DreINT0040938 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062173 | camsap2a
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein family, member 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3016]
Coordinates
chr22:22351091-22372491:-
Coord C1 exon
chr22:22372232-22372491
Coord A exon
chr22:22351250-22372231
Coord C2 exon
chr22:22351091-22351249
Length
20982 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGA
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
TATTGATTTGTGGTTCACAGAGC
3' ss Score
7.11
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGTGTTCCTGAAGAGCTGAACGAGCCCTTCTACAAGGACCAGTATGAGCAGGAGCACCTGAAGCCTCCGGTGGCTGATCTGCTGCTGTCAGCGGAGCTCTACTGCAGAGCTGGAAGTCTGATCCTGAAGAGCGACGCTGTCAAACCTCTCCTGGGCCACGATGCGGTCATCCAGGCTCTGGCGCAGAAGGGCCTTTACGTCACCGACCAGGAGAGACTTGTGACTGAGAGAGACCTGCAGAAGAAACCTATTCAGATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCGCCCACCTGGCCATGATCGACACTCTGATGATGGCGTATACAGTGGAGACGGTGAGCGTGGAGAAGGTGATGGCCTGCATGCACCAATACTCCACCGATTATCCAGACGGAGACGTGCCCTACGACACAGAGGATGCCGTCACCAGCTGGATGAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062173:ENSDART00000142947:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.057 A=NA C2=0.005
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF102214=DUF2151=PU(26.1=34.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]