DreINT0016705 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079438 | PKP3 (2 of 2)
Description
plakophilin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9025]
Coordinates
chr7:32656945-32670105:-
Coord C1 exon
chr7:32670018-32670105
Coord A exon
chr7:32657543-32670017
Coord C2 exon
chr7:32656945-32657542
Length
12475 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TCTGTTTTCCTTTTGTACAGAAA
3' ss Score
8.5
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCTGGAAAGCTGAAAGCAGCGAGAGCCGCCTCCACCGTCCTGTCCAACATGTTTCAGTACAACAAACTTCACAGAGACTACAAACAG
Seq A exon
GTGAGTCTCAGTGTAAAAACACAGATGAACGTGTTACCGTTCAGAGGTGCAAGCAGCAGACAAAGTGTGACAAAGTCTCGTCTCCTGTGGAATCTGATATGGAAATAGATACCTTTTCTGTATATAGACTTTGCACTGGTGACCGTTGTGTGTATTTGCTTTCTAAGTTTTAATCTGTTTGGCCAATGCTCAACTATTTTATTATGTCAAGTCAATAAATATTGGGCGGTTACAGCATGTCAATGGCTCTTTATGGAGAGTGTCCAAATGCATGTTACTGTGCACTTCTATGTGATAGTTGGCTCCCTCAGTCAGTTATGTTACTGAACTGGAAAAATATTTACCAACAACCTATTACTCATTACCAGACATAAGCAAACATGCTGTGTCTTCTTTATTTTTAATGTGTTCAGTTAGTTTTTTACTTTGTTAAAATGGTTCATTTTCTTTCTTTGCTTTTTATTTTAAAGGGGACCCATTATGCCCCTTTTTACAAGACCTAAATAAGTGTTTGATGTGCCTAAAGTGTGTATGTAAAGTATGTTCTCAAAATACCACACAAATAATGTTTTATAACTCTTTGAATTTGCCCCTTTTAGGCTTTGATCCTAATTCTGCCATTTTGATGACTGTCGCTTTAAATTCAAATGAGCTTTGAACATAGGGCGGAGCTACAAATGTGTCAGCGTTGTGGCAGATTCAAAGGCAAGACTCATATCTAATGCCAATAAGTGAGAGATTGTCATTAATTGGTGAGGTTTTCTCTCTCTGATGACACATACAAAGGAAGAGTGTCAACCATAGTGTTTCAGCAGATATTATTTTATAAAGTGGATTATATTTAATACATTTTTATCATTAAAAGCTGGTGATATTTACAGACTGTTGCCACACAACTGTGTTTAAACCCCTTATAAAAGTGATTTTTGCATAATGGGTCCCCTTACAATGATATTGATTTATATTTACAGCAGATGTGATTTGTCAATGTGCTTAACTCGGGTTTATCATCTGTTCTAAATTCATTTTAAACTATGTCTTCATAGGGCTAATTTTATTTTTGCTTTCTATAACATATAATTAATATCTGATGATGAAAACTTTTTCTTGTTCAGTTTAATCATACAAAGCTGTGCTAAATATTTTGTCCAGTGCAGTTGTTAATTTAATGTAATTAATATGAATTATATATTTTATATGAATTATTGAATTATATTTATTGAATTATATGCCCCATGATTTAGTATTTGTCCTTCTGGACTTAATATAACATTTAAAGACTTAAAAAACAGACCATGATCAAATGAGTTTAGTGAACGCTGAAAAATGTTCCACTCACTATATATACACAAATGATAATATTTCACATTTAATATAATACATCTTTACATTTAACTGTTTCTTTTTCAATGTAAAATTGAACATTTCATCTCAATGTCAGAAAAAAATGCTTCTAAATCATCACATTTACACACTTTTTCAGTTTCAGATTTTTTTTTAAATGCTGATCGGCTCACAAAAAGAACCTTATAGAGCCAAGCTAGAGTTTGACTGTAATACAACGTCTTAAAACGTAAACAACTAAAAAACACAATGTAAATAACTTGTTATTAAATAAGAATATGTAAATAACTCAATATTGCCAAAAATGTCAGATAGAATCTTATAATTCTAAGGTTACAATACTGTACTGTACATGAAATACACAAAACACATTTACAATACTATTATAGATATAATTACAATGTTACAACAATGTCATTACACTGTCATTACTATGTTATTACATAGTAGTTACATCCAAAAGTAAAAGTATGTAATTACACATTTACTTACTTATATGTACAAATAAAAACACAAACACTGTACATGAAATATACAAAGAAACATTTAAACTATAAATGTTATATTGGATGTAATTACTATGCAATAGCAATGTAGTTACATTGTAATGACATAGTAATTAAGTTTGTAATTACATGTGTACTGTGTATATTTTCGTATATAACTGTAGACAACCAAATACTGTATGTGCAATATACAAAGAAACATTTGCATTTATACATATTGTTCTGGATGTTACTACTATGTAATTTCATGTTATGATATAGTAGTTATAATGTAACGACAAAGTATTTTCACACAAGACAAGGAATTACATATTACATCTGAGATTTATAACAGTTTATAACAATGGTTTAAAATGTAATTACATTGTTATTACATCCAATATAAGTTTTTCATTACATATGTGCATTTTTGCTTATAAATTCACAAATACAGTACTTGAAATATACAAAGAAACATAGGTTTATAAATATTATCTTAGATGTATCTTGGATGTAATTACAATGTTATAACAATGCATAGAAACATTATTTACAACGTAACAACACAGTAATTGCACACAAAATAAAAGTTTGTAGTTACATGTGTACTGTGTATATTTCCATATACAACTATAAATGAAGAATAACTGTGCAATATACATTGAAACATTGACATTTATAAATATTGTCTTGGATGTAACTACAATGCAATTTCATGTAATGACATAGTGATTTCAATGCAACGACATAGTGATTACATTCAAGATAAAAGTTTGTAACTACTAAATACATTGTTATAAAAATGTAATAACAATGTAATAACACCGTTGTTACATAGCAATTACATTATTATTATTACATAGCAATTACATTGTTGTTACATTATTATTACATAGTAATTACATTGTTGTTACATTAATATTACATAGTAATCACGTTGTTGTTACATAGTAATAATATCTAAAACAAAAGTTTGTAATTACATATGTACTGCCTATATTTACGTATAAATACACACAGTACATGAAATACATTACAAACAGTACACAGTACAAAGAAATTGTATATTTTATACAATTATATGTATAATAAATGAACAACAGGTCTAATGCAACATATTATAAGATTAAAATATGGAAAAATTATCAGATGGTAACTTTTCCTAATGGATAAACAGCTCTTGGTAATATTTCAGCTTTGTTAACTTTTGTATTAGACATCCTGCCCTCTCTCATATATGTTTCTCTCTCAGTTAATTTCTTTTCTCCCAGAAACATGACTTGTAAAGTTTACCCAAAATAAATGCATTAAAATAATAAAAGATCAAATTTTCCACCATTACAAACATTTTCTTGTGTACCCCTGGTGGTCAGCCGGGTGGCGTGCACCCCAGTTTGTATATATATACAAACTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGCCCAGGATGAAACTACAGTGTAACTACATGCAATGACAAATTAATTACAGCCAACGTAAAAGTTTTAAATTTCATATTACAAAAGCTATTATATACAATTCTAGTACACTGTTATAATATTGTAAATACAATGTTATAACAATGTAACTATAATGTTAAAGCAATGTATTTACAATGTTATAACAATGTAATCACAATGTTATAACAATGTAATTACATTGTTATAACACTGTTCTTGAATAGTAATTACATCCAAAATAAAAGTTTGTAGTTACATACGTACTGCCTATATAGACATATAAATACACAAACACTGTATATGAAATATACAAGGAAACATTTGTTTATAAATATTTTCTTAGATGTAATTACTATCCAATAGAAATGTAATTACAATGTAATGACATAGTACGTTTGAAATTACATTTGAAATCACAATGTGTTACTACATAGTGTTTACATCCAAAATAAAAGTTTGTAATTACATATGTACTGCCTATATTTACATAGAAATACACAAATACTGTATATGAAGTATACAAAGAAACATTTACATTTCTAAATATTATCTTGGATGTAATTGCATGCAATGACAAAGTAATAAAAATTTTACTACAGTATTTACATCGAAGATATACATTTCTTATTACATATTACAATGTTAATACAATTATATATTAAATACATTATATAATATATAAAAGTGTACAATATGTAATAGATAAAAGTTTATAATTACATATGTACTGCCTATATTGATGTATAAATACACAAACACTGTACATAAAATATACAAAGCAACATTTAAGTTTATAAACATTTTCTTGGATGTAATTACAATGCAATAGCAATGTAGTTACAATGTAATGACATAGTAATTCAATTGGTAATTACATGTATATGGTGTATATTTTTGTATACAGCTGTAAATAACCAAATACTGTACATGCAATATACAAAGAAACATTTACATTTATAAATATTGTCCTATATGTATATACATATTAGCGCTTGCACGACTACTGGTTTCGGCTAATCGATTTCTTTTCAAAACAATACTCGAGTTACTCGACTACCCGTGGTTCGAGCTACTAGTTAAAAGACACAAAGAAATATTTTTCAATACATTTTAGTAATTCATAGCTGAATGCATTGATTTCATAGTGCTAACATACATTGTCAAAACATTATATTACTTTTTTATGTTACAGAGTAATATAAAAATAAAAAGCTGCATGCAACATTGTCTTTTAACATCTGCGTCATAAGCTTGCGGTATAGGCAAAGCAAACTCATGTTCATCCTGTAATACTTTAAGTTATTAAAGTAACTTTATTATTTTTCCGTCATAATAAGAACTAAGTAAAACTTAATTGTTAAACCAGTTCGGAAAGATAAAAATAGTTCTCGTCAACAATACAGCTGATCGCAAAAAAAAAAAAAATTATAGACTAAATTAATAAATAATGCATAAATAAAAAGTTGAAATTGAAAATACTTAAATGAAATATTTATAATACAAACGAAAAGAAAAAATCTAGGCTAATTATTGCATTTTAATTATACATTTAATGTAGGCTATAGAAAGAAAAAGTAGCCACACCCGAAATCTAAAATGCGTCCTGAAAACTCATAATCAAAACGCAGTGTTCATAAAATTAATTAAAAGATTAATAAAATTATTCTGAGC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079438:ENSDART00000113744:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.133 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]