DreINT0040125 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002167 | cacnb1
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 1 subunit [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-399]
Coordinates
chr3:16067957-16077883:-
Coord C1 exon
chr3:16077598-16077883
Coord A exon
chr3:16068044-16077597
Coord C2 exon
chr3:16067957-16068043
Length
9554 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCTAATGTTCCCTCTTTCAGGGG
3' ss Score
11.66
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGAGCTCGTTGTATTTGCTAAGGGAGAGGGTTTCAGCAGGGCTGGGGGCGCAACAGCGCGGTGACAAGCCATCTGCGAGGAGGAAAAGCACCTTCATCTGTTTAATTTTACGTTGAATTATTTCACAATGCATAACGAACTCAAATCAGGCTCCAAATGAAACAGTAAAACCGAAGTTAAAGTTTAAATCAATGGTACAGGAGGGTAATATGTCCAGGACGCCTTCCACCTCAACCCAGGAAATCCAAATGGACATGTTCGACCACCACGGCTCTCACGCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGAAGTATGCAAAGAGAAAGAGTCGCTTCAAACGCTCAGATGGAAGCACCTCCTCCGACACGACCTCCAACAGCTTTGTTCGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002167:ENSDART00000111707:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]