DreINT0040134 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002167 | cacnb1
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 1 subunit [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-399]
Coordinates
chr3:16022233-16027082:-
Coord C1 exon
chr3:16027054-16027082
Coord A exon
chr3:16022314-16027053
Coord C2 exon
chr3:16022233-16022313
Length
4740 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGAGT
5' ss Score
11.11
3' ss Seq
TTGTGTGTGTTAATTTTCAGATG
3' ss Score
10.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGGCCTGCCAAACAGAAACAGAAATCG
Seq A exon
GTGAGTCATTGCAAAAGCTAACTTTCTGTTTCGTGCAATCTGTCTTTTGTACTTGTTATGAAAGCATCCCTGTCTTATAAGCTGTTCTCTTTGTGTTTCTACATGAGCTGAGCAAATACTGTGAATGTTTCAGTGCTGCTCTAAAGACTTGAATGTGAATTACCGGTGGCATGTAGACAAGGATTTCACCACCTGCATTGTTTACCACAAAATAGTTCTGAAAGCAGAGGAAAACCTGTCAGGATTTGTTCGTCTCAGAGCTCCACAGGACTACATCTCATTCAGATTGGATTAACAAATGAATGAATGCGGCCCATGTGTTCGCCCACATGTGTGGACACACAGAATTCTGTCGTCCTCCTGCAAATAAACGCACACAACATGAGGCAGAAACACCCCGACAGGTTTCCACGCTTTCCGTTTCCATTACAGGCTCATGACACAGAGCGGAGCCCACGCGTGTTACTGCTGTCACAATGCTACCGTCACACACGCACAGATGGGAATCACTCCATTCAGAATGATGACATTATTTTCAAGTTATGTTTAGATGTTCTTGTTGTTTACTATAGCTGGCCATCTGAAATTTTTGAGCATGTATTATATAAGTGGGTCAGAGGATGAATGGAGATAAGTTGAGTGAAGGATTTTCTCATACACACTTTCTGAACATTAACAGGACATAAAGAGCTCTGAGATTCACGTTATGGCCTGTCAGAAGATTAATATGAATATAAGCATCCTAAAAATATTTTAAATATATAAAGCAGCTAAAATATTATTATTAAGCCCTTAAGTGAAAATGCGGTATCTAGACATTAATATTTGTACTTTTAAACACTTAGAAGAAGACAATTGGCAGATTATTGCTAAAACATTTCAGAAAATTGCATAAACTTTAGGGGTCGCCACAGCCGAATGAACCGCCAACTATTCTAGCATATGTTATTATGCAGCAGATGTCTTTACAGCCGCAAAAAAAAAACTACACACACACACACACTCTCATACACTACGGCCAATTTAATTTATTCAATTCACCTATAGTGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCTGTGCACTCAGAAATGCCAACTGGCTCAGCTGGGACTCGAACCAGTGAGCTTCTTGACAGTGACAGTGCTAACCATTTGTTTAATCATTACTTAGCAATTTTTAAATTGATATTACAAAAATTGAGGTTCTGATGATATTTTATTTAGGTATTATACTATTAATAGCCACCGGGTGGCAACCAAATCCATATAGGTTGTTTTCACATGACATCATTAATGCAGGAGGCTCAGATGGAAGGCAGGAAGTGATTTTTCTACGTAGGAATCGCTATCCGAACACCACAATGTTTCTGTTTATGCTATTTAAAGTTGGTTAATTGGCCAAAATAGGAAATGCCAGACAGCTTTTATAGCCTTCCAAAAGTTTTTGCTCATAAACGGAAGAAAGTTAAAGAAAAACAGAAGAAAAGGTGGCATGTAATAAAAATCTTTGCAACACATCCATGTGTACAAACTTTTTTTGATTGCTATAATTTGTTTGACGGCGCCAATTAAGATGATATACAGGTCTAGATATGTGTATAAATATGTTAATGTGTTATAAAAATCAGATACAAACACCAACACACTTACACAAAATCCAGGAGAATATAAACAGCGTATTCTGCCATGTAATCGCTACAATGAAATCTCTGTTTTGTTTTGCAATAATCCAAGTTTTTACTGGCGTTTTGGTGGAATAAACAACCATAACATGAACATCGAGATGCACATCATGTTTGTTGATGGTAAGTTCATCAACAGAACAAAAAAAGAAATGCAACCCTTGCGACAAAACTTGACGGTTATTATTGTGGAGCACTTTCCCCCTTACAAAAATAAATAAATAATAATGCAGACTATGCGCCCACACTTTTGTCTGCTTTCATCTGTTATTTTGTGATGTCTGGAAAATATGCGCATGGGAGGAAAACTATAGTAATTTATAATAAACATGTTTTTGAATCACATCGTAAAGTGTATAATGTGTACAACTCTTTGTTAATAGTAAACTGATAAACTGTAATAAATACTGTGACGTCAGTGTAAATATATTGGTGCATTGTGATGGTGTATAATAATAGCGTAGAGAACTGAAGCCTATTGAACAATTTGTTTATTACTATAGTTGTGTCGTACCACAGCAACAATATTGTAACTACGACAGTTTAATTCAAGTAATTATCTATAGTATGCTTCCAAACACTATAGTATTTACTATAGTATTTTTCATGTAGCATAATAGCTTATATAGTACTGTATGATATATATATATATATATATAGGGGCATGATATCAGGATCATGCCCAACATATGTGCTTATTTTCTATTTATATCTCCTGTGAAATATGATATAAATCACTCAAATTTGGACTTTCCTCTGTGTCTCCCATTCAGTTTTTTTTACTTCCCTTTCTCCATCTGAATTTCGTGCGACACCAGAACCACATGATTGAAAACAACCAATTATGTCTACGTTATGTGCCATGTGTCTAATCATTACTTTCTAATTTTGAAATTGAGATTACAAAAATTGAGATTTTATTGAGGTATTTTACCAATAATAGCCACTAGGTGGCAACCAAATCCATATTGCATCCAAGTCTTGCGTCTATTGAAATTATTCGCCAAATTTAAAGTACAAAAATGATAGTTTCTTTAAATGTGATTTGGGTGTGATACCAGAAATTCACATTGGGTAACACATTTCTTTTTTATAGCATCCTACGGTCACACATCAACCCATTTCTGTGACAGTTTCACTTTCTATCACCAAATATATAACCTTAAGAACGTCAGACCTTTCCAAAAATATAGGTTTGGCCAACATTAGAAACTAAAGGTGTTGTTGTCAATAGGGTATACACTTAGATAGTGTTTCTTCCCATACCCTAACCTTAACTTCTGGTGAACGGTTAATGTGACTATTTTCAGTTTTAAACGATTACTTTTACTGCATCGATGTTGTAACGTAAGTAAAGTATAATCAGATAAATAGACTTCAGCATTCATTTATTTGTTCAAGCGTAAAACGAGATGAAAAGCCGTTTACATGCACATGTCTGTCAGGGTTAGCAGGCTAGCACAAAAACTCCATTTATATAATATATCAATCAGACAATCAAGATCAGTGTTTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACAGATATTAAATATATAGCCTAGTGGTAAAGTGTGCCGATATATAGCATTGAGGGGCTCAAAGCGACCCAAGTTTGATTCCCGGCTTAAGGTCCTTTACCGAGCCTTCCCCTCTCTCTCAGCTCCCTATGTAATCCTGTCTCTTTTCTACTGTCCTATATAAAACTGTGAAAAATTAAATAAAGTATATTTAAAGTTTATTTAAATAAAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGATACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTAGGAGTGTGAATGAGTGCGTATGGATGATTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCATGAAACATGGGCGGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCACTTTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATATATAGAAACTAAAGACTTGCAGCATGCGTAACATATTGCATATAGTATGTAGAAATAATATAGTTAGTATATTTTGTAATATCAATCCTGACACCATCGATGAGAAGAAAGAGCTTGTTTAAAGGTTTTAAAGCACTGTTTCCATGGTAATCCAATGTCCTGATTTAAAAATGGTTTTCACAGGATGAGTTCAAAGCTTTCAAATGATGTCTAATTTAGTATGATTACTAAAATATGAGGTTTTGATGAGAAGAAAAGACAATAAAAAGAGCGCCAAGCATCCCTCAGATGGACACTCTGGCGCATTATTATATGTTTAGGTGCGTTGCACAGATAATATAACATGATGTATTTGATTAGATATGTATATTTCATATGCAAAGTGAAGGAAATTAAGAGCTGTTAACTCATGATATACAAGTAAACTTTGAATATATGAATTATGTTATGTCTGTTTTAAAGTGTATTCATCAACCTAAATAATGCCTTTGGATTCTTTTTCATCTGGGAATTTTCTCTAGCCATGATAATATTAAATCATAGTATATGTCTAAATGATTGACTAATTAAACATTATGCATTAATCTGTTTAATTAAACATATATATTGACACTCATAACTGTAATTACATTAATTAATTATTATTTGTAGAAAATTGCATTCAGTTAAATTAATTGTAAAATATATTTATGCAACTTAATTATATTAAACTAACATGTTGGCAATATATTATCTATGGATTAGAGCATTATAATAAATCAGGTTCTATATATATTATTTACACTAAATCACTTTACTAATATATATTAAAAATGTTAATTTAATTGATCAGCTTCCAAGAAAAATCTTTCATGCACAGGCACTGTTAAAACTGTCTCAGAATCGGCATGAAAACAAAGAAATTAGTGGAAAAACTGAGAAAGAAAAAAGAAAACCTCAATTGTTGGAGCAGTAAAAAGACACCTTGCCTATTTAAAAAAAACAGGTATTTAGGTCAGTACTGGCAAATGTTTACTTTAGGTTATGATTTCTCTAAAGAGGTTTTATTTTGTGTGTGTTAATTTTCAG
Seq C2 exon
ATGGAACATGTTCCTCCTTACGATGTGGTGCCTTCCATGAGACCCATTATTTTAGTGGGGCCGTCCCTTAAAGGCTATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002167:ENSDART00000111707:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.115
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062516=Guanylate_kin=PU(8.2=55.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]