DreINT0046626 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101735 | chn1
Description
chimerin 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1934]
Coordinates
chr9:2556159-2557956:+
Coord C1 exon
chr9:2556159-2556332
Coord A exon
chr9:2556333-2557878
Coord C2 exon
chr9:2557879-2557956
Length
1546 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGA
5' ss Score
5.24
3' ss Seq
CTAATGGTCTCGTCCCACAGGGT
3' ss Score
9.21
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCGGGCTGAATGTTCATAAGCAGTGCTCAAAGATGGTGCCGAACGACTGTAAGCCGGACCTGAAGCACGTGAAGAAGGTTTACAGCTGTGATCTGACCACGCTGGTCAAAGCCCACAACGCCAAACGACCCATGGTGGTGGACATGTGCATACGAGAGATCGAAGCACGAG
Seq A exon
GTCAGAAAACATGCTTATGTTCACCAAAACTGTGTCACAATAACTGATGTGGCTATCCTCGGCTGTATCCCTTCTAGACTTGAGTAGCTCAGCTAACGCTAATGTTATGGTCAGGGACTTGTAGCATGATCAGTGATATATTGAGTTTCCCTTATATACTGACAGCCGGTTTTATGCTGATATTGTGTTGTAATGGTCTACTTTTTTTTATTAAATATTTTGTCAGTTTTTTTGTTTTGTTATTTTATTATAATTGTTTTTTTTTTTGGTCATTTCTTATGTTTTGGATTTTTTCATGCTTTGTATTTTGCTTCGTTTCATTCAATTCCTTTTTTGTCTTTTTATTTTGTTTTGTGGGGGGGGTTTTCATTTTGTTTTATTTTATTTTCTATTTTTTGTGTTTTGTTTTTTTATTTTGTGTGTGAGAGTGTGTGTTTTGTTGTGTTGTTTTTTGTTTAGTGCTTTTTTTATCTGTTTATTTATTGTATATTAATTAAAAAATTGTATATTTGTTTAAAATATTGTATATTTTGTTATTGTTTAGTGGTTTGTTTGGTCAGGGATATTTTGATGGCCATTTTAATGGCCAGTGGCTAATATTTATAAATGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTAGATGTTTGTTTTGTCTGTGGGTGTGGATTTATTTGTTTATTAAAAATAATGGATCAATTTATTTATTTCTTTTATTTTAATTAATGAATTTTTATTTATTTATTTAGTGAAGATTATTTTCTGAGCTCTCGAATGCAGTGCTTTTTTAATTTTATATTTGTTTTAAATGCATTACAAATAATAATATTTTTAAGAAATGCCTTTGTTTTTGTTTGGATTTATTTAAATTGTTTTATATTTATTCACTTATTTGTTTTAATTATTTAATTAATTTTAATTTGTTTATCTTTGTTTTATCCTTTAGAATTTTTCAGAGCTCTTAAATGCAGATTTTTCTGTACTATATTTGTATTAAGTGTTTTACAATTAATAATTTTGGGGGGTTCAGGGTTTTTTGTATGTTGAATTATTATTATTTTTATTTATTTATTTAAAGAGATTATTTTTGTGCAGATTTTTTTGAGCTCTTGAATGCAGCTTTTTTAATCTTATATTTGTTTTAAGTCTATTACAGATAATAATATTTTTAAGAAATGTCTTTTTTTTAGGGTTTTGTGTGTGTGTGGATTTATTTTATTTTACGTAATTTATTTTATATATTTTGATTTATTTAATTTATTTTGATTTATTATATTTTTATTCATATTTATTATATTTATTTATAATGTTTTTTGTGATTGTTTATACAGTACGTTTGCTCAAATGCACTGCTTTTTCAACCTTACATTTTTTCTGATACAGTATTTATTCTTTTTGTTAGTTATTTTATTTGTCTGTTTATATTTATTTATTTGTTTCTTTTTAATATTTATCCATTTATTTGTATTTATTCATCTATTGATTTATCATGCAGAATGCTCAGAGCTCTTGAATGCAGGGCTTTTTCAATTCCTAATGGTCTCGTCCCACAG
Seq C2 exon
GGTTGCAGTCGGAGGGTCTCTATCGCATCTCTGGATTCAGTGACTTGATTGAAGACGTGAAGTTATCGTTTGACAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101735:ENSDART00000172624:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0231811=FYVE_2=PD(44.3=72.9),PF0013017=C1_1=PD(37.7=33.9),PF087466=zf-RING-like=PD(48.7=32.2),PF0062022=RhoGAP=PU(9.0=23.7)
A:
NA
C2:
PF0062022=RhoGAP=FE(16.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GCGGGCTGAATGTTCATAAGC
R:
TCTGTCAAACGATAACTTCACGTCT
Band lengths:
248-1794
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]