DreINT0019517 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104005 | SLC4A3
Description
solute carrier family 4 (anion exchanger), member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11029]
Coordinates
chr9:46850162-46856315:+
Coord C1 exon
chr9:46850162-46850327
Coord A exon
chr9:46850328-46856212
Coord C2 exon
chr9:46856213-46856315
Length
5885 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGTTT
5' ss Score
1.54
3' ss Seq
TTTTCTTCTCTCCACAAAAGAAA
3' ss Score
4.17
Exon sequences
Seq C1 exon
TCACCCCAATGATGAGAAAGAAGGCCTTTTCCACCGGAATCACTCCGTCACCAGTCTGGGCAGCTTCCGTCACAACCACAACCACGTTCACGACACCAGCCTGCCTCTGGTGTCCCAGGACCATGAGGAGATGCACGACAGTAAAGCAGCAGATCATGACAAAGAG
Seq A exon
GTGTTTGTAGCTTTATTTGTGAGTTGCTTGCTTCTCGTTGTGTGCATGGTCATAGTTTCACCCAGGCTTCCAGAAACTCCAGAAAAGTTGAATGGGCCGATGATAGTCATTTGGGGGACACCATGAATCATCATTTGGTCCATTCAAGATGCATCGCTCTGAAAGCCTGAACCCAAGTGCTGTGATGTATATGTTTTGTCAGTTGAAAACTGAGGGGTGAAAAAGTAGCTTAGGGGGTTTTCACACTGTCATCCAAGTGCGATTGTTCCTGGTTTCACACTCACTTGATTTTATCGAATCCTGGTGTAATTGCAGTTATCCCACATCATCACAATCAGAACATGGGTTAATAATAATGTTATGTTATGAGAAGGATGTATATGCAGGCCTATAGCCAACCAAGCGAATGAGGTGGTTATTTTTCTCAAAACGTGGACTTTTTTTCCTAGTAATTTTGTTAAATGGTGCATTTTTGGGACGCTGAGTGCAGATTCAAATGCAGGGTTTATTAGCAGGATGGTCAGGCAAGCAATGTTCAACGCATGGGCAATCAGATGTACACAGGCAAATCCAAAGTCATGGTCAGTAAACAGGCAGACGGTCAAAAGGCAGGCAGCAGACAGGTATAAACTAACAAAACTACGTGAGGATCAAACACAGCAAGACAAGGCAAGGAAAACATGTCATAATGTTAACTGTACAGTTAAACAAGACAGCCCTTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGTATTTAAGTCTATCTAATCAGTCTTTGAGCAGCTTCCAGCTGTGTGAATGTAATCAATCAGTCTTTGGTGCATGACTGGTATATGGACAATGTAGTCCATATATCAGTAGATTTGTAGTTCGTTGGCGATCTGCACAGGCTGGATCACTAGTGACCATGAAAATATTAAAAGTCCAATGAAATGAAAATAAGGTTTTTAGATATTACTATTGATATTGTTTGTTTTAGGTTATCTATAAGATATTGTGCTCCAAAACAGTGACAAAACTCACGTCTAGAAGATTTAAAACTGATATCAACATATAAAGCTTGCAGTTTGTTACTAAATGGATCAGCGGCTTTATTCACATCAACCCATACTACTGTACAGTTTCTCATCAAATCATAACCAATGAAATGTTCTCTAGTATCTGACATGCCCTACCCCTTTCAAGACATTTCTCATTTGCTTTTTATTTGATGCATGGTAAAGATTGGATAAAGTACCACTGTATTACAATAATTAATATCATTACAGTACTGTGACGATTGGGTTTACGGTTGGGGTGGGCATTAATAAAATACAATTTATTGGATAATTTAATAAATAACCTGAATAGTATTCAGTACAACTATTGTTTTTACATTACTGTGATGGTTGGGTTTAGGGTTGGGGTGGGGGTAGACGGTAATAAAATACAATAAATGGGAAATTTAATAAATAATATAAATAATTCTTGTTAACTTCCAGCCGCAGACGTATCTACCAACAACCAGTGATGATGCACTTGAGCTCAGCCGCTCTCACTGCAGAGTGGTGATAAAACAAAACGCTGGTTTCTAAAAAGGGGAGGAGCTACACTATGTCCCACAATCTCTTTGTGGTTCAATTTGAGATTACGCCAAACATTTATAAAAATGCACATTTCAAAGCTCTTCACAGGATTTATGAACAATGTTATTAAATTAGTGTTTAGAATTAAACATTTTTAACAAATATTAATTATGAAAATGCTTGTGTACAGTAATACAGTAAAAATTTAGTAGACCATCAATTTATAATAAAAAATAAAAGTTGTTTGTTTAACTAATATGTAGCCTATTGTTATTTATTTGGCAAATAAACTTCCCGATGCATTCAACTATCCTCAGAAGTCAGAATTAGGCCATTTAAATAATACAAAAATAAAACATCCCAGCAGGCACAGACACCATCATGACGTCAGATTGTTGTTGTACCCCATCTTCGTGGGGCATTGCATTTAGTTTGAAAATGAAAATAGGGTTGAAGTCAGAACCCAGCATAAGGTCAACGTCAATATCCAACGTCGAGCAGTTGTTGCATTTTGGTAAATTTCCAACGCAACCTAAAAACAACAAAACATCAACGTCTAATGATGTTACAACTTGATGTTGTGTGGACGTTATTAGATGATGTCTATCAGATGTTGGATTTTTGGTAGCTCTACATGATGAATAAATGTCAGTATTTGACATCAATATGACTTTTAAGATGTTGTCTCGACATTGAATTTTGGTTACTTTCCAACACAACCTAAAATCAACAAAATACAGTTAAATACTGTAACAATGTCATGTCAGGTTGTTATTGGATATCAAAATAAAATTGTCCTTAGACACTGGCAACTAAATCTAACCTAATATTAATGCCTTATGATGTTGTGTGTCTGCTGGGATAATGATAATATTAGTAAGTGCTTCAGTTTTTCCAGCCTCTCTTGTATGAAATATACTTTCAAAAATTCATGGAAGACTTTAACTTTAGTTTTTGAATTAAGGTCGAAGGTTAAGTATACTTAAAAAAACAAAATCACAATGTATTACAATGCACTCAAAAAACGATGTTGCTGCTTGTTCAAAGTACTTATTTAAAATAAGTTGAAACAACACTATTCTTGAGTTTCTTTGGGATAACCTAATTGTTTTAGGTTCAATCCACTTAAATTTGTTAACTTAATTTGTTTGTGTTGAGACAACATGAATGAATTTTGTACAACTTAGCTTTTTTTTTTACAGTCAAAATGAAATTTCCCTTATCACATCTCAGATATATTGCAAGTTTTCATGCACCTCTGCATGTTGAACTCCTAAAATATAATCATTTGCATTTATCACAATGGATTAAGTTATTACTGAATAAAACATTTTAGATAGATAAAGTATACTCAAGTCAATATATTCACTATGATGGGAACAGCACGAGTGCCACTTGGAAGAAGATTCCACTTGGTTTAAAAGCCTTTTTCAAATAGTTAGTTTTACAATTCATGATGGCATAGCAGTCAAAAACAGGACAAGGGAGCTCATGTAAGAGACAGGACATAGATTTTCGTCAGTGGGGGTGGGTCGAACCACCAACAAGCCCCCTGGCTATAGGCCTGCTATGCGTGTCATAAAGGTTTTGCAAACAGACTTTCAGATTGCAAGCCATTCATTTGGTGCTGGGATTTTGTACACTGACACACTCGCTATTGAAGGGATAATTCACTCCAAAATTCATGTTTTTACTCTTCCTTATGTGGTTTTAACCCTTTGTGAGTTTCCTTTTTTTAATAAACATAAAAATTAGATACTGGTAGCCATTGACATCCATAGTAATAATAAAAAAATTAAAATACTATGGAAGCCAGTGGCTACCGGTTTATTTCTGTTTATCAGAAGAAAGCAACTCGAATATGTTTGGAAGGGGGAGGTTTCAAAAATGAAAACTTATGTGAAAAAATGAAAAAAATATTTCTTATATTGTTTTGAGTTTTTTTTTGTTTTGTCTTCCATAGCATTTATTTTCCTACTGTGTAAGTCAGTGGTGAAAAGTTTCCAACATTCTTGATACTGTTTACTTTTTTCACATTTTTTAAGTTACAGCCTTTTTCCAAAATTGATTAAATTCATTTATTTCCTTAAAATTATACACACAATACCCCATAATGACAATGTGAAAAAAGATTTTAATAAAATCTTTAATACAATTATTAAAAAGAAAAAAAAACTGTAAAATCACGCTCATAAGTATTCACAGCCTTTGCTCAATACTTTGTTAATGCACCTTTGGCAGCAGTTACAGTCTCAAGTCTTTTTGAATATGATGCCACAAGCTTGGCACACCTGTCTTTGGGAATTTTTGCCCATTCCTCTTTGCAGTACCTCTCAAGCTCTGTCAGGTTGGATAGGAAGCGACGATGTACAGGCATTTTCAGAAATCTCCTGAGATCTATTTAGGTCTGGGCTCTGGCTGGGCCACTCAAGGACATTCACCGAGTTGTTGTGAAGCCACTCCATTGATATTTTGGGTCATTGTCCTGCTGGAGAGTCTGAAGCAGGTTTTCATTCAGGAAGTCTCTGTATATTGCTGCATTCACCTTTCCCTCTAGTCTTCCAGTTCCTGCTGCTGAAAAACATCCCCACAGCATGATGATGCCACCACCATGCTTTACTGTAGGAATGGTATTAGCTTGGTGATGAGCGGTGCTTCGTTTTCTCCAAACGTAACGCCTGGCATTCGCTCCAAAGAGTTCAATTTTAGTCTCATCAGATCAGAGAATTTTGTTTCTTATGGTCTGAGAGTCCTTCAGATGCCTTTTGGCAAATTCCAGGTGGGGAGTGGCTTCCGTTTGGCCACTCTACTATACACGCCTGATTGGTGGATTGCTGCACAGATGGTTGTTCTTCTGTAAGGTTCTCCTCTCTCCACAGAAAAATGCTGGAGTTCAGACAAAGTGACCATCGAGTTATTGATCACCTCCCTGACTATGGCCCTTCTCCCCTGATCACTCAGCTTAGATGGCCGGCCAGCTCTAGGAAGAGTTCTGGCGGTTCCAAATATCTTCCACTTACTGATGATGAAGGCCACTGTGCTCATTGGAGCTTTCAGAGCAGCCGAAGTTTTTCTGTAACCTTCCCCAACCTTGTGCCGAGAGACAATCATGTCTCGGAGGTCTACAGACAATTCCTTCATGCTTGGTTTGTCCTTCGACATGCACTGTCAACCCTGGGACCTTATATAGACAAGTGTTTGCATTTTCAAATCACATCCAATCAACTTAATTTACCACAGGTGAACAATTAAGCTGCTGAAACATCTCAAGAATGATACTTCTGTACATGTGATTTTTCAGGTTGATTTGAATAAATTTGCAACAATTTCAAAAAATCGTTTTTCACATTGTCACTATGGGCTATTGTGTGTAGAATTGTTAGAAAATACATAAATTAAATAAATTTTGGAATAAGGCACATAAAAAATGTGTAAAAAAGTGA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Seq C2 exon
AAAAGCCTCCACCCCATCCCAGCTGAGGGACACGCCGCCTCCAGATCTTTGAAACTCTTGGCAAAGATTCCCAAGGATGCCGAAGCAACTGTGGTCTTAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104005:ENSDART00000160285:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.589 A=NA C2=0.229
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(20.8=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]