DreINT0041120 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052748 | capn1b
Description
calpain 1, (mu/I) large subunit b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-491]
Coordinates
chr22:26293923-26297806:-
Coord C1 exon
chr22:26297688-26297806
Coord A exon
chr22:26294057-26297687
Coord C2 exon
chr22:26293923-26294056
Length
3631 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TTTTTGCTCGTGTTGTGCAGTTC
3' ss Score
7.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGACTGTTGGCTTTTGGCTGCCATAGCGTCGTTGACATTAAACGACAAGCTGCTTCACAGAGTTGTACCACATGGGCAAAGCTTTACAAATGAGTATGCTGGAATCTTCCACTTCCAG
Seq A exon
GTGAGCAGCTGAATGACTGTACATCTATATATTATATAAAATCATGCTATACATCTTAATTATTATGTATATTTCTTTTTAAAAAATGTTATTTAGTGTAAATTTAGCTATTTTCTTACAACCTACTTCCAACACACTTTTAAATTGAAATGAGATTGTATGGTGTGGGTAGCAATATATCTTGCTTGTTTTTTACCGAGCTATGTTTGGAAGTCTTATTCGCTATGGAATCACACTCTGGATTGGAAATCTGTCTGTTCAATTGAAAAATAAATTTGGTTCATATTCCAAAAACGAGCCCATACAGACTCGGCCATGAGAAGAGCAATTAATATTAGTGTTAAATCTAAACATCCTCTTTTCAGTGAATATCAGCTGTTACCATCAGGAAAAAACTGAGAATGCCAATGGGTAAAACCAATAGATTGAAGCTTTCATTTGTTCCTACCTTGATAAAACTGTTGAACTCCACCAAGAACACTGCACCTGTAGTACATTAGCACCTGACTGTATTCTGTGCTCTATATATATTTCATATTTATATATTTATATATGGTCTTAGTCTGTAAACAATGTCTGTTCTTAATTGTTTGTTCTTAATTGTTATTTTTTGTTTTATTTATTGTCTGCCTAGTGCAGGGGTGGGCAAACTCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCACAGTTTAGCTCCAGCTCTAATCACACACACCTGCTTATAGATTTCTAGTGATCTTGAAGACACTGATTAGTTTGTTCAGGTGTGTTTGACTAGTATTGGAACAAAACTCTGCAGGGACACCGGCCCTCGAGGATCAAGTTTGCCCATATATATATTCCTCTCGGAGACATTATTCTATATCCTATCTTAAATAGTCAAATCTGCCTCCATCCAATCAATAACCAGTGTATAGAATGAAGCAGCTATCATATATAAAGGCTTGTGCACATCAGGATTTTTGTTTTACAAGGTTTTTGGGGAGGCAATTTTGGCTGAGCAAAGCAGAATATTGTGCAAAATCACTACCTGATGTTAGCTAGCGCTTAATGAAAAACAGAAATTCCTCCCCATAATGACTCCCTCTTGTGGACATTTTTGTACTTGCTGTCGTGTTTGTCAAACAGTTTTTTTTTGTGTTGAGACACAGATGACAAAAACATTCATCTTGCCTTAATGCTTTTTCGTCATTATGATTGTGTGTGCTCATCTAGACCATTTTGTGCATCACCAAGTTGTGTTTTATTGTAATTTTAGCAGGTCCAGGCGTGTTTACAAAACTGATAATCTCATTGGTTGACCAGGGGCCGGTTGCACCATTAGTTGTAAGTTAAATCGCATCCTAGTTAAAGGGACACTAAGTCACTACTTACACAATACTAAATATTTTTGTGTTGCACCACTGAACTTAGTTTAAACGTAACACTACAATCCAACAAAATATTTATGGCATTTAAATATTAATGTATAATGGTGGAAAAGAAATGACAGCAAGATTAGTTTACAGTAAGGAGCTTGCGATGATAATGAACAATGATCTCCCCATACTCACAGCTTTAATATATGTGCATCGTCTGTTATTACTGACTGACTGTAATTTAATGTGCTATAAAAATGTGATTTATAATTTCATTTTCATAGGACAGTTATATATAGAAACATTAGTTGCAGAATTTTAAAGCAGTTTAGAGTTCAGACTGCATGATTTTCAAAGTAGTCGTTTCACACTGAATCACTCTCTGGGCTAGCGTTTTGTCGCTGCTTTGTTACACTGCTTGATAGATCGACGACAGGAGGTTTCACACTGTACAATCGGAAGAATCGCCGACAACTTTGTTCAAACTACGTCTCACAATCAAAAACACGTAGTATATCTTTTGTTATTACTACATAATGAGAATGAAGCCTTTAGTGGGGTAAAAAATGTGCATATTTGCTCAGCTGGGTTTAAAGGGAATTAGCAATTTCTCCTCAACTTTTTTCCTTTTTGACCTGGTTGTAATATTGATCACATGACATGTCAAACAGACACAGTGCTCCTGCCAAATTTCCACTGGTTTTTCCTCCACTTCTTGGGTCTAAATAAACTGAAAATGAGCGCTTTTAACTTCTCCCTCAACCTCCTGCTGGCCTGCAGATACCCACACTAGTGGATGCTGCTCTCTCATTGGATGTAGGTGAGGATCGCCAATGTTATTTTCAGTCAAAACACATTTCACACGACATGATTTGAATCGCAGATAGCTCCAGATATTTAGTATGCTAAATATTATTTAGTCCGACTACGCATGACTTTATGGAGAGCTCACGACCTACAGTACTTTCTACAGTTTGCCTTAAGAACAGGTGGTGCAACCGAAGTAAGAACAAATTTAGTTACTAACTAGCTTGTAGTTACTAAGTCCCTAGTGTCAACGTTTAGGAAAGAACTTATGATCAGCTGGTGCAACCCTACCCAGTTCCTTAGGTGGTGCATCAAACCAAAATTTTTTTGAAACATTATTCAATAGAAATGCTTTCACACTTGCCGTTTTGCTTGTTGGTGTGACCAGTCATATTGGTGTCTTTGATTTAGTCATGAGGCATTAAACGTCAGCAATGAGTGCAAGTGTGTACGGGATCATCCCAGTGTGTACGGGACTTAACAGAAACATGGTACATAGAGGTAACATGTATGGTACACCAGCTTATAATGTTTGCATACAATACACATCCTTATATTCAACTAAAATCAACGTATTTACACACAAAATTTGTTAGAAGTCTGAAAACACACTGTTTTGAAAACGTGTTTCAAAATGCTCATTTTGTTATCATCTCTATATAAATGACAGAAATGTGATTTAAGTTTTTATTTTTTTTCGGTGGCATCATGCACAGCAAGTGTTCATTTCATAAGCATGTACCATTACTTGACATCCGAAAACACAGATGCACAAACACAGACATGTGAAAAAAATTTAAGTCGCCACCTACTGGTGGATCATTTCATCTGTACGTAATGCTTAAAACATTGCACACAATACGAAAATGCAAATGTTATTACGTTGACATGCAAACATACCCTTACACTAATATCATATTTTATTATTATTATTTTTATCATTATTTATCATGACTTATTGAAGGCGATTGTTGTGCACATTTGTCTGTAAAGTCATTTCTGTAATCAGTATTAAATTTCCAGCACGGCTTTCAGATTGAGTACCATTTAGTCACAGTTCACTGACAAGCTATTCAAAATGCCATTTCATATCACAGATGATTTATGCATGATCTATGTTGTTGCTACATTTGAACACATGTAAAATGCCATATTAACATGTGTTTGCTCCAAACTTACCTTATAACTTCAATCAAGTGCTTGAAACGAATCCTTATGTAAGGTAATTTAGTAGTTGAGTGACTGCTAGTCACGTTGAATCAACGAAAGCAGTTACATTTTCTCATTATACAGTAGCTAGTTATTGCGATTTCCTGTTTTTTTTTTCTTTGTGGTGTATTTAAATACATGAGAGCGTCCTCTGGCCTTCATCGGAGATTTACTATTGACACAGAACAGTTTTTTTTTCCTGACAAGTTAATTTAAAATTATTGTGCAACCCTAACATAAACTATTTTTGCTCGTGTTGTGCAG
Seq C2 exon
TTCTGGCAGTTTGGCGAGTGGGTAGACATTGTAATCGATGACCGCTTGCCTGTGAAGGATAAAGAGCTGATGTTTGTTCACTCAGCAGAGGGAAATGAGTTCTGGAGCGCCCTGCTGGAGAAGGCATATGCTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052748:ENSDART00000105099:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(13.0=100)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(14.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]