Special

DreINT0040129 @ danRer10

Intron Retention

Gene
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 1 subunit [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-399]
Coordinates
chr3:16044756-16068043:-
Coord C1 exon
chr3:16067957-16068043
Coord A exon
chr3:16044876-16067956
Coord C2 exon
chr3:16044756-16044875
Length
23081 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CTCTGTGTGTTTTCTGGCAGGGC
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGAAGTATGCAAAGAGAAAGAGTCGCTTCAAACGCTCAGATGGAAGCACCTCCTCCGACACGACCTCCAACAGCTTTGTTCGACAG
Seq A exon
GTAAGACGGCCAGTTCCTTATGTGACACTCACCTTAGTTCGCAAATGTCAAGTTATAATTCCTCTCTTTGAACCATCATGCATCATAGAAACTAGTTCAGGTTCTTTCAGCATACATTTTAAAGCAATTACATGGCAACATTAGTCATGCAGTACTGTCAGTCGGGGGTCAGATGATCTGACTTGTAGGTGTTTGTGCACTTTTCCTTTCCACAGGTTTAAATATATGCTCAAATATGCAGTTTGGGTTACCTATTTGTTGTTTTATTTTCTATATTTTTAGGGTTGTCACAAACTAGAATTCAGTACCAATCGATACTGAAATTTTAAAAATGTCCAATCCCTGACATTTAAGCACTATTGAGCACGTTCTTCAACAGTGCTGATTTTGCCATTGTATTCACATGCTCAACAGAAATGACTGTGATTGTCCATGAAAGTCATCGATTCACCAAACTCATGTCATGTTGATCAGCTGGTTTGTCTATAAGCTGACATACGAGCGATCCGCTGATGAATTGCGACTTTAAAACGCTACAGTGTACCTGTATCTGTGATCACACTCAGTAAATAGCGGTGAGTTTGGGGAACTGATTAACTTTATGGCCAATCACAGCCATTTCTGTTGAGCATGTGAATACGACAGCAAATCAGTACTGTTTCAGCACTTGCATATTCCCCGACTTTGGTCTTTTGAATCTATTACTTGTTCTCAGGTAACATGTTTTGGCTGAGTGCAAAGATAAGTTAATATATTAATGTATGTAATCACGTACACTGATTCTGCACATTTCATTGATTGCTTGCCTTTTTTTTTTTAAATGGCCATTGTTGATTATTAAAACTGATATTCAGCAAAATAGAGGGTGTGTTTTGTATTTTCAGTGAAAATGAAAGGAGGCAGTTATGTTTTAGGCTCAGTTTTGTTATGAATATGCATACCGTGAAAATGACGGTCACGACATCTCAACATTTTTGGTGCCTGTTAAGTTGTTAAAATCAAAATGAAAATAGGCAGTTCCTTTATAATATCATGTTTTCATTTTATTGTTAAGAAAGTAAAACAACGTAGCCAGGATGATGAGTAAATGAGGTTATAATGTACACTGTTCCCTTTGAAGATTCACCCCACGTGTCCTCGGGAGTTTGTTTTCCATATCAAACTTGCAAAGTCTGTACTTACAAGGAGAAAATGCAAGACTGAACTGTGTGTAGGCTACTTAATATTGAGGAAAAAGACCCAATCAGAGACGTGAATGTATGCAGCCTGCCTCCGTTTTCAGATATCTCCGTTTTCCCCCATACAGACTAACATGGAGCTGCAGCGTTTTAAAATGAAAACGGCCTCTCCAGCATTTCCAAAATGCTCTGTTTTCGGCACTTAAAAACTCTGATGTAGTGTGGACAGATGGCGTAACCGTAGCAAAACTTATGCGTTTTTAAACTAAAGCGTATTAGTGTAAACGCGCCCTGAAGAATGCGCTCCACAGGATGTCTAATTCAGTTTTTGCATTGACTTCATATGTAAATCATTCGCGTTTCATTCGTGTCTTCTTACTGCGCAGACTGCAAAACAATTCCCCCCCTCCTTGTAATCCGCAGGTGAGACGTCATTTTTCAAGAGACACTCAGATACTTCACATGTGCTGCATATGCAATGTCTATAAGTCACGTAAAAAAATTAACTACTATCTGAAATAAATATAATTTGATTATATGGTTTGGAATTGGATGTTTTATGAGATTATTAAAATGTTTGCGATTATTTTGTGTTTAATTAAGAATTTTGCAGGATCGCAAATATTTGCAACTTTTTGTTGATTTTTGCGTTGGAATTAGCGATCGCGGAATCGCGAAAAACTATGGGGTCTTATTAAAGGGGTGGTCCAGAATGTAATTTTAAGGCTTGGTTGTGTTTATAAGATGCAAAGCAATGTGTGCTTATGTTTCACTTTTATGAAATCGCGTAATTTTTTCATATATCTCACTTTGATTATACACAGCTACTCAGCTAACATGAAAACGACTGTCATATTTCCTAGTTCCTCTAAAAGGCCCGCCCTTAAGTGACTCTGATTGGTCATCGACATAATGTGCTGCTATTGGCGGATCGGCTCCACGTCACGCCCGTAAAAGCACACGCTTTTCTGCTGTGTAAACATGAAGTCAACCTCGCGCCCGCTCTCTAAAATAACATCTGACAAGTGTCTGTAACTAACGAGTGAAAAAGGGGTGCGACTCCTTTAACAGCGTCTGTGTGTGCGTCTATGTGTGTGTTTGTGTGGTGTGAACTTTCTGTAACAAGCGCAAGAGCGCGGGACTTTCTTTTTCTCTGATGCTCGGATTAAGTTATTTTCTGTAATATATCGTGACAGAAGAATAAAGCACAAGATGTGAGATGCTACCTGTTGAGCCTTGATTTATTATTCTGCTGCGACCACTAGTCAGGTAAGCTAATCTGTGTTTTTTTAACTCTATGCGTCATGACGTCTTTCACGAGTATCCGGAATATGCAGGTGTAAGTAATATAAATCATCCACATATCTTTTGCGACTTCATTATCTGAGATGTGAAACACATGAAAAAGCCAAGACAATCAGTGCAGTCGCGCACACACATAAGAGATCGTGCTGGTGGAGTGAGTGTGTGTTTACAGGAGTTTGGCTGATAAATGTGAGTTTGTAGCTAAATCGTTTGCCCGCAAAGCAGCATTTCGCATTGTTTACATCATTGCTACAGCATACAGTTAACGCTAGACACTGTACATGTCATGATCAATTTTAAAAAATAAAAACACTTACTTGTAGATCACAACTTCTGCTTTGAGGAGATTTTAGCCGAATCCAGCACTGAACTTGGAGAGATTCAGGAGCTGTTTTGTCAAATCATGCTTGCTGAGTATTTTATAATTCTCTGGAAGTTAATTAATATTGAACTAAAGGCACTTCTGTCTTTGTGTCGTGTCCTTTGGAAGCCCAAATACAGAAACAGATGAAGCTCTGTGGAATGCATTTTTAGCTTCATCTCTGCTATAACGTTACAGCACCTCTGGCCACGGACCTTACCTGCATGCGCAGTGTGGGATGCGCAGTAAACGAACTTGTGATGTCACAGGGGGCGGAAGTATTTTTTTGTAGTCCCCAAAATTCGTTCATTGTAGGCTTTGCTAAGCTAACTCTGTAAAAACCAAGGTCTCCCTTAGAATTGAACTTAGAACTTTTTACATTCAGAGATGCTGTTTATTTTCACACAGCTACATTACACATCAACTAAAGTTTAAAATATGAGATCGTAGTGGACCACCCCTTTAAATAATACAAAGTAAATAAAATAATATGTAACATAAATTTCATTTTGCAGCCTCTTGCAATTAACTAATCGCAACATTTCAAATTGCGATTTATGATTCAATATCGATTAATCGCACACCCCTAATTGCAACTCAATTTGGATAAAAACAATTAAATGCAATCTAAAATAATTGTAATATAATTATATGGTTTGGAATTGGATGTTTTATGAGATTATTTACATTTTTGCCTTTTTTTTTTAAATCAAGAACGTTTTGTTGATTTTTGCGTTAGATTCAGCAATCGCGGAATCGCAAAAAAATAGGGGGTGTGGGAAGACTGTCAAACATGCATTTGCTCTGGGCAGGGAAAATTAAATAATACATAACATATATTTTGTATTGCAGCCTTTTTCAATGAACTAATTGCAATGTTTCAAATTGCGATTACGATTCAATTTCGATTAATCACATAGTCCTAATTGCAAGTCAATTTGGATTAAATTGTCTGCTAAATCTAAATGTATGCTCAAACATTACGCAATGGGCTACTATTCTACATTTTATTCCCCTCATGTCTTCTTGACATTTTAAGAGAAGTTCCTGTGTCACGCTGAAATTTGTCCTCCTCTTCCAAAGCCTCCTCACAGCCCCTGCTGAACGACATTTGCCCATCCGCAAGAGGTGTCGCACTAAAACACCTCCTCCTTGCCTGCCAGCTTGGGCGTCTCTTGCCCCCCATTGCTGACAGAAAGGTTGACTCCCACCCATGCTCACCTATACGAAACTTGTGTACCTTCAAAAGCAAATATATTCAGTATCCACCATGAAACGTTAGAAGAGTCATGAATATGTATGATCATATAGTAGGTTTCCGCGAGTGTCTGCCCCCTCTTTGGCAGCCAAAAGTATGAAAACCTGTGTAGGCCTTGGCCTCATATACACCCACGCTTATACACATATGAACAAATATACACACACACACACTCATTTGTGCACTTATACTGGCCAGGTTTCCATGGTGACAGGGCCCCGAATCTCCCCACAGCATACAGCGCAGTGAGAAGAGGAGGAGGCAAATGGATTAGTGTGCTTGTGTGTGTGTGTGTGTATAGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGTTTGGGAGCGGATTGGCCGATGTGTTGATTGCTGACAAAAAAAATTGTGTGATTGCAAACAGTCAGGGTTACATGTCAGTCTGGACACACACACACACACACACACACACAAGCACAGTGTTCAGTGTTGTATTGTCGTGTGGATCTCAAGCCGCTGTTTCTTAGCATGAGACCCCTGAATAATTGACCGTGAGTCCCCATGGGCTCTCCTGATGGATCACTTTCTAATTTCCCCATTAGTTTCAGTGCCATTAGATCAACCCTCTATCGTTTTGGCACTGAGGTTGAGTGCTTCTTGGCTCTCTGTGGACCGGCTGGTGTGTTTGATCATGGCTTCAAATGGCAGCTGCACGACAGAACATCCCCTCGCATTTCCCTTTATGCCACGGTCACACCTGATGCCACACAAAAGCTGCTGCGCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGAATTGTTTACTGTGTTTGTTTGTTGTCTGGGCTATTTCTGTTTTGTCTAGAGTGGCACTTTTATATTTATCTCTAGAGCTGTATTG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
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  C1=1.000 A=NA C2=0.925
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]