DreINT0041225 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069748 | capn5b
Description
calpain 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091116-29]
Coordinates
chr21:22173785-22177755:+
Coord C1 exon
chr21:22173785-22173906
Coord A exon
chr21:22173907-22177618
Coord C2 exon
chr21:22177619-22177755
Length
3712 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
CTCATGACTCTTTTTCTCAGCCT
3' ss Score
5.28
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAATTAACTCTGGACGAGCCTCCACAGACATGCTGGACTGGGATGTGTGGATACCCTCAGCTGGTCACACAGGTGCATGTGTTAAGTGCCGAGGGCCTGCAGGGCCAAGACGCTAATGGAG
Seq A exon
GTATGAATAGTATTTCTGGTAACAATAAAGGCCCACTAAAGGAATTTTGCATATTTACTATAATATTTTTTTCTTTTGGAGAAAGTCTTTGTATATAAAATTAGCCCCCTTAAGCAATATTTATTTTTTCAATTATCTACAGTACAAACCAAATAAAATAAAATAATAATAAAAAAGGAATGCAATAATTTACAAATCTCATAAACTTATATTTTATTTACAAAAGAATATAGATAACATATCAAATGTTGAAAGTGGGGCGTCATGGTGGCGCAGTGAGTAGCACGATCACCTCACAGCAAGAAGCTTGCTGATTCGAGCCTCAGCTAAGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCTCCATGTTCGCATGGTTGTGCTCCGGTTTCCCCCACAAATCCAAAGACGTGTGTTATAGGTGAATTAGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATATGTGTGAATGAAAGTGTATGGATGTTTCCCAGTGATGAGTTGCAGTTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAATATATACTGGATAAGTTAGTGGTTCATCCCGCTGTGGCGACCCTAGATTATTAAATGACTAAGTAAAAAAAAAAAAAAAGGAATAAATGATTGATGAAAGTGATAAAATTAAAAAATTTCGGGACAAATGTTGGCTCATTTTTGATTTCAAGACAGCTACGCATTCCAAAAAAGTTGGGACAGGTATCAATAACAGGCTAGAAAAGTCAAATGTACATTGGAACAGCTGGAGGAGGATGACCAGTTTGCCCAATGTGGTGCAAAAAATAGTAGAGCAATATCAGAAAGAAGTTTCTCATCGAAAAATTGCAAAGAGTTTTAAGTTATCACCATCTACAGTGCATAATATCATCCAAAGATTCAGAGATTCTGGAACCATCTCTGTGCAAAAGGGTCATGGCTGGAGAACCATACTGGATGCCCGTGATCTTCAAGCTCTAAGACTGCACTGCATCACAAACAGGAATGCTACTATAAATGGAAATCACAATATAGGCTCAGGTGTACTTCCAGAAAACATTGTCGTTGAACACAATCCACCGTGCCATTTTCACAGTCCACCATGCAGGCGTTTTCTCTGGTCCAAGGCTCATTTAAAATGGACTGTGGCAAATTGAAAAATGTTCTGGGGTCAGACAAAACAAAATTTAAAGTTCTTTTTAGAAAACTGGGATGCCATGTCATCCCGACTATAAAGAGGACAAGGACAACCTAAGTTGTTATCGGCGCTCAGTTCAGAAGCTGTTGAAGTTTAGGACTTCCGCCTCAACAATTTGTACAGTGTCTCAACTATTTTGGAATCGGGTTTGTATAATGATTTGCCTAATTGTTCAACTACTAACTGATTTGCCTGCCAAATCAGTTCGTAGTTGTACATGACAATGTACAATTAGGCAAATCATTGTACTACTAACTTGCCTAGTTACCCTTATTAGCCTAGTTAAGTCTTTGACTTAAAGCTGAATACCAGTATCTTGAAAAATCTCTAGTAAAATATTATGTAGTTAACATGGCAAAGATAAAAGAAATCAGTTTTTAGAAATTAGTTATTAATAGTATGATATTTAGAAATTTGTTGAAAAAAATCTTCTTTTCATTAAAAAGAAATTAGGGAAATATATACAGGGGGGCTAATAATTCAGAGTTCAGCTGTATACAGTGTGAGTCAAAGAAAAGACAAGCTATTTTTGTGTCTATAACAAGTTAAATTTAAAGGAGTGATCTTTAATGCACACTGTTCAAATGTAAGTGAGGTGAATATTTAGACAGTTAGAGCAATAAAACATCAAAATAGGGGTGAAAAACATCCCTTTGTTGTTCAGTGTAAAATAAATGTACAGTATGTGTATGTTTGTATATGTGTATATGTGTAAAATTGAACAACAATTATTCTAAATTGTGCAGTATTTTAAATGATTAAAAAATGTTTGCTGACAAATGTGTAAACACTAGCTCTTTAAAGATGCAGCAAATTATAAAAAAAGATTTTGGGGGCTGTTTATATGTCATCAAATTATTATTGTTTAAAATATGTATGACAAGATTTTTTAGTTTATAAACTGTTGATACACTAAATTTAGATTTTAGCTTGTGTCTTCTGTAAATTATGATCAAAAATGTCTGAAAGTTGTTATTATTTACTTTATTTTTAGAAAATTCTTTTTTGATCCACATATTGTATTAGTGTATGTACCATAAAATAAATATCTAAATATATTAAATAAATGAAAAAACTTGGATTCCATTGATACCAATGTATTTATAACTGCTCATACTGTATATTCATAGATTGTTCTCATAGATTTTCCCTTGAAACCAGTGCTACAGGCTAATCTGTAGTCACGTTGTAAGGATAGTTCACCCAAAAATGTGACTATTTTTGTCACAGTTGGATACAGTAAATTATTTATGGGTGACTTACTCCTTTAAGAAAAATTCAGAGAGTCAGAGTTCAGACTCTTAATCTGTCTGAAGCTTTTACATATGGAAATCTCTTTTGACCGCACACAGAGCTGCACTGCTTGATCTCCCACAAGACTCACTCTGACTTTTGCACACGAGGTAATGACTTTTAGTTGCTGTAAGTGTCTGTCTCGTTTTGCCTTATAGAAATGTGAGCGTTTTATATGTTTAATGTGGATTGTTCCTTAATCTGCAACATTACTGTCTCTTGTTTACTTTTATTGTTGTGCTTAATAGCGAAAAAAGCTTTGGCTTTGCCATCAAAATTTATTTTGTTTTGTGTTCAAAGAAAACTGAACATGATTTTTGTCCTGTTTTTTACTAATGTCAATTTTTTAATTTATTACATATTTAAATTAATAGAATTGATTGTTAATTGTTATTAACTGATAATTGATTCTGGATTTAGATATTGGTCTTGTGCTTTCATCAAATAGAGATACAAATGATTAATTTCCAGAACATACTCATTCACTGCTCCTTGCTGGTGGAAATATTCAGAAAAAACATCAGTTCTACATTTTGCTAAAAGGTCTTTCTCTGCACTTTTACTGTTCCTTTATACATATTTATTTTAGCTTATATAATTCTCTGGAAATATCCAGGTGGGCTCCACATGGGCAACAAACTTAATAAGCACAATCAATGCCATATAAGGCCCTAAGTGGGCCCTATGTGGGCAACCCCGGATGGGCCCCATGCGGCCCCAAGTAGGAAACACACTTAACATGGGCAACATGCAACCTATTAAAATAGGTTAAACATGGGTAGACCATATACCATATAGAGCCCCAGGTGGGTATGCCAAATGGCAAATCCAGATGGGCCCCAGGGAGGCTCCACATGGGGAAAGCACTCAATATGTGCAACACACAAGGGTCCTACTTGGGTTAAACACATAGGTTAAACAAGGAAAAACACAGTCGATGCCATATAGGTTGCTTGTGTGGGTGACAAGTAGGTGATCAGTAAATGGCTTCAGAGTTGGTAAACACATTTGGGCCTCACATGGGCCACGCCAGTGTAGCGCCACATGGGCAAACCCCTTCATAGTGGGTAAAATGTTAGAAAGGATTGAAATTTGCAGTTTAGCTTGCTGCTTGTGGTGCAGATTTGCGTCTTGTTAAAGGTCATAATTAGGAAAACATTGGGAAATAGTATAATAGTATAATATTTTGTCATATGTAGTGTTTTGCTGACTCATGACTCTTTTTCTCAG
Seq C2 exon
CCTCTGACCCGTATGTGATCATCACCTGTGAGGGGGAGAAGGTCCGCTCTCCTGTGCACAAGGACACGCGCTGCCCTAATTTTGACATCAAGGGAATATTCTACCGCAAAAAGCCAAAGGAAGGCATTCACATCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069748:ENSDART00000101732:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0106717=Calpain_III=PD(0.1=0.0),PF0016825=C2=PU(22.5=42.9)
A:
NA
C2:
PF0016825=C2=FE(56.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]