DreINT0019527 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104005 | SLC4A3
Description
solute carrier family 4 (anion exchanger), member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11029]
Coordinates
chr9:46835997-46844290:+
Coord C1 exon
chr9:46835997-46836177
Coord A exon
chr9:46836178-46844154
Coord C2 exon
chr9:46844155-46844290
Length
7977 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGA
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
CCCTGTGTTATGTTACCCAGGTG
3' ss Score
7.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTTGTGGAGCTCAATGAGCTGATAGTGGATAAGAACCAGGAAATGCGCTGGAAGGAGAGGGCACGTTGGATCAAGTTTGAGGAAGATGTGGAGGAAGAGACGGACCGCTGGGGTAAACCACATGTGGCCTCACTGTCCTTCCGTAGCCTGCTGGAGCTTCGCAGGACCATCACACACG
Seq A exon
GTGAGAGTTCAGTCTATTCAGTCTTAACTTTGACGCATGAACATGAGGCTTTTATTTCAGTATGTTGATATACTTCCAACTAAAAAAGAACATGAGCAATTCCAGCGTCATAGATGTGACATTTGCAGTAAAAACTTTGGTCATACTTTATTTTGATGGTCCGTTTGTCTGAGGTGGCACCTTCTTACAGGCGGCACTCAAGACTTGGACCAGATTTTAAATGTAGTATTTGGCCCAAATGTTTAAATGTATATGTGCGCCACATAGGTTTGGCCTACCTTGACCCACTTTTAAAATACATTTAAATTATTTTTGAGCAAAGAAAGAATTCTATCAAGCAGGTCGCTTCAAGAAAAAGCATAGCCATAAAGCGAAATGCTTCATGGGTTTATAAAAAAACATTGCAGTCGTGACACACCAACATATCTGGCCCAGTTCAGGCGCAGTTATGGGTTATTAACTTGGCTGAGACTCGGCCCAGATATGGTCCATGTTTGCCGCTTGTATGGAAGCTTGACACACCTGAACATGCTAATCAGTGTCTTTAAGATCACAAGAAATCTATAAGCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCTAAACTGTGCAGGACACCGGCCCTCCAGGACAGAGTTTGCCCACCCCTGCTTTAAACTCACATTACCAGGAAGTGTCATCTCTCTAAGGGCTCTAATTTGAAGATCCATGCACAAAGTCTAAAGCACAGGGCGCAAACACATTAAGGGCGTGTCAGAATCCACTTGCATACAAATGCAGTTTTAAAGTGGATTTATTTAATTAAAAAATGTATTCGTTTTAATTTGCACACATTTAAAACTCAGACGTTTGAAGAGCTTAACTAATATATATATATAAATGGGTTCAGCTGACTTGTTTTTTTAAATCTGTTAAGTTCAGCCAATGTTATGTCAACACGTTCAATCCAGATAAATTAACTTAACTCAAAATATTAAGTTGTGATAACTAATTGGCACAATCATTTTTTTTACGGTGGATGTAAATAATAACAATGTGCGCTAGCAAAATAATATGACTGACAGAAGTCATTAAATAAAAGTCAATATATGCCTATGCACTGGTTTGGATAAATGGATTGTTTTCCATGTGTTTTAAATGTTTTAGTTTTGAAGAAATGCATGGTAAAAAGATTCAGTCCAAACAAATGTCTATCAATGAGACGTTTTAGTATTTCTGTGGATGTGGACTGAAAAATGACAGCCCTGTCAAATGGATGACAGTGATGAACTGACACAAGGGATTGTAAAAAACATATTTAAAATGGAAAAATAGTGTAGAAGTAGGCTGTATGATCATATTACAAGTCGTTTTATAAGTAGAAATAAACTAAAAATAGTTCATATTGTGATCATAGCGAACATGTAAAATGCTTTATCGCTCTGCCAGTCCTAACATCCATGCACTTGAAAAACCAGACAGAATTCTAATGAAAACTTAAATTAAATTCATGGAATAAACCCTATTGGAAAAAAATAAAATGTTTTCAAGCAGTGATAATAATGTAAACAGTGTTTTAGTTTCGAGGAATGCATGATAAAAATATTCGGTCCAAAGAGCTGTCTGTCATTGAAAAGGCTTTGGCATTTCTGTGGTTGTGGAAAGAAACATGACAACCCTGACATAAAATTGAATAAAATAATAAAATAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGGTCAGTGACAAAACAGGTTTGGCAAGATGGGAAATTTAAAAATCTTTTACAAAGTTGATTTAAAAGCATCCGTCAGATATTTTAAAATGTACAGATTGTATTCATGTTGATTTTATGTAATTAAAAATAACATTTACACCATTTTTTACAGACATTAAGACTGAATGCAACTGAAAATGTCAAATGGTGTAACTGCCAAAAATTGTGAAATATTAAATAATTTACTCCTCCTAGATGATATGCAAGTGTACACACTGAAATAAATACTTCATTTTAAAATACCACAATAACATTTATTGTATTCGCATTATCTCTAAATGTACATTTTAATGAGTTTTTGCAATATTCGGCCTGACACATGCTAAAAACACTTCTGGTTTCTAAATAATCTTTGACAAATTATGTAAAAAATGTTAAAAACTATTTTATTACACTAAACTAAGTGTTTTAATTTTAATTTCACATTATTTCCATGTACATAATTATATTTTTATGTAAAATACTGGTTACACCAATTGACAAAAACCAGTTACACCACCTGACAGTGTTGCTTCTACAGCCAAAGATTTTGAAATTGACAATTAAAATCAATTCAAATTAAGAATGATAGTCAACAATTTCAGTGGGATTGTCATTGACAAATGTGTTTAGAACAATGAAACCAGGTTGCTGAACTTTAATACACCAAGTAATAACATCCTTTACATTAAATGTGTGGCCCTCATCAATAGAATATTAACAAACTAAAGAAACATGTTTAACATTTAACACCTTTTCCATCACTGTTTCTTTTCAGTTGGCTTAATTAAAATAAAAATAAGTAGATGATATTAGAAAAAAATCCACTATTTTACTTTTAAGCTATTTAGAAACAATTTGCCAAACACTGTACGTAAATCACTAGTACGTAAGAACTGCTGCTTACTCGTTGTTGCCTTGGTGCTGGGATTAAAGGCCAATTTTTGTAAGCATACACGACTGACTGACAACAAATAATTTCATGAGTGTATCCACAACTTATCCACAAACTATTTATTTTATACAGTTAACTTCAGAATTATGCAGAATTATTATTAGTCCCCCTGAGCTATTAGCTCCCCTGTTATTTTTTCCCCAATTTCGGTTTAACAGAGAGAAGATTTTTTCAACACATTTTCATCACATAATAGTTTTAATAACTCATCTCTAATAACTGATTTATTTTCTCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTAGACTAGATATTCTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTAGCATTTAAAGGCTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGAGTAATTAGATAAGTTATTGTATATCCATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGCGGGGAAAAAGCTTAAAAGGGCCAATAATTTTTACCTCAAAATGGCTTTTAAAATTGCTTTTATTCTAGCCTAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAATTTTTTATCATACATGCTGTAAAAAACCCCAAACAAAACTGATTTCAACTGCAATTCATTTGTTTAGCAACTTCTGACTTGTTCTTCACAACTTTTCATCATTAAAGTTCCTCCGAGTCACCTCCAGTTGTTAATAATAATAGTACAACAGCAAGCGCATCAAGTATGAAAACCTCCAAAACTTAAGGCTGTGTGCACTCAGTCTATAGAGGCTTGTCAACCTTGTTTCATTTCCCATGTTAATTTTTTCTTTTATTTAAAAAAGAAATTCCCAAGTGCTCTTTAACAGAGAGAATATTATTGTCAACACATTTCTAAACAAAATAGTTTAAATGACTAAATTCTAATAACTGATTTCTTCCGTAATCTTTGCCATGATGACAGCACATAATATTTGACTAGATAATTTGTAAGACATTAGTATTCAGCCTAAAGTGACATTTAAAAATGTAATTAGGTTAATTAGGCAAGTAAGATCTATTGGCCAAGTCATTGGGTAACTGTGGTTTGTTCTGTATTTAAGAAGGCTAACAATATTGACCTTAAAAACTGCTTAAACATTTTAAAAACTGCTTTTATTCTATCCAAACTAAAAGAAATAAGACTTTCTCAAGAAGAAAAAAACATTTCAAAGGAGGGTGATACAGTGGCTAATGTGGTCAGCACAGTTGTCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTTGAGTCCAAGATGGACCAGGATGGCTTACTGTGTGGAGTTGACATGGGTTTCCTCTGGGAGCTCCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACTTGCGGTATAGGTGAATTAGAAAAACTAAATTGACTGTAGTGTATGAATGTGTGTGTGAATGAGAGAGTGTGTACATTATATTGTGTGAATATAAACATGGATTAACATAAACAAAAAAAAAACATTCATGTTGTGCAGTAAAATAATTTTATCCTATGTTTACAGAGCTTTAATAGTAAGGTTGTGGATTAAGCACCTATTTCTCAAACAAAAATAAATAAATAATCTACACTATGAACACAAATAGTAGTTTAATTTATGTCGCATTTTTGATCAGCATCATGAACTAATGATATTTGACTAAATTGACCCCTGACAGAAAGACTCCTGCTATATGAGTCAAATGGTGTAACCAGTTACACCCCTTGACATTTCAACTCAAAATGAAATTTGACAGGCATTATCAATAACATCTATGTAAGCACATGGGCTTGGTGGGAATATTTCAAATTTAACTTTTAAATATAATACTTATTTTTATAATTATGAACAATTATCAGTGCATTTCTGGGGTCTTACCATTTGACATGCATATCTAAGAATAGCTGACCATACCTTAAAAAGGTCAAAGTATCTCACATTTTAAAAAGAGTTACTAACCTTTGCATGCAGCAATTAGTCTTATCAAGAGTTCTTCTCTGTGATTCAATTTCCTGTCTAACTGTCTTGTGCACAATATTAACAAAATGGCTCAATAAATGGTGGTTACACCATCTTGACATTTCAGAAATTTGAGGTGACAGAAAAAATTCCCCAAATGAATTATAATATTTAAAACAATTGTGCTATATTTACCTTTATTTACTATTAAATATGTCTAATGTAAAATTATGCCAGACTAGCCGATACAATGTTTCATTGAGGCTTTCACATTTTTTAAACAAGGTAAACTATTTGGTACCAATTTTTTTTGGTTACACCACATTGACATTCTTGCAATAATCCCCTAAAAATTTTCTTAAAATGGATTAAAACCAAAAAATTAAACTTGGTCCTCAAAATAG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Seq C2 exon
GTGCCATAATGCTAGATCTGGATCAAACCACACTGCCTGGCATCGCCCACTTGATGGTGGAAACCATGATAATCTCGGACCAGATCAGAGCTGAAGACCGAGCCAATGTGCTGCGAGCGCTTCTGCTCAAACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104005:ENSDART00000160285:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=PU(11.7=50.8)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(17.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]