DreINT0018598 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016188 | SBNO2 (1 of 2)
Description
strawberry notch homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29158]
Coordinates
chr22:17689905-17718587:-
Coord C1 exon
chr22:17718494-17718587
Coord A exon
chr22:17690052-17718493
Coord C2 exon
chr22:17689905-17690051
Length
28442 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCTCTCTCTCTCTGTTTCAGGAC
3' ss Score
14.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAAGCTGCTTCAACGGTGTGTCTGACATGCACACAGATCTGCTTCCTCAAGACCTCAGCAACTTTGACTTCTCCGGTCTGGATCTTCCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016188:ENSDART00000137984:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.188 A=NA C2=0.224
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]