DreINT0040126 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002167 | cacnb1
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 1 subunit [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-399]
Coordinates
chr3:16015278-16021840:-
Coord C1 exon
chr3:16021731-16021840
Coord A exon
chr3:16015430-16021730
Coord C2 exon
chr3:16015278-16015429
Length
6301 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTACGA
5' ss Score
5.84
3' ss Seq
TAGTTTTTTTTATTTGACAGCTG
3' ss Score
6.48
Exon sequences
Seq C1 exon
AATATCCATCACCCGGGTGACAGCCGACATCTCACTTGCCAAACGCTCCGTCCTTAACAACCCCAGCAAACACACCATCATCGAGCGCTCCAGCACCAGATCCAGCCTGG
Seq A exon
GTACGAAACACACCTGCACATAAAATGAGAAATGAATAACTGCTTCTGAAGAGCGCCCTCGTGTGGCAGAAAATGAATGACAAGATATGACAACATATTCTGGATAAAAGAGCACACAAAATGTGACCTGTTTACATTGAGAGCAAAACACACACAAAAAGTAATAGAATAAAAAGGCTTACTGATCATAAAACTGGTATACCGAATATGTTTAAGTCAGAAGCATAATGTATATTTATAAAACATTAAAAATCTTATATGTTTGTAATTAAATTTAATTATGAATATGAAAAGCAACTGAACAGAAAATAATAAGCAATATTTACAGTGCATCTAGAAAGTATTCACAGCGCTTAAATTTTTACACATTTTGTTATGTTACAGCCTAATTCCAGAATAAATTAAATGTATGTATTTCCTCAAAATTCTACACACAATACCCCATAATGGCCTAAAAATGTGAAAAAAGAGTTTTTGAAATTGTTGCAAATTTATTAAAAATAAAAAAGCTGAATAATCACATGTACAGAAGTATTCACAGCCTTTGCCGTGAAGCTCTAGATTGAGCTCAGGTACATTCTGTTTCCACTGATCATTCTTGAGATGTTTCAGCAGCTCAATTGGAGTTCACCTGTGGTAAATTCAGTTAATTGGACATGATTTGAAAAGGCATACACCTGTCTATATAAGGTCTCAGGGTTGACAGTGCATGTCAAAGCACAAACCAAGCATGAAGACAAAGGAATTGTCTGTAGACATCTGAAACAGGATTGTCTTGAGGCACAAGGCCGGGGAAGGTTACAGAAAATTTTCTGCTGCTCTGAAAGTTCCAATGAGCACAGTGGCCTCCATCATCTATAAGTGGAAGATGTTGGGAACCACCAGGACTCTTCCTAGAGCTGACCGGCCATCTAAGCTGAGTGATCGGGGAGAAGGGCCTTAATCAGAGAGGTGATAAATATCCTGATTGACATTCTGTCTGAGCTCCAGCGTTCTTCTGTGGAGAGAGGAACCTCCCACATGGACTTTGCCAAAAGGCAAGTGAAGGACTCTAAGACAATAATAAACAAAATTCTCTGGTCTGATGAAACTGAAATTGAACTCTTTTGAGTGAATGTCAGTCGTTACGTTTGGAGAAAACCAGGCAGCGCTCATCACCAGGCTAATACCATCCCTACAGTGAAGCATAGTGGTGGCAGCACCATGCTCTGCGGATGTTTTTCAACAACAGAAACTGAAAGACTAGTCAGGATAGAGGGAAAGATGAATTCAGCAATGCACAGAGAAATCCTGAATGAAAACCTGCTTCAGAGTGCTCTTGACCTCAGACTGGGGCTTCCAACAGGATAACGACCCAAAGCACACCGATCAATAGAGTGGCTTCACAACAACTCAGTGAATGTTCTTGAGTGGCCCAGCCAGCACCCAGACCTTAATCCAATTGAACAGCTCTGGAGAGATCTGAAAATGGCTTCACACCGTTGCTTCCCATCCAACCTGATAGAGCTTGAGAGGTATAGCAAAGAGAAACGGTCAAAAATTCCCATGTGCCAAGCTTGTGGCATCATATTCAAAAAGACTTCAGGCTGTAATTGCTGCCAAAGGTGCATCAACAAAGTATTAAGCAAAGGCTGTGAATACTTCTGTACATGTGATTTTCCAGGTTTTTATTTTTAATAAATTCGCAACAATTTCAAAAACTCTTTATTCTCATTGTCATTATGGGGTATTGTGTGTAGAAGTTTGAAGAATATTAGGAATTTAATCCATTTTGGCATAAGGCTGTAACAAAGAAATGTATAATAAGGGAAGAGCTATGAATACTTTCCGGATAAAAGTCGGTTCAGTTGGAAAAGATATAGCAACTTAATTCAGTGTAGTTTGGAGTTAGTTTGGTGGTTGCAGTATGATTGGTCTAGGAGGAGAGGAGTTCCTAAAATAGTCTAAGAAGAAGAAGTTTATGTAGTATAACAGTATGTTGGCTTTCTCAAGCCACCATAATTTATGTTAGCAATTAAGATTTATGTAAAAATGATCATTTAAAAAAGTATTTATGTAGTAAATAAATTAATAGTTGGTAAAAGTTGCTGATCAGTTTTTGGGCCTGGTGACAGGTGTTTACTATAAGTCACAAGTGTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCGCAGCTCTGCAGTTTAGTTCCAACCCTACTTCAACACACTTCCCTATAGGTTTCAAACAAGCCTGAAGGACTCAATTAGTTTGATCAGGTGTGTTTAATTAGAGTTGGAACTAAACGTTTTCAGTTTGACAGCTGTGCTTTAAATCATAGAAAACATCAGATACATTTTTCTTTTTGTCTTTGTGTCTCTTTGTGTGAATAGGTTTTTAGACTTCAGACGTTTGGCGGGGTATACATGCATTAGTCAAGCGCTGTCAGTTTTCTCTTGTGTACACCAGGGCATATTCTCTCTGTTTCCTGAACATTTTTCTTATTCGTACTGTTTCCTCCTGTTGCTCTGTTCCGTCATGTCTGATCTGTCTTTTTTTCTCTTTTTCATCTCGCTCTTTCCTGACACACCTTCCCACCATTCATTTCCACCTTCTCTTTTTCTCTTCACCTCAGACTTACTGGGTACGTATCCTATCCTCCCATCCTTTACCTTATAACTGTTGATTCATTCATCTGTCGATTCATTCATCTAACTCTTCATCCATCTGTCCTTTCACTTAACTCTCTTTCTTGAGTTTGGAGTGAATCCTCTTAACTTGTCAGCACAGTTGTGGTGTCCTTTACAACACTACTAAAATAACTACATTTTTCTATAACTTTCTAAAATACACACTCTATTGTATATGTATAATGCACACTACCTGACAAAAGTCTTGTCTTCGAGCCCAGTTTTAAGAGCAACAAATAATAACTTGACTTCTTGTTGATCATTTTGAAAAGTGGCAGAAGGTAGATTTTTCTGATGAATCGTCTGTTGAGCTGCATCCCAATCATCACACATACTGCAGAAGACCTATTGGAACCCACATAGACCCAAGATTCCCACAAAAATCAGTCAAGTTAAATGAAGGAAAAATCATGGTTTGGGGTTACTTTTTAGTATAGGGGCGTGCGAGAGATCTGCAGAGTGAATGGCAATATCAACAGCCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCACCCCATTACATTACAAACCACAGCAGAGAGCAAATTCTTCAGCAAGATAGGGCTCCTTCTCATCCTTCAGCCTCCACATCAAAGATCCCGAAAGCAAAGATGGTCTAGGTGCTCCAGGATTGGCCAGCTCAGTCGCCAGATATGAACATTATTGAGCATGTCCGGGGTAAGATGGAGGGGGAGGCATTGAAGATGAATCCAAAGAATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCTGCAAGAACGCTTTCTTTGCCATTCCAGATGACGTTAATAATAAATTATTTGAGTCATTGCAGAGATGTATGAATGCAGTCCTCCAAGCTCATCGGAGTCAGACACAATATTCATTATTTTTCCATTGCAGCATGACTTTATATTCTGTACTGTATATTATTTATGTGAAATGACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGTTAGATCTTACTGTCCTAGTGAAATAATTAAAAATTAAGGCATGATCATAGTTTATTTTGCTTATATGACCGAAATTCAGAGGCCCTTGCCTTTCATATAAGTCACTTCTGATACAGAAGGATTATTATTTGCAATTATTATTTATTATTATTTTTTATTATTATTATTATTTATTTATTATTATTTATTTATTATTATTTGCGACAAGACTTTTGTCAGCTAGTGTATATTATATATCAGAATTGTAAAGACTTTTTTGAAGTTTTAAAAAGGGTGTCACCCCAATTGAATTCTGATGATAATATTATGTAATGCGTACAATATGTTAATTTAAAAGATACAAACACTATTTATGTTGCCCCTTTACATAACATCAAGTATATTTAATTATGTTTTTTTTATATAGTATCTTGACCTAATGGTAACTTGCCAAGTAGTATGGCTTGCTGGTTTTTATCCTCTTAAAATTTCACTGAACGCATTGATCCTGACTCACTGTAAAAAAGTGTGATCCCACTTTCATATTTAGCACTTCACACCCACACCAGCCCATACACAAACACGCAGGCTGATCTGCATAACTGCAGCTTTAAACACACTTTCATGGATCAATGTGGAAAACTCATACTGCTCAGCCATCCATTTGTTTAAACGCAAATGGAAATAAACTTGCACATGCATATATTCGAGCAGACCATAATAACCACCACATGCATGATGTGTACTAACATAGGGTTGAGTGACATAAAATTGTGAGGTAAGTTTATGGGTCTTTTGTTTATTAAATTTGAGCTGTGTTTGTGTGTGCTTTTGAGATTCTCTTGATATAGAGCAGAGCAGTCGGGTTCCAGAAGACCATTCATCGTTTCTAATGGGACATTGATTTTTAACAGCAACACATAAACTTTTACAGGCAGACCTTTTGTGTGCTTTGAGGTTGTTAATCAACTCAATGTGCATCTGAGAAACCCGTCTTCTCACATTTATTCAGCTTATTTTAAAAATTTGTGTTAATAGTGAAATATTTAAAAAATAACTGCATTACCCATGATCATGTACAGACAATTCCACCAATCAGAGCAAAGCAAGCCAAAGGAGATCTATACCTATATTCATAATCTTGCATAAGTCTGTCTGATCAGTCTCAAAATAAATGTTTTGGTTTCTCTAGATACAAGTTTAAGTGATTAGATTTAAAAATCTCTGATTGTGTCTTCTATTTGTCGGATTTTCATACACTCACCGCTTTATTAGGTACACCTGTCTAACTGCTCGTTAGTGCAAATTTTTAATCAGCTTTTCACATGGCAGCAACTCAACGCATGTAGACAAGGTCAAGACAATCTGCTACAGTTTAAACCAAGTATCAGAATGGGGAAGAAAGATTTAAAAGTGACTTTGAACGTGACATGGTATGAGTATTTCAGAAACTGCTGATCTACTGGGATTTTCACTCACAACCATCTTTAGGGTTTACAGAGAATGGTCCGAAAAAGAGAAAATATCCAGTGAGTGGCAGTTCTATGGGCTGAAATACCTTGTTGATGCCAGAGCTCAGAGGAGAATGGCCAGACTGGTCCCAGGTGTGACAGTAACTGAAATAACCACTCGTTACAACCGAGGTATGCAGAAGAGCATCTCTGAATGCACAACACGATCAACCTTAAAGCGGAACCGTTAGCAGAAGACCACACCGGGTGCCACTCCTGTCAACTAAGAACAGGAAACTAAGGCTACAATTCGCACAGGCTCACCAAAATTGGACATTAGAGGATTGGAAAAAGGTTGCCTGGTCTGATGAGTCTCAATTTCTGCTGCGACATTCTAATGGTAGGGTCAGAATTTTGCATCAACAACTTGAAATCCTGGATCCATGCTGCCTAGTATCAATGGTTCAGGCGGGTGGTGGTGTTGTAATTGTGTGGGGGATATTTACTTGGCACACTTCGGGTTCATTAGTACTAATTGAGCATCAAGTCAAAGCCACAGCCTACCTGAGTATTGTTGCTGACCATGTCCATCCCTTTCTGACCAATGTACCCATCTTCTGATGGCTACTTCCAGCAGGATAATGCGCCATGTTACAAAGCGTGAATCATCTCAGACTGGTTTCTTTAATATTGAGATCACTGTATCCAATGGCCTCCACACTTACCAGATCTCAATATAATAGAGCACCTTTGGGATGTGATGGAACGGGAGATGCTATCATGTCAATATAGACCAAAATCTCTGAGGAATACTTCCAGTACTTTGTAGAATCTATGTCGCAAATTATTAAGGCAGTTCTGAAGGCAAAAGAGGGTCCAACTCTGTACTAGTAAGGTGTACCTAATAGAGTGTATGTATTTGCTTTAAATCAAAGTCTTTAAAATCCCTATGGGAAAAAACGAATGGGTAAAAGACTTGTGGGCCAAAAGTTTATAAACACTGCAAATAAATAAATAGATTTTGGTGACATCTATGCTTAAATTAGACAAACTAATGTATGCTTTAAATAGACAAAATGATGCTATTTCTCAACCTTTTTATATTAATTTAATATAAGATTATATAGAAAGCAAGTCAGGTTACAAATGCTGCAGTGTAGAGATTACTTTTATTAACAGTTATGGACAAAAACCCACTGAGAACACCTGTTTTTAATCTTGTTATGAGTGTATAAACTGTATATTGAATATGCTTTTTGAATATAGTTTTTTTTATTTGACAG
Seq C2 exon
CTGAGGTACAGAGTGAAATCGAGAGAATCTTTGAGCTGGCTCGGACGCTTCAGTTAGTGGCTCTGGATGCAGACACAATTAACCATCCATCTCAACTGGCCAAGACCTCACTGGCACCAATCATAGTCTATATCAAGATCGCCTCTCCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002167:ENSDART00000111707:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.154 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062516=Guanylate_kin=FE(20.1=100)
A:
NA
C2:
PF0062516=Guanylate_kin=FE(27.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]