DreINT0009198 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087352 | DNAH2
Description
dynein, axonemal, heavy chain 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2948]
Coordinates
chr7:21127820-21136117:+
Coord C1 exon
chr7:21127820-21127976
Coord A exon
chr7:21127977-21135877
Coord C2 exon
chr7:21135878-21136117
Length
7901 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATCTCTCATCTCTCCTGCAGGTG
3' ss Score
12.65
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCATCAAGGATCTAAATGCAGATGAGCTGGGCCTGTTTTCTGAGAGAATTCGCTTCTTGGATAAGAAAATTCAACCAGGCTTGTCGAAACTGCATTGGTCTACTAAAGGAACACCCAGCGCCTTTATCAATGACTGTAGAGTTCACGCCAACAAG
Seq A exon
GTCAGTGAAGGAGTGAAAAAACTAAAAAGTGCCTTGTTTCCTAGGGCAGACTGAAACTTTCTGGATTTTCTCTTGACTATATTTTGAGTATAAAATCATAGGTGGTGAAGAAATCGCCTAAGCTCCATTTGGAGTCCAGAAACGACAGGGAATTATAGAACAGTGGTTTTCAACCTTGAAGAAGGTAGTAGACTCCAAGCACTGATTTTTGTAGTTTTTAAAATGTAGGTTTAATTTTAAAGGGATAGTTCACCCAAAAAATAAAACTCATCATTTACAATACTTAACCTTGACTTGTTCCAGGTTTTCAGTTCATATTTTTTTAAATTTACAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATTTTAGCTTTATGGTTTAACTTGTATTTTTAGTACTATATTAGCACTGACCTGTCTTTAGGTCCTGACAAATAATTTGAATCCCCATGACTTTTCCAATTGTTCATTAGTTTTTTTTTAGTTTATTTATTCATTCATTTTCTTTTTTGCTTATTCACTTTATTAATAAGGTTATCAATTTAGCTTATTCAATTCACTACAGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACTGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACGAACATGGGGAAAATATGCAACCTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCTGAGGCTCGAACCAGTGTAACACCCCCGAGAGAATTCTTTCTTTTTTTAATATCCACTCAAAAGAAACAACATTTTTGCTGCTTGTTCAAACAACTTATTTAAAATGAGCTGAAATGTCACAATTATTCAGTTTTTTTTTTTTTGTGGGGGAAACTTAATGATTTTATGTTCAATCCACTCAAGTTTGTAAAAATAAGGGAGGTTTGTGTTAGGACAACATAAGGAAATTGCGTGAAATCCAGGATTTTGAACAGTGTTGGATTCCTTATTGATTAATTAATTTATTTAATATTTTCAAATGATTTGCCTTGTTTGAATTCTTTTTATGGGCGGCACAGTAGCTCAGTAGTTAGCATTGTCGCATCACAGCAAGAAGGTCACTTGTTCTAGTCCCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTACCTCAAGTTCACGTGGGTTTCCTCCAGGTCCTCCGGTTTCCTCCACAGACCAAAGACATGCTCTATAGGTAAATTGAATAAGCTAAATTGGCTGTAGTGTATGTGTGTGTGGGTGTGTGTTTGTGTCTGTGAATGTAAGTGTGTATGGGTGTTTACTGGATACTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAACACGGCTGGAATAGTTAGCAATTAATTTCACTGTTCCAACCCCTGATAAATAAGGGACTAAGCTGAAGGAAAATGAATGAATGAGTAAATTAAAACATTTAAACATAGAAAAAACAAGCTGTTTTGAAAACATTCTAGAACTGCTGGATTCTCTTGATAACTTGGCATTTTCGGATTAGTGTTAATAGTCTAGTTTAGTGCCTATGAAAAACTATGTTTTTGAAAAACTATGTTTTTCATTATCTATTTGTTATTAAATTAATGGCAAAATCTTGCCAAGTGTTAGTATTATTGAAGCTATTGGTTGCAGTTTGAGTAGGCTATATTCGTTGCAAAGGTGTTACAAAGCAAAAATATGACAAGTAAATTATATGTATATGTAAAAATGTATTAAAAATCACAAAAAAAGTTGAAAAAAGAAAGAAAAAAGGACGGAAGCTAAAGTAGAATGAATGAATAAATTATAATAATATAATTTAATCCTTATATAGTTTAATAATAAACGTTCTAGATTTTCTGCTGGATTTTCTTAATAGTTTTGCATTTCAGCATTAGATAGTCTAGTTTAGTGCTGTAACTATGTTTTTAGTGACTTTTCTTTTTATTAATTGCAAAATCTTGCCATTTGTTCTTGAAGATATTGGTTGCAGTTTGAGTAGGCTATATTAGTTGGAAAGATGTGTCTAAGGCAAAAATATGAAAAATAAACTATTATAAATGTTTTAAAAATCACAAGATGGATAAATATTGATTTAAGTAGAACATTGTTCTGATCAGTGCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTGTTGTGCTACATTTGATTGATAAGCTTGCATAGCACTTCATGAAGTTTAATGATGACATTTAATTGCTCACTTGCTGTTAAGACTTGCTGTTTATCTAATGGAAATAATTTTTTCATTGTATGCAAATGTGACTCCTTGTGCGTTTCCTCTTCATATAATTTAGTGTGCTGATAATTTAGGCTATCTGAGATTACTTTTGTCTTCAGTAGAACATTAATAAGACTTTTAGTTAAAAAATGAGGTCCTTGCTGATTCAAATGCATAAGTCCTAAAAGCCTATATGACCACTGCCACTTTAAGAGTAAAAAAAGCTTTAGTAGGCAAAACAAAATTAATACTTATTACTCCTAACAACGTATTATGGAAAAAATCTTCTTTAATGTTCTCCTGAAAAAAAAAACATCCTGCGCTTGAATAGAGTAAATGAACAAAATATGTATTCCGTTTATATCGGTAAAATAGAATCACTGCAACCCAGAGACCCATATATTAATTAAGAAAAAGTATATAGAGTATTAGTGTTGTTATTTCTATGTTGTAGACCTGTTCTGGTGTGCAAAGTTTCACTGTAATCCCACACAGGTTTCCCTTCATTTATTAGAGGCACAGAGATTTTTATGCGTGCCACAAAGCTGGAGGGCACAGGCTCTGGTGAGCGGAGGTTAAGATGTGGTTTGAGACTTGAGCTCTGTAGCAGACTGCAAACGCTGCGCTTGAATTAGTGGTCAGATAACTGATAGGTGGTGTTTTTATTAAACAAGACCAGGAAGGCTAAATATAAGCTTGCCTTTTAATAGCTTATAAAGCAGATGTCTACAGTCAATGAGAGATGTTTATTACTTTCACATTGAGTGTAGTTCTGAATTACTTGTTTGGTGTTTAGCTGTAGTTAGTTTTAAATTTTTTTTAAAAGACTTTCCTTACATGTTTGGAGTCCTGGGCCTGGATTGTGGTTTTAAAAAGTACATAAAACATTCGGCTGGTACTTTGTTATTACGATTTTCAAATGATAAAAAGAGTTGAAGAGAAAATTATTAACCTGCTGTAAATGTTTTCATTCATTTATTTTCCATTAGCTTACTTCTTTTATTCATCAGATGTCTCCACAATGGAATGAACCGCCAACTTATACAGCATTTGTTTTAAACAGCGGATGCCCTACCAGCTGCAACCCAGTATTGAGAAACACCCACACATTTATTACAGCCAATTAGTTTATTCAATTCACCAATAACACATGTCTTTGGACTGTGAGGGAAACCGGAACAACCGGAGGAAACCCATGCAAACATGGGGAGAACATGCAAACTTCCACACAGAAATGTCAACTGACCTAGCCAGAACTCGAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGACAATACTGCTAACCACTGAGCCATCATGCTAATATTTTTGGTGTGATACTAATATCTATTAATATTTAATATTAGTATTTTTTTCCATTGGCTCCAGAACAAAACGTTGTTAATCTAAGTAACCTATATAAACTATTAAATTACACTATGTTGTAAGCTGTAAGCTGAATACTAGTATCTTGCAAAATAACTAGTAAAATATTATGTACTGTGGCAAAGACAGAAATGTAGTAGGAATTATATGTTTAAACTGTCACAAATACCACCTTTCCATTAACCCTATAGCCAACACCCTGACGCGGACGAGGATAACATTGGGAAATATTTGTAAAAGAATAGTTATTTTATTTTAAACTGTGTATATCTAAAAACTTAGAAAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATTATATTCAAATGTACAGGGAGTCATTTTTTTAAATGCATATTTTGAAAAGTGGCATTTATTTGAACATATATGTGGTAAAAATAGTAATATTACAAGATTTTAAATTACGGTTTTCAGTTTGAAAACATTTTTTTTTTTAATAAATCCTTTAAAGACAAGCCTGAATTTGCAGCCATGAAAGTTAGCGGAAACCACAACACACTGATCATTTGATCACTAGATAGTTAAACTCACCATTTGTTGCTATTTAAAGAACGTGGTGCAAAACGTGAAAATTAGAGTTGCACTGATCTGAAAATAGCAACAAATTGCATTATACACATCTTGTGCCTTATCGCAAAAGGTGTATGATAGGGCCTAAAGTGTTTACTGTGTGATAGATAAGAAACATTTATCGCTAGTAAATTTCCTCGTCACACACTATCATGAAATGTGGCCAAAAAAAGTTCATTTCAGACCCTCATCGTGGGTATTCAAGAGCAGAAGGCAGTGCCTGTGTGTTGTTCCGATCCAGCCGTGTCATTTTTGCTGTCCGGTATTGCTTTTGTAATACAAGAATAAGGCAGCAGGCTTTACCGAGAATAGGAGTGCAACTCAGTGGAGTGCAATTGTGAAATCTATTCACTTCCTCTGCTGGCTGTCCATCACTCCTACATTGTACAAGGCAATATGATATTAAAGCACTGCCAGTGCCCTTTAGCCATGTGGTAAAGGCGCGCACACACACATATACAAAGGCATGCTAGCAGAAACATGAATGCCCCATCTACTTTAATAAAGGCCGGCCAGACATCTCAGTATAAACAGCTCCAGCGTTTGCAATAAAAAGCAGCCAGCCTCAATTCAGTGCCGCCACTGTGCCCGCTTCCCTCTCAGCTGCTGGAGAGAGCTGTGGGGGAGATCAGGTTCACGTCAGAGTCAATGTCAGACATCCTTCCAGGCCCAGACAGAGCTGGCAACGGCTTCAGTGGTAATGGAGAAGTGTGGAGAACACAGCACATCTGAGCTTACACACACCCACACACACTTAGAAATGTAAGTATACATTCTACACACTGCTGCACGTAATCTTCCCCTTTG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Seq C2 exon
GTGCAGTTAATGGTGGATGAGTATAAAGCAGCAAACCTGGCCACCTCTAAGCACTGTGAACAGATCAGTGAGCTGCTGTTGGTGCATTTGGATGGAAAGACGGTCTATAGAGACCATGAGTTCCAGGAGGATCAGCAGACTCATCAGCATAGCCAGATGCTCAGACTGCAGAACGCTCACCAGGACATCATCAAAATCATGGCCAGAGTCTATGGGACCTTCCATCTAGATGGCCCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087352:ENSDART00000128014:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.200
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083857=DHC_N1=PD(7.5=81.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]