DreINT0009220 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087352 | DNAH2
Description
dynein, axonemal, heavy chain 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2948]
Coordinates
chr7:21207202-21215357:+
Coord C1 exon
chr7:21207202-21207305
Coord A exon
chr7:21207306-21215167
Coord C2 exon
chr7:21215168-21215357
Length
7862 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
AGTGTATTTGTTCTGTGTAGGTG
3' ss Score
7.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTGGACGATTGCATCATCAGACAGACCAACACACACTTTCGCTATGGCTACGAGTACCTGGGCAACTCTGGTCGTCTGGTCATCACCCCTCTCACAGACAG
Seq A exon
GTAATATCTGAAGCCCAACACAGGTTACTCACTGAAGCTAAACAGGGCTGAGCCTGGTCAGTATCTGGATGGGAAACCACATGGGAAAAACTATGTTGCTTTCTTTTGGAAGCGGTGTTAGGGAGGCCAGCAGAGGGGGCTCAACCTGTGATCTGTATGAGTCCTATTGCCCCAGTATAGTGAAGAGGGCACTATATCTTCAGTGAGTGCCGTCTTTCGAATGACATTTTAAACAAAGGTCCTGACTCTCTGTAGACATTAAAAATCTCAGGGCACTTTTAGTAAAAAGTAGGTGTCCAGGCCAAATTCCCTCCATCGGCCCTTACCAATCATGGCCTCCAAATCATCCCCATCTACCAAATTGCCTCTATCACTGTCTCTGCACTCCACCTATAGCTGGTGTGTGGTGAGCGCACTGGCGGCGTTGTCCTGTGGCTGCCATAGCATCATTGAGGTGGATGCTGCACACTGGTGGTGGTGTGGAGAGACCCCAAATGCACAATTTTTTAATGCACGATTTTTCTTTCTCTCAGAATTCACTTCCCCGAGCATCTGACATCATGTACCTCACTGAAGACATGCATTGGGGCTTCCTCTACCATAATACACCTGAAACACGGATTACCATATAACTCGTCATTGGGAGGAAAGCGTTTTCTCTTGTTAATTCTAGCGAAAGAGTTTAACAAAATCATTTTTCGATTTGACTTAATACCAGCCATACATGTAGTGCACAAATAATGTTTGTTAGATGTTTCCCACTTTTTTTGCAGTCTGAAGTGTGTCAAAGGCACAAAACAGCCAATTCGCAATTCAATGTCTAATCGCATCTTTGCTTTGACTTCGCATGTAAATCACTTGCGCTTCATCCGCGTTACTGCCCAGGCTACAACACAATTTCCCCATCCCCCTACCATTCCTTTTAATATAATAATTTTGAGGACGCAGGTTAGCTGTCATTTTTCGAGAGACACTCAATCACATCACGTGTGCTGCGCATGAAACTTTTTTAAGTCATGTAAAACAATTTAATGCAAACTAAAATAAATCTAATTGGAGTCTACATAGTTTGGAATTGAATGTTTAATGAGATTATTTACATTTTTTGTGATTATTTTGTGTTTAATTAAGAATTTAGCAGAATCTCAAAAAAAAAATCGACTATTTGTTGATTTTGCGTTGGATTCAGCAATCACGGAATCGCAAAAAAAAAAAAAAAATCGGGTCTGATAAATACATACATTACATGACTTTAAAGGGGTTTCTAAAGCATGCATAGTGGAAGTCCAAATAAAAACAGTATATTTTCAATATTGTTTCACATTACTTCATAAAAATTAAACAAGCTTTTTTTACTCTCCCTGTCCTGTTTTTCCCCCACCAGAATTACATATTTTGTCAGTTATTTATCTGTCCACTGCAATAAAATATAGTAGTACAGTAGATATTCAAGATATATGTGGTGCGGAATGCTTTAAATGTCAGAAATAATGAAAAATAAGAAGTCATAAACATTTAAATGTCATGAATAAAAAAAATAAAATAAAGAAAACATCAAGTTATAAAGAGAAAAAACCCTGCGGTGATTTGAATGTAGCATCACAGCCACATTTCCTTCTAAAATGTGAATCTAAAGAACAATATATTTTTTAAAAAATTAATTAATAATTGTGCATGTTTTCAAAATGCTGAAATGACAAGAACGTTATATAATATATATTATTATATATCAGATTCTCTCAGTCATCTTTTTAAAGGGCATTCGGGGACACCCAATGTTTGTCAGGCACTTTAATATCTGCCTTAATTCATTTTCTTTCCCAACTCATCCATTTCCACAAATTTAATTCAATTTATCAGTGTTGTTTTTTATTTTAGTTTTATAAAAGCATTCATGCATCATATGTTTGTCAATAATATTTTTTAAAAAATCAAGCTTTTAAAAAATTAATTAATAAATCAAATGGCTCAATGACTTGCTCCCTGAGTTTATCAAACAGAACAGACATAAGTGAAGTCTGTATTATTTGACTCACTCTTAAAACAGTATGTTGATTTCAGGTCCTAAGTTCAATGATGAGAGTGAATTTTGCCCAGGTGTCATATTACATGAAACATTAACATTACAAAGATAATATATATATAACCTGCAGCTGATATAATCGCCTACACTCTCATATTATACAATAACTCTCAGATTGTTAGAGATATCAATATCCTGTCCTGTATGACAGTCTCAACTCCTGCATTTGACTGATGTGATCAGCTGGTGTATAATGATCATTATGGGGACTCTAATGCTGTTATCTAACTTTAGCCATTATCCTAGTCATTATGAGAAGAGACTGGGATCATGTCATTAACCTTATCAGTCACGATCTTCACCGCTCCATCAGCAGGAGCACACCTGCACACACACACAGAGAGGAGCTCCAGATGTCTCTGAGAGATAATAAAACAAAAATGTGAATTTCTGCATGATTCTATGCAAAGATTTCAGCTAGGAAATGGAGTCAGGAGTCAATGGCGGATTTCCTGTTGTGTGCCTTCAGAGACCGCAGAAAATCAGCACCGAACGTGCCTCCAGTGGAATGAAAGGAAGAATCTAATCCGGGTTTATTATGTTGAGAGGGTGACATCTTAAGCCCACTCAAGGACATGGACAATGTGCTTAAGCCTGTCTGTCTCTTTTTCCATGTGTGTATGGCTTACAAATGCATGAGATTTCAACGAATGACAGTGTTTGTGCCAGTCTGTCTGTGTCTGTTTTTATACCAGCCATAAGAACTGCTATAACATGTCTCCAGATGTTTGCAAATTATGTTTCGAATCCTAATGTGTTAAAGTGTTTGTTCAGCCAAAAATGAAAATTATGTTAATGTCATTGCAAAACCTTGAGATCTGGAACACAAATTAAGATATTTTAGATTAAATCTGAAAGCTTTTTCATCCTCCGTAGACAGCAAAGTTCGGAAAGGTACAAAAAACATCCTAAAAACAAACCCTATGCCTTCAGTGGTACAATTGCAATCCAATCAAACTACAAGAATACTTTTTGTGTGCACAAAAAAAAAAAAAAATGACTTTATTGAACAGTTTCCTCTCCTCAGTGTCAGTATAGGGTGCACGCCACATTCATGAGCATAAGTGACGATTATAATGTTTAATCCGCTGGATGCCAACGCTCCACTTTCTATGTTTGAAATAAAGCACTGCCTCATATAATACGTGCACCCTAATTTACCTTATTCTTCGCCTACGAGCAGGCGCAGACATTTGAATCTTTTTGGCTTGAGACTTCCGGTCTCACTCACTTCTATTCATTTTTAGACATTAAAAACTGCTCGTTTCGCTGTTTGATGTTGCAAACTGATATTTCCTTATTATATTATTCTACTTGTTCTGTATAGTCATGCAAACATATGTTTGTAGAGCAAGTAGTATAACCGTTTTCTGCCGTTTATTATTCCTAGTCATTTCTCCCATAGGCGACTGAATCCGAAGTTCTAAAACAATCGCGAAAACAGGCGCACTTCCGCATTGAAGAATAAGGTCAATACTGACACTGAACAAGTCAGGAACCTTGCTGTCTATGAAGGAGCTTTCAGATTTCATCAAAAATATATTCAATTGTGTTACGATGATGAAGAAAAGTCTCCGAGGATTGGAACATTTTCTAGTTGTAGGCTACTTTGTGTGCTGTTTTGACCAACATAGGCACGGCCAATTGCAGACTGGGAAGTCAACACTATTCTGATATAGTTCGCTACCAATTTGCATATTAAAAATTCAAAAGTTCTAGGCAGCTTTTTGACCATCAATGTGAATTTCTGCATTTATGTTTGACAGCATACAACTTTATAGATGATAACTGATGTGATTTAGTTCAAAAACACACTTGGTACACAGTAAAAAGTACAAACAGTTTGTATTAATGGATAAAGCAATAGTGGCAATAGTTAAGGGTCGTTCACATTGAATGGCTGCATCTGAAATCGCCTACTACTCAAATATGTACTGCATATGAATTTACTACATGACAATTAGAAAATTATGTTTTACATAGTATGAATGTGGGTTGTATGAATGGAACTCCCTCATCCTCCACTGACAGCAAAGTTCAGAAAGGTACAAAAAAACAACCTAAAAATTTATCAAACTACAAGAATACTTTTGTGCACACATAAAACAAAAATAATGACTTTATTCAACAGTCTTTTTTCTTCAGTGTCAGTATAGGGCGCACGCCACATTCAGGAGCATGAGTGACGATTATAATGTGTTGTCCGCCGGATGCCAACGCTCAACTTTCTATGTTTAAAACAAAGCCCAGCAGCATTTTAAAAAATATGTCACAGGAGCAGCCAAGCACAATATGTGCACTCTATACTGACACTGAACAAGTCAGGAACCTTGCTGTCTATGAAGGAGCTTTCAAATTTCAACTAAAATATCTATAATAATGATATTTTCTAATTGTAGGCTATTTTGTGTGCTGTTTTGACCAAAATAGGAATGGCCAATTGCAGACTTGGAAGTCATCACTGTACTGATAATGAGTCGCTTGCAATTTTCATATTAAAAAATAAAAAGTTCAAAAAGACAGCTGTGTGACCATCAATGTGAACTTCTGCATTTATGTTGCCCACCCCTGATGTAAACAGTCATTTGGGTACTTCACACATGCTGTTTTTTGAATACTTTAAATTCAGACATACTAATCAGCTCGCATACTGTTTGTAACGTATTATATACTCTGTGAAAAATGCTGGGTTTCACACAATTAATTCATGTTGTCCCAACACAAATCGATTAAGTTAACTTAACACTTAAAAAAAAAATTAAGTTGTCCCAATAAAATCTCAAGAATTGTGTTGATTCTGTTTATTTTAAATAATTAGTTTGAACAAGCCAAAATACATATATATATATATATTAATTGTAGTTGTGATGATCACCAGCGATCTAGCCTATGCAGATCGCTGGAGAACTTTACATCTGCCATCACATGAACTACAACTAATGCTTGTGCCTATCAACACAGCTACAGTTGACAATAATTCACACACACGCATACAGACGCAGGCACGCAAACACAGGTGAAGATCATTCTGTCTTATTACCAGGACTATAAGCACAGGACACACACACACACTTCTAGACTGAGTCTTGTTAGTCTGTAGCTTCACGAAACGTTTTCTTGTTTTGCCTTCTCTAGCCATGTTTTTGACCTTTTGCGTTGCTTTATTGTTTTTATTGTTTTCACCGCCTGTTCTGACCATTCGCCTGTGTTTGACTACATATTTTGGATTAATGTATGCTTCTCTTTGCCCCTGTTTTGACCATTGCCTACCTGACTAATCAGTTTAATAAACTGCGTGTGGATTCTCAACTCCGATGTCCAGCATCCTTCGATTGCAATAGTATGGAAGTATGCGATTTCAGTCATAGCCTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCACCCTGAGTTATTAGCGCCCCTGTTTATTTTTTTTTAACTATTTCTGTTTAATGGAGGGAAGATTGTTTCAGCACAGTTCTAAGCATAATAGTTTTAAAAACTTATTTCTAATAACAAATTTATTTTATCTTAGACATGATGACAGTAAATAATATTTTACTTGATATTTTTAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTATGTTAATAAGGTGAACTAGGCAGGTTTGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTAAAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGAAAAAAATTAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCAAAAAAGGTTTTTAAAAAATTAATAACTGCTTTTAATCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTTTCCAGAAGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAATGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATGTGTTTTTCTATTCCAATGCTCTACTAAGTTTTGTTGTAAACAGTGGACCAATTAGAAAAACTCAGGGCCTACTCACACTATGCCATCCGTACCGTGCCCAGGCCCGTTTCCCGGATCGTTTGAGAAGTGTGAGTGCGCTGAATCGGGCTCAAGCACGGTTCACTTGGCCAGCCCTGGCCCGGTTGGAAGAGGTGTGCCTGAGCGCGGTACACTTGGGCTTTGGCGCGGTACGCTTGTGTGTGAGCGCGAAACGCGCCAAAGCCCGAAACCGAAAGCGAGACGTGACTTTTATGGGACTGTTTGATATGGATTTATTAATCATTCTTACAGTTCAGTGATCGCAAACTGCCGTAGTTTATTAAAGACGCAAACTCCTCACAGCACGCCAGCTGCGCGCCTTCAGCAGACCTCCTCATTCCTGCAGCACGAGAGCTTTGATTGTTTATGAGCGCCAAAAGTGGCGTATCTGTTCGCTAAAATATCTGACTGTGTCCCCGCATCCCTAAGGACTGTTTGGCGAAATATTTGACTGCATGTCACTGCATAACAAACGACTGAAAGGATATAACTCGAGAAATCTCCACTGTGCTGCTGAGTGAGAGCGTATGGCAAGCCGTTTTAACATTTAAACCTTGTTCTGACTAGCCATAAATATATTTAGAGATATAATTATATATTTTGACAAGTCATTATTATAATTCGACTTGTCAGAATGACAATTAGAGATATCTGCAATTACAATTGTACTAGTACGAAATCAGATTGGAGATATCTGCAAATATATTATGACTAGTCATATTCCTCCCTTGACTTCCATTAAAAAATATTTGCAGATATATCTAACTGAGTTTTGACTCGTCAAAAATCCAATTCAAGATATCTACAACTGTAATTCGACTATTAGTAAATTAATTAGAGATATCTTCAAATATATTTGTAAATATCTCTAAATATTACGAATCAAAGACATCTCCAAATGTATGACTAGTAAAAACTCAGTTAGAGATATCTCTAATTACAATTGTGACTAGTCAAAACTCAGTTAGAGATATCTGCAAATATTTTTCAATGAAAGTCAATGGAGGAATATGACTAGTCATAATATATTTGCAGATATCTCCAATCTGATTTCGTACTAGTACAATTGCAATTGTAGATATCTCTAATTGTTATTCTGACTAGTCGAATTATAATTATGACTAGTCAAAATATAATTAGAGATATCTCTAAATATATTTATGGAGTCAGAACAAAGATTTAAATGCTAAAAAGGCTTGCCATAGAGAGCGCTTCTGAACAGCGCAGCAGCGATGACGTAAGCGTGCCGAGGCCCGATATGGTGTGAGCGCGGGCCGTCGGGGGAGACGGGAGGGGGGACAAGCGTGCTTTGGCCCGGTTCGAGGCAACTGTACCTAGTGTGAGTACGGCCTCAGAGGTGGGGAAAGTGTTGCAAACGTCACTTTACAGTAGCAAGTTAGCATGACAATGGTTTTATTTGATTTCACAGCGTTTCAAGCTACCATGACAGGCTCACAAACGGATTGTGTATGGATACCCTCACACTCTATGCTGCATTTTTCAAAAGCATTCCTGATTTGTGTGTCTTTTGTATTTAGATGCATGAACGCATAGATGCATTCTGTGTGGCATTCAGAATGGCCCTTTACTTGTCCTTTTAAATTGCTAGATTTTGACTGGGTGGATAGGTTCAATCACAGTAATATCTCAATGATCTGAATTGACTCTGCAAGAAGACCTTAATATATGACTTTGTTAGGAGATGATTAGTGTGTGAATACTTCACCTCTGACTGGTCATAAGGTTTTGGCTCATCAGTGTATTTGTTCTGTGTAG
Seq C2 exon
GTGCTACATGACTTTGACCACAGCACTTCATCTGCACCGAGGTGGTTCTCCCAAAGGCCCTGCTGGAACTGGGAAGACGGAGACTGTTAAAGATCTGGGTAAATCTTTGGGCATGTATGTGATAGTGGTTAACTGCTCAGAGGGTCTGGACTTCAAATCTATGGGCCGCATGTACTCTGGCCTGGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087352:ENSDART00000128014:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.141
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127742=AAA_6=PU(8.2=54.3)
A:
NA
C2:
PF127742=AAA_6=FE(27.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]