DreINT0029649 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000024030 | angptl2a
Description
angiopoietin-like 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080721-15]
Coordinates
chr5:4382187-4393589:+
Coord C1 exon
chr5:4382187-4383118
Coord A exon
chr5:4383119-4393395
Coord C2 exon
chr5:4393396-4393589
Length
10277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGTGTTTGCTTTGTAAACAGGGC
3' ss Score
8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCCGTTTAAAGACTGTCTGCAGGCTCTAGAGGAAGGACACAGCAACAGCGGCATGTTCCTGCTGAAGCCAGAAAACACCAACAAACTGATGCAGGTCTGGTGTGATCAGAGACACGACCCCGGCGGCTGGACCGTCATTCAGAGACGCATGGACGGATCCGTCAACTTCTTCAGAAACTGGGAGACATATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000024030:ENSDART00000067599:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.475 A=NA C2=0.246
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF041569=IncA=WD(100=44.6),PF101464=zf-C4H2=PU(92.2=74.1)
A:
NA
C2:
PF101464=zf-C4H2=PD(7.3=27.7),PF0014713=Fibrinogen_C=PU(29.3=96.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]