DreINT0008919 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063578 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr4:4627260-4629809:-
Coord C1 exon
chr4:4629736-4629809
Coord A exon
chr4:4627372-4629735
Coord C2 exon
chr4:4627260-4627371
Length
2364 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGA
5' ss Score
5.11
3' ss Seq
AACACTGCTGATCCCTGCAGATA
3' ss Score
8.27
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTGACGGCACCGATCTCACAGCCAAGATCCAGGAGCTCAAGTTTCAGTGCATCGTCTTCTTGAATATTCCCAG
Seq A exon
GTTTGATGCTGAAATGAGCAGCCATACTCTGCAGGGTTTTTATAATGAGATAAACATAAAACCCATACAAATCAAAGACCTTAAATAAATAAATAAATAAATAAGCATTATTATTATTGGTATGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTATGTTATTATATTTCTATTAATATTATTATTATTATTATTATTATTATTACGCAGAAAATAATAATAATAATAATAAAAAATAATAATAATAATAATAATTTAATAATATTTATTATTAGTAGTAGTGTTATTATAGCTCTATTATTATTATTATTATTATTGTTGTTCTTGTTCTTGTTGTTATTATTATCACCAAAACAAGTGGCCTGTTTTTATTGTTCTAATGCAAAACTAATCAAATATATAATTATTATTATTAAAGTCGTATGTGAATTACCGTTAACAAATTAGATTAACAAATACTAATATCAATACTGTAAAATATGTGTAAAATATTTACAAACATATTTTAGGGTAAGTTTTTTTTTGTTTTTAGTCCAATTATAACACTGTGTTATTATATTTTTATTATTGGTAATATTATCACAAAGATAATAATAAAAATAATAACATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAATGATAGCATTATGATGATGATGATGATGATAATATTAACAATGATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAGTATTATGATAATAATAATAATAATAATAGTAATAGCATAATAATAAAAATAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAGCATAATAATAATAATAATAATAAAACAATAATAGACTAATGATAATAATATTAATATTAATATTAATAATAAGGATAAAACATTAATATATGTATTAAAATGCCAAACATTTAGGTAAAATATTGACAAAACATATTGCGGGGTAGGTTTTTAAATTCAATTTATAGTCCCATTTTTTTGGGGGGTTGTCCAAAACGGAACCAACATTATTAGAATGTAATAAACGCTGCACATGTTTATAGTCTGAGTTAACTAATAAGATATTTCAGTAAACTGTTATCATTTATTAATCATAAACATTATCTGGTAGAATGTAGAATTCAGGCATTAAATATGAAAAATAATTGATAAAAATATGTGAATAACCCCTGACAGCGCTCTTTGAAAACATGTTTTTCTGTCTAGTCTGAAACGTTGTAAATGTCAGGACAGAACCGCTAATAATGGCCTTTGCTAACACATTATTATGATAGTTGGTGCCAAGAAAAAAACAATTGTGCACAGATGATTAATGCGATGTTTTCCCCATAACACTGTTAAAATGTGGAGCTTGAAAGGTTGGTTTTGCTACCTGTGGCTTTAATGAAGTCTGTAAGAGAAATGGCTGTGATGTAACTTCCTCTGAAGTATTAAAAAGTATTAAAATTAATTAGTTTATAATTTTTTATTAAATATTACAGTTATCTATTTTATTAGTTATTTTTTGCTGAACAATACAGATTTATTTAATTATCTTCAAATGAAACCTTTGGAAATATAATGGTGATCAATCATGTACGCTCAAAATAAATGTCTATTAATATTACTATATTTTTAATAATTATTATTTAGTATTATTATTAATATTATTATTCATACTTATCATTTTTATATTATTTATTGATTTGTTTTATTGTTGTTGTTACTATTATTATTATTATTTAATTTTATGATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATAGTATTATTATTTATTTTTATTAGTATTATTTATTAATTAATTAATTAATTTATTTATTATTATTTATTTGATTATTTATTTTTGTTTTTTTATTTTTTTATTATTTGATTAATTATTTATTTTGTATTTTTTGTTAGTGTTATTGTTATATTTATTATTTATTTTATGATTATTTAGAAATTAACAGTATTATTATTTTGTACTTTATTTATACTCTTGAAATATATTTATTTTATTTTTTTATGTATTTTTTTTACTTATTTATTTTTTATTTATAATTGATTATCGCGATCATGCTAACCTGATAAACACTGTAAAATAATAAACAGTTAATGAGGTAGAATAAATTTTAAGTCAAGCTAAAAATTAAAAATATATATAAAATCAAGGCTTAAATTAATGCTCAGTTGTGTTTGGATTGTATAGATTTTAAATCAATGCTTGTTTGTTTTTTTGATTGTATTAATTCTAGTTTAATCTTGTTGATTATAATAGGACAGAAATGTCCCAGAGATTATATCTGTTGAACAGAGTTAAACTCCTGAACACTGCTGATCCCTGCAG
Seq C2 exon
ATACTGTGCTGGAACAATGCCATGGGGAAACACAGGAGACCACCGAGACTTTGAGCCACAGCGACATGATGATGGCTGCATCGAGGTCATCGGCTTCACCATGGCCTCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063578:ENSDART00000093005:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.158
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0060914=DAGK_acc=FE(15.2=100)
A:
NA
C2:
PF0060914=DAGK_acc=FE(23.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]