HsaINT0027182 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000118200 | CAMSAP1L1
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein family, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:29188]
Coordinates
chr1:200729967-200776665:+
Coord C1 exon
chr1:200729967-200730226
Coord A exon
chr1:200730227-200776503
Coord C2 exon
chr1:200776504-200776665
Length
46277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TTCTTGTTTTATATTTTCAGAGT
3' ss Score
9.09
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGTGCACATTTGGCCATGATCGATACCCTCATGATGGCTTATACTGTAGAAATGGTCAGTATAGAAAAAGTAATTGCGTGTGCTCAGCAGTATTCAGCTTTTTTTCAAGCCACAGATCTGCCCTATGATATTGAGGACGCTGTCATGTACTGGATAAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000118200-CAMSAP1L1:NM_203459:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.034 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PU(5.7=16.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)