCTTGGTTTTCTAGATTTTTGAAGTGTGTGTAGAACGAATTTTATGCAGATGTTTTGTTTGTCTACATATAATCAACTGCATTTGCTAAAATGTGCAACATTTCACAATGCAATGAATTCCTTACAGCTTGTACAATTTTTCCATTATCCATCAAACGCTTACAGTTGAACACGAATCAACTATGTTCAAGGGGTATCACGATACTGGAATTCGATACCAATTGGTACTGTAATTTTAAAAACGTCCATTTACCACAAGCATTTAAGAGCTGAGGAGCACGTTCTTAAACAGCGCTGATTTGCCATTGTGTTCACATGCTCAACAGAAAAGACCGTGATTGGCCGTGAAGGTCATCAGTTCACTGAATCACTGCTGTTTACTGATTGTAACCACAGATACAAGGACACTGGAGCGTTTCAAAGTCAAGTCAATCAGCTGGTTTGTCTATAGGCTGACACACGAGCCACCCGCTAATGAATCGTGGCTTTAAAACGTGCTCCACAGTGCTTAAATGTTCATTTTTAAAATGTCAGTACCAATTGGTATGAAAAGGCTATTGGCCAAAAGACTATAACTGCAAAAAAAAAAAAAAAAACTATAATTTGATTTCTTTTCGGAAACTCAGCCGCGTGCGTGTCAAACTTTTGTTGAATTCCGGCTTCCAAAGATTTGATCACTGCCATTATTGAAGCCCCATCAAACATGCTGGTTTTATCTTTGGCCGACTGCGGGCCCATTAGAGCTCGCCAAATATGTCTTTTTCTGACGCGGAGCTTTCGACTTCGAGGCGTAAAGTTCAGAAATAGTCAACAAAACAAGCTAGCAGCTGCAGCAATAAACTTGAAGTAGGCTATAACTATGTATTTAGTAATTTTAAGAATTAGTTTGCAGAGCTCCCGACTTTGCGACTTCACATGGTGGACGCTAAACCGAAAGTCCTATAATTTGATTTCTAAGATGATAATTAAGCACAATTTGTACTGATCAGATGTCATATTTCAGTGTCTGCTTCCAAATTATTATTTTTTTTTATAAAAATAGAAAATAAAATGCATATTAAAGTAAAATGTCTATTTTAACGTCAGTTTAATGCTTCTGTGAAAATTAAAACGTCAAAATTGTATAATTATAATGTTCCAACACCATTCAGTAATGAGGATGGAAGTAATGCAAGCCTCACTCAATAATGTTCCATCAATGTTCAGTAAAAATTTCATTTTAATGTCTTCTGTGAAAATCAAAATATGTATAAAAATAATGTTCCATCATCATTTAGTGTATAACTACCTAAAACTAAACTGGCATACTTTATCTGGGAGGTACTCCTATTAATCTTAAAAAGGAAGATAGATATCTATTTAAGAAGATTTTGGCAACAAGTAAAAAAGCTATAACCTGGAAATGGTATAACGAAGAGCCACCAACTAAAGATGAATGGTTCAAAATTATAGCAGAAGTTAAGGAAATGGGAAAAATGACACATGCACTTTGATTACAATTAGAAACCTTTGAAAAGAAATGGAGTAAATGGCTGGCTTTCCCCTCAACGAGAATATAATTATTTATAATTAAACATTTACATAATTCTAGAGGTTATGTATCATTGTGAAAATATGTTTGGCAACCTTTTATTATATTTTATTTTATACTTATTTATATATTTATTTTGATGAGGTTAATTTAATATTTTTATGCATGTACGTACAGTATATGGATATACATGTGTGAAATGGATGTATTTGCCTATATAAATATGTATTTTATGTATATTTATGTATATATGTATTATTTTTATTTGCTTGTTTGTTCCCACTGGTTATATGTTCCTAACAAATCAATAAAAACGAAGTTAAAAAAACTGAACTGGCACACTTTATCGGAGTTGTGCTTATTGAAATAGATTAAGAGTCTTTATCTTAAAATGTATTTAAATGTAAAGCATTCAAAAAATTTTGACAAAGAAGTTTAAAGGATTTTTCTGAAATATAAAGATTTAAAATGACAACAAGTGTTTTGTTTTTATGTTTTTTTAATGTCCTCAAATGATTCTTGTTTTAAAAACATTTTTGTATCTTACAGTTTAGTCTTCAGTAAATCATGGTAAAAATGGATTATAGTTATATTTTACTTATTTTTGTCCTGACCCACTTGAAACTTAGTCCAGTTAAAATGACCAATCAAAATGCTGGGTAGTGGTTACACCAAGTAGTATAGGGTTCATACAGTAATGGGAAACCTGGAAAAGTCATGGAATTTTGACATGGCATTTTCCAGGCCTGGAAAAGTTTTGGAAAAACAGAAAAACCTGCAAGGTTTTGGAAAAGTATTGGAAATTTCATTTACATTTAGCAGACATTTTTGCCCAAAGCGACTTAAGCTGTGGTCACACTTGTGCTTAGAAAATTCTGTCGGACGATGCTGCAAAAAGGATCAGGATATTTATAAAAGTAAGCTATTGCTCCATATTTTAGATTTATTATTTTAAATGATCTTCTACTGGTCTCACACAATCACCTGTTGTAATTTCGCAGGAAAGAATTCACCAAGCTTAAGCTTTCGAATGCAGTGAAATGCAAATAATGTGCTTGTGTTTCTGGTCTGCCGCATTTGCTTGCCTAAAATTGGAAGTCTAGAGCGAAAAGTGCAGTGTGATCGCAGCTTTAAAATAGAAGTAGTTTTACTAATATTACTATTACTATAATTATTGTTAACTATTACTACTTTAATAAACTATTACCTTCATCTAAAATTAGTTTGACAAATATCTGTATATTGGAATGGAGTTTAGTTGTTTTTACTTCTTTTCTCAGCCAAAACATGCTCTCACATTATTAGTGCTGTGTAAGAATCAATTATTTTACATAGATATAAAAATAATTTGAACTATTGCATGTTTTATGTTATGCTATAATAAATGTAAACGTTTCTTATAATTGACCACGTATATGTAGGCATTACATTAAACATTAGGTCATGAAAATTGACTTGAAAGTCCTGGAAAAGTCATGGAGTTTTTGTAGTAAAAATGTGCATGAACCCTGATTATAGTATAAGTAAAGTAGAATTGCTCTATTAAACCTGGGCTTCTTTTCTTTTTATTCAACTACAG
Seq C2 exon
GACACTTGTGTGGCATTGCAGGCTCTGTCCGAATATGCGATCCTGTCATATGTGGGCGGAGTAAATCTCACTATATCTCTGGCTTCAACTAATCTGGATTTTCAAGAAACTTTTGAACTTCAGTGGGACAACAAGAAGATTCTACAAAAAGCTGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000056530:ENSDART00000134893:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF076789=A2M_comp=FE(18.0=100)
A:
NA
C2:
PF076789=A2M_comp=PD(5.2=25.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]