DreINT0009227 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087352 | DNAH2
Description
dynein, axonemal, heavy chain 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2948]
Coordinates
chr7:21235022-21241153:+
Coord C1 exon
chr7:21235022-21235240
Coord A exon
chr7:21235241-21241035
Coord C2 exon
chr7:21241036-21241153
Length
5795 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGCGTGAGA
5' ss Score
3.52
3' ss Seq
ATTTGCTTTTGACCCTTTAGGAG
3' ss Score
9.04
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAAAAGAAGCTGTAGAGGCAGAACTTCGACAGAGCGGCTTACAGGTGATTCCCTTCACCGTGACCAAGGTGATTCAACTGTACGAGACCAAAAACTCCAGGCACTCTACAATGATTGTAGGAAAGACGGGCAGCGGCAAAACGGTCACATGGAGAACCCTTCAGAACACCCTCAGCACCTTGCACCGCAATGGAGAACCAGGATTCAACCTCATACGC
Seq A exon
GTGAGATTTCATATTTATTCCAATCATTTGTGCCTTTTGCCATGTTAAATCAAAATGTTCAATATTTATTTTGTTTCTTTATGTCAGAGATGCCCAAATTAGGATCTGTGGGCCAAAGTTGACCTTTGATTTGGCCCACCATCCCATCTGAAAAGATAGGGGGAATGATGGGAAATTGGTTGGGTCAAATACCTTTAACAGAGATCGTGATTTCAAATTTAACATAAGATTTTGGTTCTTTGTTTTATTGCTGAGCTACAAAAAATCCAACTGATTTAAAAAGTTTCAATAAATCGAACTACTGTCACTTGACAGATAGAGGACAATGCACAAGTCATTGGCGGCAAATCAAGGCAAAGGCTCGACTAGTGTATTCAGCTCCAGAACTCCATTGTGTTATAAATTGATTGTTTATGTTTTCTAGTTTTCTACATTTTCTAGTTATTATTTTGTTAATATTAGCAAATAAATTAGAAAATTACCCATGGTAAATGTAATATAATATGGTTTGGATTAAATATATATTATATCAGCAAGGATATATATATGGTATATATTCGGCTCACAGCCCTCAATCAAGGTTAATTTTTGGCCTGTTAAAAGAAAAGGTTTGGGCATCTCTGCTTTAGGAAAACAATTTTTCTGGTGAATAATCTTCAATCAGATTCTGTCCATTTCCTTCCACGCTCTCTGTTGACGTCATTTTGATTTTCTATGAGCAATTAAAGAGCAAATAGAAAGCCCCGCCCCTACTCAATATTCCGTTTCAGTTGGAAGTACATCAACATACTAAAATATAAGTTTTAGCAACTTCCAGTTTATTCCAACTTTAAGAAGCCACAAGTCAACACAAGGCTCCTCAATAACAAACTGGCCCTGTTAGCTTTATCATAATGAGTTGTCTTCATTCATGAGTGGTTTTAAAGGGCCATGAAACCCCCCTATCCTAGCAGGGTGTTTTCACACCTTTACTTTGAAAAAAGTAAGGAAAGTGGGTGAGTCCAGCTTTGTTTAGGTTGGACTTTCCAACAGCAAAGAAGGCAAAGGGTTTGCATTAAAAAGGGCATTTAATTACGCGTGACCCGCAACCCAAACACAGATGCAGGGGAGATGGACAGGAATTTTTTGGGATCTGAGAGCTGTGTAAAAAAAACAGTGGAGGATTTCTCTCCACCAAATTCTCCTCAGTCACATTATCTGGTTGATGACAATGCAGGTCCACTGCCTTATCATTTTGAACCTTTCACAAACACGCCCTTGAATGCAGAAGAAAGTGAAAATGCTCCTGACGAGGTGAATATTGAAGTCTTGCAATGTTAGTTATTACTCACAACTGCATTTGTTGAAATAAACAAATAACTAGTAAATACACCATTGTGCCTGCCACAAATACTGCACTGCACAAATACAAATACCTCACAACGCACTTCGGGTTCAGAGGACAGATGTTGTAAAACTGTTTAAAAAGACACTGGACAAAGGATTTTCAGTCCATAATATTGTAGTAACATTACTGTAAACTACTTAGTAACTTCAGTCATTTCACTAAGTAATGTTTTCCAAAAACAGAGTACTGTTGACCGTACAATCTGACTTTGCCATCTGAATATTGTAGTTATATTACTGTAAGCTTAATAACTTAATTCATTTTGACTAAGGTATGTATTTAAAAAGTGTTGTTGACGATACTAACTAACTTTTCCATCTGGAGAAACATAAACAAAGAACTTTAATAACACACTTACTAAATCTGTAGAGAATCAACATGAACTGGAATCGCATCTTTTTTTAAAAAGAAGACGAGTGGCAAATCTGGATTTCACCATATCCAGATTCAAATGCTCTTGGATACACAAATGTTTCTTACAAACGTATTTATTTTCTGTTAGCAGACCACTGTAATCCACACATGTGGGTTCTCACACGAGCTGTGCTTTCATCTCGGGGAAAAGAAATCAAAACTATTTTTCGGCACACTTATAAATGCAACACTGACGACCCATGTCTGTAAACAATTCTTCTTCTTCCACTTGTTTGAATAATGGTTGGCAACACAACGTGACGTCTCTCTGAACGCTGTAGCAGGTAAAAACAGTCTTCGAAGCTATGTCATGCATATTAATGAAGTTGCATTTCGTTCACAATAGAGCGCGCTGATTGGTTTGTAAGTGTTTCTCCTGAATTAACGCTGAAAGCTCAATGATGTCACTTTGTACCGTCCAGTACAGACATCTAGTCTCCATGCTGGAATTTACACAATAACCTTATTGCTGTGATGCAGCTTTAAAATTTATTTTCAAACCGGATGAACGAATTTGCTCTAAACAACACAAAAAACAACCAATTTCCACTTTCAAGTGAAATACATGTGTCCTAATAGTTTTTTTTAGCAATGTGGGACCAATATATGACTTCATATATTCATGTCAACATCTCAAAAATGCATTTTGGTGTTTTGTGACCCTTTAAGGGCAAAGATCATACCTTTGAGGGTGAATTTCTACTTCACATCTGTTCTAGCGCCTTAGAGGCTAAAGCAACGTTCTATCCCTCATTACTATGAAAATGAACCGCCATCAGCGGCCATGCTTATTCAGCACCTGATACATTTACCACCAATACAAGTTTCCCTTAAACAGTTTTTGCTGTTTAGTGGCAACAAGGACTTGACACTCATTAAAAGCCCTCCCTGACCAACTCTCAGCTGACTCGTAGGTGTTTTGAAAATGATGGCGTAGTCAAAACAGCAGCTAATGCTAATTGCTCCAGCTTATATGATCTCATTCTGTTCACAGTTGGATGGCTGCTGTGCATTTACTGCAGTCTTTTGTTGGTTGGTACTCCTGTCTAAAACTGCAGGTTTAGCGTTCATGTTTGTTCTGATAGGTTTTTGTTTTTGGTTCTGTTCTCATTCATTCTTTGTAACCATTTTCACGTGTCTCATCCTGATGTGGGTAAAAATAGAAGAGTGGGGCTGTGGAGGGGGAATATGTGTTTCTCAGCTCTTCCTTCTTTAATGATGTGTGTTTGTTTGAGAGAGAGATGCAGGTGAGGTCTGACAGACTGTTTTATTGATGCTGTCAAAATCATTTGTTTATCTGTTTAGATCCCTTCCAAATATACCCCTCTTTTTATCGCAGTCTGTAATGTTAGGAATAGTATTCTATTCTTATAGTTTTTGCAGCATTTGTTTCCAGTCGTGCTCCAGCTAACCTGGCTACAATTTTCAAGTGAAACTAAAGACCTTGATTGACTTATTCAGACAGGTTTAATTAAAGTTGAAACTAAACTGGGACAAGAATTGAGGAATCATTTATGTGCTAAACAACAAATGTACAGTGCATCCGGAAAATATTCATAGCGCTTCACTTTTTTTCACATTTTTTTGCCTTGTTCCAAAATGGATTAAATTCATTTGTTTCCTCAAAATTCTAGACACATAATCCCATAATGACAGTGTGAAAAAGTATTTTTTAATTGTTGAAAATGTATTAAAAATAAATAAAAAAACTGAAAAATCACATGTACACACAGTAAGTATTCACAGCCTTTGCTCAATACTTTGTTGATGCACCTTTGGCAGCAATAACCACCACCATGCTTCACTATAGGGATGGTATTGGCCTGGTGATGAGCAGTGCCTGGTTTTCTCCAAACGCAACACCTTGCATTCACTCTCAATTTAAGTCCCATCAGATCAGACAATTCAGTTTCTTATGGTCTGAGAGTGCGTCAGATGCTTTTTGGCAAATTCCAGGCAAGGAGTGGCTTTCGTCTGGCCACTCTACCATACAGGCCTGATTGGTGGATTGCTGCAGAGATGATTTTCCTTCTGTAAGGTTCTACTCTCTCCACAGAAGAACACTGGAGCTCAGACAGAGTGACCATCGGGTTATTGATCACCTCCCTGACTAAGGCCCTTCTCTCCCGATCACTCAGCTTATATGGTCGGCCAGCTCTAGGAAGAGTCCTGTTGGTTCCAAATATCTTCCACTTACGGATTATGGAGTTCACTGTGCTCTTTGGAACTTTCAGAGCAGTAGAAAATTTTCTGTAACCCTCCCCAGCCTTGTGCCTTGAGAAAATCCTGTCTCTGAGGTCTACAGATATTTCCTTTGTCTTCATGCTTGGTTTATGCTTTGACATGCACTGTCAACCCTGGGACCTTATATAGACAGGTGTATGCCTTTTCAAATGGTGAACTCCAATTAAGCTGCTGAAACATCTCAAGAATGATCAGTGGAAAAAGTATGTACCTGAGCTGAAATTAGAACTTCACAGCAAAGGCTGTGAATACTTTTGTACATATGATTTTTCAGGATTTTTTATTTTTAATAAAGTTGCAACAATTTCAAAAAATCTTTTTTCACATTGTCATTATGGAGTATTGTGTGTAGAATTTTGTGGAAATACATTAATTCAATCCAAAAGCACTATGAATACTTTCTGGATGCACTGTAAAACATGAGGTCAGGTGAATTTTAGCATACTGCTGTTTTTTATTGGCAATTGCGATATTCTAATAATTATAATGATAATAAGGATTAATAATAATAATCCTTTATAAGAAAGTATTTTATTCTGACTGTATAGTGTTTTTAGTCATAACCATCTAAGGATTTTTCAGAGATTTTCAAGGTTTACATCAGGACTCTTGGCTGGCCATTTCATTATTTTAGTTTTTCAGTTTAAAGGAACTGCTTTACTCGTTTTCTGTGTTACGGGGTCAAAGTCCTGCATAAAAAAAAAATGTATTACATGGATGATCAGCCTTTCTATGGGAGTTGAATGAGTACATGGTATTATAAAGACGCAATTTTCAAGAAATCACATATTTGTAAAGACCAGATTTTTTACTTTGGTCTTCAATTTCCAACAGCACTTCTTTATGTAATAATTAATGAGGACATCACTATGCCAACCGCACAAAGTTGTGTTTTTAGTAGTTTTTTAGTGCTTTGCAGTACGCAGTAAAACCACACTAGCATTAACTTTAAAGTTCATTCCACCCGAGTACACCGTATACAGCACTGTATTCAGTAAGGTAGCTTTCTGTTATGAACGTAGCCTATTTCTCACTCTCTCCCTCCATTGCTTTCGCCCCTGCCCCTGTCACTGTCTAATTCTCTGTGGGTTTGGGCACCTGTGGTGATTGTGTGACTGTGTGGGTTTGGTGTCCTGTTGTTAGCATATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTGTGAGTCTAAATCTCTGTTGGTTTACATCTCTAGATGCTTTTTGCCTAGTGCGTGTAGTACTTTACTGTTTGGGGGTCCATCTTGTTCTCCACTCATTCTTTGACTCAAGCTGCCATTTCTATTTGCATCCTCCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCCTTCTGTCTCTCCATCTCTCGATGCCTGTCTCCTCACTCTTTCATATCTGACTCAACACCCCCCTCTTTGCATATCTATTTCTGGTGCCTATCTCTATCTCTCCATGCAAACATCACCTCACCCTGTTTCCTCATTACCTCCACTCCATATAACACACACACACACACACACACACACATACACACACACACACACACACACACACGTACACGTACACACTTGAGTCCTCCTCTGTATCAGTCTCTCACTGCTGTATTTCAACTCTGCTTGAATCCTCTCCCACAGATGATTGGTTCCCTCCTCTTTAGAACTCTAACCTTTGTCATTTGCTTTTGACCCTTTAG
Seq C2 exon
GAGTGTCCCTTAAACCCAAAGGCAGTGAGTCTGGGAGAGCTGTACGGTGAATACAACCTTTCCACCAATGAGTGGACAGACGGCGTCCTCTCCTCACTAATGAGGATGGCCTGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087352:ENSDART00000128014:41
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.041 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF077289=AAA_5=PU(25.7=50.7)
A:
NA
C2:
PF077289=AAA_5=FE(27.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]