DreINT0038130 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100129 | brd3b
Description
bromodomain containing 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5316]
Coordinates
chr5:63757820-63763247:-
Coord C1 exon
chr5:63763069-63763247
Coord A exon
chr5:63758192-63763068
Coord C2 exon
chr5:63757820-63758191
Length
4877 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
ACCTATGTCATTGTCCTCAGAAG
3' ss Score
8.35
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAACCAGCAATCGATAGCCTTGACTCCTGGATCTCCATCGTCGTCATGTCCGAGCTCTCCTCCTCAGCTGGCTCAGACTCCTGTAATCGCTGCCACTCCAGTCGCCACCATCACAACCAATGTCCAAGCTGCGCCCCCTGCCACGGCCATGATCCCAACCGCACAGCCTGTGGTCAAA
Seq A exon
GTAAGAGCAGCTACAAATGTGTTTACTCATCATAGAGGAGTAGTTTCCTATGTTTAGCTATCTTACAATCTTTTCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTTTCTGTCTTTCTGTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGTCTGTCGTTCTGTCTACTTTTATCTATTCATCTATCCATCCATTGCTCTATGGTTTTATCTATAATTATGTTATTTTGTATCATTTAAGATATTTTTTCGTCCGTCCAATCTTTTGTCGATTGTTCTATCTATCTGAATATAGTTCTATCATTCTGTCTGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAAATGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCCGTCCGTCTGTCCGTCCGTTCGTCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCCGTCCGTCTGTCCGTCCGTTCGTCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCCGTCCGTCTGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCCATCTATCTATCTGTCTGTCCCTCCATCTATCTATCTGTCTGTCCGTCCGTCTGTCCGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCAATCTGTCTGTCTGTCCATCCATCCGTCTATCTATCCGTCCGTCCATCCGTCCGTCTGTCCATCTATCTATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCACTCCGTCCGTCCCATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCCATCTATCTGTCCGTCCGTCCGTCTGTCTGTCTGTCCGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCTGTCTGTCTGTCCATCTATCTGTCCCTCCATCCATCTGTCCATCTTTCTGTCCATCTATCTGTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATATAAGGTATATTCATATTTTGTTTCGTATCTAATTGTCTATCAAATCTATTTATCTCTCTAATCATTCTTTCAAATTGTTCTATCTTTATAATCTTTCTTTTTGTAATCATATAAACATAAATATATATATATTTTTTGCTGAAACCTTTTAGAATTAAATATTTTTAGCTGCTTGGCTTTGAAGTGGATGAATTTAGAGATACCACTTCCCTGAGAGGTCACTTTTAGATTTTTTTTCAGGCAGCATGCTGTGCTTTTGTGTGTTAACAGTCTAAAAGTAGATGTAGGATTGTCAACACGCATAACTCTTTTCTGAGATGTTACATCTCTAAATTCATCTCCTAAAGCGCCACCGTTTCCGCCATCAAAACAGCTTTTGTAGCAGATTCACTGCCTTTAGCAATAAATTTCATACTGCCTGCTGTGTATTTTGCATAAGCATTTTTTGAGATGTCTATGATAGTTGGGACTAGGACTAGGCTTGGGCGGTATTACGGTATTATGGTATACCGCGGGATCTAAAAATAGCAACGGTGTCAGTTTCAATACCGTTATACCGTCATAAAATATTAAATATCCTTTATTTAATGCCTACAAAAACGTATGTGTGGTTGTTACACAGGACTGTGGAGGAGAGAGAGAGAGGAAGGGGGAGAGACGGAGGGGGAGACGGAGGGGGAGAGACGGAGGGGGAGAGAGGGAGAGGTGACGTGACGAGTCGCGCTTCAAAGTGTCCTGCAATTTGGCAGTTTCGACTGAACAGAAGTGAGATGTAGTTAATATGAACGAGAGGTCTGCATTTGAGCTGAAGATCTTTGCCCGAACCGGCGAGACCCGAAAAAATCCAAATCCCTGCATTAAAATCCATCCCTGCAAAGGTGAAACAAATGATGACGAAGTAGTAAAAAACGCTAATTTTGACGGCGGTCACTAGCTCAGAAAGAGCGGTTATTCCAGCCGCAGGTATTTCGTGGTCGCTCATACACTGCGTATTACAGTAGAGCCCTAAACCGCAAGCTGACAGGTAAAAAGACGAGGCCACTCGCTACACTGAAACTGCTGTCATGGAAAATTAAATGGATGTTCCTGACTGGTAGAAGATGAACAAACAATCCCACCCAAACCTTGCAAAATCAGCCAGATCAGAACTCTGCATCTCGACCTGTAGCCGTAGGAAAGGGTGTTCAGTTATGCTGGACGCACCATGAGTGAGAGGCTGCGCTAAAGCCTGTGGATTTAATAATGTTCCTCCACAAACACACGTAGCCTAATCTTGGTGAGTAAAGGGTTTTTAAATTATAAATAAATATTAATTAAACCATATAATCATAATGTAGACAAAGTGTACAGACTAATGGTGGCATTATTCTTTTAATATTCAGCTTCACCGCCGCCCTAATGCCAGATTGTGAAGAGAAGTGGAGAAACACATCTTGCAGAGCCTTTATCTTAATTTCGTTATTGCCAAAATACCCGTCATCATTTAGAGTTTATTTTAATTTGATTTGTTAAGCACGATTTCTTTTCATTGGTGTGTTGGCCAATTTAAAGGCTAAGTGCATGTACCTAGACTTATAGAGTGCTGAGATGTTACGATGTTACAGAGGACTTATTTTATTTCTTTGTTCCAACTTCCAAGTGGCCTACAGTCTACGTTTGTTACGAATAAATGATGTTAAAACATATAAATGACTCATTCTTGAAAAAAAGCATACGAGCTGTGTGCATGAGCACATTTGAATAATGTCCGGCTGTAAACGGGTTCGGGCTTTATAAAGCTGTCAATCAAAATGTACCTGTTGGACTCGGGACCTATCGGGTATAATTTTTATGGCCCGATTACAGCTCTCTGCATTCCCGCTGCTGTTCCGCGGGAGCCGGCCAGATTTCTTACGGTGTGGAAGTAAATTTCTGAATAAATCGCAGGAGAGATGTGCTTGTGTGTTTGTGTAAGAGAGAGAGGGGTGCTGTGCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCACCGCGAGCCTAAGGTCGCAAAGAATGTATTCAGTTTCTGAATGGTTTAGGCTCAAGCCAACAGTTTGGTGATGCTGTCTGAGCCTTATGTCATTTTTTTTTTTTATTACGCCGGTAATACCGGATACCGGGGTAAAATATGGAGGCGGTTTGACGGTATCAAAATTTGGATACCGCCCAAGCCTAACTAGGACTGCAATACTGAAGAAAAAGATGATATGCGATAACATGCTAAATAATGTGATCTGCAATAAAAAAATCTGTCTGTCTGTCCGCCCGTCTGTCTATTGTCCATCTATCCATCCGCTCATCCATCCATCTAACTGCCTATTGTTTTGACATTCTATCTATCGTTTTATCATTCTATCTATCGTTTTATTGTTCTATCTATCGTTTTATCATTCTGTCTATGGTTTTATTATTCTATCTATCGTTTTATTATTCTATCTATCGTTTTATCATTCTGTCTATCGTTTTATTATTCTATCTATCGTTTTATAATTTTGTCGGTTGTTCTATCATTCTGTCTATTGTTCTATAGTTCTATCTGTTGTTTTATCATTCTGTCTATCATTTTATTATTCTATCTATTGTTCTATAGTTCTATCTGTCATTTTATCATTCTGTTCTATCGTTTTATCATTCTATACTTTTATCAGAATTTAATCATTCTATAGTTCTATCCTTTGTTTTATCGTTCGTCTATGATAGTTAGTGCTAGAACTGTGCGATTCTGAAGAAAAAGCTGATATGCGATAACATGCTAAATAATGTTGTTTGCGATATAATAATATATATAACCAACATATGTTTCATAAAATTTTTGGGGGAAGAAAAAGCATCTCTAAACTTTCTGGAATTAAACAGTCATGTTTTGCCGTTTCATAAAACAAGTCATACAATTAAACAAAGTAAATATATTTTTAAAACAAATAGCACCACCAGTTTTTTAACTGCCCACTGTTAGTAAATGGTAAAGTTTTAGGTGAAATATTACTTTAAATAGCTTAAATGCTTGGTCATTTTTCAGCATCCATTATGCTAATTGGGTATCTTGGTAATTTTTCAGCATCAATTATTTATTTTGGTCATTTTTTCAGCATCCATTATGTTAATTATGTATTAAATATCACAATTATTGCGACGATTATAGTGCAATATGCACATTTGCAATATTTTGCTCAAGTTTGTGCTTTGAAAATTTGTAGTCTATTAATTAGTTTGATATCTGTAACTTATCCTAGCATAGTGTTTTCCAACCAAGTTCCTGGAGGCACACCAGCAGTACATATTTTGGATGTGTCCTATATCTGATCTATTTATTTCAGGTTTTGGAGTCTTTTCTAATGTTCTGATGAGTTGATTTAGGTGTGTTTGATTAGGGAGAGATTGAAAATGTGTACTGCTGGTATGCCTTAAGGAACAGGGTTTGGAAACACTGACCTAGCGAATGACGGATTGACTTTCTCTAAAGAAGATTACGGTCTAATTAAAAACCCTAAACCAGCCTAAATATCAAGTTTGTCAAGCACACTGCTGAGAAGAATCGTAATTTTTCGTTTCATTGTTTTAATTACGTTCTAACACACCTATGTCATTGTCCTCAG
Seq C2 exon
AAGAAAGGGGTGAAGCGGAAAGCAGACACGACCACACCGACAACCTGCGCGATCACTGCCAGCCGAAGTGAGTCGCCTACTGCAATGTTGGAGTCCAAACACAGTAAAGTCATTTCCAGACGAGAGAGCACAGGTCGACCCATTAAACCTCCCAAGAAGGACCTGGAGGACGGGGACGTCCAGCAGCCAGGCAACAAGAAAAGCAAGCTCAACGATCATCTCAAATACTGTGACACTATCCTCAAAGAGATGCTTTCCAAGAAGCACGCGGCCTACGCCTGGCCCTTCTACAAACCTGTAGACGCGGAGGCCCTGGAGCTGCACGACTATCATGAAATCATCAAGCAACCGATGGACCTCAGCACTGTCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100129:ENSDART00000168030:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.983 A=NA C2=0.605
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0043920=Bromodomain=PU(52.8=37.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]