DreINT0009273 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087352 | DNAH2
Description
dynein, axonemal, heavy chain 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2948]
Coordinates
chr7:21342099-21351163:+
Coord C1 exon
chr7:21342099-21342213
Coord A exon
chr7:21342214-21350986
Coord C2 exon
chr7:21350987-21351163
Length
8773 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
GAGAGGCTCTCCGTCCTCAGGCG
3' ss Score
6.31
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGTCTCTCTTAGAGCTGGAGAAGGGCATTAAAGGTCTGGTTGTGATGTCCAGCAGTCTAGAGGAGACTTTTAACTGTATCCATGATGCCCGTGTTCCTCCTCTGTGGGAGAAG
Seq A exon
GTAAGGAAAATGAGCTGCACTGGAATTGTTTTTTTTTTTTATGTATAATAAAAATGTCTTAGCCTACATTATTGTGAAATGCAGTATGCTTTGTTGCACATTTCAGATTACAAATCCACTAGAGGGCGCTGTCTACATTTTTGTCAATCTGAAATACATTACTTGAAGTTCCTTTTGTTGTACGTTTCAGATACACAAACTTCTTGTACTTGTCCACAAACAGGCAGGCTTGTCATACAAATCACCTGATGAATCACTTTCCTTAACTCAACCAATAGTGTTTTTAGAAGCAGAGAAAAGTCTACTTCGACTGTGTAGTTTTTCTTTGATTTTACATTGCTTATATCTCGTTTGTGGAACTTCACCAGACTCGAACTCGAGAGCTCGGCATCACACTGTACAAGGTGAGCTACCGAGCAAACTGACCACACTGGAAAAGTTGTGAGGCAAATGTATTCGATTACAAATCACAGACACTGTTAAGAAAATAATCATTCATTATTAATGTGTTCCTGTAAATATCATAGCCAAAGTTGTTGGCTTTATACAGCCCTGTAGCATTCATTTTACTATGGAACGACAAACGTTGTGTGTTAAAGGAAGTTTTTGCAGATGCACAAATATGTATGCTCGAGTACACATTTAAAATGAGCCTGTTGTTGTTGTTGTTTTAGTCAATATTAGACCCTTTCACGTTGTAATCCCAGTAAATATTTCTGGAACAAATTTACCGGTACATTTAAGTATGTGCTGTTTACAAAGGCAAGGTAGTTCCAGAATTTTTACGGAAAGGACCATTCACACATACATTCCAAAATACCGGTAAATTCTGACATCATTAATCAAAAATGAGCTCTAAATGGCCGGCATTGAACTAAACATGAAGTGGGTCCGTCTTTTTTTTGTTTTGTTTAATAGTTTTAATAGTTTCTTTAAAACTTTAACGTTCATGTAGCTGCTTTTGTCCCTGAGATGGACTAAATAATGTATGTTGTGAACAACATTGTTGAAAAGATATGGAGGAACACTTTCGCATTAGAAAATGTACATTTGAATTTGTGCTGCTGCTTGTGAGATACTTTTTAAAATGAAAGACTTCCAGTGTTGTAGGCTACTCAAATCTGACTCACGGGAGAGCTCCTTCACATGCACAAGCGTCACACAGGTAAATCAACAGCGGTATATCATAAGCATTTTATCCATCTTTTTTTCCACAGTTGGCACTAAGAAGGGACATAGAAATGTTACCTGACTGTCAAGCATCAGCTAAATGTGTCTGGAGAAAGATTTAAAGCAGATTATTATCATAAACAGCTCAAATGTGGATTTGTCTGATTGGTCGGAATAGACGTCTCACATTAGCATGTTCTAAACGTGAATGCGCTTTTTCTGGCAATTTTCTGGCAGCATACTGGGAAATTATCGGTAATGTTACAACTTCTCTTTTTTGAAAATAGCCGGAACGAATTTACCAGTATTTTTTGAAAAGGGCCTGTTCACACATGATCCCTTTCTGGGAAATTGCCGGTAATTTTCCGCAAAAGTTTGTATGTGTAAAAGGGGCTATTGTTATGAATTTTGCATACAAACTGCATTGCATTGGAATTAGCCCCAAAATGTCAGGATCTGTGCATTCATATAAATAAAGAGAGAATAGAGCTCAATAAACAACACTCCAATAGTCATTCTTACTGAGCTTTTACAATGGGGTGTCACAGAAATAGCACATCTAATTTAGTGGATGTATGGTTAATGACAAATCTTTGATATATTGTATCATACGTTGCATCTATCTAGATATATTGTCTCTTCTTCCATCCTTACTGACAAGTGAACATATCCCATCAATAGATTTTGTTTAATAGATGTCTAAACATTTCTTCCTGATGGTCACATGACCTTCACATGTTTTAAGCAGAAAACTAATTAAATATTGAGGCATACATACAACGATTTATTTTTCTTTTCCCTTTTCTATACATAACATGCACAAAAAACTTACAAATATACTTTGTACAATACAAATAAAACTGATTTAAATACGAATTTCAGCAAATAAACACCCTTAATGTGTTTATGCCTTTATAAAGATTATCATGGTAAGTTTTATCTCTGAACTTTAATAATAAACCTATATAAAATGCTGCACTTCCCACCTTCTTTATTCAGTCGCAGTGACTTCTGGGACTTCTAAAATGAGTTCGGTGCTCAAGTCTACATTGGTGCATCTTCGTTACCAAGAACACAAGTTCTTGCAGTCTTGAGTTTTGGAACTGAACTTTGACGGTTGATGATGACATTACACGATAATACAAGGACAAAAGATTGCTGAAGAGCACATATGGAGAAACAGCCTTTGTCGTTCCTGCCTGTGTATTTGACTAGTCTAGGTTGGGGCTTTTCTTAGATGTCAATTAGATTTTCACTGACTGCCCAAATGTAGCCTGTTGTATTATTTCCACTCTAAAGTTTGATTTGCATTCAATTAGTAGTTATTTTAAGTTTCTTATAATGAAGAATTAAGTTCAACTCAGTCAGTTTCAGTTTCCTTTATTTTGTCATTCAAAACATCACAAAAAAAGTGTGATGCAGACTGAAATTACGTTGCATCAGACCCAACAAGAACTTAAAATACATCAAACACTATAAAATCCTAACATAATAAATAAGCGTTTATAATTTCATAAATATATAAAAATATAGTTGTAAAAAATATAACCCATTTTAAAAAATCTCTGAAGAGAATAAATTAATACTTAAATACCTAATTCACCATTTGTTATAATAGTTGTAATATTAACAATTTATGCTAGTTTAACTATTTATTAATTTATTATTTCATACTAGCTATCAATAGTGTTTAAGATATGGTATTATTTAAAAGTCTTATAATGACAGGATAAAAAGTGCATTGGTTTGCTCCTCAGGCTTCTGTAATGCCTGCCTGATGGCTTGAGCATTTGATAAAAAGTACTGTTAACCATAACGTTGTTAAATGTTTCTAGAAATAAATGTTTCTATTTTTTTATTTGAATGTATTCTATTTATTTCTGCGATAGCAAACCTGAATTTCTTTTTAGCCGAAGTGTATTTGACTTCTCTTAGATTATGACATGTGCTCAGTCAGCTCTCTTTGAAACACTATCTAGGTAAGCGTTCCACTGCTTTCTGGAACAGTGCTTATAACTCTATGAATCACACACACACCGGGTCATGTTGTAGTTGTAATACAGCTCGGTGTGAGTGTGTGAAAGTGGGCTGTGAGGTCAGAGGTATGTGTTCAGCGGAGAGCAGCAGGAGTGTGTGAATGAACGCTTGAGAGGATCGCTCAGTGACGGATGATGTGAACACAACAACATTTAGAGGATTAAACACACACTCACCTTGGGTTGAAACACTCTGCTTGTGTGTTATTAAACGAGAGCCGCTTGATTCATGTCGAGAAGGCCCAGGCCTACCATTACTAATGCCCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAGGTCAGCAAGGGCAGTGTGTGTTAGACCTTGAGGGATACAGTACAGCCTTATTATACTAATATAGATGTGTATGTGTGGAGCTTTTGGGTTCATTGCTAAGGGTAATTGAACTCAGATAAGCTAAATAAACAAAAGCATGTTTACTTGAAGATCTTCAGTAAGCGTATGGCCTATATAGCGATCCAAACGCCGATCCATTTATCCCTCTATTCTGTCTCTTCCTCCATCTTTTTTGCGAAATAAGTGGAGAGCATCCATTAAGACTTGCTCTCCAGCTGGGACTGTCCTTCTGCCGTCTGCACTGCCTCATTACTGTCTTTCTCATTCTCTCTTTCCTTCTCTCTTCATCCATCAGCCTATCTTTAACACTGAACGCACAGTCCTTCTGTCTCTGTCCAGTGTTATATTTTGGCAGTGACTCCTTGTATTTCTGCTGAGATGTATGACTTTCATTTGCCGTCGACTCTCTCTGCTCCTCTTCTCTCATCATTACTCTTTTTCCACCCATCTTCTCTTCTTTTTTTTGCTCTGCTGTGGTGGAGGCATCAACCATCAGGCCTTGTGTGTCCCTCTGACATTGTTGTTGTGACCTTAAAGGCTCTCAAAAGATAACACTCACACCATTTATTGCATTTGGTGTTCTTTTTTTTGTGTTGAACTGAGATGAGTGGTTTTCCAACTATAGAAGTCCACTGCTAAGTGAAAAGTAATTCAATAAATAAAATGGTAATTGTAAGAGATTTTACAGTAATTGTAAGTTTATTTGTATTAACGGCAGATTTATGACTTCGAATTGTGATGGTAAAGTACACAGCGTGACTTTGGCCCAATCCCGATTCTATTTTTGTATGCCACCCCTTTCCCTTGGCCCTTGAAACAGAGTGTGAAGGGGAAGGGCTTGAAATTTTACCTCTAAGAAATGGGAAAGCACTACAACACCTGCACAAGTCATCATATGTCATCGCAGGCTCTTGCTTCATATGAGATCAGACGGTATTTTGTGTTATTTTTTGGTATTTCTTTTAGGAAATCACTGAAGTCAACAATATCATGAGGCTATATTCTATATCTGAGGCTCTTCTTGCCCTGCTCTACAAAAACAATAAGGAATTATGGATTTGATTATGGACCATCTAGTCTCTGAACGCAATTGACAGCAATTGAATCTTCTCGACAAGAAGTTTGGGTTCGGGGTAACCCAACTGTCCTGTTGGGACGTTCGCAGCTGGATACATGATGGACCGGTCGGAGAATAGTGCGTTGTGCACCTGTCCCTGGAAGATATTGAAGATATCTATTTATTTGGAACTTTGATAATATAGTTTTTGCTGATGGCTTAGGCGGGCCCCCTGGAGATAGACAACTGGTAAAAGCGGTCAGTGTGGCTCAAAACCCCACCAAGCTGGCCGGCTGGATTGAAAGTGGTGAGCAGGGTTGTTGGTACTCAGACTGTGACTTTAGACCGTAAATTGGAAAACATTGGGGAGAAACTAGCTGCGTTGCAATGGGATTTGTTCAGACCAGAAGACCAGTGACAAACATGAGATATCTGCAAAATTTTCGGACTGCTATACAGGAGTTATTATTAGGGATTATAGATAGCGAAATTTAGCAGTTTTTATTTTAGCTTTTTTTTTTTTTTACATGACGGTAAAACCCTAACGCCGTTATGAATGTATTAAAACATATGCTTGTTTGTCATAAAAACAGCTGTTGTAGCAGGTGTATTTTGGGGAATTTTCATACACCTTGGTTTCGAGTGTGGTCCTGAAAAATCTCTGTTTTAAGGGCTATCTACCCATTCTCTTCAAGCTTTGTTTATACTTGACGTGTCTGCTAGTTGGTTTGAGTGTGCGCGCCAAATGTGACGTTCTCATGTTGTTTGTGGAGGTTTGCTTTGGGTGCGCACGACATGATTTCGGCTGATGAAACGCACAAATTTTTTTTAAACTCAATCGAACAGGTTACGCAGTGCCGCGTTTAATTTGAGTTAAATAATGAATCATTTTAAAGAAATTTTGTCTACAATAGGCACAACTGTACAGACATCTTTATGATCCATGCATGTCATAGAGATAACCAGATGGCAAAAAATTCTTGGCTAGAAATTGAAACAGCAGTGGGAAAGGAGGAAAGTTTTTGGAAAAGTTTAGAAAAACCTGAGGAAAAGTTAAAGCCAAAACAGATTCTTTAATCACAGAAATCTGTTTTTTCACAATTAATTTTCAATTTTAAATAATTGAATAGTTACAAAACTATAATTAAGGAACAAATTATTTATTTGATAGCTGAAAAAGAAAATTTGAACCTATCGGTTTACAACATACTGGTGCCTTGTTTTTTGGTCTTTATTGGTGATAATTGTTTATTCTTTCTATAATAAAAAAATATCTGTAGAGCAATCCATGTCCTGTTGTGATTAATATTTGAATTATCTTTAATAGATAGAACTGTCTGAGATATGAACAAAAGCAAGTAATGCATCAAAGTTTGATATTAAAAACTTGAATAGTTATAAAAATCTTTATAATCTTTAAAATAATTAAAAACAATAAAAAAATGTAAACAATATGACATAGTCCTGGAAACTTTCTGTTTATCCATCTGATTTTACGGTCAGTTTTTTTTTTGACCGCCCCCTGTCGTTTTAGAGAACATCACAACAGAGAACACATCGAGTATAAAAGCCTCGTCCGTTTCGGGAGGTGCACGCGCAGTCAGCGGACGTGCGTGATGCGGTGCCAGGCAAAAGTAAAAAAATTAGGCTTCAGTCCTACGCCTTCAAGCTAAAGAGAATTGGGACACCCCTACCCCTTAACATGAACCCGCAAAACAAGGGGGATAGGGCTAAGGGGTAGAATTGGGATTGGGCCTTTATATCTCAAGACTTTTTTCTAACTATGTATAATTTCATTGAAATTTATTTTTTAAATGTTTTTGCATAATTTTGGCTTGTGTAAGAACGTATATTGTATGTAATAAAATTGTGCAATTTTGTAACACATATTATCTCATTTACTTGTTTATACAAGCATATGGGTTAGTTTTTTCTCATTTCATTATTAGAAAAAAAGTTTGTAATTATGAAAAGTTTCAAATTATGTAGCCAGAGCAACGTATGGCTGCATTTTACCTTTAAAAATAAAGCTACGGAGCGGTATTACGCCACAGATGGCTTCTATTTCTATTCGCACTACCAGCTGACCGCTTCTGTGTGGAAAGCTTTTCCACTGTTACCAGTTTGCCCAGTGGCTCGCCTCCTTTGTCAGCGGACTTGAGATGCAAAGAGCAGTTGACCACGATGATGAGGTTCGAGTCTGGCAAATAACGCTTCCAGAAAGCAGGTAAAACAAAAGTCAAAAATAAACATGTAAATACTAGGGTGAGAATGTGGTTAGATCTGAAAATGTGGTAAAAATCAGGCGGCCATAAGGGCTTTTCTTTTTCTGAATTGCTTTTGAAAACATTGGTGGGAGGGTCAATCTGTGCTTTTGAAAACACTGTCGCTTGGGTTTAGGTAAGGCGGTGGAAGGGTCAATCTGTGCTTTTGAAAACACTATGGGTTGGTTTTAGGGAAAGGGGTGGATGGGATTATTGGTTAATCGGTCAGTCAGTCATTCAGTCGACAGCAGCCTCTGGTAAATTTACGAATGGTACTCGCGAGAAAAAAATCTCCTGGAAAACTCACCTATTTCACACTCTTCAGAAATGTTTACAGGGGTACATATTCATAATGAGCCTGCCTGGGTTGGATTTTATCATTCATTCATTTTCTTTTCTGCTTAGTCCCTTTATTAATCAGGGGTGGCTACAACGTAATGACTTATCTTCAACTTATCCAGCATATGTTTTATGCAGTGAATGCCCTTGCACTCTTTCACACACATACACTATGGCCAATTTAGTTTATTCAGTTCACTTATACCACATGATTTTGAACTGTGGGGGAAACCGGAGCAGTTTCCGGAACAGGGAAAGCATGTGAACTCCACACGGAAACGTTAACTCACCCAGCCGGGGCTCGAACCAGCAACCTTCTTGTTGTGAGGCGATCGTGTTACCTACTGCGCCACTGTGATGTAGATTTTAACATACTACACATTATTACAAACTAAGTGTTGTGTTGAATACTGTTTTAGAATGTAGAGTATGCAGATTGCGATGCAACATGTTTTGTTTTTATTTATTTTTTCTCTCTGCTGAAATTTGGGTGTCTTTTAACCTGCCTTGTTAAGAAAGTCAACACTTGTTCCTATAACTGTGATAAATTTAGAAATACCTTTATACCATCTTTTTGCTGCTACAGTGTGTATTCGAAGCAAGAGTTGAACTGATTATTTAGAGCACACGGTTTTAATGAATATCTTCCGTTTGGTCTGTGGGTGGCGGAAAAGTTTGGGAACTACAGCTCTTGAGTGCCAGATCAGATTAAAACATCAGCAGATACGCCATCGAAACCTTTTATCCTCATTTATATCACTCTGGGTTGTCCCAGTTTCAAAAAGGTAAAAGCAACAGCATTTATTCCACCTAGAAATAACTCAAAACGTTCTCATTTTCATGCCAGCGAGAACCTAAATGCATAAAGGTTTTTTATGGCGCAGCATGAAATGAAACTAATCATGAGTATTTTCTAGTGCTGTGTGGCAGTCGCTGTGTTTGAAATGCTAATTCCTTTGGCACAAGCCACGCTCACGTTTGATTTTTCGTTCTTTTTTTAATATCAAATCCAAATATCTTTGTTCTTTGAACACCAAAAATAACACTGAAGGCTGAATAATTTCTTCAGTCCCAAGAATTGCAGAAAACATTGCACCATACAGTTTTGCCCTGTCAGATTTGTTTTAGTTTAATAGCTCTATTTGAACCGGTTATGTAAGATTTGTTTAAACCTCTTTCAAGTCCAGCTATAATATTATATTCAGCGGTTCAATCACTCAAGACATTCTTCATGACAGACAGTAACGCATCTCATCCAAACCCCCAGAAACTCGTCTTTTGTGTCCTTCTCAATGGCCTTGAGAGGCAGTTCTCAGAAAGCGGTCTGAAGCCTGAACTACACAATACTGAATGAAAGGCTTTACTGTAAGTGGAGATAGATGTCACTAAGCTATTTTGTCCCGTTTGAAGTTGATTTTTCGCCCTTTTATTCATGCAATGTCAAATTCCTGCACAGAGCAAATGCTGTAAGAGAAAGAACAGTAAGATCGTTATTAATTACAGCACGCATCAGTAATGAGAGGCTCTCCGTCCTCAG
Seq C2 exon
GCGTACCCGTCTCTGAAGCCCTTGGCGTCGTGGACGCGGGACCTGTGCCAGCGCGTGGAGCAGTTTGCTCGCTGGGCGGAAACTGCTCGCCCTCCTGTCCTTTTCTGGCTGTCTGGATTTACCTTCCCTACGGGCTTCCTCACCGCTGTGCTGCAGAGCTCTGCACGGCAGAATAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087352:ENSDART00000128014:83
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.025
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0302810=Dynein_heavy=FE(5.4=100)
A:
NA
C2:
PF0302810=Dynein_heavy=FE(8.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]