DreINT0019533 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002771 | SLC4A5 (1 of 2)
Description
solute carrier family 4 (sodium bicarbonate cotransporter), member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18168]
Coordinates
chr5:27468464-27473699:-
Coord C1 exon
chr5:27473428-27473699
Coord A exon
chr5:27468643-27473427
Coord C2 exon
chr5:27468464-27468642
Length
4785 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGAGTAAGT
5' ss Score
10.15
3' ss Seq
TTCTCAGTTCAATATCACAGCTC
3' ss Score
3.45
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATAATGCGATTGATTACATGGAGCTCCGGCTGTGGATCGGCATTCACTCCTGCATTCAGTGCTTTATCCTGGTGGCCACGGATGCCAGTTACATCATAAAGTACATGACGCGCTTTACGGAGGAGGGCTTCTCTAGTCTCATCTCCTTCATCTTCATCTCTGACGCCATCAAGAAGATGGTGGGCTCCTTTAAATATTACCCCATCAACACTGACTTCAAGCCGGACTACGTTACGGCCTACAAGTGCGAGTGTGTGGCACCAGACCCGA
Seq A exon
GTAAGTCCAATGCTGGCTTAGACCACATGCGATTTTGAAGCGTTCCTGTAATTATGAAGTGAATTCAGTTTATTACATAAAGATTGATGTTATCTGAGGCTACGTTTGCATGACAACGATGTAGCCAAAAAGGGATGAGCTTTTCAATTGTTTTTCAAAATGATGCACAAAAATGGCCCAAAATGCTGCATTATGTACAGCTTAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGTTTATTTTTTCCCCAATTTTTGTTTAACAGAGAGAAGTTTTTTTTTCAGCACATTTCTAAACATAATCGTTTTAATAACTCATCTCTAATATCTATTTATTTGATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAAATATTTGAAGACACCTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTATGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATGGTTTGTTCTGTAGACAATCAAAAAATATATAAATTTATAAATATAAAAATTAAAAACTGCTGTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTTCAGAAAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGTTCTGTTTTTAATAATGGGAAATATTTTTAAAAAGAAAGAAAAATTCAAAGGGGGGCAAATAATTCTGACTTCAACTGTATGTTGGACCAGTATTTACGAAGTCACGATGTTAGTAAACAGTGCCTGTCAGGAAGTGACAACCCGCCGTTGGAGTTTTGCATTGGTGTGCATGTACAATTTGCCACGTGTAAGATTGAAATAATGTGAAATAAATGCACAATTATGCACAAATGCACAATTGTGAAATAAATGCACAATTAGCAGATGAAGCATTTGGAAATACCCGAGTAACAAAAATACCATGTACTCCACCATGTACAACACTACCATGTACTCCACCATTGTTGTGTATGTTTGTGTGCACTTTTCTTTAATCTGCTCATCTAGAAACTCCTACTATACGTCTGGGTGATCTCATTATTTTCACATATTCTGATTTTCAGGTTTTTACACAGACACGACAATGGTGGCATTTTAAAAAAAAAAAAAACTTCCATTTTCTTCAGATTTATGCATTTTCAGGCCCAAAAATGATGTTGTCATGCAAATGAACAGGCAAAAGTATAAAAACTTTCCCATTTTTGGTTAAAAATGTTGTCATGTAAATGATCCCTAAAGCGGGTCGTACACCGGATGCGGATGACAGTTGGAAGTATCACACACCAGACGCACGCATTTGAATGTTATTTAATATGAAACTTTTCAGATGGCGCTCTGTGGTGCGGCAGTAGTATGAACAGTGTCCTATGTTGTAGCTAGGTGCCGCAGACAGCTGCTAACTTGCGGCACTGGTGTGCATACCCTAATAGAAATCTGGCACGATGGTTGGTGGCGCATCCAGTGTGCAACCCCCTTAAGAATGAATGGGAACTCTTTACAACAAGGCATAATTAGTTAACTTTGTTTAATGTGTTAGATATAATACATTTGCAATGATTTATAGTCTAGTTTGATTTAATCTTTACATTTTTTTAATTCAACATTCATAAATCTTAACTCAGATTTGTTCATGATACATAAATGTTTATGAAACTTATTATAATTTCATTTATAGTTGTTTTTTAATGTAGAATTTTCTACAGTATAAGTCATGACTGTAAGTCACACATGATGAAATCACACTGATGAGAAGAAAAACAAAAACATATACATGTTATGTTTCGGAAATACTTCAGAAATAAGTTAATTTAATTTTATACAGAAATAAGTCAATTTAATTTTATACAGAAATAAGTCAATTTAACTTTATAAACTGAACAGATTTGACAATGTGAAAGTATAGTGCTAGACTAATAGTTTAAAAAAAATACTAAATAGTCAAAAATACTTACATACAGCTCCTTCATACAGATTTGAATAATGAATCAAGCCTTATTGTAAAGTGCTGGTGAATAAATAATTTTTTTTTAAACTTTCATTTAATTCTACAATGGCAATTTCTTGTTTAAAAAGGCCTTTATAAAGAGAACTGTGTGAGTGTTCATGATTATTGTAACTTATTTGCATTATGTTTGTTTTTGCTGCAAACCCCCATACGTGGCCTCTGATTGACGTGAGTACTTTTTAAATACGGATGAGTTTAAACTGCACACATAGCATGTTTTATGAGTTTGTCCTCAAAGTCAAATTGCCTGCAGTTATGAATGAAAAACATCACTGAGGTCTTTTGAAAGTAGTCTGAGCGTACTGGATTGTTAGAAAAAGCAAGTGACAATTCACCTGCAGTCATTTACATTTCATTACATTTAGCTGGCTTTGATCCTGGATAAATCCTGCTAACAAATAATATTCAGATTTCCATTGGTTCTGCTCATTTTCCTCTCTGATTCTCCCTCTCTCTGTTTGTTCAGTGGCAACAATGATCTTCGATGTTGTAGTCCCAGTGCCAGATAATACCTCTGCTCTCTTTGGTGTAAGTGCCTAATGTCTTCACCTCACTCACTTCTGTGTTAGCATGACCTCATTAGAGACCACTGCATATGCTCTAACAATCACTGATTTTATAACCTGCAATAGCTATGTTTCCATCAGAAGTTGCTATAAGTTGCACAAATAATTAGCCAGCAAATAAAAACAGAATTGTCAATCTCTGGAAAACTGGTGCAAATTATAACGTAACCAATAATATAAAAGGATAAAATAAAATGTATGATGCTGCAACCAGAGAAACCACTGTAGCTTCATTCTACAGCCTGTACAGATTGACAATGTGAAACTATAGTGCTATACTATACTATAGCTGTTCGCCTGTTGGTATTAAAAAATAATTAACACTTAAAAATGCTTCCATGCAGTAAAAATGTACTGTGAGATGCTGCAACTATGGAAACCACTGTGGCTTCATTCCTAGATTTTACAGACTGTGCAGATTTGGTGATGTGAAACTATAGTGCTATACTATAGTATAGCTGTTCACATGTTGGCATTAAAAAAAATAATTAACACATAAAAATACATGCATAAAGTTCCTTAAAAATCATTCAAGACTCAGCTTGCAGACAACATACAATGAAAATAAACAGAAATACATACTATTTGTTCCGGAAATATTTTGGAAAGACTGCTATGACAGTAGACTTATGAAGTCAGTTTGATTCTACAGGCTGTACAGATTTGGCAATGTGAAACTACAGTGCTATACTATAGTGTAGCTGTTCACATGGTCGGTATTAAAAAAAATGAATACTTAAAAATATTTACACACACCTCAGCTTCCAAAAATGAACTGTAAGATGCTGCAACTATGAAAACCACTGTATCTTCATTTCTTGATAATAAATTATTTGATACTTGCAGACAACATACAATAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAAACAGAAATACATCATATTTTGTTCCGGAATTACTTTGGAAAGACAGCTATTACAGTAGAATTAGATGCTGCAACTAGGGAAACCACTGTAGCTTCATTCCTTTGTATTCAATTATTTGAGATTCAGCTTGCAGACAACACACAATAAAAAAAAAAAACAGAAATACATTATGTACTGGAAATACTTTGGAAAGACTGCTATGACAGTAGAATTATGAAGTCATAATCGATTCTATTCATGCGAATATAAAATAATTAACACTTAAAGGTACTTACTTTCCCTGTGATGAGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGATCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCTAAAAGAAAATGAATATATGAATGACAAAAATACTTACATACAGCTCCCTAAAAATGTACTGTAAGATGCTGCAACTAGGGAAACCACTGTAGCTTCATTCTTTGATAATAAATTATTTGATGCTCAGCTTGCAGACAATATACATAAAAAAAAACAGAAATACATCATATTTAGTTCTGGAAATACTTTGGAAAGAATGCTATGACAGTAGAATTACAGGATGAAGTCAATTTGATTCTACATTTACGCATATTAAAATATATTTAACACTTAAAATACTTACATACAGCTCCCTAAAAATGTACTGTAAGATGCTGCAACTAGGGAAACCACTGTAGCTTCATTCCTTGATAATAAATTATTTGATGCTCAGCTTATAGACAATAAAAAAATAAAAATAAAAAAACTGAAAAACATAATAAAAGACACTGATATCTTTTGTTTGGATGCCTAAGTTTGGATGAATAATACTAAGAAAACTGTAAATTGATCAAAATATTTAAGTGCATTTTGTTCAATTTTACTTGATAAATGTGATTTCACTTCATTAATTTCATGGCTTTTTAGATGTATTCTGCACATTTTTGTGCATTCTTGTCTTTTTATTTGGCATTTCTTTTCATTCAAAATCTCAAAAATGCACATAAACAATACTTCAGAGGGAAACATAGGTACTAATAATTTGTTTCATACCATGCCTTGATAAGTAAAGTCTAATTAGTTTATTTCAAAGCATTCTTTCATCTTGCTCTGCTGTATTACTTTCTGTTTGGCCTTGTCCTTTTTTATTCTCTCTTTTTCTCTTTTTTTTGCCATTTCTCCACAACAAAATCCTTCCATTTCTGCCCTGTCCACATTCCTCCCTCCTGTCCCCGATTTCTACCTTTATTTTCTCTGCGTTTCTCCTGTTCTTCTCAGTTCAATATCACAG
Seq C2 exon
CTCTGGACTGGACTCAGTTGAGTAAGAAGGAGTGTGTGAAGTACGGAGGCTCACTGGTGGGACAGTCCTGCAAATATGTTCCAGATCTTGCTCTAATGTCCTTCATTTTGTTCTGCGGCACTTACACCATGACTGTCACTCTGAAGAAGTTCAAATTTAGTCGCTACTTTCCCACTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002771:ENSDART00000138140:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]