DreINT0041103 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052702 | capn1a
Description
calpain 1, (mu/I) large subunit a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1263]
Coordinates
chr13:42577147-42580709:-
Coord C1 exon
chr13:42580591-42580709
Coord A exon
chr13:42577281-42580590
Coord C2 exon
chr13:42577147-42577280
Length
3310 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTCTG
5' ss Score
2.14
3' ss Seq
GCGTTCCTCTTTTTCTGCAGTTC
3' ss Score
9.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGACTGCTGGCTCCTCGCTGCGATTGGCTCGCTGACTCTTAATGAAAGACTCCTTCACAGGGTTGTCCCTCATGGCCAGAGCTTTCAAGATGACTATGCTGGAATTTTCCACTTTCAG
Seq A exon
GTTCTGAATCACTCTGCATTCTGTAGAGATTTTAATGAAAATTATAAAGCAAATATGTCCATTTTAAGAGATTGTCATGGATGTTGAAGCTGCTAAATCATAGGAGCAGAAATTAACTGATTGAGATGTGCGTTTGAACTCAAACATCAGAAAACATGCAATAGGCTACCATAAAAAGCGCGAATTCTACATAGTTTTGCAACCTTAAAGTGCTCCACACACTATTTAAATAAAATGGTTTATTGTTGCACAGATGTGTTGGCATTTTAGTGACTTTTCCACATACAACATTATGTAGTGCAGATAAATCATTAATGATGATACTACTGTTTACAAACTACAGTGGCACCGCCAGTATTTTGGAGCCGTAGTATCACAGTACTACCATAGTACCAGTAAACCGTGCAACCCTATACAGTACTGTGCAAAAGTTTTAGCCCAACTGGTAACACTAGAATAACTATGTGTTATAACTAGTTAATAGTCCATTAATAAACTGTTAGTTAATGAGTTATAAATGACTTGTTAAATAAAAGTTAGAAGTTTGTGAATTATTTATAACTATGCCTTATAGATAGCCAATAAATAACTTACAAGGTGTTAGTTAACAAGTTATAAATGACTGTTGTTAACTGTTTTTTAATGATTTATAACTATACCTAATAAATCAGTAATAGATCATAAACAAACTAGTTAGTAAATGAGGAATAGTCGCAACTTTAGAATAACGTCCCAATAACACACATAAGCCAATAACTAACACCTAACTAATATATTAACTCAAACTCAGATCAGTTGTTCATAGTTTCTTTACCATCTAATAACACCAGTGAAACTTTGTAGAACTTTAAAAAAATAAAAATAAATAAATAAGTGCCCAAACCTCATAGGGTTGTATTCTGGTGTATACTGCTGTTCTGCCATGTTATGACTCACAATGTTTAACATTTCATCTGTGGAGTTTCTTTGGTAAAATACAGCACACAAAAGCTTATGAGTGGAACAAGGTTAAGGTACAAAAATGTTATACTTTAAATATCACATCAAATTTCTGTAGCTTGAACTTGTTCCATCCATTTGCTGTTCCACAAAGTTTCACCGGTATTAGTAGGTTAACAAACTATGAACAACTGATCTGTAAAGTGCGAGTTAATATATTAGCTAAGTGTTAGTTATTAGCTTATGTATGTTATTGGGATGTTATTCTAGTTGCAACTATTCCTCATTTACTAACAGTTAATAAATGAAGAATAGCTGCAACTTTAGAATAATGTCCCAATAACGTATATAAAGTATTAACTGATACTTAACAAGTCTTTAGTAAGCAATTTACTAACAGCTTGTTCATGATCTATTACTAATTCATAAGTTAAATTTATAAATCATTAAAATACAGTTAACAAGTCATTTATAACTTGTTAACTAACAGATTATAAGTTATCTGTTGGCTTTCTATAAGGCACAGTTATAAATAATTAACAAACTATTAACTTTCATTTAACAAGTCATTTATAACTCATTAACTAAGGCCGTACTCACACTAGGTACAGTTGCCTCGAACCGGGCCAAAGCACGCTTTTCCCCCCTCCCTTCTCCCCCGACGGCCCGCGCTCACACCATATCGGGCCTCGGCACGCTTACGTCATCGCTGCTGCGCTGTTCAGAAGCGCTTTCTATGGCAAGCCTTTTTAGCATTTAAATCTTTGTTCTGACTCCATAAATATATTTAGAGATATCTCTAATTATATTTTGACTAGTCATAATTATAATTCGACTAGTCAGAATGACAATTAGAGATATCTGCAATTACAATTGCACTAGTACGAAATCAAATTGGAGATATCTGCAAATATATTATGACTAGTCATATTCCTCCATTGACTTCCATTGAAAAATATTTGCAGATATCTCTAAATGAGTTTTGACTAGTCACAATTGTAATTAGAGATATCTCTGAGTTTTTACTAGTCATAATACATTTGGAGATGACTTTAATTTATCATATTTAGAGATATTTACAAATATATTTAAAGATCTCTAATTAATTCACTAATAGTCGAATTACAGTTGTAGATATCTTAAATTGGATTTTTGACGAGTCAAAACTCAGTTAGAGATATCTGCAAATATTTTTTCAATGGAAGTCAATGGAGGAATATGACTAGTCATAATATATTTGCAGATATCTCCAATCTGATTTCGTACTAGTACAATTGTAATTGCAGATATCTCTAATTGTCATTCTGACTAGTCGAATTATAATTATGACTAGTCAAAATATAATTAGAGATATCTCTAAATATATTTATGGATAGTCAGAACAAGGTTTAAATGCTAAAACGGCTTGCCATACGCTCTCATTCAGTAGCACAGTGGAGATTTCTCTAGTTATATCGTTTCAGTCGTTTGTTATGCAGTGACATGCAGTCAAATATTTCGCTAAACAGTCCTTAGGGATGCGGGGACACGCAGTCAGATATTTCGCCGAACAGATCCGCCACTTTTGGCGCTCATAAACAATCATTAAGCTTTCGTGCTGCAGGAATGAGGAGGTCTGCTGAAGGTGCGCAGCTGGCGTGCTGCGAGGAGTTTGCGTCTTTAATAAACTACGGCAGTTTGCGTTCACTGAACAGTAAGAATGATTAATAAATCCATATGAAACAACCCCTTAAAAGTCACGTCTCGCTTTCAGTTTCGGGCTTTGGCGCGTTTTGCGCTCACACACAAGCGTACCGCGCCAAAGCCCAAGTGTACCGCGCTCAGGCACACCTCTTCCAACCAGGCCAGGGCCGGCCAAGTGAACCGTGCTTGAGCGCGATTCAGCGCACTCACACTTCTCAAACGATCCGGGAAACGGGCCTGGGCACGGTACGGATGGCATAGTGTGAGTAGGCCCTAACAGTTTATTAATGGACTATTAACTAGTTATAACGGATAGTTATTCTAAAGTGTTACCGGAGTGAGGTTTGGTGGCATTTGAATTATTTTGGTTTAATGTTTAAGACATGTGAAAGACAATGTTGAAGAGAGGCTGTTTGTCCTGGTTTGAGTTGCATTTCTAACAGTGTTGTTAGCAATGTTGTCTGAATTGATGAAATTGTGAACGTTGAAAAGTACAGACAGGTTTTAATCCATTCTGTCATTTCATTTGGAAAGGATTTCAGTGGTAATAGTTGTAATTTTTAGCATCATAATGATCCGTTAATTGCAGCGACTGCATCTCTAATCAGGAGTGCTCTAAAGCTTTCCTCACACGGTCCGTCATCTGGATGATTTGTTTGATGAGGTTTGCGTTCCTCTTTTTCTGCAG
Seq C2 exon
TTCTGGCAGTTCGGTGAATGGGTGGACGTTGTGATCGATGATCGGCTCCCGGTCAAAGACGGAGAGCTCATGTTTGTCCATTCAGCAGAGGGAAATGAGTTCTGGAGTGCCTTGGTGGAAAAAGCCTATGCTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052702:ENSDART00000046066:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(13.0=100)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(14.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]