DreINT0022324 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057107 | VAV3 (1 of 3)
Description
vav 3 guanine nucleotide exchange factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12659]
Coordinates
chr24:29639363-29647640:-
Coord C1 exon
chr24:29647575-29647640
Coord A exon
chr24:29639472-29647574
Coord C2 exon
chr24:29639363-29639471
Length
8103 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
TGTTGGTTTGTGTGTTTCAGTGA
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGTTTCCCACAGAAGAGAGTGTTGAGGATGAAGACATTTATAACCATCTTGAGGATCTGATAGA
Seq A exon
GTGAGTCATTTTTCTGTGTCCACTGATGCTCTTCTTCTGCAGAAATGAGATGATGTTTGAACCCACAGCTCACTGTATGATACTTTGTCTGTTTAGGGAGCTACAGGAGCCTCGGGCTTCTTAATGCATTGATGTTGACAAATTGAGTCATTGCACATACTGTACATGCTGTTCCCTGTAACAGGGTCATTAACTACAACCAAATATAAAATTTAAAATGTTTAAAATTGAACTGTTGTTACTTACTGGGAATATTTAAATATATATAAATATAATAAAATTTACACTAGCTGCTAGTCTCATTTTCATTTAATATATCTTCAATGTGAAATAATACAAATTTAAAAAAGCCATATAGACATAAAATGATAAAAAAATGAACAAAAAAAAAACATTTATTTGCAAAGAACATGGATTTAAAAGGGTTATTGAAATGTAAAAGTTACAAGTAACGCTTTTCAGATAAATACTGTTTTTTTTCTTTATATTCACCAAAAATCCTAGCAGTTTCAAAAATAATAAGCAGAAAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTTTGATGATAATAAAAAATGTTAATTGGGGTACAAATAAGCATATTTACAATTATATTAAAGATGATTTGATACTGAAGACTGGAGTAATGATTAAAAAACTTCAATGTTTCCATTCCTGGAATGAATTGCTAAAAATATACACATTAAAAAAAAGAAACCCAATATGACTGCTTTTATTGTAATTTCTGCTAAAATAAATGTTATCTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCATAGTTCTAAAAATATTAATTTGCAATAAATCTTTCACCGTAGTAACATTTTCATTCTTGTTTTGTTGAATTACTGTGCACTGATACTGATCTAAAAGAACTGGTCATTTTTGGGCTTTTTATGAACACACTGACAGTGGCCCCTCTCAAATCTCTGCTTAGGGCCATCAGAAATCTGTATCTGGCACTGCTTACCGGCTGTAGAACTCGAAAAAGCAATAGTTCCTTGCACTGTTAAAGGCATAGTTCATTGAAAATGAAAATTTGCTCACTGCTTAATGGTTCTACACCTTGTGTTGAACACAAAATATGTTACAAAATCCACATTTGGAATTGAGGCTTTTATAAAACATAATAAAACATTTCTCATTTTACTTTTAATGTCATTATTTTTGTGGTCAAAAATTCATCAATGTGTGGATGTCAAATAGACGTCAAGGTTTTGACATCAAATCGATTCAGCGTTTTTGACATGTTTTTGATAATGTTTTGATATCAAGGTGCCCACAACAATTTTAGATGTCAGTTTGATATCGTTTTGACAGATATTTGATGCCAATTTTAGATGTCAATTTGATGTTATTTTGACATTAAGTAAGTTTACATGCATTGTAGGAATACAAAATCCAAATTTGGAAATGAGGCTTTCAGATGAATAAAACATTTCTTATTTTAAAGTACTTTTAATGTCATTATTTTGGTGGTAAAAAATGCATCAATGTGTGGATGTCAAATAGACGTCAAGATTTTGACATCAAATTAATTTATTATTTTTGACAGGTTTTTGATGATGTTTGGATGTCAAGGTGCCCTCGACAATTTGATGCAGTTTTGACAGATATTTGATTCCAATTTTAGACATCAATTTGATGTAATTTTGACATCAAGTTAGTTTACATGCTTTGCAGGGATACAAAATCCAAATTTGGAATTGATGCTTTCAGATGAATAAACCTTCTTTTATTTTATAATTTTTTTTGTGTTGTTATTTTGCTGATCAGAAGTGCATCAATGTGTGAATGTCAAATAGATGTCAAGGTTTCGATTTAGCATTTTTGACAGATTTATTGGTTGTTTTTACATCAAGGTGTCCATATCAGTTTAAGATGTCAATTTGATGCAGTTTTGACAGATATTTGATGCCAATTTTAGATGTCAATCTGATGCCCGTTTTGACATTAAATTAGTTTACATGCATTATAGGGATACAAAATTGTGTAATTCAGGCTTTCAGATGAATAAAACTTTTCCTATTTTATACTTTTCATATTTTTGTATCATTATTTTGGTGGTTAATAATGCATCAATGTTTGAATGTCAAATAGAAGCCAAGGTTTAGTGTTTTCGACAGGTTTATTGGTTGTTTTGACATCAAGGTGCCCACTGTTATTTGGTATAACTTTCCTTTTAAGAGCTTTTTTTTTACATTAATCCTTCAGTATGTGATTCTATGAAAGGTCTTTCTGCTGAGTAACAAACCATAATTTTTCAGGACGTTGAATAACGACAACAAGTAGCAGGAGTGTCTGTTCGGATTTGATGTCATGCTTAGCAAATATTACTGTCACTGTGTTTTGGCTCGACAACATCACATCTGTTTCTTGTGCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGAGGCCTCTAGAAGATGCTTGTTTTCCACATATGATGGTTTGTTCATATGAAACGTGTTTGCTGAGTGTTTTCCCCCAGTGGCTGATCTGCCAGTATCATTCTGTCCCTGTCAGAGACGAGGCGTTTCGAAATAGATTCAAAACTACAGACATGCTTCGGAAAAGACATCAGTTTCTCTCTCCATGGTTTACAGGCATCTGGAGAACATGTCTGAGAGATTTTAGGGCCTGACTCAGCTAGAATGTCTCCTGGCTCTTGCTTTTGCTCGAGCTGAAAACCGCGTGTTTAATTTAGACAAGGGAAACATAATCGTTTCAAAGCCCCTCGTGAGCAGTTTCTAGAAGAGTCTTTTTCTCGAGTATATCGGATACGCTAAGCCTTTTAAACACATTGTGCTATCTTTTTTCAGCTTTAGAGTCAATTTGTTTTCTCTCTGTAACCAAATGATTGCCTAAAATTACAGAACAACCTACAATTTTCTAAATTTCAAGGTCACAGCTTTGTACTATTTGAAGTTAACTTTATGAGACTAAACGAGCAGTTTTGGTTTGGTTTCACACAGAGTATAAAAACTTAAGTGTAAAAAGCACAGCCCACATAGCAAAATCTCTCTGGCTCAGATCTGGACCACACAATTAGGCTCACATACAGTTGTGAATTGCGGTACGTGACTGGACCAAGTCTGGATTTTATAAAAGGACCAAACATAGACCAAATCTGGGCCAAGTTAAAAACACATAACTGGGTCAGATATGTTGGTGTCATGACTGCAATGAATTTGATAAACCCATGAAGCATTTAGCTTTATGGCCGAGCTTTTTCTCGAAGCAACCCGATTGGTAGAATTTTTCTTTACTCAAAAATAATTTGAATGTGTTTTAAAAGTGGGTCAAGATAGGTAAAACTTTCGTGGCCCACGTTTAAATATTTAATATCTGGTCTAATTCTACATTTGATTTCTGGCACAGGTCTTGTGTGCTGCTTTAAAGATGGTGCCACCTCTGCCGAAGCAGAGCCTTGTTTGGCCCACATGCTGTATGCCAGTACTGTATGAACACCTGCTGAGCCAACGTTATGCCAAATCTGGGCCAGAATTCTTATAGCAGTAATTTTATTAATCCTCTGCCAAATCCTTTATAGCAGCGGTGCCCAAACTCGGTCCTGGAGGGCCAGTGTCCTGCATATTTTAGTTCCAACAACGATTAAACACACCTGAACCAGCTAATCAAGCTCTTTCCAGGTATACTAGAAACATCCATACAGGTGTGTTAAAGGAAGTTGGAGGTAAACTATGTATGCATGACACCGGCCCTCCAGGAATGAGCTTGGGCACCCCTGCTTTCTTATTATATTATTCTACTTGGTCTGTATAGTCATGCAAACATTTGTTTGTAGAGCAAGTAGTTTGACCGTTTTTTGCCGTTTATTATTCCTAGTCATTTCTCCCATAGGCGACTGAAACGGAAGTTCTAAGACAATCGCGAAAACAGGCGCACTTCCGCATTTTAGAATAAGGTCAATAGCATTACAGTAGTTCTCAAACTCAGTTCCTGTAGGGCCGCAGCTCTGCACAGTTTTGCTCCAACCAAACACAGCTGATCCAAATATACAAGGTGTTCAAGACTACTAGAGATTATTAAGGTGTGAGTTGGAGGTGGTTGAAGCTAAACTATGCAGAGCTGCGTCCATCCAGGAATTAAGGGCCTTCTGCAAGCTGATCTTTCCAGTTTTCATTGATTTTTGCAAGACAATGAGCTGTTTTAAGGGGACTAAAACCTTTTGAAAACAGATTAACAAGATGAAGACTAAACGGATGAAGATGAAGACTACATCAAGAGAAAATCTGCAATTTGTAAAATATTTCATTATGTACTTTGTGTCTACCGGTTGTGTTATGGTACTGTAATATGAGAGGGGCATCACAAATTGGAATGATATGCAATAGTCCAGAAGTTCAGTCAGAGGGCAACTGTGGATAGCCATGCCTTTGTTTTACAAAATCTGCATTTCAGTCCATCTATTTACTGAAACTGAAAACAAAAATGAGGTCTTCTGTATTTTTAAAGCTCTGTTTTCACTAGCCAGAGGTGTCTGAGAAGTGTCAACACCAGGCATAACTATAACAAAAGCTGTACTTTTTAAAACAGAAACACACTGTTATTGTAAACAGCACCTTAATCCAGTTCTTCTTGAACAGGGTAAAGATCAATATCTTAAAGGGCACCTATGGTGAAAAATCTACTTTTCAAGCTGTTTGGACATACATGTGTGTAAGTATAGAGTATATACTGTCATATTGGGGTGATATAAACACACCCAGTCCTTTTTTCCCCCAAATTTAACAACATAAAAACGGTGGACCATTTGGAGCGGTTTTCAGATCGACTGCAACTTTACGTAGGAGTGCGATCCCCCCGCCCACCAATATTGATTGACAGCTGCGCATTAACATGTCTCTGTAGTAATGCAT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Seq C2 exon
TGAGAACGGTGTTGAAGATGAGGAGGATCTCTATGACTGTGTGTACGACGATGATGAAGGTGGTGAGGTGTATGAAGACCTGATGAAGGTCGAGTTGGTTCAGCCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057107:ENSDART00000157192:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.652 A=NA C2=0.081
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF060426=DUF925=PU(7.8=43.5)
A:
NA
C2:
PF060426=DUF925=FE(28.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]